UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ina-1F54G8.30chrIII 9,170,331ina-1 encodes one of two C. elegans alpha integrin subunits; during development, ina-1 activity is required for migration of a number of cell types, including neurons, coelomocyte precursors, and the distal tip cells of the somatic gonad; in addition, ina-1 is required for axon fasciculation and morphogenesis of structures such as the head, pharynx, egg-laying apparatus, and male tail; INA-1 coimmunoprecipitates with the PAT-3 beta integrin subunit suggesting that, in vivo, INA-1 and PAT-3 function as a heterodimer to regulate cell migration and tissue morphogenesis; INA-1 is expressed in many tissues, including neurons, the gonad, and the pharyngeal basement membrane; expression begins during gastrulation and continues through to adulthood.
2R06A10.4R06A10.4n/achrI 1,092,733contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
3T16G1.5T16G1.5n/achrV 12,938,559contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
4nhr-102T06C12.6n/achrV 15,875,252nhr-102 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
5ZK550.2ZK550.2n/achrIV 17,247,626contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
6W04G5.9W04G5.9n/achrI 11,644,012contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
7srw-77W06G6.8n/achrV 16,642,725C. elegans SRW-77 protein ;
8srt-70B0238.6n/achrV 5,258,776C. elegans SRT-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
9F26F2.3F26F2.3n/achrV 20,561,363contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Profilin synthetic lethal protein, has region of coiled-coil structure; subunit of the Exocyst complex--the Exocyst complex contains the gene products encoded by SEC3, SEC5, SEC6, SEC8, SEC10, SEC15 and EXO70 and is required for exocytosis; SGD:YER008C
10str-119C13B7.5n/achrV 2,427,301C. elegans STR-119 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11F17C11.6F17C11.6n/achrV 10,955,512contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein.; TR:Q9ZT77
12ZK1240.5ZK1240.5n/achrII 2,317,121contains similarity to Interpro domain IPR000315 (Zinc finger, B-box)
13srbc-70F30B5.6n/achrIV 4,227,430C. elegans SRBC-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
14F15A4.9F15A4.9n/achrII 12,480,165contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
15K02D7.5K02D7.5n/achrIV 309,359contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domain IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
16F09G8.5F09G8.5n/achrIII 8,256,200contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal), IPR010916 (TonB box, conserved site)
17F47G9.6F47G9.6n/achrV 11,330,067contains similarity to Methanosarcina acetivorans Predicted protein.; TR:Q8TS27
18skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
19T04F3.4T04F3.4n/achrV 11,762,441contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
20srh-38C31B8.11n/achrV 2,921,646C. elegans SRH-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21Y41C4A.9Y41C4A.9n/achrIII 11,714,688contains similarity to Pfam domain PF06862 Protein of unknown function (DUF1253) contains similarity to Interpro domain IPR010678 (Protein of unknown function DUF1253)
22str-190C18B10.7n/achrV 7,477,853C. elegans STR-190 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23C41A3.1C41A3.1n/achrX 5,427,831contains similarity to Pfam domains PF02801 (Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain) (5), PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF08659 (KR domain) (2), PF00501 (AMP-binding enzyme) , PF00668 (Condensation domain) , PF00106 (short chain dehydrogenase) , PF00109 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain) (5), PF00550 (Phosphopantetheine attachment site) (8), PF00698 (Acyl transferase domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR001242 (Condensation domain), IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR013968 (Polyketide synthase, KR), IPR000794 (Beta-ketoacyl synthase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR014031 (Beta-ketoacyl synthase, C-terminal), IPR014043 (Acyl transferase), IPR014030 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal), IPR008262 (Lipase, active site), IPR006162 (Phosphopantetheine attachment site), IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016039 (Thiolase-like), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR001227 (Acyl transferase region)
24F21C10.5F21C10.5n/achrV 9,125,800contains similarity to Xenopus tropicalis H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein.; SW:Q5RJV1
25F56H6.2F56H6.2n/achrI 12,288,243contains similarity to Pfam domain PF03269 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF268 contains similarity to Interpro domain IPR004951 (Protein of unknown function DUF268, Caenorhabditis species)
26str-185R08C7.7n/achrIV 4,428,740C. elegans STR-185 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27mbr-1T01C1.2n/achrX 10,720,732C. elegans MBR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05225 helix-turn-helix, Psq domain contains similarity to Interpro domains IPR011526 (Helix-turn-helix, Psq-like), IPR007889 (Helix-turn-helix, Psq)
28F59B2.13F59B2.13n/achrIII 9,025,413contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
29W03A5.6W03A5.6n/achrIII 5,440,330
30nhr-32K08H2.8n/achrX 13,254,014C. elegans NHR-32 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
31C33C12.9C33C12.9n/achrII 2,188,303contains similarity to Pfam domain PF05175 Methyltransferase small domain contains similarity to Interpro domains IPR007848 (Methyltransferase small), IPR004557 (Putative methylase), IPR002296 (N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site)
32F11D11.4F11D11.4n/achrV 18,762,417contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
33nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
34C17F3.1C17F3.1n/achrI 6,669,389
35C26C6.8C26C6.8n/achrI 7,504,574contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) (3), PF00018 (SH3 domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR011511 (Variant SH3)
36aat-4T13A10.10n/achrIV 6,274,136aat-4 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-4 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-4 does not require this residue for heterodimer formation or, alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
37ZC482.7ZC482.7n/achrIII 12,752,251contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
38nhr-189F47C10.8n/achrV 3,859,413C. elegans NHR-189 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39F27E5.5F27E5.5n/achrII 10,129,961contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
40clec-242Y68A4B.2n/achrV 17,244,604C. elegans CLEC-242 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
41sru-11Y45F10B.6n/achrIV 13,586,085C. elegans SRU-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
42K08B5.2K08B5.2n/achrX 16,552,470
43str-228C07G3.5n/achrV 3,511,106C. elegans STR-228 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44aqp-7M02F4.8n/achrX 3,026,113aqp-7 encodes an aquaglyceroporin whose expression in Xenopus oocytes increases either water or glycerol permeability five- to seven-fold; AQP-7 has no function in mass RNAi assays, perhaps reflecting genetic redundancy with its several paralogs; AQP-7 is expressed in muscle punctae (perhaps focal adhesions).
45sru-29C50C10.2n/achrV 9,812,012C. elegans SRU-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
46H03G16.1H03G16.1n/achrX 15,054,187contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
47sre-37F15A4.3n/achrII 12,466,610C. elegans SRE-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
48T05B4.4T05B4.4n/achrV 4,128,560
49scrm-3C04E12.7n/achrV 3,356,584scrm-3 encodes a putative phospholipid scramblase homologous to human PLSCR1-5, and paralogous to other C. elegans SCRMs (e.g., SCRM-1); SCRM-3 is expressed in neurons, anal depressor muscle, and occasionally in body wall muscle cells; however, in apoptotic germline cells, SCRM-3 is fully dispensable for normally rapid engulfment and largely dispensable for phosphatidylserine exposure; SCRM-3 does not bind WAH-1 in vitro, and scrm-3(tm631) mutants have no obvious phenotype.
50srv-34F13A7.3n/achrV 16,373,569C. elegans SRV-34 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000355 (Chemokine receptor)