UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1cpf-2F56A8.65e-138chrIII 13,267,824C. elegans CPF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
2ZK418.5ZK418.5n/achrIII 7,073,217contains similarity to Mus musculus Transmembrane protein 147.; SW:Q9CQG6
3smo-1K12C11.2n/achrI 1,340,894C. elegans SMO-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
4C07E3.6C07E3.6n/achrII 10,368,675contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
5B0310.6B0310.6n/achrX 530,795
6C25F6.6C25F6.6n/achrX 5,450,509
7his-38K03A1.6n/achrX 7,309,668his-38 encodes an H4 histone; by homology, HIS-38 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-38 is a replication-dependent histone locus that does not reside in a cluster, but exists as a single histone locus on the X chromosome.
8lin-59T12F5.4n/achrI 3,717,339C. elegans LIN-59 protein; contains similarity to Pfam domains PF01426 (BAH domain) , PF00628 (PHD-finger) , PF00856 (SET domain) contains similarity to Interpro domains IPR001214 (SET), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR001025 (Bromo adjacent region), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type), IPR006560 (AWS)
9dgn-1T21B6.1n/achrX 10,922,297C. elegans DGN-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR015919 (Cadherin-like), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR006644 (Dystroglycan-type cadherin-like), IPR003992 (Pertactin virulence factor, N-terminal)
10T03D3.5T03D3.5n/achrV 2,825,328
11bub-3Y54G9A.6n/achrII 13,727,744C. elegans BUB-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
12F33D11.10F33D11.10n/achrI 5,867,449contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
13apm-3F53H8.1n/achrX 956,347apm-3 encodes an adaptin, orthologous to the mu3 subunit of adaptor protein complex 3 (AP-3); APM-3 is also orthologous to human HPS, which when mutated leads to Hermansky-Pudlak syndrome (OMIM:203300); based on structural similarity, APM-3 is predicted to be involved in the formation of intracellular transport vesicles, and genetic analyses indicate that apm-3 activity is required for biogenesis of lysosome-related gut granules.
14C48E7.1C48E7.1n/achrI 6,262,387
15ZK686.4ZK686.4n/achrIII 7,769,518contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
16hil-6F59A7.4n/achrV 2,031,066C. elegans HIL-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00538 linker histone H1 and H5 family contains similarity to Interpro domains IPR003993 (Treacher Collins syndrome, treacle), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR005819 (Histone H5), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein), IPR005818 (Histone H1/H5), IPR003216 (Linker histone, N-terminal)
17gpa-8F56H9.3n/achrV 12,639,639gpa-8 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; expressed in URX, AQR, and PQR sensory cells.
18taf-11.1F48D6.1n/achrX 4,255,964C. elegans TAF-11.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04719 hTAFII28-like protein conserved region contains similarity to Interpro domains IPR006809 (TAFII28-like protein), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR009072 (Histone-fold)
19F32B4.1F32B4.1n/achrI 11,511,408contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
20syd-2F59F5.6n/achrX 10,552,111syd-2 encodes alpha-liprin, a member of the liprin family of proteins that interact with LAR (leukocyte common antigen related)-type receptor tyrosine phosphatases (RPTPs) to facilitate clustering of RPTPs to focal adhesions; SYD-2 is required for establishing normal presynaptic density, and is expressed in all neurons and muscles; SYD-2 is required cell autonomously in neurons for differentiation of presynaptic active zones, where SYD-2 is localized.
21F56D2.3F56D2.3n/achrIII 5,585,825
22skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
23amx-1R13G10.2n/achrIII 3,824,311C. elegans AMX-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01593 (Flavin containing amine oxidoreductase) , PF01266 (FAD dependent oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR001613 (Flavin-containing amine oxidase), IPR000960 (Flavin-containing monooxygenase FMO), IPR002937 (Amine oxidase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR007526 (SWIRM)
24R04A9.2R04A9.2n/achrX 374,567contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
25sdz-30T04D3.2n/achrI 13,307,433C. elegans SDZ-30 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
26asna-1ZK637.5n/achrIII 8,895,772asna-1 encodes a putative membrane transporter that is required, non-cell-autonomously, for L1 larvae to proceed through development when fed, and is also required for normal insulin (DAF-28) secretion; the human ASNA1 ortholog stimulates insulin secretion in pancreatic beta cells, and can transgenically rescue asna-1 mutant C. elegans, suggesting that ASNA-1's function is conserved among metazoa; asna-1 mutants only progress to adulthood when rescued by maternal ASNA-1; without maternal rescue, asna-1 mutants eat food and endocytose nutrients normally, but nevertheless arrest growth as L1 larvae and localize DAF-16 to the nucleus as if food were absent; asna-1 is expressed in some sensory neurons, in insulin-producing intestinal cells, and in hypodermis; ASNA-1 positively regulates dauer exit in the same way that overexpression of the insulins DAF-28 or INS-4 does, and requires DAF-28 to do this efficiently; ASNA-1 has ATPase activity in vitro, and this activity is required for transgenic rescue of asna-1 mutations.
27dpy-26C25G4.5n/achrIV 12,448,610dpy-26 encodes a novel, acidic protein that is highly conserved in other Caenorhabditis species; during development, dpy-26 activity is required for both dosage compensation and meiotic chromosome segregation; DPY-26 localizes to all meiotic chromosomes in the germline and to the hermaphrodite X chromosomes in somatic cells; SDC-1, SDC-2, and SDC-3 proteins form a complex and these three proteins, in turn, colocalize with DPY-26, DPY-27, and MIX-1 proteins both on the X chromosome and on a transgenic her-1(+) array.
28Y9D1A.2Y9D1A.2n/achrII 7,450,882contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein ENSP00000370861; ENSEMBL:ENSP00000370861
29tag-135D1054.15n/achrV 10,807,021C. elegans TAG-135 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR009146 (Groucho/transducin-like enhancer), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
30nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
31srbc-76M01B2.4n/achrV 15,252,812C. elegans SRBC-76 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
32K07C5.3K07C5.3n/achrV 10,344,230contains similarity to Pfam domain PF00645 Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region contains similarity to Interpro domain IPR001510 (Zinc finger, PARP-type)
33sedl-1W05H7.3n/achrX 1,439,758C. elegans SEDL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04628 Sedlin, N-terminal conserved region contains similarity to Interpro domains IPR011012 (Longin-like), IPR006722 (Sedlin)
34Y43F8C.7Y43F8C.7n/achrV 19,642,720contains similarity to Anopheles gambiae str PEST AGAP011346-PA.; TR:Q7PST7
35T07A9.1T07A9.1n/achrIV 384,318contains similarity to Homo sapiens Protein; VG:OTTHUMP00000025811
36F19C6.3F19C6.3n/achrX 10,007,249contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) , PF00093 (von Willebrand factor type C domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR008037 (Proteinase inhibitor I19, pacifastin), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001007 (von Willebrand factor, type C)
37F21H12.1F21H12.1n/achrII 6,098,704contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
38F22B8.6F22B8.6n/achrV 16,101,647F22B8.6 encodes a putative cystathionine gamma-lyase; F22B8.6 is orthologous to human CTH (OMIM:607657, mutated in cystathioninuria), extremely similar to its paralog ZK1127.10, and also paralogous to C12C8.2; either F22B8.6, or ZK1236.10, or both proteins weakly inhibit DHC-1 in vivo; otherwise, F22B8.6 has no obvious function in mass RNAi assays, perhaps because of genetic redundancy with ZK1127.10.
39R12C12.5R12C12.5n/achrII 6,044,615contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
40sem-5C14F5.5n/achrX 7,960,532sem-5 encodes a Src homology (SH) domain 2 and 3-containing protein, orthologous to human GRB2 (OMIM:108355), that functions in multiple signaling pathways during development; these pathways include those regulating sex myoblast migration, muscle membrane extension, vulval induction, fluid balance, viability, and formation of the male tail; SEM-5 acts downstream of the LET-23 epidermal growth factor receptor to negatively regulate RAS-, MAP-, as well as IP-3-, mediated signal transduction.
41F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
42C25A1.4C25A1.40.000008chrI 10,171,209contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
43str-255C45H4.15n/achrV 2,162,667C. elegans STR-255 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen)
44T05H4.11T05H4.11n/achrV 6,425,085
45T20B5.2T20B5.2n/achrX 9,333,789
46die-1C18D1.1n/achrII 10,064,931die-1 encodes a C2H2 zinc finger protein containing four fingers, homologous to CG18265-PA in Drosophila; DIE-1 is autonomously required in the posterior dorsal hypodermis for intercalation, for morphogenesis in other embryonic tissues, and for normal postembryonic growth and vulval development.
47cin-4ZK1127.7n/achrII 7,039,709C. elegans CIN-4 protein
48pix-1K11E4.4n/achrX 13,730,745C. elegans PIX-1 protein ;
49F28H6.4F28H6.4n/achrX 14,130,605contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domains IPR006570 (SPK), IPR012287 (Homeodomain-related), IPR009057 (Homeodomain-like)
50B0001.5B0001.5n/achrIV 12,142,216contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Gtpase-activating protein activity toward the essential bud-site assembly GTPase Cdc42; SGD:YPL115C