UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1lsl-1F52F12.40chrI 9,902,069C. elegans LSL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
2F54D5.9F54D5.9n/achrII 11,543,652F54D5.9 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to PROM-1, that suppresses excess embryonic cell division; F54D5.9(RNAi) animals show hyperproliferating embryonic tissues, while having no obvious meiotic defects.
3C16C8.14C16C8.14n/achrII 3,450,118C16C8.14 encodes a Caenorhabditis-specific protein, with a central predicted coiled-coil and a C-terminal ubiqutin-like domain; C16C8.14 inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51; C16C8.14 is paralogous to C16C8.4, C16C8.11, C16C8.12, C16C8.13, C16C8.15, C16C8.16, and F54D10.7.
4zim-2T07G12.10n/achrIV 10,556,907zim-2 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include HIM-8, ZIM-1, ZIM-3, and C02F5.12; ZIM-2 is specifically required for homolog pairing, synapsis, and segregation of chromosome V during meiosis; zim-2(tm574) oocytes ending prophase have ~5 bivalents and ~2 univalents, the latter of which are consistently chromosome V; zim-2 oocytes fail to begin chromosome V pairing at the start of meiosis; ZIM-2 associates with the right end of chromosome V, which may indicate an association with its pairing center; while the C-terminal region of ZIM-2 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region instead most closely resembles those of its paralogs in C. elegans, indicating coevolving, species-specific functions; ZIM-2 foci, like HIM-8 foci, associate with the nuclear envelope during meiotic prophase; zim-2 mutants also have some defective segregation of the X chromosome (yielding a Him phenotype), but this may be an indirect effect of autosomal asynapsis.
5F49E8.2F49E8.2n/achrIV 7,549,959contains similarity to Interpro domains IPR011767 (Glutaredoxin active site), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
6ZK792.5ZK792.5n/achrIV 11,686,516contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
7ZK418.8ZK418.8n/achrIII 7,084,302contains similarity to Pfam domain PF00013 KH domain contains similarity to Interpro domains IPR009019 (K Homology, prokaryotic type), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
8C55B7.11C55B7.11n/achrI 6,512,726
9F21F3.4F21F3.4n/achrI 4,896,773contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein ENSP00000372122; ENSEMBL:ENSP00000372122
10skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
11ZC410.3ZC410.3n/achrIV 9,077,529contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
12glh-2C55B7.1n/achrI 6,515,665glh-2 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains six CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent, RNA helicase; at non-permissive temperatures, GLH-2 plays a role in germ-line development and fertility, specifically in regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-2 activity may also be required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, but not accumulation of P granule mRNA components; GLH-2 interacts in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase; GLH-2 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; GLH-2 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-2 is expressed at barely detectable levels in males.
13bath-2F52C6.11n/achrII 1,922,182C. elegans BATH-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
14klc-1M7.2n/achrIV 11,085,048klc-1 encodes one of two C. elegans kinesin light chains; by homology, KLC-1 is predicted to function, along with kinesin-like heavy chains, as part of a multimeric kinesin complex involved in intracellular transport; consistent with this, KLC-1 has been shown to interact with UNC-116/kinesin, KCA-1/kinesin cargo adaptor, and the ARX-2/Arp2/3 complex component in yeast two-hybrid assays; RNAi experiments indicate that klc-1 activity is required for normal embryonic development.
15F45F2.11F45F2.11n/achrV 8,520,032contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
16C35D10.6C35D10.6n/achrIII 4,859,975contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
17D2030.7D2030.7n/achrI 7,589,605contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
18skr-17C06A8.4n/achrII 7,784,177skr-17 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a core component of the SCF (Skp1p, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that facilitates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-17 has no known function in vivo, since skr-17(RNAi) animals are at least superficially normal, and SKR-17 does not appear to interact in vitro with any of the C. elegans cullin homologs.
19B0001.2B0001.2n/achrIV 12,148,704contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
20syp-3F39H2.4n/achrI 8,663,589syp-3 encodes a coiled-coil protein; SYP-3 activity is required during meiosis for chromosome synapsis and chiasma formation, specifically for proper assembly of the central region of the synaptonemal complex; thus, SYP-3 is essential activity is essential for normal embryonic development; immunolocalization studies indicate that SYP-3 is likely a structural component of the central element of the synaptonemal complex.
21ugt-58F35H8.6n/achrII 9,585,502C. elegans UGT-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
22W05F2.6W05F2.6n/achrI 3,370,130contains similarity to Interpro domains IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR001620 (Dopamine D3 receptor)
23skr-2F46A9.4n/achrI 9,470,152skr-2 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a core component of the SCF (Skp1p, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that facilitates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-2 is required for the restraint of cell proliferation, progression through the pachytene stage of meiosis, and the formation of bivalent chromosomes at diakinesis; SKR-2::GFP is detected exclusively in the intestine.
24him-17T09E8.2n/achrV 13,178,423him-17 encodes a protein with no obvious non-nematode homologs that localizes to chromatin in germline nuclei, and that is required for double-stranded break (DSB) formation, chiasmata, crossovers, and genetic recombination during meiosis, but is dispensable for homolog pairing and synapsis, spo-11 germline transcription, or the conversion of DSBs into chiasmata; HIM-17 is also required for normal organization of meiotic stages in the germline, and to promote its orderly transistion from (potentially tumorous) mitosis to meiosis; moreover, HIM-17 is required for normal dimethylation of lysine 9 residues on H3 histones in meiotic prophase chromosomes from early pachytene onward, with null him-17(ok424) mutants showing greatly reduced or delayed dimethylation in both hermaphrodite and male germlines; HIM-17 cooperates with GLP-1 to promote meiotic entry, and with EGO-1 to promote germline viability; HIM-17 has six THAP and THAP-like domains, a domain type also found in CDC-14B, CTB-1, GON-14, LIN-15A, LIN-15B, and LIN-36, along with ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1; missense or truncating mutations of HIM-17's THAP and THAP-like domains cause partial loss of function, implying that the domains collectively and partially contribute to HIM-17 activity; of the C. elegans genes encoding THAP or THAP-like domains, at least four (lin-15A, lin-15B, lin-36, and him-17) interact genetically with lin-35/Rb.
25ZK836.2ZK836.2n/achrV 12,199,854contains similarity to Pfam domains PF02779 (Transketolase, pyrimidine binding domain) , PF00676 (Dehydrogenase E1 component) contains similarity to Interpro domains IPR011603 (2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component), IPR005475 (Transketolase, central region), IPR001017 (Dehydrogenase, E1 component)
26fbxa-108F59A1.7n/achrV 17,657,524This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
27F46B6.8F46B6.8n/achrV 9,792,368contains similarity to Pfam domains PF04083 (ab-hydrolase associated lipase region) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR006693 (AB-hydrolase associated lipase region), IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR008262 (Lipase, active site)
28ZK1248.15ZK1248.15n/achrII 5,837,633contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR006596 (Nucleotide binding protein, PINc), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
29spo-11T05E11.4n/achrIV 11,123,963spo-11 encodes an ortholog of Spo11p in S. cerevisiae that is required for meiotic DNA recombination, and (in conjunction with CHK-2 and MRE-11) for the localization of RAD-51 to foci in late zygotene/early pachytene nuclei; like its yeast ortholog, SPO-11 is related to a subunit of archaebacterial topoisomerase VI, and probably causes double-stranded DNA breaks through a topoisomerase-like transesterase mechanism; however, unlike Spo11p, SPO-11 is dispensable for homologous synapsis and formation of the synaptonemal complex; SPO-11 is active even in syp-1 mutants where its double-stranded breaks cannot be correctly processed; spo-11 is transcribed in the germline.
30dhs-5F56D1.5n/achrII 5,454,878dhs-5 encodes a possible steroid dehydrogenase; DHS-5 generally resembles short chain-type alcohol/other dehydrogenases, but has two predicted N-terminal transmembrane sequences, and its closest relatives in vertebrates are known or putative steroid dehydrogenases such as hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 12 from mouse (also known as KIK-I or DHBK_MOUSE).
31ZK1128.4ZK1128.4n/achrIII 10,119,727contains similarity to Pfam domain PF03850 Transcription factor Tfb4 contains similarity to Interpro domain IPR004600 (Transcription factor Tfb4)
32C36A4.4C36A4.4n/achrIII 3,842,530C36A4.4 encodes a putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase, paralogous to K06B9.2 and orthologous to human UAP1 (OMIM:602862) and UAP1L1; C36A4.4 is thought to catalyse the fourth step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; C36A4.4 transcripts are enriched during oogenesis; C36A4.4(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
33F07H5.10F07H5.10n/achrII 8,807,812contains similarity to Arabidopsis thaliana Myosin heavy chain-like protein.; TR:Q9FJ35
34K11H3.3K11H3.3n/achrIII 9,852,736contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
35btb-20F57C2.1n/achrII 14,522,887C. elegans BTB-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
36T05H10.1T05H10.1n/achrII 8,044,949contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR011051 (Cupin, RmlC-type)
37T04A8.15T04A8.15n/achrIII 4,713,844contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Ubiquitin-specific protease; SGD:YDL122W
38bath-5F59H6.11n/achrII 2,031,389C. elegans BATH-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
39C38D4.4C38D4.4n/achrIII 4,794,206contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delayed Anaerobic Gene; SGD:YJR151C
40C05C8.5C05C8.5n/achrV 7,233,733contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
41F46F11.8F46F11.8n/achrI 5,625,448
42ulp-5K02F2.4n/achrI 6,813,375C. elegans ULP-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
43bath-15C08C3.2n/achrIII 7,775,331C. elegans BATH-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF00917 (MATH domain) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
44rnp-8R119.7n/achrI 366,516C. elegans RNP-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
45klp-18C06G3.2n/achrIV 7,041,936klp-18 encodes a kinesin motor protein whose motor domain is most similar to that of the Xenopus and human klp2 proteins; loss of klp-18 activity via RNAi indicates that KLP-18 is required for the assembly of a disordered array of acentrosomal (female meiotic) microtubules into an organized, functional, bipolar spindle; in addition, KLP-18 may also play a role in cortex dynamics during post-meiotic development; antibody staining indicates that during meiosis and mitosis (early embryonic) KLP-18 localizes to: 1) spindles, and especially spindle poles, during prometaphase, metaphase, and early anaphase, and 2) the interzone during late anaphase and telophase; in early embryos, KLP-18 is also seen around the nucleus and cell cortex at sites of cell-cell contact; KLP-18 expression in later embryos and larvae is confined to the germ line which, in adults, stains brightly in both distal and proximal regions.
46F26H11.4F26H11.4n/achrII 14,410,374contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial ATPase (similar to E. coli FtsH protein) that resides in the innner mitochondrial membrane; SGD:YMR089C
47M01A10.1M01A10.1n/achrI 5,565,037M01A10.1 encodes a protein, belonging to an ancient family of single-stranded nucleic acid-binding proteins, that is predicted to regulate gene expression through binding either mRNA or (locally) single-stranded DNA; it is most likely to specifically bind one or more discrete mRNAs and regulate their spatial localization or alternative splicing.
48F08G5.1F08G5.1n/achrIV 12,409,650contains similarity to Homo sapiens Putative protein TPRXL; ENSEMBL:ENSP00000322097
49F52C6.3F52C6.3n/achrII 1,925,233contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
50tbg-1F58A4.8n/achrIII 9,627,816tbg-1 encodes gamma-tubulin; in C. elegans, tbg-1 activity is essential and is required for normal bipolar spindle assembly and function, as well as the fast phase of female pronuclear migration following fertilization; while tbg-1 is required for proper organization and function of kinetochore and interpolar microtubules, it does not appear to be absolutely required for microtubule nucleation and growth; TBG-1 localizes to centrosomes in both interphase and mitotic cells, exhibiting a dynamic behavior during mitosis that differs between anterior and posterior centrosomes.