UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F55G11.6F55G11.60chrIV 12,958,781contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
2W09C5.8W09C5.8n/achrI 13,658,783contains similarity to Pfam domain PF02936 Cytochrome c oxidase subunit IV contains similarity to Interpro domains IPR013288 (Cytochrome c oxidase subunit 4), IPR004203 (Cytochrome c oxidase subunit IV)
3Y48A6B.10Y48A6B.10n/achrIII 11,041,221contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
4fbxa-90Y102A5C.19n/achrV 16,967,704This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
5C25E10.5C25E10.5n/achrV 9,031,538contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
6C01B10.3C01B10.3n/achrIV 6,620,429C01B10.3 encodes a paralog of IPP-5, and thus may functionally overlap with ipp-5 in vivo.
7C52A10.1C52A10.1n/achrV 5,232,169contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
8pgp-3ZK455.7n/achrX 11,354,551pgp-3 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; with PGP-1, PGP-3 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-3 is also required for resistance to colchicine and chloroquine; PGP-3 is expressed in the apical membranes of the excretory cell and the intestinal cells; loss of pgp-3 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
9T26E3.7T26E3.7n/achrI 12,655,698contains similarity to Pfam domain PF00006 ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain contains similarity to Interpro domain IPR000194 (ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding)
10B0513.5B0513.5n/achrIV 13,872,562contains similarity to Pfam domain PF01619 Proline dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002872 (Proline dehydrogenase), IPR015659 (Proline oxidase)
11K07H8.3K07H8.3n/achrIV 8,290,863contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
12let-75R06C7.10n/achrI 7,263,197let-75 encodes a pharynx-specific type II myosin heavy chain (MHC D); LET-75 is required for pharyngeal muscle contraction and thus for normal feeding behavior and post-embryonic development; in vitro, the LET-75 tail domain interacts with ITR-1, an IP3 receptor, and this interaction has been proposed to mediate, in vivo, increased pharnygeal pumping in response to food; LET-75 is expressed exclusively in pharyngeal muscle.
13C55B7.3C55B7.3n/achrI 6,500,602contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
14C49C3.4C49C3.4n/achrIV 17,324,683contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
15cyp-36A1C34B7.3n/achrI 8,343,858C. elegans CYP-36A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I)
16dhs-7E04F6.7n/achrII 7,207,642dhs-7 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
17M02F4.3M02F4.3n/achrX 3,038,574M02F4.3 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C01H6.6, C33D12.2, C52D10.12, R04E5.2, and R13G10.4; by orthology with MAM3, M02F4.3 may participate in metal homoeostasis; M02F4.3, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; M02F4.3 has no obvious function in RNAi assays.
18itx-1W03D8.6n/achrI 2,809,305itx-1 encodes one of two Caspr orthologues found in the C. elegans genome; Caspr proteins belong to the Neurexin superfamily and are involved in mediating cell-cell contacts and in the formation of specialized membrane-domains in polarized epithelial and nerve cells; RNA interference of itx-1 suggests that itx-1 is involved in the correct positioning and maintenance of apical junctions and in maintaining epithelial integrity in the gut; gfp-reporter studies indicate that ITX-1 is expressed in intestinal cell epithelia and in the socket cells of the inner and outer labial sensilla; immunofluorescence studies indicate that ITX-1 localizes to the baso-lateral membranes of intestinal epithelia.
19T20B3.1T20B3.1n/achrV 16,818,064contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
20Y53C12B.1Y53C12B.1n/achrII 9,744,521contains similarity to Pfam domains PF08625 (Utp13 specific WD40 associated domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (8)contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR013934 (Small-subunit processome, Utp13), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
21W06A7.2W06A7.2n/achrV 14,822,585contains similarity to Salmonella typhi;Salmonella typhimurium Hypothetical protein (Putative inner membrane protein).; TR:Q8XEW6
22cyp-33A1C12D5.7n/achrV 7,680,386C. elegans CYP-33A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
23ZC247.1ZC247.1n/achrI 10,271,766contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG32377-PA;; FLYBASE:CG32377
24C50F4.2C50F4.2n/achrV 9,533,151C50F4.2 encodes a putative 6-phosphofructokinase, paralogous to Y71H10A.1; C50F4.2 is required for fertility, full body size, and normally rapid growth in mass RNAi assays; C50F4.2 transcripts are enriched during spermatogenesis.
25myo-3K12F2.1n/achrV 12,230,556myo-3 encodes MHC A, the minor isoform of MHC (myosin heavy chain) that is essential for thick filament formation, and for viability, movement, and embryonic elongation; expressed in body muscle, the somatic sheath cell covering the hermaphrodite gonad, and also expressed in enteric muscle, vulval muscles of the hermaphrodite and the diagonal muscles of the male tail.
26vha-19Y55H10A.1n/achrIV 3,371,328vha-19 encodes an ortholog of subunit Ac45 of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-19 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component; Ac45 is a nonhomologous replacement for subunit c', which is found in fungi but not in animals; conversely, orthologs of Ac45 are only found in animals; VHA-19 is predicted to help carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export.
27F27E5.3F27E5.3n/achrII 10,142,746contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Cell division cycle 2-related protein kinase 7; ENSEMBL:ENSP00000300647
28C25D7.5C25D7.5n/achrV 15,054,998contains similarity to Pfam domain PF00753 (Metallo-beta-lactamase superfamily)
29abt-4Y39D8C.1n/achrV 327,261abt-4 encodes a predicted ATP-binding cassette (ABC) transporter that is a member of the ABCA subfamily of transport proteins; ABT-4 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of abt-4 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of abt-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; abt-4 promoter-gfp fusion proteins are widely expressed in larvae and adults, with expression seen in the pharynx, the pharyngeal-intestinal valve, the intestine, renal gland cells, hypodermis, various neurons, and unidentified cells in the head and tail.
30pgp-9C47A10.1n/achrV 17,760,286pgp-9 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-9 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, and loss of pgp-9 activity via RNAi can result in embryonic lethality; pgp-9 promoter-gfp fusion proteins are expressed in the pharynx (first and second bulbs) and in the intestine.
31T08D10.3T08D10.3n/achrX 11,956,831contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA1681; ENSEMBL:ENSP00000316543
32R08C7.5R08C7.5n/achrIV 4,431,281contains similarity to Pfam domain PF03941 Inner centromere protein, ARK binding region contains similarity to Interpro domains IPR005819 (Histone H5), IPR005635 (Inner centromere protein, ARK binding region)
33sec-23Y113G7A.3n/achrV 20,093,804C. elegans SEC-23 protein; contains similarity to Pfam domains PF04811 (Sec23/Sec24 trunk domain) , PF04815 (Sec23/Sec24 helical domain) , PF04810 (Sec23/Sec24 zinc finger) , PF00626 (Gelsolin repeat) , PF08033 (Sec23/Sec24 beta-sandwich domain) contains similarity to Interpro domains IPR006900 (Sec23/Sec24 helical region), IPR012990 (Sec23/Sec24 beta-sandwich), IPR006896 (Sec23/Sec24 trunk region), IPR006895 (Zinc finger, Sec23/Sec24-type), IPR007123 (Gelsolin region)
34T28F3.8T28F3.8n/achrIV 17,306,594contains similarity to Interpro domain IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
35F40A3.6F40A3.6n/achrV 7,893,039
36ari-1C27A12.8n/achrI 6,059,904C. elegans ARI-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01485 IBR domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
37F55A3.6F55A3.6n/achrI 10,784,384contains similarity to Pfam domain PF00334 Nucleoside diphosphate kinase contains similarity to Interpro domain IPR001564 (Nucleoside diphosphate kinase, core)
38ldh-1F13D12.2n/achrII 11,725,839ldh-1 is orthologous to the human gene LACTATE DEHYDROGENASE B (LDHB; OMIM:150100), which when mutated leads to lactate dehydrogenase-B deficiency.
39col-144B0222.6n/achrV 9,160,126C. elegans COL-144 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
40fipr-20H14A12.6n/achrIII 7,462,256C. elegans FIPR-20 protein ;
41myo-2T18D3.4n/achrX 12,471,624myo-2 encodes a muscle-type specific myosin heavy chain isoform; myo-2 is expressed in pharyngeal muscle.
42twk-42W06D12.2n/achrV 17,728,557C. elegans TWK-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
43col-69K01A2.7n/achrII 304,726C. elegans COL-69 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
44glo-4F07C3.4n/achrV 9,238,868glo-4 encodes a guanine nucleotide exchange factor (GEF) that is similar to Drosophila Claret and human RP3; throughout development, glo-4 activity is required for biogenesis of the lysosome-related gut granules; based upon phenotypic similarity, glo-4 is likely to encode a GEF for the GLO-1 Rab-like GTPase; in regulating gut granule formation, glo-4 acts downstream of apb-3, which encodes the AP-3 complex beta subunit.
45F35E12.10F35E12.10n/achrV 13,747,215contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
46hum-5T02C12.1n/achrIII 4,032,950C. elegans HUM-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF06017 (Myosin tail) , PF00063 (Myosin head (motor domain)) contains similarity to Interpro domains IPR010926 (Myosin tail 2), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region), IPR001609 (Myosin head, motor region)
47T04F3.1T04F3.1n/achrV 11,747,105contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR001176 (1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
48M01G12.9M01G12.9n/achrI 12,111,806contains similarity to Lactococcus lactis ORF (Fragment).; TR:Q48730
49M04F3.3M04F3.3n/achrI 4,764,191contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
50rpl-9R13A5.8n/achrIII 7,572,403rpl-9 encodes a large ribosomal subunit L9 protein that affects fertility and embryonic viability.