UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1noah-2F52B11.30chrIV 14,093,906noah-2 encodes a PAN and ZP domain-containing protein that is related to the Drosophila extracellular matrix component NompA (no-mechanoreceptor-potential A); loss of noah-2 function via RNAi indicates that NOAH-2 activity is essential for molting; in addition, NOAH-2 appears to be required for embryonic and larval development, reproduction, coordinated locomotion, and the overall health of the animal.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3dpy-3EGAP7.1n/achrX 2,145,125dpy-3 encodes a cuticular collagen; along with dpy-2, dpy-7, dpy-8, and dpy-10, dpy-3 is required postembryonically for annular furrow formation and/or maintenance; specifically, DPY-3 activity is required for proper assembly of the DPY-7 collagen into the mature extracellular matrix; during each cuticle synthetic period, dpy-3 mRNA is expressed approximately four hours prior to the secretion of new cuticle.
4sqt-3F23H12.4n/achrV 12,353,631sqt-3 encodes a cuticle collagen; during development, sqt-3 activity is essential for viability and normal body morphology; genetic and expression studies indicate that SQT-3 is a cuticle component at all stages of development and that SQT-3 likely forms higher order cuticular structures with the DPY-17 cuticular collagen, both of which are candidate substrates for the DPY-31 procollagen C-proteinase.
5dpy-7F46C8.6n/achrX 7,537,167dpy-7 encodes a cuticular collagen; DPY-7 functions as a structural constituent of the extracellular cuticle whose activity is required for normal cuticular morphology and hence, proper body form.
6Y37A1B.7Y37A1B.7n/achrIV 14,043,158
7F53B1.4F53B1.4n/achrX 2,112,426contains similarity to Pfam domains PF07993 (Male sterility protein) , PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF04321 (RmlD substrate binding domain) , PF01073 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family) , PF02719 (Polysaccharide biosynthesis protein) contains similarity to Interpro domains IPR003869 (Polysaccharide biosynthesis protein CapD), IPR002225 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase), IPR005913 (dTDP-4-dehydrorhamnose reductase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013120 (Male sterility, NAD-binding)
8wrt-1ZK1290.12n/achrII 7,532,133C. elegans WRT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01079 Hint module contains similarity to Interpro domains IPR003586 (Hedgehog/intein hint domain, C-terminal), IPR001657 (Peptidase C46, hedgehog protein), IPR002034 (Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site), IPR006141 (Intein splicing site), IPR003587 (Hedgehog/intein hint, N-terminal), IPR001767 (Peptidase C46, hedgehog protein, hint region)
9H03E18.1H03E18.1n/achrX 8,510,941contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
10sym-1C44H4.3n/achrX 14,582,934sym-1 encodes a protein containing 15 contiguous leucine-rich repeats (LRRs) that functionally overlaps with sym-5 and interacts with mec-8 with respect to embryonic viability and attachment of body muscle to the extracellular cuticle; expression begins at the time of embryonic elongation and SYM-1 is secreted from the apical hypodermal surface of the embryo
11K08B12.1K08B12.1n/achrV 6,260,074contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
12F09F9.2F09F9.2n/achrX 4,110,914
13W08A12.3W08A12.3n/achrV 3,683,717
14F15B9.8F15B9.8n/achrV 12,990,344contains similarity to Pfam domain PF00090 Thrombospondin type 1 domain contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I)
15lpr-3W04G3.8n/achrX 11,058,541W04G3.8 encodes a novel protein, conserved amongst nematodes; large-scale RNAi experiments indicate that W04G3.8 activity is required for normal growth rates, early larval development, and coordinated locomotion.
16lpr-4W04G3.3n/achrX 11,065,896C. elegans LPR-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012674 (Calycin), IPR011038 (Calycin-like)
17pqn-46F57B9.9n/achrIII 6,943,249The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
18dpy-2T14B4.6n/achrII 6,715,073The dpy-2 gene encodes an unusual cuticular collagen that is required for maintaining the normal body length of the animal in later larval stages; dpy-2 interacts with other cuticular collagens such as dpy-10 and sqt-1, and suppresses mutations in glp-1, mup-1, and emb-5.
19clec-180F32E10.3n/achrIV 7,571,306C. elegans CLEC-180 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
20R02F11.1R02F11.1n/achrV 4,801,848contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
21F40E10.5F40E10.5n/achrX 14,702,656contains similarity to Onchocerca volvulus OV39 antigen (Fragment).; SW:P31730
22F01D5.6F01D5.6n/achrII 14,007,416contains similarity to Pfam domain PF04536 Domain of unknown function (DUF477) contains similarity to Interpro domain IPR007621 (Protein of unknown function DUF477)
23dpy-8C31H2.2n/achrX 5,149,633dpy-8 encodes a collagen with a nematode-specific N-terminal domain that is required for normal body morphology and (perhaps) for a normal embryonic cell division rate; dpy-8 interacts genetically with emb-5 and glp-1.
24nas-4C05D11.6n/achrIII 6,413,237nas-4 encodes a predicted extracellular matrix metalloprotease of the M12A (astacin) family that contains an N-terminal signal sequence and a catalytic domain, but no recognizable regulatory domains in the C-terminus; as loss of nas-4 activity via RNAi results in no obvious abnormalities, the precise role of NAS-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; however, an NAS-4 translational reporter is expressed in the pharynx and intestine in larvae and adults, suggesting a role for NAS-4 in digestion; NAS-4 is specifically detected within cells of the pharyngeal procorpus, metacorpus, isthmus, and terminal bulb, with extracellular expression detected in the lumen of the terminal bulb and in the gut.
25tni-1F42E11.4n/achrX 11,376,606tni-1 encodes a member of the troponin family that affects body morphology, locomotion, egg laying, and epithelial morphogenesis in a large-scale RNAi analysis.
26M03B6.3M03B6.3n/achrX 13,862,714contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
27fkb-3C05C8.3n/achrV 7,225,808fkb-3 encodes a peptidylprolyl cis/trans isomerase homologous to mammalian FK506 immunosuppressant-binding protein 9; FKB-3 expression is positively regulated by signaling through the DAF-2 insulin receptor-like pathway and the activity of the DAF-16 fork-head transcription factor suggesting that FKB-3 could play a role in metabolism and longevity; however, as loss of FKB-3 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of FKB-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; FKB-3 contains a predicted endoplasmic reticulum (ER) retention sequence and is thus proposed to localize to the ER.
28grl-15Y75B8A.20n/achrIII 12,234,051grl-15 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-15 is expressed in the reproductive system, vulva, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
29rol-6T01B7.7n/achrII 8,733,614The rol-6 gene encodes a cuticle collagen related to human collagen alpha 1 (III) chain precursor (OMIM:120180), and is required for normal cuticular morphology; ROL-6 interacts with SQT-1, a closely related cuticle collagen, and is expressed at all stages from L2 to adult with transcripts detected at each of the molts preceding these stages.
30grl-10C26F1.5n/achrV 7,775,086grl-10 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
31T19B10.2T19B10.2n/achrV 11,222,045
32mlt-11W01F3.3n/achrV 20,668,250C. elegans MLT-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (10), PF00086 (Thyroglobulin type-1 repeat) contains similarity to Interpro domains IPR000716 (Thyroglobulin type-1), IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
33nhr-244ZK1025.6n/achrI 11,455,105C. elegans NHR-244 protein; contains similarity to Pfam domain PF00104 Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
34fasn-1F32H2.5n/achrI 8,980,067fasn-1 encodes a putative fatty acid synthase, orthologous to human FASN (OMIM:600212); CEP-1 is required for fully normal fasn-1 expression in vivo; CEP-1 drives transcription of luciferase reporters whose promoters contains either of two putative CEP-1 binding sites (FAS-T1 and FAS-T2) found in the fasn-1 gene, and this activity is partially lost by mutation of conserved CEP-1 residues (R298 or H310); in humans, the CEP-1 ortholog isoforms TAp73alpha and deltaNp63alpha bind the human FASN gene, suggesting that FASN genes might be a conserved direct target of p53-like proteins in metazoa; fasn-1 transcription is moderately activated (2 to 4-fold) in L1 or L2 larvae starved for 12 hours, but is not so activated in later larvae or adults.
35T17H7.1T17H7.1n/achrIII 741,822contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
36wrt-10ZK1290.8n/achrII 7,533,839wrt-10 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a C-terminal region of low-complexity sequence; WRT-10 is expressed in both male and hermaphrodite intestine; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-10 is required for normal growth to full size and locomotion; both of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
37col-90C29E4.1n/achrIII 7,949,381C. elegans COL-90 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR004829 (Cell surface antigen), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
38cyn-6F42G9.2n/achrIII 773,770cyn-6 encodes a cyclophilin most similar to human secreted cyclophilin type B isoforms that is functional when expressed in E. coli; it is expressed in the intestine.
39F19H8.4F19H8.4n/achrII 14,619,275contains similarity to Pfam domain PF04870 Protein of unknown function, DUF644 contains similarity to Interpro domain IPR006954 (Protein of unknown function DUF644)
40F22F4.1F22F4.1n/achrX 6,005,723
41F58H1.2F58H1.2n/achrV 11,929,524contains similarity to Lycopersicon esculentum Abscisic acid and environmental stress inducible protein TAS14s(Dehydrin TAS14).; SW:DH14_LYCES
42dpy-18Y47D3B.10n/achrIII 11,375,393An alpha subunit of prolyl-4-hydroxylase which is a procollagen modifying enzyme required for exoskeleton formation, morphogenesis and maintenance of body shape; it is expressed throughout the hypodermis and certain head and posterior neurons.
43T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
44F20G2.3F20G2.3n/achrV 13,767,197contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
45D1014.5D1014.5n/achrV 8,125,176contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
46Y47D3B.6Y47D3B.6n/achrIII 11,427,622contains similarity to Pfam domain PF01683 EB module contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
47D1005.5D1005.5n/achrX 1,471,940
48C34F6.1C34F6.1n/achrX 11,194,603contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
49F53F1.4F53F1.4n/achrV 13,411,377contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR013286 (Annexin, type VII)
50ZC434.3ZC434.3n/achrI 10,334,634contains similarity to Interpro domain IPR000931 (Adenovirus fibre protein)