UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F53B3.5F53B3.50chrX 2,876,207F53B3.5 encodes a claudin homolog that may regulate ion channels; F53B3.5 is distantly similar to mammalian voltage-dependent calcium channel gamma subunits that are known or suspected to prevent epilepsy in vivo (e.g., stargazin; MGI:1316660); F53B3.5 has no obvious function in mass RNAi assays; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water.
2K05C4.9K05C4.9n/achrI 14,728,785contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat
3F16D3.6F16D3.6n/achrI 8,376,505contains similarity to Pfam domain PF06681 Protein of unknown function (DUF1182) contains similarity to Interpro domains IPR002091 (Aromatic amino acid permease), IPR010601 (Protein of unknown function DUF1182)
4nhr-127T13F3.3n/achrV 16,263,066nhr-127 encodes a member of the nuclear hormone receptor family; expressed in hypodermal seam cells from the embryonic 1.5-fold stage until the L1 larval stage.
5F26D2.13F26D2.13n/achrV 16,435,139contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
6W04H10.2W04H10.2n/achrII 606,109
7dyf-8C43C3.3n/achrX 9,700,112dyf-8 encodes a protein predicted to form a cell-surface ligand with a zona pellucida domain; DYF-8 is required for permeability of amphid and phasmid neurons to external dyes, chemotaxis to ammonium chloride, avoidance of high osmotic stimuli, male mating, and dauer formation.
8nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
9hhat-2Y57G11C.17n/achrIV 14,827,743C. elegans HHAT-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03062 MBOAT family contains similarity to Interpro domain IPR004299 (Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT)
10sdz-18F45C12.11n/achrII 1,705,740C. elegans SDZ-18 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
11ZK938.2ZK938.2n/achrII 9,837,617contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
12F28H1.1F28H1.1n/achrI 3,996,331
13srz-54Y102A5C.25n/achrV 16,981,243C. elegans SRZ-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
14lips-6ZK617.2n/achrIV 12,014,941C. elegans LIPS-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domains IPR002918 (Lipase, class 2), IPR008262 (Lipase, active site)
15F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
16Y17G7B.17Y17G7B.17n/achrII 12,096,120contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Mlf-PD;; FLYBASE:CG8295
17srx-97F19B10.7n/achrII 3,667,915C. elegans SRX-97 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18F47D12.5F47D12.5n/achrIII 6,283,998contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein zyg-11 homolog B; ENSEMBL:ENSP00000294353
19aat-3F52H2.2n/achrX 2,555,967aat-3 encodes an amino acid transporter catalytic subunit; when co-expressed in Xenopus oocytes with the ATG-2 glycoprotein subunit, AAT-3 is able to facilitate amino acid uptake and exchange, showing a relatively high affinity for small and some large neutral amino acids; in addition, AAT-3 is able to covalently associate with ATG-2 or ATG-1 to form heterodimers in the Xenopus expression system; when co-expressed with ATG-2, AAT-3 localizes to the cell surface of oocytes, but when expressed alone, or with ATG-1, AAT-3 localizes intracellularly.
20bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
21B0285.7B0285.7n/achrIII 4,360,726contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
22T27A1.3T27A1.3n/achrII 536,941This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
23F38A5.7F38A5.7n/achrIV 6,602,016
24fbxb-49K05F6.1n/achrII 1,570,989C. elegans FBXB-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
25F34D6.1F34D6.1n/achrII 2,680,190This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
26sdz-19F45E6.6n/achrX 12,502,884C. elegans SDZ-19 protein ;
27sir-2.3F46G10.3n/achrX 13,332,774C. elegans SIR-2.3 protein; contains similarity to Pfam domain PF02146 Sir2 family contains similarity to Interpro domain IPR003000 (NAD-dependent histone deacetylase, silent information regulator Sir2)
28T26E3.8T26E3.8n/achrI 12,658,593contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
29ZC204.6ZC204.6n/achrII 1,644,534
30fbxb-15ZC204.7n/achrII 1,653,009C. elegans FBXB-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
31fbxb-61F55C9.10n/achrV 19,304,563This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
32M28.1M28.1n/achrII 10,624,279contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
33let-381F26B1.7n/achrI 6,322,210let-381 encodes a forkhead transcription factor and was identified in a screen for essential genes; let-381 is essential for development at different times as mutants exhibit embryonic and early larval lethality, with a few developing to sterile adults; inactivation of let-381 using RNA interference results in adults with mesodermal cell lineage defects and a reduced number of coelomocytes; reporter-gene assays indicate LET-318 is expressed when the embryo starts to elongate and continues to be expressed through all larval stages and into the adult.
34mls-2C39E6.4n/achrX 4,760,178mls-2 encodes a homeodomain protein of the HMX family; during postembryonic development, MLS-2 is required for cell proliferation, cleavage orientation, and fate specification in the mesodermal M lineage; in regulating M lineage proliferation and fate specification, MLS-2 appears to act upstream of CYE-1/cyclin E and HLH-1/CeMyoD, respectively, the latter of which is not expressed in the M lineage in mls-2 mutant animals; MLS-2 is expressed in the nuclei of early proliferating undifferentiated M lineage cells (up to the 8-M stage), in a subset of head neurons, and in cells near the vulva during the L2 and L3 larval stages.
35T24D8.6T24D8.6n/achrX 2,365,815
36ceh-37C37E2.5n/achrX 14,203,216ceh-37 encodes one of three C. elegans proteins with an OTX-like homeodomain; however, CEH-37 lacks other domains found in OTX proteins, and the CEH-37 homeodomain is predicted to resemble the Myb domain of telomere-binding proteins; CEH-37 binds the telomeric sequence 'TTAGGC' if it is repeated at least 1.5 times, and is mainly localized to the telomere in vivo; ceh-37 mutants have a weak increase in chromosomal nondisjunction; CEH-37 is involved in specifying some aspects of the AWB olfactory neuron fate, such as expression of an AWB-specific odorant receptor and a LIM-class homeodomain protein, LIM-4; CEH-37 is expressed broadly in the early embryo, while in larvae and adults it is expressed solely in the excretory cell.
37fut-6T05A7.5n/achrII 4,654,556C. elegans FUT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00852 Glycosyltransferase family 10 (fucosyltransferase) contains similarity to Interpro domain IPR001503 (Glycosyl transferase, family 10)
38ZK287.1ZK287.1n/achrV 9,668,349contains similarity to Interpro domain IPR006560 (AWS)
39gcy-36C46E1.2n/achrX 15,482,280gcy-36 encodes a predicted soluble guanylate cyclase that genetically interacts with npr-1 with respect to feeding behavior; expressed in AQR, PQR, and URX3.
40col-105F58F6.2n/achrIV 1,358,519C. elegans COL-105 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
41T15B7.14T15B7.14n/achrV 6,833,799
42T23F11.4T23F11.4n/achrIII 4,664,270contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
43fbxb-115T26H2.2n/achrV 19,239,099This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
44zig-8Y39E4B.8n/achrIII 13,126,726zig-8 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; a zig-8::gfp reporter fusion is expressed in the PVT neuron and in pharyngeal muscle.
45K11H12.3K11H12.3n/achrIV 672,557contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
46M176.4M176.4n/achrII 9,421,150contains similarity to Pfam domain PF07947 YhhN-like protein contains similarity to Interpro domains IPR012506 (YhhN-like), IPR003492 (Batten's disease protein Cln3)
47clec-9Y70C5C.2n/achrV 16,705,835C. elegans CLEC-9 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
48C05E11.3C05E11.3n/achrX 4,580,554contains similarity to Mus musculus Lysosomal-associated transmembrane protein 4A (Golgi 4-transmembranesspanning transporter) (Mouse transporter protein) (MTP).; SW:Q60961
49T26C11.4T26C11.4n/achrX 1,843,047contains similarity to Dictyostelium discoideum Similar to Homo sapiens (Human). Dentin sialophosphoprotein [Contains:sDentin phosphoprotein (Dentin phosphophoryn) (DPP); Dentinssialoprotein (DSP)].; TR:Q869X8
50fbxb-19F58E1.9n/achrII 1,688,706This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.