UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1tag-345F55F8.50chrI 5,656,990C. elegans TAG-345 protein; contains similarity to Pfam domains PF08154 (NLE (NUC135) domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (4)contains similarity to Interpro domains IPR012972 (NLE), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
2C01G10.10C01G10.10n/achrV 15,081,298contains similarity to Pfam domain PF00814 Glycoprotease family contains similarity to Interpro domains IPR009180 (Peptidase M22, O-sialoglycoprotein endopeptidase), IPR000905 (Peptidase M22, glycoprotease)
3smc-4F35G12.8n/achrIII 4,590,281The smc-4 gene encodes a homolog of the SMC4 subunit of mitotic condensin; SMC-4 acts with MIX-1 to enable chromosome segregation.
4C07D8.6C07D8.6n/achrX 7,342,092contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
5ugt-60C07A9.6n/achrIII 9,677,585C. elegans UGT-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
6C55A6.9C55A6.9n/achrV 11,522,512contains similarity to Pfam domain PF03985 Paf1 contains similarity to Interpro domain IPR007133 (RNA polymerase II-associated, Paf1)
7T04A8.6T04A8.6n/achrIII 4,692,695T04A8.6 encodes an ortholog of S. cerevisiae NOP15 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, T04A8.6 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
8F28H6.4F28H6.4n/achrX 14,130,605contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domains IPR006570 (SPK), IPR012287 (Homeodomain-related), IPR009057 (Homeodomain-like)
9mel-46T06A10.1n/achrIV 16,859,204C. elegans MEL-46 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
10B0280.9B0280.9n/achrIII 7,121,829contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR001680 (WD40 repeat), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
11gip-2C45G3.3n/achrI 9,227,490gip-2 encodes a member of the Biotin/lipoate A/B protein ligase family.
12T24A6.17T24A6.17n/achrV 3,564,846
13F17A9.2F17A9.2n/achrV 6,111,285contains similarity to Pfam domains PF04676 (Protein similar to CwfJ C-terminus 2) , PF04677 (Protein similar to CwfJ C-terminus 1) contains similarity to Interpro domains IPR006768 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 1), IPR006767 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 2), IPR011146 (Histidine triad-like motif)
14M03C11.8M03C11.8n/achrIII 10,432,042contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR000330 (SNF2-related), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
15Y32B12B.2Y32B12B.2n/achrV 16,544,097contains similarity to Vitis vinifera Putative uncharacterized protein.; TR:A5AD22
16F55G1.9F55G1.9n/achrIV 7,476,741contains similarity to Pfam domain PF03807 NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent contains similarity to Interpro domains IPR004455 (NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent), IPR000304 (Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
17B0001.5B0001.5n/achrIV 12,142,216contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Gtpase-activating protein activity toward the essential bud-site assembly GTPase Cdc42; SGD:YPL115C
18T28D6.6T28D6.6n/achrIII 11,334,762contains similarity to Pfam domains PF01926 (GTPase of unknown function) , PF02824 (TGS domain) contains similarity to Interpro domains IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR004095 (TGS), IPR006074 (GTP1/OBG, conserved site)
19ZK1098.7ZK1098.7n/achrIII 9,523,311contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpS23-PA;; FLYBASE:CG31842
20T07F8.4T07F8.4n/achrII 7,131,218contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR000949 (ELM2)
21mat-3F10C5.1n/achrIII 478,879mat-3 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is the C. elegans ortholog of CDC23/APC8, a conserved regulatory subunit of the anaphase-promoting complex; mat-3 activity is required for progression through metaphase of oocyte meiosis I, germline proliferation, and vulval development.
22Y47H9C.8Y47H9C.8n/achrI 11,895,073contains similarity to Streptococcus pneumoniae Magnesium transporter, CorA family.; TR:Q97SX8
23npp-11F53F10.5n/achrI 3,819,703C. elegans NPP-11 protein; contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
24C05C8.2C05C8.2n/achrV 7,231,951contains similarity to Interpro domain IPR004087 (K Homology)
25mog-5EEED8.5n/achrII 5,402,615The mog-5 gene encodes a DEAH helicase orthologous to the Drosophila CG8241, the human HRH1, and the S. cerevisiae PRP22 proteins.
26K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
27C03H5.3C03H5.3n/achrII 387,056contains similarity to Interpro domain IPR002408 (Natriuretic peptide, brain type)
28orc-2F59E10.1n/achrII 10,875,816C. elegans ORC-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04084 Origin recognition complex subunit 2 contains similarity to Interpro domain IPR007220 (Origin recognition complex subunit 2)
29C15H11.9C15H11.9n/achrV 14,424,428contains similarity to Pfam domain PF04939 Ribosome biogenesis regulatory protein (RRS1) contains similarity to Interpro domain IPR007023 (Ribosomal biogenesis regulatory protein)
30cyn-11T01B7.4n/achrII 8,715,669cyn-11 encodes a divergent cyclophilin D isoform, with alterations in the normally well-conserved cyclophilin-binding domain, and a central 7-8 residue insert not usually found in cyclophilins, except from plants; CYN-11 has sluggish but detectable peptidyl-prolyl isomerase activity in vitro, suggesting that it has a specialized substrate in vivo; CYN-11 is dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens.
31nst-1K01C8.9n/achrII 8,281,963nst-1 encodes a homolog of human GNL3 (OMIM:608011, nucleostemin) and GNL3L, and of S. cerevisiae NUG1; NST-1 may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, NST-1 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline; nucleostemin is a nucleolar protein found in stem cells that is required in quantitatively correct amounts (neither too little nor too much) for continued cell division and survival by stem cells or transformed cells; NST-1 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth, larval viability, and normal body morphology and pigmentation.
32npp-2T01G9.4n/achrI 8,292,456npp-2 encodes a protein with low similarity to rat nucleoporin Nup75 that affects embryonic viability and has a variety of other defects in RNAi screens including: nuclear morphology, growth, fertility, locomotion, and egg laying; enriched in oocytes.
33lap-1ZK353.6n/achrIII 8,400,522The lap-1 gene encodes a homolog of the zinc metalloprotease leucine aminopeptidase LAP that is predicted to be mitochondrial.
34arx-7M01B12.3n/achrI 3,069,767arx-7 encodes the C. elegans ortholog of the p16Arc subunit of the actin-related protein (Arp)2/3 complex.
35C16C10.2C16C10.2n/achrIII 4,178,135contains similarity to Pfam domain PF03998 Utp11 protein contains similarity to Interpro domain IPR007144 (Small-subunit processome, Utp11)
36F17A9.3F17A9.3n/achrV 6,106,582contains similarity to Pfam domain PF07716 Basic region leucine zipper contains similarity to Interpro domains IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor)
37F10E7.5F10E7.5n/achrII 7,112,410contains similarity to Pfam domain PF00466 Ribosomal protein L10 contains similarity to Interpro domain IPR001790 (Ribosomal protein L10)
38rnf-121C16C10.5n/achrIII 4,169,952C. elegans RNF-121 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
39T16G12.6T16G12.6n/achrIII 10,072,699contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
40K07C5.3K07C5.3n/achrV 10,344,230contains similarity to Pfam domain PF00645 Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region contains similarity to Interpro domain IPR001510 (Zinc finger, PARP-type)
41K01C8.6K01C8.6n/achrII 8,278,000contains similarity to Drosophila pseudoobscura 39S ribosomal protein L10, mitochondrial precursor (L10mt) (MRP-L10).; SW:Q29NV5
42evl-14H38K22.1n/achrIII 4,308,081evl-14 encodes a homolog of the yeast sister cohesion protein Pds5p that functions during both mitosis and meiosis and is implicated in the maintenance of sister chromatid cohesion in late prophase, and affects vulval morphology, meiotic germline development, embryonic and larval viability, fertility, and cell divisions in the germ line as well as in vulval and somatic gonad lineages; some of the defects, such as somatic gonad defects, are due at least partially to cell division defects.
43F52C9.7F52C9.7n/achrIII 5,309,798contains similarity to Interpro domain IPR002226 (Catalase)
44F13H6.5F13H6.5n/achrV 6,373,505contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
45cya-2F59H6.7n/achrII 2,023,091C. elegans CYA-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal)
46ulp-2Y38A8.3n/achrII 4,957,746C. elegans ULP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
47T10E9.2T10E9.2n/achrI 6,543,527
48H01G02.1H01G02.1n/achrIV 11,803,772
49C41H7.3C41H7.3n/achrII 3,006,666contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
50dylt-1F13G3.4n/achrI 7,300,621dylt-1 encodes a putative dynein light chain subunit that inhibits DHC-1 in vivo, but is otherwise dispensable for viability; DYLT-1 is paralogous to DYLT-3, and orthologous to human DYNLT1 and DYNLT3 (OMIM: 300302); dylt-1(RNAi) and dylt-1(ok417) both suppress the lethality of conditional dhc-1 mutations, and dylt-1(RNAi) suppresses dhc-1(or195) spindle length and cytokinesis defects as well, indicating that DYLT-1 negatively regulates dynein; in oocytes and early embryos, DYLT-1 is associated with nuclear envelopes and centrosomes, and with meiotic and mitotic spindle poles; like DHC-1 itself, DYLT-1 is strongly mislocalized to centrosomes in dhc-1(or195) animals shifted to nonpermissive temperature.