UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F56H11.2F56H11.27e-102chrIV 9,532,255contains similarity to Bacillus cereus Hypothetical protein.; TR:Q81E16
2ZK678.3ZK678.3n/achrX 15,748,766contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal)
3ncs-1C44C1.3n/achrX 961,929The ncs-1 gene encodes a neuronal calcium sensor protein that, along with calcium, is essential for thermotaxis along isothermal paths in thermal gradients.
4T07F12.2T07F12.2n/achrX 4,891,246contains similarity to Pfam domain PF02225 PA domain contains similarity to Interpro domain IPR003137 (Protease-associated PA)
5F49H6.8F49H6.8n/achrV 17,022,485contains similarity to Rattus norvegicus Transcription factor 8 (Zinc finger homeodomain enhancer-bindingsprotein) (Zfhep).; SW:TCF8_RAT
6srbc-61F08E10.2n/achrV 17,477,416C. elegans SRBC-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
7F53A2.9F53A2.9n/achrIII 13,357,930contains similarity to Pfam domain PF00646 (F-box domain)
8srx-3R03H4.3n/achrV 9,006,212C. elegans SRX-3 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9C41D11.6C41D11.6n/achrI 4,461,426
10K10H10.6K10H10.6n/achrII 14,504,011contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
11F26D2.14F26D2.14n/achrV 16,436,268contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
12T22B2.5T22B2.5n/achrX 3,910,583
13F44E5.3F44E5.3n/achrII 11,763,830contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000304160
14srt-13ZC142.1n/achrV 4,249,044C. elegans SRT-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000539 (Frizzled protein)
15sre-40T05A7.8n/achrII 4,682,734C. elegans SRE-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
16set-13K12H6.11n/achrII 2,818,048set-13 encodes a SET domain-containing protein; SET-13 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-15, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); neither set-13(n5012) nor set-13(RNAi) have any obvious phenotypes.
17sprr-2F42D1.3n/achrX 14,802,137C. elegans SPRR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
18F10D2.8F10D2.8n/achrV 7,150,438contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
19srh-165C41G6.9n/achrV 15,220,637C. elegans SRH-165 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20bath-39F25H9.4n/achrV 13,460,604C. elegans BATH-39 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
21T19C3.6T19C3.6n/achrIII 629,578
22B0198.2B0198.2n/achrX 12,030,645contains similarity to Dictyostelium discoideum Non-receptor tyrosine kinase spore lysis A (EC 2.7.1.112) (Tyrosine-sprotein kinase 1).; SW:KYK1_DICDI
23F11A1.2F11A1.2n/achrX 10,658,016
24F41C6.2F41C6.2n/achrX 6,870,966
25sru-47F36D1.3n/achrI 11,290,448C. elegans SRU-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR015964 (Cytochrome C oxidase subunit II-like, transmembrane region), IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
26T23G5.3T23G5.3n/achrIII 9,230,130contains similarity to Pfam domains PF02214 (K+ channel tetramerisation domain) , PF00786 (P21-Rho-binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000095 (PAK-box/P21-Rho-binding), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
27C26E1.1C26E1.1n/achrV 13,297,767contains similarity to Rattus norvegicus GLUT4 vesicle protein.; TR:Q9Z1X1
28C06E4.4C06E4.4n/achrIV 7,259,079contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
29srz-96Y68A4A.6n/achrV 17,200,545C. elegans SRZ-96 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000418 (Ets)
30rod-1F55G1.4n/achrIV 7,481,969C. elegans ROD-1 protein ; contains similarity to Caenorhabditis remanei Putative RoughDeal (Fragment).; TR:Q4TTM7
31knl-1C02F5.1n/achrIII 8,252,399knl-1 encodes a novel acidic protein with a coiled-coil region at its C-terminus; KNL-1 is an essential kinetochore component that is required for proper spindle elongation and chromosome separation, and in the kinetochore assembly pathway, plays a key role in linking the initiation of kinetochore formation with the construction of a functional microtubule-binding interface; in the assembly pathway, KNL-1 functions downstream of the DNA-proximal kinetochore components CeCENP-A/HCP-3 and CeCENP-B/HCP-4 and upstream of the outer kinetochore components HIM-10/Nuf2p, NDC-80/HEC1, CeBUB-1, HCP-1, and CeCLASP2/CLS-2; in expression studies in the one-cell embryo, KNL-1 localizes to kinetochores throughout mitosis.
32ZK757.2ZK757.2n/achrIII 9,875,718contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
33gst-16F37B1.5n/achrII 13,623,641C. elegans GST-16 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
34cdc-48.3K04G2.3n/achrI 8,034,273C. elegans CDC-48.3 protein; contains similarity to Pfam domains PF07726 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR011703 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-3), IPR003960 (AAA ATPase, conserved site), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
35EEED8.4EEED8.4n/achrII 5,410,795contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
36puf-4M4.2n/achrIV 3,207,566C. elegans PUF-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
37srx-13C44B12.4n/achrIV 1,116,817C. elegans SRX-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
38F54B11.4F54B11.4n/achrX 13,593,035contains similarity to Neurospora crassa Hypothetical protein.; TR:Q8X031
39F49C12.4F49C12.4n/achrIV 9,303,356contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
40lin-8B0454.1n/achrII 3,058,509lin-8 is a class A synthetic multivulva (synMuv) gene that functions redundantly with class B synMuv genes to negatively regulate Ras-mediated signaling during vulval induction.
41C50F4.14C50F4.14n/achrV 9,548,707The C50F4.14 gene encodes a putative GDP-fucose transporter orthologous to the human GDP-FUCOSE TRANSPORTER 1 gene (LAD II; OMIM:605881), which when mutated leads to congenital disorder of glycosylation, type IIc.
42srz-74K03D3.1n/achrIV 16,330,219C. elegans SRZ-74 protein ;
43K02E7.4K02E7.4n/achrII 1,073,572contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
44gstk-2D2024.7n/achrIV 7,241,341C. elegans GSTK-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01323 DSBA-like thioredoxin domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR001853 (DSBA oxidoreductase), IPR014440 (HCCA isomerase/glutathione S-transferase kappa)
45F48A11.4F48A11.4n/achrII 214,905
46C10B5.1C10B5.1n/achrV 8,582,501contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
47lir-3F37H8.1n/achrII 11,183,865lir-3 encodes a LIN-26-like zinc-finger protein that shares a unique C2H2 motif together with LIR-1, LIR-2 and LIN-26; as loss of lir-3 activity via mutation or RNAi results in no obvious abnormalities, the precise role of lir-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
48srw-117C44C3.6n/achrV 2,982,800C. elegans SRW-117 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
49lin-1C37F5.1n/achrIV 2,288,106lin-1 encodes an Ets-domain-containing transcription factor that is a member of the ETS gene family that includes human ELK1, 3, and 4 (OMIM:600247); LIN-1 functions as a general effector of MAP kinase-mediated signaling; when MAP kinase is inactive, LIN-1 forms a complex with LIN-31/WH that inhibits vulval cell fate specification; upon MAP kinase activation (vulval induction), LIN-1 is phosphorylated, dissociates from LIN-31, and becomes inactive, thus allowing for vulval development.
50T05A8.6T05A8.6n/achrII 2,739,156contains similarity to Xenopus laevis Integumentary mucin C.1 (FIM-C.1) (Fragment).; SW:Q05049