UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srd-11F53F4.90chrV 13,618,750C. elegans SRD-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
2C32D5.11C32D5.11n/achrII 6,354,177contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
3srn-1K12B6.5n/achrV 6,285,660C. elegans SRN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4C26B2.7C26B2.7n/achrIV 8,016,527
5rpt-5F56H1.4n/achrI 5,742,805rpt-5 encodes a triple A ATPase subunit of the 26S proteasome's 19S regulatory particle (RP) base subcomplex; RPT-5 is required for embryonic, larval, and germline development and by homology, is predicted to function in unfolding protein substrates and translocating them into the core proteolytic particle (CP) of the proteasome.
6col-168T10E10.1n/achrX 6,326,741C. elegans COL-168 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
7B0507.7B0507.7n/achrV 8,757,284contains similarity to Pfam domains PF04960 (Glutaminase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR015868 (Glutaminase, core), IPR007043 (Glutaminase), IPR012338 (Beta-lactamase-type transpeptidase fold), IPR002110 (Ankyrin)
8nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
9nuc-1C07B5.5n/achrX 9,541,102The nuc-1 gene encodes a DNase II homolog similar to mammalian and Drosophila DNaseII enzymes and is required for DNA degradation during apoptosis as well as for degradation of dietary DNA during normal feeding; during apoptosis, NUC-1 functions in apoptotic cells at an intermediate stage of DNA degradation, after the killing step, but prior to cell-corpse engulfment.
10D1022.5D1022.5n/achrII 7,458,058
11nhr-218T13F3.2n/achrV 16,259,537C. elegans NHR-218 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
12ers-1Y41E3.4n/achrIV 15,010,805ers-1 encodes a glutaminyl (Q) tRNA synthetase that affects growth and embryonic and larval viability in large-scale RNAi screens; it is predicted to be mitochondrial.
13rrt-2C29H12.1n/achrII 6,126,706C. elegans RRT-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF05746 (DALR anticodon binding domain) , PF00750 (tRNA synthetases class I (R)) contains similarity to Interpro domains IPR015945 (Arginyl-tRNA synthetase, class Ic, core), IPR008909 (DALR anticodon binding), IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site), IPR009080 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding), IPR001278 (Arginyl-tRNA synthetase, class Ic), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
14T14G10.7T14G10.7n/achrIV 10,148,080contains similarity to Bos taurus GPI transamidase component PIG-S (Phosphatidylinositol-glycansbiosynthesis class S protein).; SW:Q3SZL5
15T12D8.4T12D8.4n/achrIII 13,628,781contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
16Y57G11A.5Y57G11A.5n/achrIV 14,512,160contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
17srx-51T10H4.9n/achrV 15,282,706C. elegans SRX-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18sri-16F15H9.4n/achrI 12,149,485C. elegans SRI-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
19F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
20nlp-24F35B12.7n/achrV 11,616,534C. elegans NLP-24 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000817 (Prion protein)
21F57A8.7F57A8.7n/achrV 10,076,747contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
22lim-6K03E6.1n/achrX 1,076,785lim-6 encodes a LIM class homeodomain protein that contains two Zinc-finger-like LIM domains N-terminal to a predicted DNA-binding homeodomain; LIM-6 is predicted to function as a transcription factor whose activity is required for regulating uterine morphogenesis and specific aspects of terminal neuronal differentiation, including normal axonal morphology, full expression of UNC-25/glutamic acid decarboxylase in select GABAergic neurons, and repression of sensory receptor gene expression in the ASEL chemosensory neuron; LIM-6 is expressed in a group of nine chemosensory-, inter-, and motorneurons, uterine toroid cells, spermathecal junction cells, and the binucleate excretory gland cell.
23cup-2F25D7.1n/achrI 10,399,657The primary phenotype of cup-2 animals is an accumulation of secreted GFP in the pseudocoelom, suggesting a decrease in, or the absence of, endocytosis in coelomocytes.
24mut-7ZK1098.8n/achrIII 9,540,593mut-7 encodes a homolog of RnaseD that represses transposition of Tc1, Tc3, Tc4, and Tc5, perhaps by degrading transposon-specific messages; also affects sperm development, sensitivity to RNAi of mainly germline expressed genes, silencing of some germline transgenes, X chromosome loss, and is required for cosuppression (functional silencing of chromosomal loci induced by transgenes) and for silencing induced by antisense RNA oligomers; cellular fractionation experiments indicate that MUT-7 is expressed in adult worms, and resides in a complex in both the cytosol and nucleus; in the cytosolic complex, MUT-7 interacts with RDE-2, a novel protein also required for RNA interference.
25bath-27F14D2.1n/achrII 3,360,782C. elegans BATH-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
26cdk-5T27E9.3n/achrIII 13,465,418cdk-5 encodes a putative homolog of cyclin dependent kinase 5 that affects pronuclear migration and rotation in one-cell embryos and may affect neuronal development; expressed in neurons.
27F21F8.2F21F8.2n/achrV 8,275,167contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
28T23C6.3T23C6.3n/achrX 17,137,111
29scl-27ZK6.3n/achrV 400,930C. elegans SCL-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
30haf-2F43E2.4n/achrII 7,354,944haf-2 encodes a predicted transmembrane protein of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; by homology, HAF-2 is proposed to function in ATP-dependent transport of molecules across plasma and intracellular membranes; however, as loss of HAF-2 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of HAF-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
31C07G1.2C07G1.2n/achrIV 8,208,755contains similarity to Pfam domains PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) , PF00051 (Kringle domain) , PF00024 (PAN domain) contains similarity to Interpro domains IPR001190 (Speract/scavenger receptor), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR000001 (), IPR013806 (Kringle-like fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR017448 (Speract/scavenger receptor related)
32W05G11.4W05G11.4n/achrIII 37,457contains similarity to Pfam domain PF00648 Calpain family cysteine protease contains similarity to Interpro domain IPR001300 (Peptidase C2, calpain)
33F46B6.4F46B6.4n/achrV 9,778,673contains similarity to Pfam domain PF01926 GTPase of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR016496 (GTP-binding protein, HflX), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR006073 (GTP1/OBG)
34F14B8.4F14B8.4n/achrX 6,899,276
35srv-33T13A10.13n/achrIV 6,283,633C. elegans SRV-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
36F02E9.7F02E9.7n/achrI 8,414,687contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domain IPR004843 (Metallophosphoesterase)
37F10G2.4F10G2.4n/achrV 7,327,473
38C44C10.3C44C10.3n/achrX 11,703,337contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
39R09E12.6R09E12.6n/achrV 767,566contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
40B0361.7B0361.7n/achrIII 7,284,829contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
41T02G5.12T02G5.12n/achrII 7,097,415contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
42flp-22F39H2.1n/achrI 8,659,426C. elegans FLP-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01581 FMRFamide related peptide family contains similarity to Interpro domain IPR001651 (Gastrin/cholecystokinin peptide hormone)
43K03B4.1K03B4.1n/achrV 4,690,455
44C47D12.2C47D12.2n/achrII 11,677,666C47D12.2 encodes an ortholog of human FLJ20071/FLJ90130 (dymeclin, OMIM:607461, mutated in Dyggve-Melchior-Clausen dysplasia and Smith-McCort dysplasia), which has no obvious function in mass RNAi assays
45ZC410.3ZC410.3n/achrIV 9,077,529contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
46C50C3.1C50C3.1n/achrIII 8,192,662contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
47C03H5.5C03H5.5n/achrII 383,812contains similarity to Xenopus laevis Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E-interactingsprotein (Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-sinteracting protein).; SW:Q8AVJ0
48sec-5T23G7.4n/achrII 9,175,083The sec-5 gene encodes an ortholog of SEC5 in S. cerevisiae, a component of the exocyst complex required genetically for endocytosis and for normal cellular morphology in the intestine.
49C25D7.8C25D7.8n/achrV 15,066,857contains similarity to Interpro domains IPR003323 (Ovarian tumour, otubain), IPR016615 (Ubiquitin thioesterase Otubain)
50Y102A5C.2Y102A5C.2n/achrV 16,919,147contains similarity to Saccharomyces cerevisiae anti-silencing protein that causes depression of silent loci when overexpressed; SGD:YJL115W