UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F49E7.2F49E7.21.9999999999999998e-130chrX 1,096,278
2rha-1T07D4.3n/achrII 8,880,999rha-1 encodes an ATP-dependent DEAD/H box RNA helicase orthologous to human RNA helicase A and Drosophila Maleless, an essential component of the dosage compensation machinery required for increased X-linked transcription in males; by homology, RHA-1 is predicted to function in regulation of transcription, translation, RNA processing, and/or RNA replication; in C. elegans, RHA-1 is required for germ cell proliferation, normal germ cell nuclear morphology, RNA-mediated interference (RNAi) of germline-expressed genes, and silencing of germline-expressed transgenes; RHA-1 is reported to localize to the nucleus and the cytoplasm.
3coq-6K07B1.2n/achrV 9,337,783coq-6 encodes a putative flavin-dependent aromatic-ring monooxygenase, homologous to yeast COQ6; COQ-6 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-6(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
4F54F2.7F54F2.7n/achrIII 8,806,716contains similarity to Interpro domain IPR011053 (Single hybrid motif)
5chw-1F22E12.2n/achrV 10,463,355C. elegans CHW-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
6F20C5.4F20C5.4n/achrIV 8,766,075contains similarity to Pfam domain PF03381 LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family contains similarity to Interpro domain IPR005045 (Protein of unknown function DUF284, transmembrane eukaryotic)
7cal-3M02B7.6n/achrIV 3,832,350cal-3 encodes a member of the calmodulin family.
8EGAP2.1EGAP2.1n/achrII 5,232,292
9F07E5.5F07E5.5n/achrII 2,056,499contains similarity to Pfam domain PF00098 Zinc knuckle contains similarity to Interpro domains IPR013084 (Zinc finger, CCHC retroviral-type), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
10F48A11.4F48A11.4n/achrII 214,905
11F53H4.3F53H4.3n/achrX 15,886,572contains similarity to Mus musculus Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog).; SW:ATX1_MOUSE
12T07F12.2T07F12.2n/achrX 4,891,246contains similarity to Pfam domain PF02225 PA domain contains similarity to Interpro domain IPR003137 (Protease-associated PA)
13Y43F4B.7Y43F4B.7n/achrIII 13,310,326contains similarity to Pfam domain PF01490 Transmembrane amino acid transporter protein contains similarity to Interpro domains IPR013057 (Amino acid transporter, transmembrane), IPR003568 (Cytochrome c-type biogenesis protein CcmF)
14W08F4.11W08F4.11n/achrII 593,637
15F53A2.9F53A2.9n/achrIII 13,357,930contains similarity to Pfam domain PF00646 (F-box domain)
16F01G12.1F01G12.1n/achrX 16,395,930contains similarity to Pfam domain PF04145 Ctr copper transporter family contains similarity to Interpro domain IPR007274 (Ctr copper transporter)
17F44E5.3F44E5.3n/achrII 11,763,830contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000304160
18ZK154.4ZK154.4n/achrX 7,779,677
19hmt-1W09D6.6n/achrIII 11,095,634hmt-1 encodes a predicted transmembrane half-molecule ATP-binding cassette (ABC) transporter orthologous to Schizosaccharomyces pombe heavy metal tolerance factor 1 (SpHMT1), an ATP-dependent phytochelatin transporter; HMT-1 is required for cadmium detoxification and by homology, is predicted to promote sequestration of heavy metal-containing phytochelatins into intracellular vacuoles to protect cells from potential damage.
20sru-16Y45F10B.4n/achrIV 13,581,181C. elegans SRU-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
21clec-93ZK39.4n/achrI 11,143,094C. elegans CLEC-93 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
22bath-39F25H9.4n/achrV 13,460,604C. elegans BATH-39 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
23taf-4R119.6n/achrI 385,688taf-4 encodes a TAFII (TBP(TATA-binding protein)-associated factor) that is orthologous to human TAF4 (hTAFII130); TAF-4 is predicted to be a component of the TFIID mRNA transcription complex and is generally required for early embryonic mRNA transcription; consistent with this observation, taf-4(RNAi) results in embryonic lethality at the ~100-cell stage with little cell differentiation, similar to the loss of AMA-1/RNA polymerase II activity; TAF-4 is detected in nuclei in the adult germline, oocytes, and embryo, from the 2-cell stage through early morphogenesis.
24C41H7.4C41H7.4n/achrII 3,004,748contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
25F33D11.5F33D11.5n/achrI 5,836,021contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
26F25D1.4F25D1.4n/achrV 10,543,032contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
27vhl-1F08G12.4n/achrX 11,307,692vhl-1 is orthologous to the mammalian tumor suppressor gene Von Hippel-Landau syndrome (VHL; OMIM:193300), which is part of a ubiquitylation complex targetting proteins for proteasomal degradation.
28C50E3.11C50E3.11n/achrV 7,602,879contains similarity to Interpro domain IPR002666 (Reduced folate carrier)
29F36D1.1F36D1.1n/achrI 11,278,248contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)
30tag-184F18C5.3n/achrII 6,550,797C. elegans TAG-184 protein; contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
31F53H1.3F53H1.3n/achrIV 1,334,268contains similarity to Pfam domain PF07792 Protein of unknown function (DUF1630) contains similarity to Interpro domain IPR012860 (Protein of unknown function DUF1630)
32Y54G11A.11Y54G11A.11n/achrII 14,350,230contains similarity to Pfam domain PF05129 Transcription elongation factor Elf1 like contains similarity to Interpro domain IPR007808 (Protein of unknown function DUF701, zinc-binding putative)
33fbxa-190F56C3.2n/achrX 1,373,317This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
34F56B3.8F56B3.8n/achrIV 774,932contains similarity to Pfam domains PF00181 (Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain) , PF03947 (Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002171 (Ribosomal protein L2), IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR014722 (Translation protein SH3-like, subgroup)
35Y73C8C.3Y73C8C.3n/achrV 3,116,714contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of Centromeric protein E; ENSEMBL:ENSP00000369365
36K09A11.1K09A11.1n/achrX 13,263,425contains similarity to Pfam domains PF05699 (hAT family dimerisation domain) , PF02892 (BED zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR008906 (HAT dimerisation), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
37lips-12T13B5.6n/achrII 1,113,234C. elegans LIPS-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
38gpn-1F59D12.4n/achrX 15,684,484gpn-1 encodes a glypican, a heparan sulfate proteoglycan anchored to the cell membrane by a GPI linkage, that is orthologous to Drosophila Dally-like (Dlp) and mammalian glypicans (OMIM:312870, mutated in Simpson-Golabi-Behmel overgrowth syndrome); by homology, GPN-1 is predicted to function as a cell surface protein that regulates intercellular signaling, perhaps within the context of cell division and growth regulation; however, as loss of gpn-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of GPN-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
39Y75B12B.3Y75B12B.3n/achrV 15,186,069contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mlp proteins restrict telomere length by influencing the Rif1-Tel1 pathway of telomerase regulation; also involved in the translocation of macromolecules between the nucleoplasm and the NPC; SGD:YKR095W
40C50F2.2C50F2.2n/achrI 3,885,072contains similarity to Interpro domain IPR002951 (Atrophin)
41T13C5.6T13C5.6n/achrX 6,207,063contains similarity to Pfam domain PF01569 PAP2 superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR016118 (Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal)
42tag-324C27C12.5n/achrX 14,850,888C. elegans TAG-324 protein; contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
43H20E11.2H20E11.2n/achrIV 6,828,617contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR003366 (CUB-like region)
44Y48E1C.2Y48E1C.2n/achrII 13,426,646contains similarity to Pfam domain PF07942 N2227-like protein contains similarity to Interpro domain IPR012901 (N2227-like)
45dct-10Y38H6C.5n/achrV 20,503,211C. elegans DCT-10 protein; contains similarity to Pfam domains PF03732 (Retrotransposon gag protein) , PF00098 (Zinc knuckle) contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR005162 (Retrotransposon gag protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
46srh-67T21B4.6n/achrII 12,509,457C. elegans SRH-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47rod-1F55G1.4n/achrIV 7,481,969C. elegans ROD-1 protein ; contains similarity to Caenorhabditis remanei Putative RoughDeal (Fragment).; TR:Q4TTM7
48B0454.9B0454.9n/achrII 3,053,483contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
49srt-13ZC142.1n/achrV 4,249,044C. elegans SRT-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000539 (Frizzled protein)
50srbc-61F08E10.2n/achrV 17,477,416C. elegans SRBC-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)