UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F52H2.4F52H2.40chrX 2,546,392contains similarity to Pfam domain PF00474 Sodium:solute symporter family contains similarity to Interpro domains IPR010979 (Ribosomal protein S13-like, H2TH), IPR001734 (Na+/solute symporter)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3gcy-22T03D8.5n/achrV 20,818,085gcy-22 is predicted to encode a guanylate cyclase.
4F22B3.5F22B3.5n/achrIV 11,416,056contains similarity to Interpro domains IPR001304 (C-type lectin), IPR006583 (CW)
5F54B11.4F54B11.4n/achrX 13,593,035contains similarity to Neurospora crassa Hypothetical protein.; TR:Q8X031
6ZK757.2ZK757.2n/achrIII 9,875,718contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
7clec-9Y70C5C.2n/achrV 16,705,835C. elegans CLEC-9 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
8F53A2.1F53A2.1n/achrIII 13,321,932contains similarity to Pfam domain PF06542 Protein of unknown function (DUF1114) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR009497 (Protein of unknown function DUF1114), IPR009010 (Aspartate decarboxylase-like fold)
9Y56A3A.28Y56A3A.28n/achrIII 11,966,536contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
10K02E10.7K02E10.7n/achrX 2,504,770contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
11ugt-56T04H1.8n/achrV 12,260,070C. elegans UGT-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
12F28F8.7F28F8.7n/achrV 15,579,943contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domain IPR000949 (ELM2)
13C29G2.3C29G2.3n/achrV 2,581,907
14srx-3R03H4.3n/achrV 9,006,212C. elegans SRX-3 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
15col-72W09G10.1n/achrII 3,521,069C. elegans COL-72 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
16C01B10.9C01B10.9n/achrIV 6,633,581contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
17ncs-1C44C1.3n/achrX 961,929The ncs-1 gene encodes a neuronal calcium sensor protein that, along with calcium, is essential for thermotaxis along isothermal paths in thermal gradients.
18F28G4.4F28G4.4n/achrV 16,284,328contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
19ceh-40F17A2.5n/achrX 12,319,393ceh-40 encodes one of two C. elegans homeodomain proteins homologous to Extradenticle (Exd/Pbx); ceh-40 genetically interacts with ceh-20 and unc-62 during embryonic development: while loss of ceh-40 activity alone results in no significant embryonic lethality, loss of ceh-40 and ceh-20, or ceh-40, ceh-20, and unc-62, results in incompletely penetrant embryonic lethality.
20C32B5.4C32B5.4n/achrII 980,130contains similarity to Interpro domains IPR000931 (Adenovirus fibre protein), IPR008893 (WGR)
21inx-6C36H8.2n/achrIV 12,748,113inx-6 encodes an innexin, an integral transmembrane channel protein that is a structural component of invertebrate gap junctions; INX-6 is required for formation of pharyngeal gap junctions and thus for the electrical coupling and synchronous muscle contractions necessary for normal feeding behavior and postembryonic development; INX-6 may function redundantly with EAT-5, another C. elegans innexin; INX-6 expression is first detected in embryonic pharyngeal precursors and during later larval and adult stages, in pharyngeal corpus muscles and isthmus marginal cells, where INX-6 localizes to plaque-like structures in the plasma membrane.
22B0432.6B0432.6n/achrII 267,814contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
23str-233C06C6.2n/achrV 16,008,971C. elegans STR-233 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24C26E1.1C26E1.1n/achrV 13,297,767contains similarity to Rattus norvegicus GLUT4 vesicle protein.; TR:Q9Z1X1
25C01G10.9C01G10.9n/achrV 15,083,391contains similarity to Pfam domain PF01008 Initiation factor 2 subunit family contains similarity to Interpro domains IPR000649 (Initiation factor 2B related), IPR011559 (Initiation factor 2B alpha/beta/delta)
26B0244.6B0244.6n/achrIII 5,741,364contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
27C41D11.6C41D11.6n/achrI 4,461,426
28lgc-40T24D8.1n/achrX 2,362,451C. elegans LGC-40 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
29pqn-25D1044.3n/achrIII 5,510,853The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
30F09G2.2F09G2.2n/achrV 7,197,657contains similarity to Interpro domain IPR011028 (Cyclin-like)
31cyp-33C1C45H4.2n/achrV 2,180,672C. elegans CYP-33C1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
32EEED8.4EEED8.4n/achrII 5,410,795contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
33gck-4C04A11.3n/achrX 13,679,590C. elegans GCK-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
34mlt-4ZC15.7n/achrV 20,280,792mlt-4 encodes a homolog of human INVS (inversin, OMIM:243305; mutated in nephronophthisis) that has no function in mass RNAi assays.
35sprr-2F42D1.3n/achrX 14,802,137C. elegans SPRR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
36srj-21F28H7.11n/achrV 10,745,530C. elegans SRJ-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37srt-13ZC142.1n/achrV 4,249,044C. elegans SRT-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000539 (Frizzled protein)
38tsp-3Y39E4B.4n/achrIII 13,213,403C. elegans TSP-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domain IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen)
39F09E5.10F09E5.10n/achrII 5,349,294contains similarity to Interpro domain IPR009079 (Four-helical cytokine-like, core)
40irk-2M02A10.2n/achrX 706,700irk-2 encodes an inwardly rectifying potassium channel based on sequence homology to the the human potassium channel genes KCNJ1/KCNJ2.
41F56H11.2F56H11.2n/achrIV 9,532,255contains similarity to Bacillus cereus Hypothetical protein.; TR:Q81E16
42K10H10.6K10H10.6n/achrII 14,504,011contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
43C47E12.2C47E12.2n/achrIV 10,002,723contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
44srh-178ZK228.8n/achrV 18,479,364C. elegans SRH-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45ceh-20F31E3.1n/achrIII 6,980,772ceh-20 encodes the C. elegans ortholog of the homeodomain co-factor Extradenticle (Exd/Pbx); together with ceh-40 and unc-62, ceh-20 activity is required for embryonic viability; ceh-20 is also required as a cofactor for LIN-39- and MAB-5- dependent postembryonic mesoderm patterning; in addition, ceh-20 is required for regulating post-embryonic migrations of the Q neuroblast descendants and for regulating vulval development; a CEH-20::GFP fusion protein is expressed in embryos and postembryonically in many cell types including the Q, P, and V cells and their descendants; CEH-20 localizes to the nucleus.
46clec-93ZK39.4n/achrI 11,143,094C. elegans CLEC-93 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
47F49H6.8F49H6.8n/achrV 17,022,485contains similarity to Rattus norvegicus Transcription factor 8 (Zinc finger homeodomain enhancer-bindingsprotein) (Zfhep).; SW:TCF8_RAT
48ZK863.1ZK863.1n/achrV 12,169,192contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
49srg-23Y25C1A.11n/achrII 3,095,026C. elegans SRG-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
50Y57G11A.4Y57G11A.4n/achrIV 14,484,352contains similarity to Interpro domain IPR005018 (DOMON related)