UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F53H8.3F53H8.30chrX 940,562contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
2C47E12.7C47E12.7n/achrIV 9,981,472contains similarity to Pfam domain PF05997 Nucleolar protein,Nop52 contains similarity to Interpro domain IPR010301 (Nucleolar, Nop52)
3C01F1.5C01F1.5n/achrII 4,280,801contains similarity to Interpro domain IPR001506 (Peptidase M12A, astacin)
4F36G3.2F36G3.2n/achrX 9,793,271contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
5C17E4.9C17E4.9n/achrI 9,432,529contains similarity to Pfam domain PF00287 Sodium / potassium ATPase beta chain contains similarity to Interpro domain IPR000402 (ATPase, P-type cation exchange, beta subunit)
6F17A2.4F17A2.4n/achrX 12,311,694contains similarity to Naja philippinensis;Naja samarensis;Naja sputatrix Short neurotoxin 1 (NTX I).; SW:NXS1_NAJPH
7T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
8R05H10.2R05H10.2n/achrII 14,861,825contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR004838 (Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
9clec-17E03H4.10n/achrI 12,430,738C. elegans CLEC-17 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
10vha-2R10E11.2n/achrIII 9,782,355vha-2 and vha-3 encode an ortholog of subunit c of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); the protein encoded by vha-2 and vha-3 (VHA-2/3) is identical; VHA-2/3 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component, whose polypeptide sequence is identical to that of VHA-3; VHA-1 and VHA-2/3 comprise a closely related family of subunit c co-orthologs, predicted to carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export; VHA-2/3 is dispensable for viability, since vha-2/3(RNAi) animals have mostly healthy progeny; however, VHA-2 is required for ovulation and embryogenesis, since vha-2(RNAi) animals are sterile with polyploid, unmatured oocytes; VHA-2, along with VHA-15 and probably all V-ATPase subunits, is required for systemic RNAi, probably during endocytotic RNAi uptake; VHA-2 is required for necrosis, since vha-2(RNAi) suppresses necrotic neurodegeneration; vha-2 shares an operon with vha-1 and R10E11.6; both vha-2 and vha-1 are expressed in the excretory cell, the rectum, and a pair of cells posterior to the anus.
11his-39F45F2.2n/achrV 8,536,492his-39 encodes an H2B histone; by homology, HIS-39 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; loss of his-39 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities; his-39 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS2 cluster on chromosome V.
12M02G9.1M02G9.1n/achrII 10,330,867contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat contains similarity to Interpro domains IPR003341 (Cysteine rich repeat, tripleX), IPR015333 (Pollen allergen ole e 6)
13E03H4.8E03H4.8n/achrI 12,425,649contains similarity to Pfam domain PF04053 Coatomer WD associated region contains similarity to Interpro domains IPR006692 (Coatomer, WD associated region), IPR011046 (WD40 repeat-like)
14aat-2F07C3.7n/achrV 9,245,360aat-2 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; when co-expressed in Xenopus oocytes with a glycoprotein subunit, however, AAT-2 is not able to induce amino acid uptake.
15C34F6.8C34F6.8n/achrX 11,216,944contains similarity to Pfam domain PF00180 Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR004790 (Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, eukaryotic), IPR001804 (Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase)
16ugt-16ZC443.6n/achrV 12,826,207C. elegans UGT-16 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
17B0303.2B0303.2n/achrIII 8,685,551contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
18ers-3T07A9.2n/achrIV 389,575ers-3 encodes a a glutamine (E)/glutaminyl (Q) tRNA synthetase.
19C44B7.11C44B7.11n/achrII 6,895,805contains similarity to Pfam domain PF04389 Peptidase family M28 contains similarity to Interpro domain IPR007484 (Peptidase M28)
20F36A2.3F36A2.3n/achrI 8,800,214contains similarity to Pfam domain PF02615 Malate/L-lactate dehydrogenase contains similarity to Interpro domain IPR003767 (Malate/L-lactate dehydrogenase)
21F59F5.2F59F5.2n/achrX 10,534,095contains similarity to Cryptosporidium parvum Exonuclease ii, possible.; TR:Q7YYI5
22F07A5.3F07A5.3n/achrI 7,355,830contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
23F43E2.9F43E2.9n/achrII 7,359,080
24rpb-2C26E6.4n/achrIII 4,941,947C. elegans RPB-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF04566 (RNA polymerase Rpb2, domain 4) , PF04561 (RNA polymerase Rpb2, domain 2) , PF04567 (RNA polymerase Rpb2, domain 5) , PF04565 (RNA polymerase Rpb2, domain 3) , PF00562 (RNA polymerase Rpb2, domain 6) , PF04560 (RNA polymerase Rpb2, domain 7) , PF04563 (RNA polymerase beta subunit) contains similarity to Interpro domains IPR007120 (DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6), IPR007641 (RNA polymerase Rpb2, domain 7), IPR007644 (RNA polymerase, beta subunit, protrusion), IPR015712 (DNA-directed RNA polymerase, subunit 2), IPR007645 (RNA polymerase Rpb2, domain 3), IPR007642 (RNA polymerase Rpb2, domain 2), IPR014724 (RNA polymerase Rpb2, OB-fold), IPR007646 (RNA polymerase Rpb2, domain 4), IPR007647 (RNA polymerase Rpb2, domain 5), IPR007121 (RNA polymerase, beta subunit, conserved site)
25prx-12F08B12.2n/achrX 11,393,885C. elegans PRX-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF04757 Pex2 / Pex12 amino terminal region contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR017375 (Peroxisome assembly, p12), IPR006845 (Pex, N-terminal)
26T20B12.3T20B12.3n/achrIII 7,382,935contains similarity to Pfam domain PF03914 CBF/Mak21 family contains similarity to Interpro domain IPR005612 (CBF)
27nhr-205R04B5.3n/achrV 10,080,904C. elegans NHR-205 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
28W02B12.11W02B12.11n/achrII 11,474,835contains similarity to Pfam domain PF02709 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR003859 (Metazoa galactosyltransferase)
29W04C9.4W04C9.4n/achrI 462,326
30K05C4.5K05C4.5n/achrI 14,745,264contains similarity to Interpro domains IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR011044 (Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like)
31F08G2.7F08G2.7n/achrII 13,838,597contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Suppresor of mar1-1 (sir2) mutation; SGD:YDR310C
32C01A2.3C01A2.3n/achrI 13,389,622contains similarity to Pfam domain PF02096 60Kd inner membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR001708 (60 kDa inner membrane insertion protein)
33dpyd-1C25F6.3n/achrX 5,470,240The C25F6.3 gene encodes an ortholog of the human gene DIHYDROPYRIMIDINE DEHYDROGENASE (DPYD), which when mutated leads to thymine-uraciluria (OMIM:274270).
34gex-2F56A11.1n/achrIV 578,227The gex-2 gene encodes a homolog of p140/Sra-1, a mammalian protein ligand of the small GTPase Rac1; gex-2 is required for tissue morphogenesis and cell migrations.
35Y48A6C.4Y48A6C.4n/achrIII 11,121,345Y48A6C.4 encodes an ortholog of S. cerevisiae IPI1 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, Y48A6C.4 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
36F20G2.1F20G2.1n/achrV 13,752,929contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
37C36B7.6C36B7.6n/achrX 7,098,999contains similarity to Pfam domain PF05602 Cleft lip and palate transmembrane protein 1 (CLPTM1) contains similarity to Interpro domain IPR008429 (Cleft lip and palate transmembrane 1)
38K04A8.10K04A8.10n/achrV 6,569,901contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
39pqn-74W02A2.3n/achrIV 13,330,430pqn-74 encodes a protein with two chitin-binding peritrophin-A domains, separated by a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain; like CEJ-1 and CPG-2, PQN-74 might participate in eggshell synthesis and early embryonic development, and PQN-74's peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
40D2013.6D2013.6n/achrII 9,330,348contains similarity to Pfam domain PF02893 GRAM domain contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR004182 (GRAM)
41Y45G12C.1Y45G12C.1n/achrV 2,567,280contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
42gly-13B0416.6n/achrX 9,295,081gly-13 encodes an experimentally verified UDP-N-acetylglucosamine alpha-3-D-mannoside beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase I (GnT I), that is the primary GnT I enzyme in vivo, and that can act on unusual substrates; gly-13 is expressed throughout development in many cell types; gly-13 has no obvious function in vivo, since a deletion allele of gly-13 is phenotypically normal even as a double or triple mutant with gly-12 and gly-14.
43rap-3C08F8.7n/achrIV 11,177,654C. elegans RAP-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR006688 (ADP-ribosylation factor), IPR013753 (Ras), IPR006689 (ARF/SAR superfamily)
44D2005.1D2005.1n/achrI 7,785,055contains similarity to Pfam domain PF02137 Adenosine-deaminase (editase) domain contains similarity to Interpro domain IPR002466 (Adenosine deaminase/editase)
45K10D11.6K10D11.6n/achrIV 12,988,061contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
46glit-1F55D10.3n/achrX 4,713,649C. elegans GLIT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
47C45B2.6C45B2.6n/achrX 6,055,182contains similarity to Pfam domains PF01734 (Patatin-like phospholipase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (3)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR002641 (Patatin), IPR002110 (Ankyrin)
48F42A10.5F42A10.5n/achrIII 6,172,231contains similarity to Interpro domain IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type)
49F25G6.2F25G6.2n/achrV 8,576,005contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Symplekin; ENSEMBL:ENSP00000245934
50his-41C50F4.5n/achrV 9,546,148his-41 encodes an H2B histone.