UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1fbxb-57F55C9.45e-162chrV 19,289,333This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
2egl-26C23H3.1n/achrII 70,469egl-26 encodes a protein that contains an H-box and an NC domain that is a member of the LRAT (lecithin retinol acyltransferase) subfamily of the NlpC/P60 superfamily of enzymes; egl-26 activity is required for fertility, egg laying, and vulval development, specifically the connection of the uterus to the vulva mediated by proper morphogenesis of vulF, the most dorsal vulval cell; EGL-26 is an apical membrane protein that is expressed in many cells, including vulF, and appears to be expressed near the vulva and uterus only during the L4 larval stage; EGL-26 membrane localization is necessary for its function.
3K08H10.9K08H10.9n/achrV 9,992,294contains similarity to Pfam domain PF04051 Transport protein particle (TRAPP) component, Bet3 contains similarity to Interpro domain IPR007194 (Transport protein particle (TRAPP) component, Bet3)
4T28C6.3T28C6.3n/achrIV 8,820,742contains similarity to Homo sapiens HIV Tat-specific factor 1; ENSEMBL:ENSP00000218364
5F58E1.11F58E1.11n/achrII 1,692,234contains similarity to Interpro domain IPR002034 (Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site)
6F28C6.1F28C6.1n/achrII 8,591,963F28C6.1 encodes an AP-2-like transcription factor that is ~60% identical to that of F28C6.2 which lies immediately adjacent to F28C6.1 on chromosome II; loss of F28C6.1 activity via large-scale RNAi experiments results in embryonic and larval lethality.
7T05D4.2T05D4.2n/achrIII 13,562,369contains similarity to Mus musculus Similar to SPEER 2.; TR:Q80ZP2
8W04A8.5W04A8.5n/achrI 13,850,230This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
9C08B6.8C08B6.8n/achrV 10,138,746contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
10K09F6.5K09F6.5n/achrII 2,272,724contains similarity to Interpro domain IPR000358 (Ribonucleotide reductase)
11fbxb-103F53C3.20.00001chrII 3,907,716This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
12F31D5.6F31D5.6n/achrII 4,211,553This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
13F52D10.2F52D10.2n/achrX 11,590,643contains similarity to Interpro domains IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region)
14C01G6.3C01G6.3n/achrII 9,270,502contains similarity to Pichia etchellsii Hypothetical protein.; TR:Q9HFH3
15ZK112.4ZK112.4n/achrIII 7,729,788
16T11B7.1T11B7.1n/achrIV 8,841,747contains similarity to Mus musculus Girdin (Girders of actin filament) (Coiled-coil domain-containingsprotein 88A) (Akt phosphorylation enhancer) (APE) (Hook-relatedsprotein 1) (HkRP1) (G alpha-interacting vesicle-associated protein)s(GIV).; SW:Q5SNZ0
17F58E1.12F58E1.12n/achrII 1,693,958
18hst-2C34F6.4n/achrX 11,205,546hst-2 encodes the C. elegans ortholog of the heparan sulfate modifying enzyme 2O-sulfotransferase; by homology, HST-2 is predicted to function in heparan sulfate biosynthesis by catalyzing the chain-modifying sulfation of the C2 hydroxyl group of hexuronic acid; during development, hst-2 activity is required for normal body size, cell migration, and nervous system development; an hst-2::gfp reporter fusion is first expressed in embryos, continuing on through adulthood; expression is detected in many tissues, including the pharynx, hypodermis, muscles, vulva, and distal tip cells (DTCs) of the somatic gonad.
19nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
20dct-13Y116A8C.17n/achrIV 17,024,680Y116A8C.17 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; based upon its sequence similarity to other TZF proteins, such as MEX-5 and POS-1, the product of Y116A8C.17 is predicted to function as an RNA-binding protein.
21C14C6.3C14C6.3n/achrV 544,415
22B0285.3B0285.3n/achrIII 4,342,632contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
23Y106G6H.9Y106G6H.9n/achrI 10,455,014This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
24VH15N14R.1VH15N14R.1n/achrI 7,781,895contains similarity to Aspergillus niger Protein kinase C-like (EC 2.7.1.-).; SW:KPC1_ASPNG
25C47G2.4C47G2.4n/achrII 11,292,129contains similarity to Pfam domain PF04791 LMBR1-like membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR006876 (LMBR1-like conserved region)
26dsl-1W09G12.4n/achrIV 1,207,661dsl-1 encodes a secreted protein with a single DSL and EGF domain in series, resembling Delta/LAG-2; DSL-1, with APX-1 and LAG-2, is collectively required for LIN-12/Notch-mediated lateral signalling during postembryonic vulval development; DSL-1, when misexpressed by lag-2 sequences, can rescue the larval-lethal and anchor cell phenotypes of lag-2(q420ts); dsl-1(RNAi) animals have abnormal vulvae in a genetic background sensitized for lateral signalling defects; dsl-1(ok810) mutants, while viable and fertile, have a 4% penetrant defect in lateral signaling, which exceeds 13% with apx-1 and lag-2 RNAi; dsl-1 is strongly transcribed in P6.p cells; SUR-2 regulates dsl-1 along with apx-1 and lag-2; DSL-1 belongs to a nematode-specific family of Delta/LAG-2-like proteins that includes DSL-2, -3, -5, -6, and -7.
27fbxb-119B0462.3n/achrV 18,319,134C. elegans FBXB-119 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
28C02B8.2C02B8.2n/achrX 8,144,673
29str-255C45H4.15n/achrV 2,162,667C. elegans STR-255 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen)
30F39G3.2F39G3.2n/achrV 4,739,477contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
31C33A12.1C33A12.1n/achrIV 9,524,313C33A12.1 encodes the C. elegans ortholog of the NDUFA5/B13 subunit of the mitochondrial NADH dehydrogenase (ubiquinone) complex (complex I).
32F11E6.7F11E6.7n/achrIV 17,459,510contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Flocculin, putative.; TR:A2FIF9
33sdz-1B0303.8n/achrIII 8,699,816C. elegans SDZ-1 protein ;
34C08F1.6C08F1.6n/achrII 1,787,707
35fbxb-105F08D12.8n/achrII 2,770,341This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
36col-105F58F6.2n/achrIV 1,358,519C. elegans COL-105 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
37F37C12.14F37C12.14n/achrIII 7,185,248
38F31F4.17F31F4.17n/achrV 659,395
39C24H12.8C24H12.8n/achrII 422,729This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
40R07C3.7R07C3.7n/achrII 916,765
41K03A11.1K03A11.1n/achrX 13,053,489contains similarity to Interpro domain IPR001130 (Deoxyribonuclease, TatD-related)
42B0281.8B0281.8n/achrII 2,312,169contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
43sdz-9F08D12.100.0002chrII 2,773,000This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
44F45D3.1F45D3.1n/achrV 12,527,844contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Hypothetical 92.4 kDa protein C1685.14C in chromosome II.; TR:O74334
45srw-97ZC204.15n/achrII 1,668,270C. elegans SRW-97 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
46str-228C07G3.5n/achrV 3,511,106C. elegans STR-228 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47M02D8.3M02D8.3n/achrX 8,734,954contains similarity to Dictyostelium discoideum PHD Zn finger-containing protein.; TR:Q1ZXQ2
48sdz-38ZK892.7n/achrII 9,981,301C. elegans SDZ-38 protein; contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
49C49C3.7C49C3.7n/achrIV 17,333,023contains similarity to Homo sapiens Isoform Short of CAP-Gly domain-containing linker protein 1; ENSEMBL:ENSP00000355314
50F36D3.1F36D3.1n/achrV 16,501,082contains similarity to Interpro domain IPR008928 ()