UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nud-1F53A2.42e-151chrIII 13,341,947nud-1 encodes the C. elegans ortholog of the Aspergillus nidulans nudC, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
2frs-2F22B5.9n/achrII 8,465,894C. elegans FRS-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF03483 (B3/4 domain) , PF03484 (tRNA synthetase B5 domain) contains similarity to Interpro domains IPR009061 (Putative DNA binding), IPR004531 (Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, beta subunit, archae/euk cytosolic), IPR005146 (B3/B4 tRNA-binding domain), IPR005147 (tRNA synthetase, B5)
3sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
4K06A5.6K06A5.6n/achrI 6,465,004contains similarity to Pfam domains PF08028 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) , PF00441 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02771 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013107 (Acyl-CoA dehydrogenase, type 2, C-terminal), IPR006090 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1), IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR006089 (Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR006092 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal)
5M88.2M88.2n/achrIII 4,541,915contains similarity to Aedes aegypti Mitochondrial ribosomal protein, S34, putative.; TR:Q17JQ1
6nuo-1C09H10.3n/achrII 11,099,005nuo-1 encodes a encodes a 51 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation, resistance to volatile anesthetics, and progression through development; nuo-1 is orthologous to human NDUFV1 (OMIM:161015, mutated in Leigh syndrome); nuo-1(ua1) induces a developmental arrest at the third larval (L3) stage that blocks reproduction, and thus is lethal to a population homozygous for nuo-1(ua1); yet arrested L3 nuo-1(ua1) animals have an individual lifespan significantly longer than normal.
7tag-210W08E3.3n/achrI 13,342,122C. elegans TAG-210 protein; contains similarity to Pfam domains PF01926 (GTPase of unknown function) , PF06071 (Protein of unknown function (DUF933)) contains similarity to Interpro domains IPR012675 (Beta-grasp fold, ferredoxin-type), IPR013029 (Protein of unknown function DUF933), IPR004396 (Conserved hypothetical protein CHP00092), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR012676 (TGS-like), IPR006073 (GTP1/OBG)
8M03B6.1M03B6.1n/achrX 13,842,218
9R74.7R74.7n/achrIII 4,205,094contains similarity to Pfam domain PF01728 FtsJ-like methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR015507 (Ribosomal RNA methyltransferase J), IPR002877 (Ribosomal RNA methyltransferase RrmJ/FtsJ)
10T23B12.2T23B12.2n/achrV 8,468,082contains similarity to Pfam domain PF00573 Ribosomal protein L4/L1 family contains similarity to Interpro domains IPR013005 (Ribosomal protein L4/L1e, bacterial-type), IPR002136 (Ribosomal protein L4/L1e)
11ppk-3VF11C1L.1n/achrX 12,972,222C. elegans PPK-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF01504 (Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase) , PF01363 (FYVE zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002498 (Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core), IPR016034 (Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core, subgroup), IPR002423 (Chaperonin Cpn60/TCP-1), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
12tag-197F08C6.3n/achrX 7,566,676C. elegans TAG-197 protein; contains similarity to Pfam domain PF04129 Vps52 / Sac2 family contains similarity to Interpro domain IPR007258 (Vps52/Sac2)
13tag-257F46G11.3n/achrX 5,784,865C. elegans TAG-257 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
14pfd-3T06G6.9n/achrI 12,729,010pfd-3 encodes a putative prefoldin, orthologous to human VBP1 (OMIM:300133), that is required for normal alpha-tubulin synthesis, microtubule growth, mitotic spindle formation and positioning, early embryonic cell division, and embryonic and larval viability; PFD-3 is expressed cytoplasmically in most, if not all, tissues.
15F25E5.1F25E5.1n/achrV 7,468,526contains similarity to Interpro domain IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II)
16ZK856.5ZK856.5n/achrV 10,187,411contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domain IPR004843 (Metallophosphoesterase)
17ugt-21C33A12.6n/achrIV 9,501,385C. elegans UGT-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
18npp-15C29E4.4n/achrIII 7,930,950C. elegans NPP-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF08801 (Nup133 N terminal like) , PF04044 (Nup133 nucleoporin) contains similarity to Interpro domains IPR014908 (Nup133, N-terminal), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR007187 (Nucleoporin, Nup133-like, C-terminal)
19H19N07.1H19N07.1n/achrV 11,111,736contains similarity to Pfam domains PF03143 (Elongation factor Tu C-terminal domain) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR004160 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR009001 (Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal)
20cyp-35A2C03G6.15n/achrV 7,363,242C. elegans CYP-35A2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
21C29F7.2C29F7.2n/achrX 13,417,071contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
22math-18C40A11.1n/achrII 2,154,617C. elegans MATH-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
23F25G6.8F25G6.8n/achrV 8,564,846contains similarity to Pfam domain PF02290 Signal recognition particle 14kD protein contains similarity to Interpro domains IPR009018 (Signal recognition particle, SRP9/SRP14 subunit), IPR003210 (Signal recognition particle, SRP14 subunit)
24K07G5.5K07G5.5n/achrI 7,171,105contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domain IPR002524 (Cation efflux protein)
25eft-1ZK328.2n/achrIII 6,011,147eft-1 encodes an elongation factor 2 (EF-2)-like protein; by homology, EFT-1 is predicted to function as a GTPase required for the elongation step of protein synthesis; loss of eft-1 activity via large-scale RNAi indicates that eft-1 is an essential gene required for embryonic development, reproduction, and the overall health of the animal; eft-1 mRNA is detectable at all stages of C. elegans development.
26K11B4.1K11B4.1n/achrI 14,796,015contains similarity to Interpro domain IPR007110 (Immunoglobulin-like)
27ugt-48C18C4.3n/achrV 5,546,863C. elegans UGT-48 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site), IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
28ubh-4C08B11.7n/achrII 8,038,864C. elegans UBH-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01088 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1 contains similarity to Interpro domains IPR001578 (Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1), IPR017390 (Ubiquitinyl hydrolase, UCH37 type)
29drs-2F10C2.6n/achrV 12,050,440drs-2 encodes a putative aspartyl-tRNA synthetase.
30gly-13B0416.6n/achrX 9,295,081gly-13 encodes an experimentally verified UDP-N-acetylglucosamine alpha-3-D-mannoside beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase I (GnT I), that is the primary GnT I enzyme in vivo, and that can act on unusual substrates; gly-13 is expressed throughout development in many cell types; gly-13 has no obvious function in vivo, since a deletion allele of gly-13 is phenotypically normal even as a double or triple mutant with gly-12 and gly-14.
31tufm-2C43E11.4n/achrI 4,248,543C. elegans TUFM-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF03143 (Elongation factor Tu C-terminal domain) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR004160 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR009001 (Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal)
32tsfm-1F55C5.5n/achrV 12,270,895F55C5.5 encodes a translational elongation factor Ts (EF-Ts) that binds two different EF-Tu proteins (EF-TU1/Y71H2AM.23 and EF-TU2/C43E11.4) in vitro, stimulating guanine-nucleotide exchange and mRNA translation; F55C5.5 is predicted to be mitochondrial and has a putative N-terminal transit peptide sequence; F55C5.5 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth and for maintenance of the germline.
33K10D11.6K10D11.6n/achrIV 12,988,061contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
34K12H4.3K12H4.3n/achrIII 8,046,749contains similarity to Pfam domain PF04427 Brix domain contains similarity to Interpro domain IPR007109 (Brix)
35F59B8.2F59B8.2n/achrIV 9,439,991contains similarity to Pfam domain PF00180 Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR004790 (Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, eukaryotic), IPR001804 (Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase)
36vrs-1ZC513.4n/achrV 8,033,348vrs-1 encodes a predicted valyl-tRNA synthetase that affects embryonic viability, growth, and morphology
37acl-8T05H4.1n/achrV 6,451,547C. elegans ACL-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01553 Acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002123 (Phospholipid/glycerol acyltransferase)
38F53F1.2F53F1.2n/achrV 13,407,532contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
39cln-3.1F07B10.1n/achrV 11,264,600cln-3.1 encodes a predicted transmembrane protein that comprises one of three C. elegans homologs of human CLN3, (OMIM:607042, mutations are associated with Batten disease (also known as juvenile neuronal ceroid lipofuscinosis), a recessively inherited childhood neurodegenerative lysosomal storage disease); as loss of cln-3.1 activity via deletion mutation results in no obvious abnormalities, the precise role of cln-3.1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
40C48B4.1C48B4.1n/achrIII 9,589,349contains similarity to Pfam domains PF01756 (Acyl-CoA oxidase) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) contains similarity to Interpro domains IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR012258 (Acyl-CoA oxidase), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR002655 (Acyl-CoA oxidase, C-terminal), IPR009075 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal)
41T04A8.6T04A8.6n/achrIII 4,692,695T04A8.6 encodes an ortholog of S. cerevisiae NOP15 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, T04A8.6 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
42F11C1.3F11C1.3n/achrX 12,983,754contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
43cyp-35C1C06B3.3n/achrV 13,897,551C. elegans CYP-35C1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
44F22E10.5F22E10.5n/achrX 12,763,749contains similarity to Pfam domain PF03171 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily contains similarity to Interpro domains IPR006620 (Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit), IPR005123 (2OG-Fe(II) oxygenase)
45T25D3.2T25D3.2n/achrII 155,462contains similarity to Mus musculus 39S ribosomal protein L28, mitochondrial precursor (L28mt) (MRP-L28).; SW:Q9D1B9
46his-3T10C6.12n/achrV 16,040,965his-3 encodes an H2A histone; by homology, HIS-3 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-3 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS1 cluster on chromosome V.
47B0303.15B0303.15n/achrIII 8,717,978contains similarity to Pfam domains PF00298 (Ribosomal protein L11, RNA binding domain) , PF03946 (Ribosomal protein L11, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR000911 (Ribosomal protein L11)
48gsto-1C29E4.7n/achrIII 7,946,235gsto-1 encodes an experimentally verified thiol oxidoreductase and dehydroascorbate reductase, required for normal stress resistance; formally, GSTO-1 is an omega-class glutathione transferase (GST; EC 2.5.1.18), but it has little activity in vitro on classic GST substrates; GSTO-1 is expressed in postembryonic intestine; gsto-1(RNAi) induces hypersensitivity to heat-, arsenite-, juglone-, paraquat-, or cumene hydroperoxide-induced stresses, whereas overexpression of GSTO-1 enhances resistance to them; gsto-1 transcription is upregulated by stress; ELT-2 may directly activate gsto-1 transcription in developing gut via a 300-nucleotide sequence upstream of gsto-1's ATG start site.
49tomm-7ZK652.2n/achrIII 7,859,778C. elegans TOMM-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF08038 TOM7 family contains similarity to Interpro domain IPR012621 (Mitochondrial import translocase, subunit Tom7)
50Y48E1B.8Y48E1B.8n/achrII 13,587,287contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)