UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1sdz-21F54E7.58.000000000000001e-157chrIII 5,655,941C. elegans SDZ-21 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000480 (Glutelin)
2F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
3C09B8.5C09B8.5n/achrX 6,021,639
4lin-8B0454.1n/achrII 3,058,509lin-8 is a class A synthetic multivulva (synMuv) gene that functions redundantly with class B synMuv genes to negatively regulate Ras-mediated signaling during vulval induction.
5C07B5.6C07B5.6n/achrX 9,520,189contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1327.; TR:O25885
6F54C8.4F54C8.4n/achrIII 9,442,492contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
7C05G5.3C05G5.3n/achrX 14,751,355contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Matrix-remodeling-associated protein 7; ENSEMBL:ENSP00000348050
8fbxb-79R07H5.7n/achrIV 11,189,235C. elegans FBXB-79 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
9cnk-1R01H10.8n/achrIII 10,274,812cnk-1 encodes a protein that contains a SAM domain, a PDZ domain, and a PH domain.
10T05G5.4T05G5.4n/achrIII 9,749,322contains similarity to Homo sapiens Trichohyalin; ENSEMBL:ENSP00000290632
11clec-245C31G12.2n/achrV 18,187,150C. elegans CLEC-245 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
12rap-1C27B7.8n/achrIV 8,917,869rap-1 encodes a member of the Ras superfamily of small GTPases; the activated protein interacts with W05B10.4 and T14G10.2 in yeast two-hybrid assays and rap-1 is expressed in some neurons in the head and tail, the rectal epithelial cells, body muscle, hypodermis, and in the somatic cells of the gonad.
13tag-83F46F11.3n/achrI 5,602,718C. elegans TAG-83 protein ; contains similarity to Homo sapiens TNS1 protein; ENSEMBL:ENSP00000308321
14C44C10.5C44C10.5n/achrX 11,691,705contains similarity to Homo sapiens Structural maintenance of chromosomes protein 1A; ENSEMBL:ENSP00000323421
15F37B4.10F37B4.10n/achrV 2,876,718contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
16srw-112K12D9.9n/achrV 3,005,101C. elegans SRW-112 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
17phat-1C46H11.8n/achrI 5,045,010C. elegans PHAT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
18K02D7.2K02D7.2n/achrIV 312,624K02D7.2 encodes an ortholog of human SNAI2/SLUG (OMIM:602150, mutated in Waardenburg syndrome type IID) and Drosophila ESCARGOT; based on its orthology to SNAI2, K02D7.2 is predicted to be a transcriptional inhibitor.
19F54B11.10F54B11.10n/achrX 13,582,322contains similarity to Conus arenatus Conotoxin scaffold VI/VII.; TR:Q9BP99
20D1005.2D1005.2n/achrX 1,460,943contains similarity to Pfam domain PF01704 UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016267 (UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase, subgroup), IPR002618 (UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase)
21dhs-19T11F9.11n/achrV 11,489,664dhs-19 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
22C33D9.6C33D9.6n/achrIV 8,776,771contains similarity to Dictyostelium discoideum Putative uncharacterized protein.; TR:Q54G05
23gst-16F37B1.5n/achrII 13,623,641C. elegans GST-16 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
24ztf-8ZC395.8n/achrIII 5,271,035C. elegans ZTF-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR004355 (Type IV secretion system CagA exotoxin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
25pfd-5R151.9n/achrIII 7,198,447pfd-5 encodes a putative prefoldin 5 subunit, orthologous to human PFDN5 (OMIM:604899), that is required for normal microtubule growth, embryonic and larval viability, fertility, vulval development, and locomotion; PFD-5 is expressed in most, if not all, tissues; pfd-5(RNAi) animals show sterile progeny, larval arrest or lethality, uncoordination, and abnormal body shapes, and pfd-5(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate.
26hpl-1K08H2.6n/achrX 13,246,140hpl-1 encodes one of two C. elegans heterochromatin protein 1 (HP1) homologs; loss of hpl-1 activity alone results in no obvious defects, but animals doubly mutant for hpl-1 and hpl-2 have defects in larval, somatic gonad and germline development; in addition, hpl-1 functions redundantly with hpl-2 and lin-13 in vulval development; rescuing HPL-1::GFP fusion proteins are expressed in nuclei throughout the life cycle, beginning at approximately the 50-cell stage of embryogenesis and continuing through larval and adult stages; expression is observed in most, but not all, cells and is particularly strong in head and tail hypodermal and neuronal nuclei; in nuclei, HPL-1::GFP is seen in foci that do not significantly overlap with those of HPL-2.
27ZK666.1ZK666.1n/achrII 10,471,061contains similarity to Dictyostelium discoideum Hypothetical protein.; TR:Q8T282
28sor-3C04E7.2n/achrX 355,777sor-3 encodes a novel protein that contains an MBT (malignant brain tumor) domain related to the MBT domains found in the Sex comb on midleg (SCM) and Sfmbt Polycomb group proteins; during development, SOR-3 activity is required to specify the correct number of dopaminergic and serotonergic neurons in males, as well as for proper ray neuron axon guidance, distal tip cell migration, and normal body size; SOR-3 activity is necessary for maintaining repression of Hox gene expression, notably that of egl-5 in many head neurons; in regulating neurotransmitter phenotype, sor-3 functions together with sop-2, which also encodes a Polycomb group protein, and members of the TGF-beta signaling pathway; sor-3 and sop-2 also function together to regulate progression through larval development; a SOR-3::GFP reporter fusion is expressed ubiquitously throughout the life cycle and localizes to both the cytoplasm and the nucleus.
29lir-3F37H8.1n/achrII 11,183,865lir-3 encodes a LIN-26-like zinc-finger protein that shares a unique C2H2 motif together with LIR-1, LIR-2 and LIN-26; as loss of lir-3 activity via mutation or RNAi results in no obvious abnormalities, the precise role of lir-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
30nhr-230Y17D7A.1n/achrV 18,849,704C. elegans NHR-230 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
31F40E3.6F40E3.6n/achrI 2,651,225
32sru-47F36D1.3n/achrI 11,290,448C. elegans SRU-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR015964 (Cytochrome C oxidase subunit II-like, transmembrane region), IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
33C06E4.2C06E4.2n/achrIV 7,282,673
34F11A1.2F11A1.2n/achrX 10,658,016
35srh-47T03F7.4n/achrV 11,299,983C. elegans SRH-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
36sru-2C33A12.13n/achrIV 9,486,898C. elegans SRU-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
37T17A3.9T17A3.9n/achrIII 152,890
38ZK678.3ZK678.3n/achrX 15,748,766contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal)
39F01G12.1F01G12.1n/achrX 16,395,930contains similarity to Pfam domain PF04145 Ctr copper transporter family contains similarity to Interpro domain IPR007274 (Ctr copper transporter)
40F31D5.1F31D5.1n/achrII 4,220,835contains similarity to Pfam domain PF05978 Eukaryotic protein of unknown function (DUF895) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR003976 (Potassium channel, two pore-domain, TREK), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
41evl-20F22B5.1n/achrII 8,444,637evl-20 encodes a functional ortholog of human ADP-ribosylation factor-like protein 2 (ARL2; OMIM:601175), with evl-20(ar103) mutants being rescued by transgenic human ARL2 but not ARL1 or ARL3-7; EVL-20 is required for cortical microtubule formation during cytokinesis and morphogenesis; EVL-20 is required for vulval, gonadal, and male tail development, as well as for embryonic mitosis, hypodermal enclosure, and elongation; EVL-20 is expressed in migrating hypodermal embryonic cells, larval vulval and somatic gonad cells, larval and adult neurons, and adult male proctodeal cells, being subcellularly associated with both the cell cortex and astral microtubules.
42glb-12C52A11.2n/achrII 10,730,655glb-12 encodes a globin; glb-12 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; in mass RNAi assays, glb-12 is required for embryonic viability, larval growth, and normal body shape, locomotion, and egg laying.
43cal-3M02B7.6n/achrIV 3,832,350cal-3 encodes a member of the calmodulin family.
44Y56A3A.11Y56A3A.11n/achrIII 11,896,407contains similarity to Pfam domain PF01974 tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006677 (tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like), IPR011856 (Endonuclease TnsA, N-terminal/resolvase Hjc/tRNA endonuclease, C-terminal)
45rfc-2F58F6.4n/achrIV 1,350,136rfc-2 encodes a member of the AAA family that are ATPases associated with DNA replication and has highest similarity to the mouse Replication factor C 40 kDa subunit, and affects embryonic viability, fertility, and locomotion in a large-scale RNAi screen.
46Y54G11A.11Y54G11A.11n/achrII 14,350,230contains similarity to Pfam domain PF05129 Transcription elongation factor Elf1 like contains similarity to Interpro domain IPR007808 (Protein of unknown function DUF701, zinc-binding putative)
47W04A8.1W04A8.1n/achrI 13,837,656W04A8.1 encodes a protein weakly similar to human microcephalin (MCPH1; OMIM:607117, mutated in primary microcephaly); while their primary sequence similarity is very subtle (only being detectable with psi-BLAST on NCBI-nr, using C. briggsae CBG13622 as a query sequence), both W04A8.1 and microcephalin has similar ordering of BRCT domains (one N-terminal, two C-terminal); W04A8.1 has no obvious function in mass RNAi screens.
48B0250.8B0250.8n/achrV 20,465,482contains similarity to Mycoplasma mycoides FtsY protein.; TR:O05289
49R07B1.9R07B1.9n/achrX 9,879,387contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein (At1g15170).; TR:Q8L731
50K04E7.1K04E7.1n/achrX 6,462,585