UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F56D5.2F56D5.20chrIV 9,397,813contains similarity to Bacillus subtilis Hypothetical protein yxcE.; SW:YXCE_BACSU
2F16H6.6F16H6.6n/achrV 18,205,786contains similarity to Anthyllis vulneraria subsp lapponica Maturase-like protein.; TR:Q8HUG8
3T05E11.7T05E11.7n/achrIV 11,103,651contains similarity to Pfam domain PF03057 Protein of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR004296 (Protein of unknown function DUF236), IPR005819 (Histone H5)
4Y7A5A.6Y7A5A.6n/achrX 15,798,435contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Putative transcriptional regulatory protein, phd finger.; TR:Q9HDV4
5T28D6.7T28D6.7n/achrIII 11,345,403contains similarity to Pfam domain PF01852 START domain contains similarity to Interpro domain IPR002913 (Lipid-binding START)
6R02F11.2R02F11.2n/achrV 4,795,145
7F49C12.1F49C12.1n/achrIV 9,295,603contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
8nhr-153C13C4.1n/achrV 12,105,417C. elegans NHR-153 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core), IPR001781 (Zinc finger, LIM-type)
9rbc-1F54E4.1n/achrX 14,617,784rbc-1 encodes an ortholog of S. cerevisiae RAV1; like RAV1, RBC-1 may be required for the reassociation of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase) after temporary glucose starvation.
10W05B5.2W05B5.2n/achrI 13,052,842contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002286 (P2 purinoceptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
11C34F11.1C34F11.1n/achrII 5,213,423contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
12F21C3.6F21C3.6n/achrI 7,284,859contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Caldesmon; ENSEMBL:ENSP00000354826
13D1044.1D1044.1n/achrIII 5,545,251contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
14srw-7R08F11.5n/achrV 3,806,992C. elegans SRW-7 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
15del-4T28B8.5n/achrI 8,140,996C. elegans DEL-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
16C04F12.8C04F12.8n/achrI 9,698,564contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
17F44E7.7F44E7.7n/achrV 5,784,253contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
18R05A10.3R05A10.3n/achrIV 14,175,025contains similarity to Saccharomyces cerevisiae <b><u>C</u></b>onserved <b><u>O</u></b>ligomeric <b><u>G</u></b>olgi complex <b><u>1</u></b><br> Complexed with Cog8p; interacts with Cog2p; SGD:YGL223C
19T27E7.4T27E7.4n/achrIV 14,534,258contains similarity to Pelomedusa subrufa NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 (EC 1.6.5.3).; SW:NU5M_PELSU
20F56H1.3F56H1.3n/achrI 5,732,820contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR015988 (STAT transcription factor, coiled coil), IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
21C56C10.12C56C10.12n/achrII 6,606,347contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
22str-39F37B4.12n/achrV 2,878,851C. elegans STR-39 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002355 (Multicopper oxidase, copper-binding site)
23F38H4.5F38H4.5n/achrIV 11,852,639contains similarity to Pfam domain PF02274 Amidinotransferase contains similarity to Interpro domain IPR003198 (Amidinotransferase)
24R13A1.7R13A1.7n/achrIV 7,213,362
25pho-4T16D1.2n/achrII 5,237,340C. elegans PHO-4 protein ;
26pqn-84Y41C4A.5n/achrIII 11,701,451The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
27C55C3.1C55C3.1n/achrIV 5,711,705contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
28R09H10.1R09H10.1n/achrIV 10,601,257contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
29Y53C10A.5Y53C10A.5n/achrI 12,000,702contains similarity to Interpro domain IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2)
30W04C9.5W04C9.5n/achrI 464,897contains similarity to Pfam domain PF00071 Ras family contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
31irk-1R03E9.4n/achrX 6,769,400C. elegans IRK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01007 Inward rectifier potassium channel contains similarity to Interpro domains IPR013521 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, conserved region 2), IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR013518 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic), IPR001838 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir-like)
32M163.7M163.7n/achrX 14,466,135contains similarity to Reclinomonas americana Ribosomal protein L31.; TR:O21296
33F22G12.5F22G12.5n/achrI 13,172,567contains similarity to Interpro domain IPR001765 (Carbonic anhydrase)
34C44B11.1C44B11.1n/achrIII 3,156,820contains similarity to Pfam domain PF06905 Fas apoptotic inhibitory molecule (FAIM1) contains similarity to Interpro domain IPR010695 (Fas apoptotic inhibitory molecule)
35F49B2.6F49B2.6n/achrI 14,335,445contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
36srab-9C36C5.6n/achrV 3,140,609C. elegans SRAB-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
37ZC404.7ZC404.7n/achrV 6,779,108
38srt-8C50H11.2n/achrV 3,087,272C. elegans SRT-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
39F29A7.3F29A7.3n/achrII 2,753,579contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
40W04E12.5W04E12.5n/achrV 19,742,714contains similarity to Interpro domain IPR000750 (Proenkephalin B)
41F31B9.2F31B9.2n/achrX 15,919,200contains similarity to Mus musculus Radixin (ESP10).; SW:RADI_MOUSE
42E01G6.2E01G6.2n/achrX 12,257,730contains similarity to Streptomyces coelicolor;Streptomyces lividans Putative secreted protein (Putative TWIN ARGININ translocationsreceptor).; TR:Q9RJ68
43B0207.11B0207.11n/achrI 5,963,581B0207.11 encodes a nematode-specific protein probably required for a normally high ovulation rate; B0207.11 has no obvious non-nematode homologs, but does have a putative N-terminal coiled-coil domain and an SH2 motif, and is is paralogous to four other C. elegans proteins (F42G4.6, F44F4.10, T08G11.2, and Y81G3A.1); B0207.11(tm322) hermaphrodites show abnormal egg-laying, retaining significantly fewer eggs than wild-type (perhaps due to a lowered ovulation rate) while retaining late-stage embryos; B0207.11 has no obvious phenotype in mass RNAi experiments, possibly because of genetic redundancy with its paralogs.
44R13.4R13.4n/achrIV 10,819,150contains similarity to Pfam domain PF02891 MIZ/SP-RING zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR004181 (Zinc finger, MIZ-type)
45fax-1F56E3.4n/achrX 3,198,294fax-1 encodes a conserved nuclear receptor that contains two C4-type zinc fingers and is orthologous to the vertebrate photoreceptor-specific nuclear receptor PNR (OMIM:604485, mutated in enhanced S-cone syndrome and retinitis pigmentosa); fax-1 is required for normal locomotion and neuron fate specification, including specification of the AVA, AVE, and AVK interneurons and proper axon pathfinding of the AVK, HSNL, and PVQL axons; expression of reporter gene fusions in fax-1 mutants suggests that fax-1 functions by regulating expression of a number of downstream targets, including nmr-1 and nmr-2, opt-3, flp-1, and ncs-1; in some neurons, fax-1 regulates expression combinatorially with unc-42, which encodes a paired-like homeodomain protein that additionally, regulates fax-1 expression in AVK neurons; FAX-1 is expressed in the nuclei of 18 neurons, including the AVK, AVA, AVB, and AVE interneurons, beginning at mid-embryogenesis and continuing through larval and adult stages; FAX-1 is also seen in two non-neuronal cell types: the distal tip cells (DTCs), from L2 to L4 larval stages, and two pairs of vulval cells in L4 animals.
46F02E11.2F02E11.2n/achrII 3,267,119
47Y43F8A.5Y43F8A.5n/achrV 19,387,467contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48ZK354.6ZK354.6n/achrIV 5,296,718contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
49R07A4.3R07A4.3n/achrX 10,756,469contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
50T13A10.1T13A10.1n/achrIV 6,276,666contains similarity to Danio rerio Synaptic vesicle membrane protein VAT-1 homolog (EC 1.-.-.-).; SW:Q8JFV8