UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1gpb-2F52A8.20chrI 7,319,690gpb-2 encodes an ortholog of Gbeta(5), that is dispensable for viability, but required for normal egg-laying, locomotion, and pharyngeal pumping; GBP-2 may regulate the interaction between the GOA-1 and EGL-30 signaling pathways based on genetic analysis; gpb-2 is expressed throughout development in the nervous system and in muscle, and expression is dependent upon expression of both EAT-16 and EGL-10.
2W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
3C05E7.1C05E7.1n/achrX 12,942,415
4T28F4.6T28F4.6n/achrI 7,493,740contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
5gei-15M03A8.4n/achrX 6,821,678C. elegans GEI-15 protein ;
6acr-23F59B1.9n/achrV 3,655,579acr-23 encodes an alpha 7-like homomer-forming subunit of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) superfamily which encode ligand-gated ion channels that regulate fast action of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; ACR-23 is a member of the DEG-3-like group of nAChR subunits which appears to be unique to nematodes.
7D2005.1D2005.1n/achrI 7,785,055contains similarity to Pfam domain PF02137 Adenosine-deaminase (editase) domain contains similarity to Interpro domain IPR002466 (Adenosine deaminase/editase)
8C50H11.8C50H11.8n/achrV 3,055,230
9C49F8.3C49F8.3n/achrX 13,386,773contains similarity to Pfam domain PF01682 DB module contains similarity to Interpro domain IPR002602 (Protein of unknown function DB)
10phat-2C46H11.9n/achrI 5,047,210C. elegans PHAT-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
11F54D10.3F54D10.3n/achrII 3,812,819contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domains IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
12F07A5.3F07A5.3n/achrI 7,355,830contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
13grd-12F02D8.2n/achrV 14,979,221grd-12 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity proline-rich domain, and a C-terminal Ground domain; GRD-12 is expressed in intestine, rectal epithelium, undefined head and tail cells, vulva, and hypodermis; the Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-12 is required for normal growth to full size, locomotion, and vulval morphogenesis; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
14Y54E5A.1Y54E5A.1n/achrI 14,690,180contains similarity to Pfam domains PF00487 (Fatty acid desaturase) , PF08557 (Sphingolipid Delta4-desaturase (DES)) contains similarity to Interpro domains IPR013866 (Sphingolipid delta4-desaturase, N-terminal), IPR010257 (Fatty acid desaturase, type 1, N-terminal), IPR011388 (Sphingolipid delta4-desaturase), IPR005804 (Fatty acid desaturase, type 1)
15M03A8.3M03A8.3n/achrX 6,802,151n/a
16R90.1R90.1n/achrV 12,893,678contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
17F18A11.2F18A11.2n/achrII 13,034,546contains similarity to Pfam domain PF00650 CRAL/TRIO domain contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal)
18F53C11.3F53C11.3n/achrV 13,783,418contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR000507 (Adrenergic receptor, beta 1), IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
19ark-1C01C7.1n/achrIV 12,626,527ark-1 encodes a homolog of the nonreceptor tyrosine kinase ACK which inhibits signalling through the EGF receptor homolog LET-23, both in (RAS-dependent) vulval development and in (RAS-independent) ovulation.
20C53B4.3C53B4.3n/achrIV 8,972,115C53B4.3 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:23098) (SLC22A1L; OMIM:602631), which when mutated leads to disease.
21bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
22C40H5.3C40H5.3n/achrX 11,760,088contains similarity to Solanum aggregatum NADH dehydrogenase subunit (Fragment).; TR:Q8HSG2
23F36F2.1F36F2.1n/achrI 9,019,505contains similarity to Homo sapiens Actin-binding Rho-activating protein; ENSEMBL:ENSP00000311436
24R07E3.2R07E3.2n/achrX 10,336,549contains similarity to Homo sapiens MYST histone acetyltransferase 3; ENSEMBL:ENSP00000265713
25C44C1.2C44C1.2n/achrX 959,222contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
26F17A2.4F17A2.4n/achrX 12,311,694contains similarity to Naja philippinensis;Naja samarensis;Naja sputatrix Short neurotoxin 1 (NTX I).; SW:NXS1_NAJPH
27F53B3.3F53B3.3n/achrX 2,868,560
28pxd-1C36E8.3n/achrIII 4,008,029C. elegans PXD-1 protein ; contains similarity to Aedes aegypti Tumor endothelial marker 7.; TR:Q16R67
29W05H7.1W05H7.1n/achrX 1,451,500contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein LOC283767; ENSEMBL:ENSP00000347269
30sulp-3F41D9.5n/achrX 8,405,893sulp-3 encodes one of eight C. elegans members of the sulfate permease family of anion transporters; by homology, SULP-3 is predicted to function as an anion transporter that regulates cellular pH and volume via transmembrane movement of electrolytes and fluids; a sulp-3::GFP transcriptional fusion is expressed exclusively in the pharyngeal muscles.
31eif-3.GF22B5.2n/achrII 8,443,436eif-3.G encodes a homolog of eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 4 that affects embryonic viability, fertility, and growth.
32Y37D8A.10Y37D8A.10n/achrIII 12,875,275contains similarity to Pfam domain PF06703 Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit (SPC25) contains similarity to Interpro domain IPR009582 (Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit)
33C15B12.1C15B12.1n/achrX 6,477,878contains similarity to Pfam domain PF01266 FAD dependent oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
34gex-2F56A11.1n/achrIV 578,227The gex-2 gene encodes a homolog of p140/Sra-1, a mammalian protein ligand of the small GTPase Rac1; gex-2 is required for tissue morphogenesis and cell migrations.
35plx-2K04B12.1n/achrII 14,421,292C. elegans PLX-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01833 (IPT/TIG domain) (3), PF01437 (Plexin repeat) (3), PF08337 (Plexin cytoplasmic region) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR002165 (Plexin), IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR002909 (Cell surface receptor IPT/TIG), IPR001627 (Semaphorin/CD100 antigen), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR016201 (Plexin-like fold), IPR013548 (Plexin cytoplasmic region), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
36C18E3.3C18E3.3n/achrI 4,205,990contains similarity to Staphylococcus saprophyticus subsp saprophyticus Uro-adherence factor A precursor.; SW:Q4A0V8
37T24D11.1T24D11.1n/achrX 16,409,674contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
38VT23B5.1VT23B5.1n/achrIV 12,665,034contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of WD repeat and FYVE domain-containing protein 3; ENSEMBL:ENSP00000318466
39K07E3.2K07E3.2n/achrX 8,105,875
40C01B10.10C01B10.10n/achrIV 6,626,165contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR002410 (Peptidase S33, prolyl aminopeptidase), IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
41nmgp-1F13H8.4n/achrII 6,261,707F13H8.4 encodes a homolog of the human neuronal membrane glycoproteins PLP1 (OMIM:300401, mutated in Pelizaeus-Merzbacher disease and spastic paraplegia), M6A (OMIM:601275), and M6B (300051); the presence of a myelin-related protein in C. elegans is currently unexplained, but suggests that some evolutionary precursor of myelin may exist in invertebrates, perhaps involving septate junctions between cells.
42T23G5.6T23G5.6n/achrIII 9,241,340contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domain IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding)
43rab-6.2T25G12.4n/achrX 17,223,409rab-6.2 encodes a small, monomeric Rab GTPase that is most closely related to the Drosophila and mammalian Rab6 GTPases; by homology, RAB-6.2 is predicted to function in the regulation of intracellular membrane trafficking; RNAi experiments indicate that rab-6.2 is required redundantly with rab-6.1 for normal embryonic development and reproduction.
44H22K11.2H22K11.2n/achrX 6,785,820contains similarity to Pfam domain PF01301 Glycosyl hydrolases family 35 contains similarity to Interpro domains IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001944 (Glycoside hydrolase, family 35)
45M04F3.4M04F3.4n/achrI 4,772,433contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR008080 (Parvalbumin), IPR003299 (Flagellar calcium-binding protein (calflagin))
46T19B10.3T19B10.3n/achrV 11,224,368The T19B10.3 gene encodes an ortholog of the human gene GALACTOSIDASE, BETA 1 (GLB1), which when mutated leads to gangliosidosis type I (OMIM:230500).
47gna-1B0024.12n/achrV 10,319,821gna-1 encodes one of two C. elegans glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferases (GNAs); by homology, GNA-1 is predicted to be required for the formation of UDP-N-acetylglucosamine, a substrate in chitin synthesis, Golgi and cytoplasmic glycosylation, and GPI anchoring; gna-1, like chs-2, is expressed pharyngeally rather than in germline, and (unlike its paralog gna-2) does not have an osmotically-sensitive embryonic lethal RNAi phenotype; as loss of gna-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of GNA-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
48D2045.9D2045.9n/achrIII 10,477,763contains similarity to Pfam domain PF01755 Glycosyltransferase family 25 (LPS biosynthesis protein) contains similarity to Interpro domains IPR002654 (Glycosyl transferase, family 25), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
49C36B7.6C36B7.6n/achrX 7,098,999contains similarity to Pfam domain PF05602 Cleft lip and palate transmembrane protein 1 (CLPTM1) contains similarity to Interpro domain IPR008429 (Cleft lip and palate transmembrane 1)
50F08G2.7F08G2.7n/achrII 13,838,597contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Suppresor of mar1-1 (sir2) mutation; SGD:YDR310C