UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srbc-50F54B8.81e-158chrV 15,824,406C. elegans SRBC-50 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
2Y40B1A.1Y40B1A.1n/achrI 13,346,056contains similarity to Lampropeltis getula nigrita Cytochrome b.; TR:Q953V8
3F49C12.10F49C12.10n/achrIV 9,318,735contains similarity to Pfam domain PF08241 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013216 (Methyltransferase type 11)
4srh-154F20E11.12n/achrV 17,441,133C. elegans SRH-154 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
5ZC196.6ZC196.6n/achrV 8,727,690contains similarity to Mycoplasma genitalium Protein P200.; SW:Q49429
6F19B10.5F19B10.5n/achrII 3,656,709
7F41E7.1F41E7.1n/achrX 10,281,146contains similarity to Pfam domain PF00999 Sodium/hydrogen exchanger family contains similarity to Interpro domains IPR006153 (Sodium/hydrogen exchanger), IPR001680 (WD40 repeat)
8nhr-281F16B12.8n/achrX 14,112,277C. elegans NHR-281 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
9nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
10srh-209ZK262.11n/achrV 18,404,256C. elegans SRH-209 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11T24H10.4T24H10.4n/achrII 9,110,325contains similarity to Pfam domain PF05705 Eukaryotic protein of unknown function (DUF829) contains similarity to Interpro domain IPR008547 (Protein of unknown function DUF829, eukaryotic)
12K04F1.12K04F1.12n/achrV 1,656,168contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
13F08H9.4F08H9.4n/achrV 14,463,959F08H9.4 encodes a heat shock protein (HSP) of the HSP16 class; unlike most HSP16s in C. elegans, it is specifically expressed in a particular tissue (the excretory canal and ventral nerve-cord neurons), and its expression is only mildly induced by heat shock; however, F08H9.4 expression is increased by heat shock, is induced in a new tissue type (intestine) by heat shock, and probably aids heat shock resistance, since F08H9.4(RNAi) animals die as embryos in heat shock at a higher rate than normal; in general, HSP16 proteins are thought to act as passive ligands for unfolded proteins that keep them safe from aggregation until the proteins can be refolded by a large (ATP-consuming) HSP.
14K06A1.1K06A1.1n/achrII 6,455,658K06A1.1 encodes an AP-2-like transcription factor.
15bbs-8T25F10.5n/achrV 6,763,757bbs-8 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is orthologous to the human Bardet-Biedl syndrome protein, BBS8; in C. elegans, bbs-8 activity is required for cilia biogenesis and function; accordingly, bbs-8 mutant animals display odorant chemotaxis defects and exhibit both aberrant motility and abnormal localization of at least two intraflagellar transport (IFT) protein markers; a BBS-8::GFP translational fusion is expressed exclusively in ciliated head and tail neurons, where it localizes predominantly to the base of cilia, known as the ciliary transition zone; BBS-8::GFP is also observed moving bidirectionally (anterograde and retrograde) along the ciliary axoneme; DNA sequences upstream of bbs-8 contain X box DNA binding sites, suggesting that bbs-8 expression may be regulated by the DAF-19 RFX-type transcription factor.
16gpa-9F56H9.4n/achrV 12,648,055gpa-9 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ASJ, PHB, PVQ, pharyngeal muscle, and the spermatheca.
17F54B8.4F54B8.4n/achrV 15,816,808The F54B8.4 gene encodes a homolog of Death Associated Protein 1 (DAP-1) protein that may be involved in apoptosis.
18F45F2.6F45F2.6n/achrV 8,527,305contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
19osm-1T27B1.1n/achrX 16,546,188osm-1 encodes a WD- and WAA-repeat containing protein that is the C. elegans ortholog of intraflagellar transport (IFT) complex B component IFT172; OSM-1 is a presumptive cargo molecule for kinesin-II, and OSM-1 is required, along with OSM-6, for the proper assembly of the middle segments of sensory cilia; osm-1 may act in a pathway with avr-14 to affect resistance to ivermectin-induced cessation of pumping, and mutants are defective in avoidance of solutions of high osmotic strength; an OSM-1::GFP fusion protein is expressed in amphid and phasmid chemosensory neurons where it undergoes both anterograde and retrograde intraflagellar transport.
20T21B10.3T21B10.3n/achrII 8,936,627contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000076919
21adt-1C02B4.1n/achrX 12,683,974The adt-1 gene encodes a metalloproteinase with disintegrin-like and metalloproteinase with thrombospondin type I motifs (ADAMTS) that is required for male tail morphogenesis.
22M01H9.2M01H9.2n/achrIV 4,461,106contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR002350 (Proteinase inhibitor I1, Kazal), IPR001368 (TNFR/CD27/30/40/95 cysteine-rich region), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
23fmo-2K08C7.5n/achrIV 10,683,426fmo-2 encodes a flavin-containing monoxygenase homologous to human FMO1, FMO2, and FMO3 (OMIM:602079, mutated in trimethylaminuria).
24cpx-2K03A11.2n/achrX 13,067,761C. elegans CPX-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF05835 Synaphin protein contains similarity to Interpro domain IPR008849 (Synaphin)
25T25D1.1T25D1.1n/achrX 16,520,133
26F33D11.8F33D11.8n/achrI 5,854,677
27rgs-1C05B5.7n/achrIII 10,015,270rgs-1 encodes a regulator of G protein signaling; by homology, RGS-1 is predicted to function as a GTPase-activating protein for heterotrimeric G-protein alpha-subunits, and in vitro RGS-1 can stimulate the GTPase activity of purified GOA-1; in vivo, rgs-1 appears to function redundantly with rgs-2 to regulate egg-laying behavior when animals are refed following starvation; rgs-1 is expressed in most or all neurons.
28F47F2.3F47F2.3n/achrX 3,894,817contains similarity to Interpro domain IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
29ZC412.1ZC412.1n/achrV 14,855,683contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
30C15B12.3C15B12.3n/achrX 6,467,380
31Y62H9A.14Y62H9A.14n/achrX 11,922,107contains similarity to Interpro domain IPR009010 (Aspartate decarboxylase-like fold)
32nhr-115T27B7.4n/achrV 2,293,666nhr-115 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
33T10C6.2T10C6.2n/achrV 16,013,354contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34pqn-16C24B5.5n/achrV 9,174,643The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
35C03C10.7C03C10.7n/achrIII 4,096,446contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Profilin synthetic lethal protein, has region of coiled-coil structure; subunit of the Exocyst complex--the Exocyst complex contains the gene products encoded by SEC3, SEC5, SEC6, SEC8, SEC10, SEC15 and EXO70 and is required for exocytosis; SGD:YER008C
36ceh-17D1007.1n/achrI 4,569,495ceh-17 encodes a phox-2-like homeodomain protein that is a member of the Q50 paired-like class of homeobox proteins and the vertebrate orthologue of Phox2a and Phox2b; that affects ALA and SIA axonal development; ceh-17 affects ALA and SIA antero-posterior axonal growth and navigation, and is expressed in five neurons of the ring ganglia (ALA and the 4 SIAs) with strongest expression in embryos and in L1 stage larvae.
37F37C12.1F37C12.1n/achrIII 7,186,028contains similarity to Pfam domain PF04502 Family of unknown function (DUF572) contains similarity to Interpro domain IPR007590 (Protein of unknown function DUF572)
38C10E2.2C10E2.2n/achrX 16,746,897This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
39E03H4.5E03H4.5n/achrI 12,414,766contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
40ceh-30C33D12.7n/achrX 3,064,554ceh-30 encodes a homeodomain protein most similar to Drosophila and mammalian BarH1 (OMIM:605211) which function in neuronal cell fate determination; the precise biological role of CEH-30 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
41F45F2.1F45F2.1n/achrV 8,538,519contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
42srg-32T21C9.7n/achrV 10,587,952C. elegans SRG-32 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
43T09F5.2T09F5.2n/achrV 15,151,275contains similarity to Saccharomyces cerevisiae cell wall mannoprotein; SGD:YOR009W
44F23B2.7F23B2.7n/achrIV 9,151,248contains similarity to Homo sapiens similar to Cylicin I (Multiple-band polypeptide I); ENSEMBL:ENSP00000331556
45gst-11R11G1.3n/achrX 3,633,139C. elegans GST-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR003080 (Glutathione S-transferase, alpha class), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
46C08F11.2C08F11.2n/achrIV 13,622,516contains similarity to Methanobacterium thermoautotrophicum Hypothetical protein MTH421.; SW:Y421_METTH
47twk-7F22B7.7n/achrIII 8,638,816C. elegans TWK-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
48F45E6.3F45E6.3n/achrX 12,488,021contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
49Y38H6C.9Y38H6C.9n/achrV 20,516,299contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
50cyld-1F40F12.5n/achrIII 9,904,526F40F12.5 encodes an ortholog of human CYLD1 (OMIM:605018, mutated in cylindromatosis); CYLD1 binds several members of the NF-kappaB signalling pathway, and can deubiquitinate target proteins.