UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F53B7.3F53B7.34e-118chrV 11,000,154contains similarity to Pfam domain PF06246 Isy1-like splicing family contains similarity to Interpro domain IPR009360 (Isy1-like splicing)
2nhr-59T27B7.1n/achrV 2,277,137C. elegans NHR-59 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
4nhr-258C26B2.4n/achrIV 8,045,986C. elegans NHR-258 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5T08E11.5T08E11.5n/achrII 1,822,035
6C27A12.6C27A12.6n/achrI 6,054,583contains similarity to Pfam domain PF01485 IBR domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
7R11A5.3R11A5.3n/achrI 7,863,191contains similarity to Mycobacterium tuberculosis DNA-binding protein HU homolog (Histone-like protein) (Hlp) (21-kDaslaminin-2-binding protein).; SW:DBH_MYCTU
8F39F10.3F39F10.3n/achrX 16,892,426contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
9C32B5.10C32B5.10n/achrII 947,356
10fbxb-78E04A4.1n/achrIV 4,738,137This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
11C04H5.1C04H5.1n/achrII 14,534,610contains similarity to Pfam domain PF03966 Trm112p-like protein contains similarity to Interpro domain IPR005651 (Protein of unknown function DUF343)
12VH15N14R.1VH15N14R.1n/achrI 7,781,895contains similarity to Aspergillus niger Protein kinase C-like (EC 2.7.1.-).; SW:KPC1_ASPNG
13T23G11.4T23G11.4n/achrI 7,694,776contains similarity to Pfam domain PF07052 Hepatocellular carcinoma-associated antigen 59 contains similarity to Interpro domain IPR010756 (Hepatocellular carcinoma-associated antigen 59)
14T11B7.1T11B7.1n/achrIV 8,841,747contains similarity to Mus musculus Girdin (Girders of actin filament) (Coiled-coil domain-containingsprotein 88A) (Akt phosphorylation enhancer) (APE) (Hook-relatedsprotein 1) (HkRP1) (G alpha-interacting vesicle-associated protein)s(GIV).; SW:Q5SNZ0
15uba-2W02A11.4n/achrI 12,745,085uba-2 encodes the C. elegans ortholog of Saccharomyces cerevisiae Uba2p and human ubiquitin-like 2 activating enzyme E1B; by homology, UBA-2 is predicted to form, with a regulatory subunit, AOS-1, a heterodimeric enzyme that activates the ubiquitin-like protein SMO-1/SUMO in preparation for its covalent attachment to target proteins to regulate their subcellular localization and/or stability; in C. elegans, UBA-2 is required for embryogenesis and vulval development, as well as for proper Hox gene regulation; uba-2/aos-1(RNAi) animals that survive embryogenesis show ectopic expression of EGL-5 and ectopic anterior sensory ray formation.
16exos-1Y48A6B.5n/achrIII 11,009,701C. elegans EXOS-1 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Csl4-PA;; FLYBASE:CG6249
17C43H8.2C43H8.2n/achrI 10,623,645contains similarity to Pfam domain PF09174 Maf1 regulator contains similarity to Interpro domains IPR017152 (RNA polymerase III transcriptional repressor, MAF1), IPR015257 (Maf1 regulator)
18hda-3R06C1.1n/achrI 11,915,408hda-3 encodes a member of the histone deacetylase family most similar to human histone deacetylase 1 (HD1) that affects radiation sensitivity.
19C25G6.1C25G6.1n/achrX 1,271,143contains similarity to Pfam domain PF03803 Scramblase contains similarity to Interpro domain IPR005552 (Scramblase)
20agt-2F09E5.13n/achrII 5,372,696agt-2 encodes a paralog of the DNA repair enzyme O6-Alkylguanine DNA-alkyltransferase (AGT); AGT-2 has AGT biochemical activity and is expressed at all developmental stages.
21lsm-4F32A5.7n/achrII 7,252,636C. elegans LSM-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01423 LSM domain contains similarity to Interpro domains IPR001163 (Like-Sm ribonucleoprotein, core), IPR006649 (Like-Sm ribonucleoprotein, eukaryotic and archaea-type, core), IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
22B0281.8B0281.8n/achrII 2,312,169contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
23Y106G6H.15Y106G6H.15n/achrI 10,473,965contains similarity to Pfam domain PF07160 Protein of unknown function (DUF1395) contains similarity to Interpro domain IPR009829 (Protein of unknown function DUF1395)
24srbc-7C18B10.4n/achrV 7,486,852C. elegans SRBC-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
25F21D5.6F21D5.6n/achrIV 8,740,745contains similarity to Xenopus laevis Ribonuclease H2 subunit B (RNase H2 subunit B) (Ribonuclease HIssubunit B).; SW:Q5HZP1
26ZK1248.11ZK1248.11n/achrII 5,828,127contains similarity to Xenopus laevis E3 SUMO-protein ligase NSE2 (EC 6.-.-.-) (Non-structural maintenancesof chromosomes element 2 homolog) (Non-SMC element 2 homolog).; SW:Q7ZXH2
27C55C3.5C55C3.5n/achrIV 5,699,611contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
28dro-1F53A2.5n/achrIII 13,342,882C. elegans DRO-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00808 (Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone) , PF00125 (Core histone H2A/H2B/H3/H4) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
29R05F9.9R05F9.9n/achrII 4,900,966
30srbc-61F08E10.2n/achrV 17,477,416C. elegans SRBC-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
31F10G2.2F10G2.2n/achrV 7,331,479
32cic-1H14E04.5n/achrIII 2,397,836C. elegans CIC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
33srab-2C04F5.5n/achrV 5,104,023C. elegans SRAB-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
34C37C3.1C37C3.1n/achrV 7,858,917contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domains IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464), IPR005448 (Voltage-dependent calcium channel, P/Q-type, alpha-1 subunit)
35F10D11.2F10D11.2n/achrI 8,437,292contains similarity to Bacillus thuringiensis Pesticidial crystal protein cry8Ca (Insecticidal delta-endotoxinsCryVIIIC(a)) (Crystaline entomocidal protoxin) (130 kDa crystalsprotein).; SW:C8CA_BACTP
36sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
37mau-2C09H6.3n/achrI 8,127,936mau-2 encodes an ortholog of budding yeast Scc4p, Drosophila CG4203, and human KIAA0892; MAU-2 is required (with PQN-85 and SCC-3) for normal mitotic chromosome segregation, and for cellular (e.g., neuronal) or axonal migration; MAU-2 is required for migration both embryonically and postembryonically, along both dorsoventral and longitudinal body axes; MAU-2 guides the axonal projection of AVM (and probably other neurons) by some cell-autonomous mechanism independent of SLT-1; MAU-2 is also required for normal larval development, locomotion, excretory canals and osmoregulation, phasmid morphology, and egg-laying; the primary sequences of MAU-2 and its Scc4-like orthologs are composed of tetratricopeptide repeats, and are highly divergent between yeast and metazoa; MAU-2 is expressed ubiquitously in embryos during late gastrulation, subsequently becoming restricted to neurons; mau-2 transcripts are abundant in oocytes, and maternal transcripts alone can support normal MAU-2 protein synthesis through the L3 larval stage (but not in L4 larvae or adults); MAU-2's N-terminal 371 residues of MAU-2 are its most conserved domain, and are sufficient to transgenically rescue mau-2 mutants; despite its behavioral phenotype, MAU-2 is thought to act early in development, since the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants is maternal; while the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants can be rescued either maternally or zygotically, the egg-laying phenotype of mau-2 mutants is purely zygotic; partially penetrant mau-2 dye-filling phenotypes occur on one side of the body, suggesting that MAU-2 acts on a whole side of an embryo at a time; while mau-2(RNAi) has no obvious early embryonic phenotype, joint mau-2/scc-3(RNAi) grossly deranges chromosomal segregation in early embryos, and mau-2(RNAi) enhances the lagging of anaphase chromosomes induced by pqn-85(RNAi).
38R52.6R52.6n/achrII 2,112,662contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domains IPR003326 (Protein of unknown function DUF130), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
39lin-46R186.4n/achrV 12,969,772lin-46 encodes one of two C. elegans paralogs of bacterial MoeA proteins and mammalian gephyrins (E domain, only); LIN-46 is predicted to function as a scaffolding protein for a developmental timing complex, and may also play a role in molybdenum cofactor biosynthesis; identified in screens for suppressors of precocious heterochronic mutations in lin-14 and lin-28, lin-46 is required for stage-specific developmental events at the third larval and adult stages of development; as a component of the heterochronic pathway, lin-46 appears to act immediately downstream of lin-28, which encodes a predicted RNA binding protein required for cell fate specification at the L2 stage; a LIN-46:GFP fusion protein is detected in the cytoplasm and non-nucleolar part of the nucleus of ventral and lateral hypodermal cells around the time of the larval molts; in addition, the LIN-46 fusion protein is detected in cell bodies and axons of the AVBL/R motor interneurons.
40ceh-49F17A9.6n/achrV 6,119,282ceh-49 encodes a divergent ONECUT class CUT homeobox protein with a single N-terminal cut domain; CEH-49 has an atypical tyrosine residue at position 48 of its homeodomain rather than a phenylalanine or tryptophan residue; the cut domain may be a compact DNA-binding domain composed of alpha helices; phylogenetically, CEH-49 is (somewhat distantly) affiliated with CEH-48, Drosophila ONECUT, and mammalian HNF6 proteins; CEH-49 has no obvious function in mass RNAi assays.
41fbxa-43T20H9.2n/achrIII 2,258,234C. elegans FBXA-43 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
42D2030.3D2030.3n/achrI 7,579,667contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
43F29A7.6F29A7.6n/achrII 2,752,187contains similarity to Mus musculus M-phase phosphoprotein 6.; SW:Q9D1Q1
44F44F4.9F44F4.9n/achrII 10,915,378contains similarity to Toxoplasma gondii Membrane skeletal protein IMC1.; TR:Q962H9
45M01E11.1M01E11.1n/achrI 5,582,772contains similarity to Pfam domain PF04140 Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase (ICMT) family contains similarity to Interpro domain IPR007269 (Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase)
46atg-10D2085.2n/achrII 8,659,384C. elegans ATG-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF03987 Autophagocytosis associated protein, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR007135 (Autophagocytosis associated protein, C-terminal)
47T19H5.2T19H5.2n/achrII 9,475,595contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001176 (1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
48srg-4T12A2.12n/achrIII 6,261,094C. elegans SRG-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
49F29B9.1F29B9.1n/achrIV 4,666,256contains similarity to Pfam domain PF08242 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013217 (Methyltransferase type 12)
50F48E3.2F48E3.2n/achrX 7,491,715contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)