UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F53B3.3F53B3.30chrX 2,868,560
2F18A11.2F18A11.2n/achrII 13,034,546contains similarity to Pfam domain PF00650 CRAL/TRIO domain contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal)
3nmgp-1F13H8.4n/achrII 6,261,707F13H8.4 encodes a homolog of the human neuronal membrane glycoproteins PLP1 (OMIM:300401, mutated in Pelizaeus-Merzbacher disease and spastic paraplegia), M6A (OMIM:601275), and M6B (300051); the presence of a myelin-related protein in C. elegans is currently unexplained, but suggests that some evolutionary precursor of myelin may exist in invertebrates, perhaps involving septate junctions between cells.
4F08G12.1F08G12.1n/achrX 11,303,901contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
5mec-5E03G2.3n/achrX 15,946,401mec-5 encodes a collagen unique in the number of Gly-X-Y repeats and in the composition of amino acids surrounding these repeats; MEC-5 is required for normal mechanosensory response to gentle touch and for the proper functioning of the touch receptor neurons; mec-5 interacts genetically with mec-4 and mec-10 which encode degenerins (ion channels) expressed in the touch neurons, mec-9, which encodes a protein containing EGF-like and Kunitz/protease inhibitor domains secreted by the touch neurons, and mec-12, which encodes an alpha-tubulin expressed in the touch neurons; these genetic interactions suggest that MEC-5 may play a role in anchoring the degenerin complex to the extracellular matrix; MEC-5 is produced and secreted by hypodermal cells.
6C07B5.2C07B5.2n/achrX 9,516,733contains similarity to Listeria monocytogenes Probable tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferases(EC 2.1.1.61).; SW:TRMU_LISMO
7skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
8uig-1F32F2.1n/achrV 13,278,769C. elegans UIG-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00621 RhoGEF domain contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR001331 (Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site)
9BE10.2BE10.2n/achrIII 12,795,671contains similarity to Homo sapiens Transmembrane protein 195; ENSEMBL:ENSP00000341662
10F16H11.1F16H11.1n/achrX 4,670,622contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
11C43G2.2C43G2.2n/achrIV 6,569,098contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
12F45B8.3F45B8.3n/achrX 14,960,981contains similarity to Interpro domains IPR003267 (Small proline-rich), IPR000694 (Proline-rich region)
13cand-1Y102A5A.1n/achrV 16,808,692C. elegans CAND-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02985 (HEAT repeat) (2), PF08623 (TATA-binding protein interacting (TIP20)) contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR013932 (TATA-binding protein interacting (TIP20)), IPR016024 (Armadillo-type fold)
14F55C5.8F55C5.8n/achrV 12,290,267contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Srp68-PA;; FLYBASE:CG5064
15sgcb-1K01A2.1n/achrII 327,229K01A2.1 is orthologous to the human gene SARCOGLYCAN, BETA (43KD DYSTROPHIN-ASSOCIATED GLYCOPROTEIN) (SGCB; OMIM:600900), which when mutated leads to disease.
16D2045.9D2045.9n/achrIII 10,477,763contains similarity to Pfam domain PF01755 Glycosyltransferase family 25 (LPS biosynthesis protein) contains similarity to Interpro domains IPR002654 (Glycosyl transferase, family 25), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
17T23G5.6T23G5.6n/achrIII 9,241,340contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domain IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding)
18F36F2.1F36F2.1n/achrI 9,019,505contains similarity to Homo sapiens Actin-binding Rho-activating protein; ENSEMBL:ENSP00000311436
19T24D11.1T24D11.1n/achrX 16,409,674contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
20ZC328.2ZC328.2n/achrI 6,389,348contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
21C10E2.6C10E2.6n/achrX 16,769,146contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001312 (Hexokinase), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
22C52E4.5C52E4.5n/achrV 11,984,169contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
23tbb-4B0272.1n/achrX 9,435,612C. elegans TBB-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00091 (Tubulin/FtsZ family, GTPase domain) , PF03953 (Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002454 (Gamma tubulin), IPR002452 (Alpha tubulin), IPR002453 (Beta tubulin), IPR000158 (Cell division protein FtsZ, N-terminal), IPR000217 (Tubulin), IPR003008 (Tubulin/FtsZ, GTPase), IPR008280 (Tubulin/FtsZ, C-terminal), IPR013838 (Beta tubulin, autoregulation binding site), IPR004057 (Epsilon tubulin), IPR002967 (Delta tubulin)
24K10B4.3K10B4.3n/achrII 117,838contains similarity to Pfam domain PF00169 PH domain contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR016024 (Armadillo-type fold)
25C23F12.4C23F12.4n/achrX 9,388,245
26VT23B5.1VT23B5.1n/achrIV 12,665,034contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of WD repeat and FYVE domain-containing protein 3; ENSEMBL:ENSP00000318466
27aff-1C44B7.3n/achrII 6,862,137aff-1 encodes a cell-surface protein required in late L4 larvae for various cell fusions, of which at least one (AC-utse) does not require EFF-1; in vulval development, AFF-1 is required for fusion of the anchor cell (AC) with the utse syncytium, of A cells to one another, and of D cells to one another; AFF-1 is also required for lateral seam cell fusions; since aff-1 mutants fail to mix AC with utse cytoplasm, AFF-1 is probably required to begin cell fusion by forming intercellular pores; AFF-1 has no obvious non-nematode orthologs, but is paralogous to EFF-1 and C26D10.7; AFF-1 is predicted to be largely extracellular, with eight conserved predicted disulfide bonds in its ectodomain and a single C-terminal transmembrane domain; AFF-1 is expressed in the AC, beginning around the AC's invasion of basement membrane in mid-L3 larvae, and continuing until the AC's fusion to utse; AFF-1 is also expressed in utse, beginning in L4 larvae, after which AC-utse fusion immediately ensues; in both AC and utse, AFF-1 expression requires FOS-1, and the aff-1 promoter has predicted FOS-1 binding sites; other sites of AFF-1 expression include embryonic hyp5 cells, pharyngeal muscles (Pm3 and Pm5), head and tail neurons, sheath cells of chemosensory neurons, and male tail neurons; subcellularly, AFF-1::GFP localizes to plasma membrane and (undefined) intracellular organelles; generally, AFF-1 is expressed in cells whose fusion does not require EFF-1, which may explain why AFF-1 and EFF-1 are redundantly required for viability; heat shock-driven overexpression of AFF-1, even in an eff-1 null mutant background, can induce ectopic cell fusion, and heterologous AFF-1 can induce insect Sf9 cells to fuse in vitro.
28xrn-2Y48B6A.3n/achrII 14,160,796C. elegans XRN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03159 XRN 5'-3' exonuclease N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR017151 (5'-3' exoribonuclease 2), IPR004859 (Putative 5-3 exonuclease), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
29C18E3.3C18E3.3n/achrI 4,205,990contains similarity to Staphylococcus saprophyticus subsp saprophyticus Uro-adherence factor A precursor.; SW:Q4A0V8
30F17C11.1F17C11.1n/achrV 10,942,089contains similarity to Methanosarcina mazei Conserved protein.; TR:Q8PT55
31rhgf-1F13E6.6n/achrX 10,704,787rhgf-1 encodes an RGS RhoGEF (Regulator of G-protein Signaling Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor); RHGF-1 functions within cholingergic motor neurons in one of four G-protein-mediated signaling pathways that control locomotion via regulation of acetylcholine (ACh) release at neuromuscular junctions; in regulating ACh release, RHGF-1 functions downstream of the C. elegans Galpha12 ortholog, GPA-12, and upstream of the Rho GTPase ortholog, RHO-1; additionally, rhgf-1 activity is required for normal mechanosensory behavior, egg laying, and embryonic development; an rhgf-1 reporter fusion is expressed in ventral cord motor neurons as well as several head neurons.
32pat-4C29F9.7n/achrIII 92,134The pat-4 gene encodes a serine/threonine kinase orthologous to human integrin-linked kinase (ILK, OMIM:602366) and is required for formation of integrin-mediated muscle cell attachments during embryogenesis; PAT-4 probably functions as an adaptor molecule and localizes to dense bodies and M lines; PAT-4 forms a ternary complex with PAT-6/actopaxin and UNC-112, and requires UNC-112, UNC-52/perlecan, PAT-2/alpha integrin, and PAT-3/beta integrin for proper localization to newly forming integrin adhesion complexes.
33isw-1F37A4.8n/achrIII 6,706,964isw-1 encodes a homolog of the chromatin remodeling ATPase ISW1 that may act downstream of or in parallel to synMuv genes, and upstream of or in parallel to the RTK Ras pathway.
34ugt-53T03D3.1n/achrV 2,850,684C. elegans UGT-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domains IPR002416 (Bacterial general secretion pathway protein H), IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
35gpb-2F52A8.2n/achrI 7,319,690gpb-2 encodes an ortholog of Gbeta(5), that is dispensable for viability, but required for normal egg-laying, locomotion, and pharyngeal pumping; GBP-2 may regulate the interaction between the GOA-1 and EGL-30 signaling pathways based on genetic analysis; gpb-2 is expressed throughout development in the nervous system and in muscle, and expression is dependent upon expression of both EAT-16 and EGL-10.
36H22K11.2H22K11.2n/achrX 6,785,820contains similarity to Pfam domain PF01301 Glycosyl hydrolases family 35 contains similarity to Interpro domains IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001944 (Glycoside hydrolase, family 35)
37F58F9.4F58F9.4n/achrIV 6,231,716contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
38K04G2.9K04G2.9n/achrI 8,056,298contains similarity to Pfam domain PF01284 Membrane-associating domain contains similarity to Interpro domain IPR008253 (Marvel)
39T05G5.1T05G5.1n/achrIII 9,741,123contains similarity to Pfam domain PF00008 EGF-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like)
40K04C1.4K04C1.4n/achrX 14,246,093contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
41F39B1.1F39B1.1n/achrX 15,240,527contains similarity to Pfam domains PF00454 (Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase) , PF00168 (C2 domain) , PF00787 (PX domain) , PF02809 (Ubiquitin interaction motif) , PF00613 (Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain)) , PF00792 (Phosphoinositide 3-kinase C2) contains similarity to Interpro domains IPR001263 (Phosphoinositide 3-kinase accessory region PIK), IPR002420 (Phosphoinositide 3-kinase, C2), IPR001683 (Phox-like), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003903 (Ubiquitin interacting motif), IPR000403 (Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase, catalytic), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR015433 (Phosphatidylinositol Kinase), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR000341 (Phosphoinositide 3-kinase, ras-binding), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
42rpy-1C18H9.7n/achrII 6,703,848rpy-1 is orthologous to the human gene 43KDA ACETYLCHOLINE RECEPTOR-ASSOCIATED PROTEIN (RAPSN; OMIM:601592), which when mutated leads to congenital myasthenic syndrome.
43F42H10.3F42H10.3n/achrIII 8,486,094contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) , PF00018 (SH3 domain) , PF00880 (Nebulin repeat) (2), PF00412 (LIM domain) contains similarity to Interpro domains IPR000900 (Nebulin 35 residue motif), IPR013998 (Nebulin), IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR011511 (Variant SH3), IPR001781 (Zinc finger, LIM-type)
44inx-12ZK770.3n/achrI 3,757,299inx-12 (innexin=invertebrate connexin analogue) encodes a protein of the innexin family; innexins are gap junction proteins similar in function, though dissimilar in sequence to the vertebrate connexins; innexins are the only known gap junction proteins in invertebrates; inx-12 and inx-13 appear to be a tandom duplication; RNA interference of inx-12 results in an arrest at the L1 larval stage with fluid filled dead rods; this phenotype and sequence homology to Drosophila innexins suggest that INX-12 may be required to form gap junctions between the excretory canal and hypodermis, thus playing an essential role in osmoregulation; an INX-12::GFP fusion protein is expressed in the excretory canal.
45C52A10.2C52A10.2n/achrV 5,235,946contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
46dpy-27R13G10.1n/achrIII 3,816,595dpy-27 encodes an ATP-binding protein that is a homolog of the SMC4 subunit of mitotic condensin; DPY-27, in combination with other proteins including MIX-1, act as a unit to repress X-linked gene expression during hermaphrodite dosage compensation; in XX oocytes and early embryos, DPY-27 exhibits diffuse nuclear localization, but by the 30-cell stage of embryogenesis, DPY-27 specifically localizes to X chromosomes; in XO animals at all stages, DPY-27 remains diffusely nuclear; the sex-specific localization of DPY-27 to X chromosomes is dependent upon wild-type activity of xol-1, as DPY-27 mislocalizes to the X chromosome of XO embryos in a xol-1 mutant background.
47str-48C34D4.8n/achrIV 7,123,053C. elegans STR-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48C36A4.10C36A4.10n/achrIII 3,830,011
49dep-1F44G4.8n/achrII 9,012,700dep-1 encodes a class III receptor protein tyrosine phosphatase (R-PTP) orthologous to human R-PTPs such as PTPRJ/Dep-1 (mutated in epithelial cancers; OMIM:600925); DEP-1 is required, redundantly with LIP-1 and LET-60, and downstream of LIN-12, to promote secondary over primary vulval fate in the P5.p and P7.p lineages; DEP-1 is expressed in P5.p and P7.p lineages, and dep-1 acts cell-autonomously in these lineages; DEP-1 colocalizes with LET-23 in punctae, and binds LET-23 in vitro; DEP-1, with LIP-1, is also required for normal duct cell and excretory pore development; dep-1 mutations are wild-type in isolation, but have vulval phenotypes with added mutations in lin-15, lip-1, or let-60; DEP-1 laterally inhibits secondary vulval fates in parallel with LIN-12/Notch signalling; in primary (P5.p) vulval cells, LET-60/RAS-activated SUR-2 inhibits dep-1 and lin-12 expression; since RNAi of 125 out of 165 predicted C. elegans protein phosphatase genes fails to enhance lip-1 mutations, the LIP-1/DEP-1 interaction is likely to be highly specific.
50R07B1.5R07B1.5n/achrX 9,865,660contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)