UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srx-113F56H9.15.999999999999999e-176chrV 12,631,137C. elegans SRX-113 protein ;
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3ceh-8ZK265.4n/achrI 8,248,368ceh-8 encodes a paired-like homeodomain protein of the Q50 class orthologous to the Rx homeobox protein of humans (RAX; OMIM:601881) and Drosophila (CG10052-PA); CEH-8 and RX belong to one of at least 18 distinct families of paired-like homeodomain proteins, including 12 families in the Q50 class.
4F29C4.6F29C4.6n/achrIV 120,551contains similarity to Pfam domain PF01171 PP-loop family contains similarity to Interpro domains IPR011063 (PP-loop), IPR012089 (PP-loop ATPase, YdaO-related), IPR000541 (Protein of unknown function UPF0021), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
5D1022.5D1022.5n/achrII 7,458,058
6F21F8.2F21F8.2n/achrV 8,275,167contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
7B0507.7B0507.7n/achrV 8,757,284contains similarity to Pfam domains PF04960 (Glutaminase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR015868 (Glutaminase, core), IPR007043 (Glutaminase), IPR012338 (Beta-lactamase-type transpeptidase fold), IPR002110 (Ankyrin)
8T25C8.1T25C8.1n/achrIII 13,611,268contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR000577 (Carbohydrate kinase, FGGY)
9srh-20C02E7.3n/achrV 4,925,540C. elegans SRH-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
10F47B8.6F47B8.6n/achrV 14,329,569contains similarity to Drosophila heteroneura Aminopeptidase N (Fragment).; TR:O61534
11C04E7.3C04E7.3n/achrX 345,208contains similarity to Homo sapiens inner centromere protein antigens 135/155kDa isoform 2; ENSEMBL:ENSP00000278849
12srv-33T13A10.13n/achrIV 6,283,633C. elegans SRV-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
13nhr-133F44C8.8n/achrV 2,211,309C. elegans NHR-133 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
14pap-1Y32F6A.3n/achrV 10,444,197pap-1 encodes a poly (A) polymerase; large-scale RNAi screens indicate that PAP-1 activity is essential for reproduction, embryonic and larval development, proper body morphology, normal rates of growth, and coordinated locomotion.
15nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
16C26B2.7C26B2.7n/achrIV 8,016,527
17inx-16R12E2.5n/achrI 4,163,537inx-16 encodes an innexin, an integral transmembrane channel protein that is a structural component of invertebrate gap junctions; as loss of INX-16 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of INX-16 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; the INX-16 expression pattern has not been determined.
18C50H2.4C50H2.4n/achrV 9,917,432contains similarity to Arabidopsis thaliana Putative cytochrome P450.; TR:Q9LQ26
19pax-3F27E5.2n/achrII 10,149,568pax-3 encodes a divergent paired-like homeodomain protein that does not belong to the Q50, K50, or S50 classes; PAX-3 is required for locomotion and vulval development; pax-3(RNAi) animals have consistent Pvl and Unc phenotypes (as well as less consistent Bmd, Rup, and Stp phenotypes).
20srv-32T13A10.12n/achrIV 6,281,179C. elegans SRV-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000366 (Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR)
21nhr-55T01G6.7n/achrV 479,428nhr-55 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain.
22F32D8.3F32D8.3n/achrV 10,887,380F32D8.3 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; F32D8.3 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; F32D8.3 has no obvious function in mass RNAi assays.
23T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
24R11G1.2R11G1.2n/achrX 3,653,706
25F43G9.4F43G9.4n/achrI 8,611,732contains similarity to Brugia malayi Putative uncharacterized protein BMBAC01P19.03a.; TR:Q8IHI9
26C16C10.3C16C10.3n/achrIII 4,174,219contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
27B0545.4B0545.4n/achrIV 109,498contains similarity to Pfam domain PF05699 hAT family dimerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR008906 (HAT dimerisation)
28F26E4.2F26E4.2n/achrI 9,759,327contains similarity to Pasteurella haemolytica HSDR.; TR:P95512
29nhr-211T01G6.5n/achrV 488,034C. elegans NHR-211 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
30srd-34F32G8.1n/achrV 10,548,271C. elegans SRD-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31cdc-6C43E11.10n/achrI 4,269,180cdc-6 encodes a homolog of an origin complex component (CDC6) which in yeast controls the start of DNA replication, and also has a distant paralog (Y39A1A.12) within the C. elegans genome; CDC-6 is superficially dispensable for embryonic viability, perhaps because of redundancy with Y39A1A.12.
32ers-1Y41E3.4n/achrIV 15,010,805ers-1 encodes a glutaminyl (Q) tRNA synthetase that affects growth and embryonic and larval viability in large-scale RNAi screens; it is predicted to be mitochondrial.
33mex-5W02A2.7n/achrIV 13,354,881mex-5 encodes a novel protein that contains two CCCH zinc finger motifs; maternally provided MEX-5, which functions partly redundantly with the highly similar CCCH finger protein MEX-6, is essential for transducing polarity cues and establishing soma/germline asymmetry in the early embryo; in regulating soma/germline asymmetry, MEX-5 interacts with, and activates, the SOCS-box protein ZIF-1, which functions as part of an E3 ubiquitin ligase complex that degrades germ plasm proteins in somatic blastomeres; accordingly, ectopic expression of MEX-5 throughout the early embryo results in reduced expression of germline proteins in germline blastomeres; MEX-5 is a cytoplasmic protein expressed at uniform levels in oocytes and newly fertilized eggs; from the 1-cell to 4-cell stages of embryogenesis, MEX-5 expression is dynamic, with highest levels seen in the anterior AB blastomere and, for a time, its daughters, the anterior portion of the P1 blastomere, P1 centrosomes (both, then posterior only), and the EMS and C blastomeres; the asymmetric distribution of MEX-5 in early embryos depends upon wild-type activity of the PAR and OMA-1 proteins.
34C27A7.6C27A7.6n/achrV 12,126,221contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
35srbc-29C02A12.2n/achrV 3,470,161C. elegans SRBC-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
36asb-1F35G12.10n/achrIII 4,595,209asb-1 encodes the B subunit of the membrane-bound F0 proton channel portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V) that is closely similar to its paralog ASB-2; asb-1 activity is required for embryonic viability and for normal proliferation of germline cells, specifically their progression to meiosis; in addition, asb-1 is required for response to hermaphrodite contact, the first step in a series of stereotypical male mating behaviors; expression of asb-1 mRNA is enriched in the germline and an ASB-1::GFP fusion localizes to mitochondria and to cilia of the male-specific CEM neurons.
37T01E8.4T01E8.4n/achrII 10,238,236This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains WD repeats.
38clec-38T25E12.10n/achrV 16,734,718C. elegans CLEC-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
39cpar-1F54C8.2n/achrIII 9,434,486cpar-1 encodes one of two C. elegans proteins homologous to the inner kinetochore histone H3 variant CENP-A (the other is encoded by hcp-3); loss of cpar-1 and hcp-3 activity via RNAi results in mitotic chromosome segregation defects, but no significant defects in meiotic chromosome segregation; when expressed in the germline using the pie-1 promoter, a CPAR-1::GFP fusion protein localizes to meiotic chromosomes during late prophase/prometaphase of meiosis I, but is not seen on chromosomes during meiosis II.
40Y57G11A.5Y57G11A.5n/achrIV 14,512,160contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
41thoc-3F32H2.4n/achrI 8,972,046C. elegans THOC-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
42klp-16C41G7.2n/achrI 9,513,594klp-16 encodes a C-terminal motor kinesin orthologous to the Drosophila melanogaster Ncd and Saccharomyces cerevisiae Kar3; however KLP-16 along with KLP-3, KLP-15 and KLP-17 form an unique subgroup based on amino acid sequence and secondary structure analysis; klp-16 is involved in development of the nervous system in embryos and in chromosome segregation; in situ RNA hybridization experiments indicate that klp-16 is localized in the anterior nervous system in the head region of late embryos.
43mel-47EEED8.1n/achrII 5,421,944C. elegans MEL-47 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
44B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
45srn-1K12B6.5n/achrV 6,285,660C. elegans SRN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46ZK673.4ZK673.4n/achrII 10,453,965ZK673.4 encodes a protein with a THAP or THAP-like domain; other proteins with such domains include LIN-15A, LIN-15B, LIN-36, and HIM-17 (which all interact with LIN-35/Rb), as well as CDC-14B, CTB-1, GON-14, and ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1.
47srv-1R13F6.3n/achrIII 6,852,129C. elegans SRV-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48C03D6.6C03D6.6n/achrI 9,657,459contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Involved in cell cycle control and ion homeostasis; SGD:YKR072C
49C32D5.11C32D5.11n/achrII 6,354,177contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
50duo-1F38B7.5n/achrV 11,556,440C. elegans DUO-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF02338 (OTU-like cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR003323 (Ovarian tumour, otubain), IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)