UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1scl-2F49E11.102e-123chrIV 13,058,350C. elegans SCL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
2C32F10.4C32F10.4n/achrI 5,809,249
3F49H6.5F49H6.5n/achrV 17,024,380The F49H6.5 gene encodes a homolog of the human gene MOCS1A, which when mutated leads to molybdenum cofactor deficiency (OMIM:252150).
4dhs-26ZK816.5n/achrX 3,361,621dhs-26 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
5T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
6T19D12.3T19D12.3n/achrII 6,660,581
7bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
8clec-98ZK39.7n/achrI 11,154,783C. elegans CLEC-98 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
9F07C4.6F07C4.6n/achrV 7,627,266contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
10C13A2.3C13A2.3n/achrV 7,283,523contains similarity to Pfam domain PF03269 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF268 contains similarity to Interpro domain IPR004951 (Protein of unknown function DUF268, Caenorhabditis species)
11col-116F17E9.1n/achrIV 8,357,297C. elegans COL-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
12srh-193F47D2.9n/achrV 4,289,288C. elegans SRH-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13F48G7.2F48G7.2n/achrV 637,034
14col-183F02D10.1n/achrX 13,467,159C. elegans COL-183 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
15fbxa-164C08E3.7n/achrII 1,613,450This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
16ins-11C17C3.4n/achrII 5,556,897ins-11 encodes an insulin-like peptide of the insulin superfamily of proteins (OMIM:176730, 147440); INS-11 is one of 38 insulin-like peptides in C. elegans and is expressed in the labial sensory neurons, the nerve ring, and other neurons; although the precise role of INS-11 in C. elegans development is not yet clear, loss of INS-11 function via RNA-mediated interference can result in animals that are smaller than wild type (Sma).
17C03G6.6C03G6.6n/achrV 7,358,148contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
18skr-5F47H4.10n/achrV 17,348,283The skr-5 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-5(RNAi) animals are at least superficially normal.
19nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
20nlp-7F18E9.2n/achrX 8,593,444C. elegans NLP-7 protein ;
21cex-1F56D1.6n/achrII 5,448,034C. elegans CEX-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
22F07C3.9F07C3.9n/achrV 9,254,456
23ttr-2K03H1.4n/achrIII 9,928,259K03H1.4 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; the product of K03H1.4 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
24grl-17C56A3.1n/achrV 13,562,991grl-17 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-17 is expressed in pharynx, rectal epithelium, amphid socket cells, larval arcade cells, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
25C45B2.3C45B2.3n/achrX 6,083,106
26thn-2F28D1.5n/achrIV 12,383,557C. elegans THN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00314 Thaumatin family contains similarity to Interpro domain IPR001938 (Thaumatin, pathogenesis-related)
27T28A11.5T28A11.5n/achrV 3,270,895contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR003559 (Cytolethal distending toxin C), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
28T28A11.16T28A11.16n/achrV 3,258,866contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
29C06E4.8C06E4.8n/achrIV 7,284,853contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
30dhs-31T04B2.6n/achrIV 10,040,250C. elegans DHS-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
31col-102C18H7.3n/achrIV 605,160col-102 encodes a cuticle collagen.
32C36C5.12C36C5.12n/achrV 3,158,933contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
33C13A2.4C13A2.4n/achrV 7,279,942contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
34C05D11.8C05D11.8n/achrIII 6,424,823contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of UPF0518 protein C11orf56; ENSEMBL:ENSP00000265978
35ttr-1K03H1.6n/achrIII 9,929,635ttr-1 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; although TTR-1 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known, loss of ttr-1 function via RNAi can result in enhanced dauer formation and daf-16-dependent lifespan extension.
36col-35C15A11.1n/achrI 7,386,359col-35 encodes a collagen that is individually dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens; the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-35 are most closely related to those of COL-8, COL-19, and COL-39.
37srw-120K12D9.5n/achrV 2,995,551C. elegans SRW-120 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
38ptr-16T21H3.2n/achrV 1,172,902ptr-16 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-16 is partially required for normal molting from L2 to L3 larval stages; however, PTR-16 and PTR-1 together are strongly required for both molting and viability, with double ptr-1/-16 RNAi animals showing pronounced molting defects and lethality; PTR-16 is also required for normal growth to full size and locomotion.
39F17C11.4F17C11.4n/achrV 10,952,702contains similarity to Mus musculus Desmoglein 2 precursor.; SW:DSG2_MOUSE
40F43H9.4F43H9.4n/achrV 8,027,713contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
41F47B8.8F47B8.8n/achrV 14,332,167contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domain IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal)
42srbc-20C45H4.11n/achrV 2,147,858C. elegans SRBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
43ocr-3T10B10.7n/achrX 15,171,101ocr-3 encodes a predicted TRPV channel (transient receptor potential cation channel, subfamily V) containing six membrane-spanning regions, cytoplasmic ankyrin repeats, and a long, unconserved cytoplasmic tail that is related to the mammalian TRPV1 cation channel (OMIM:602076) activated by capsaicin and other noxious stimuli; although the precise role of OCR-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, OCR-3 expression is detected solely in the rectal gland cells and occasionally the glial socket cells of the head, suggesting that OCR-3 may function in sensory signal transduction in these cell types.
44fbxa-162C08E3.5n/achrII 1,608,500This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
45F11F1.6F11F1.6n/achrIII 13,403,684contains similarity to Escherichia coli Shiga toxin 1 B subunit.; TR:Q8L167
46nlp-39C54C8.9n/achrI 12,461,774C. elegans NLP-39 protein ;
47C13A2.6C13A2.6n/achrV 7,271,247contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
48Y20C6A.1Y20C6A.1n/achrV 17,374,108This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
49srw-33T26H5.5n/achrV 15,450,551C. elegans SRW-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
50C05D11.13C05D11.13n/achrIII 6,443,485contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2839-PA;; FLYBASE:CG2839