UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F49D11.2F49D11.20chrI 10,922,443contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
2str-150T03E6.4n/achrV 16,584,195C. elegans STR-150 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
3F46B3.2F46B3.2n/achrV 20,594,388contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
4W03F9.4W03F9.4n/achrV 149,461contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT), IPR001644 (C3A-anaphylatoxin receptor)
5C17A2.3C17A2.3n/achrII 3,844,552contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2975-PA;; FLYBASE:CG2975
6F55F1.2F55F1.2n/achrX 2,769,819
7nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8nas-39F38E9.2n/achrX 16,464,603C. elegans NAS-39 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF00431 (CUB domain) (4), PF01400 (Astacin (Peptidase family M12A)) contains similarity to Interpro domains IPR015446 (Bone morphogenetic protein 1/tolloid-like protein), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006210 (EGF), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR000859 (CUB), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013091 (EGF calcium-binding)
9B0207.2B0207.2n/achrI 5,955,959
10F31A9.1F31A9.1n/achrX 1,797,616
11C18D1.2C18D1.2n/achrII 10,057,912contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR008075 (Lipocalin-1 receptor), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
12srg-14F26B1.6n/achrI 6,313,673C. elegans SRG-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
13T24D5.1T24D5.1n/achrX 12,575,561contains similarity to Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus ORF MSV156 hypothetical protein.; TR:Q9YVT6
14acr-12R01E6.4n/achrX 13,534,608acr-12 encodes a nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) alpha subunit that is a member of the ACR-8-like group of C. elegans nAChR subunits; as an nAChR subunit, ACR-12 is predicted to mediate fast excitatory neurotransmission, however loss of acr-12 activity via mutation or RNAi results in no obvious defects; ACR-12 copurifies with UNC-29 and LEV-1, suggesting that ACR-12 can form receptors with these two non-alpha AChR subunits; an ACR-12::GFP fusion protein is expressed exclusively in ventral cord motor neurons, including the D neurons; in vivo, ACR-12 colocalizes with some, but not all, UNC-38-containing postsynaptic receptor clusters, suggesting that ACR-12 contributes to only a subset of these receptor clusters.
15F08F3.1F08F3.1n/achrV 5,447,387
16Y43F8C.11Y43F8C.11n/achrV 19,670,774contains similarity to Mus sp Interleukin-3 receptor beta subunit (Fragment).; TR:Q64130
17F16G10.13F16G10.13n/achrII 2,395,441contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
18F15G9.2F15G9.2n/achrX 9,713,365contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IAW6
19T07D10.1T07D10.1n/achrI 12,604,999contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus Katanin p80 subunit.; TR:O61585
20bbs-9C48B6.8n/achrI 6,920,270C. elegans BBS-9 protein ; contains similarity to Homo sapiens 95 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000346214
21nhr-216T09D3.4n/achrV 5,356,451C. elegans NHR-216 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
22srb-17F01D4.7n/achrIV 10,455,510C. elegans SRB-17 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF03125 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
23C08H9.11C08H9.11n/achrII 9,858,792contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
24E03G2.1E03G2.1n/achrX 15,927,754contains similarity to Plasmodium falciparum Glutamate--cysteine ligase (EC 6.3.2.2).; TR:Q9TY17
25T25E4.2T25E4.2n/achrII 5,581,240
26srbc-79B0250.6n/achrV 20,487,016C. elegans SRBC-79 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
27Y39E4B.13Y39E4B.13n/achrIII 13,092,265contains similarity to Caulobacter crescentus Localization factor podJL (Polar organelle development protein)s[Contains: Localization factor podJS].; SW:PODJ_CAUCR
28sre-43W07G1.6n/achrII 13,967,710C. elegans SRE-43 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
29W03A5.1W03A5.1n/achrIII 5,410,601contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR001452 (Src homology-3), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
30C30F2.2C30F2.2n/achrX 16,080,929contains similarity to Interpro domain IPR001841 (Zinc finger, RING-type)
31srh-192ZC132.7n/achrV 4,313,561C. elegans SRH-192 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32C17H11.1C17H11.1n/achrX 8,177,329contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000565 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
33str-250C06B3.10n/achrV 13,919,315C. elegans STR-250 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34jkk-1F35C8.3n/achrX 5,370,204jkk-1 encodes a member of the MAP kinase kinase superfamily that affects synaptic vesicle localization and is required in type-D motor neurons for normal locomotion; can function in the Hog1 MAP kinase pathway I in yeast as an activator of JNK and is expressed in most neurons
35C17B7.9C17B7.9n/achrV 3,331,512contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
36che-12B0024.8n/achrV 10,303,399che-12 encodes a conserved protein that contains at least seven predicted HEAT repeats; CHE-12 activity is required continuously in sensory neurons for formation of distal ciliary segments and thus, for normal sensory cilium morphology and function and chemotaxis to a subset of attractants, including sodium chloride; a che-12::gfp promoter fusion is expressed in the two phasmid neurons and the subset of amphid neurons that contain relatively simple cilia; a CHE-12::GFP protein localizes to cilia in a manner suggesting that it requires intraflagellar transport for proper localization, but is unlikely to be a core IFT particle component; che-12 expression in ciliated neurons is dependent upon the presence of the DAF-19 RFX transcription factor.
37T05E11.2T05E11.2n/achrIV 11,115,881T05E11.2 encodes a claudin homolog that may be required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; T05E11.2 is worm-specific, with a with highly divergent sequence lacking obvious homologs; T05E11.2 has no obvious function in mass RNAi assays; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water.
38F08G12.5F08G12.5n/achrX 11,309,490contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
39H28G03.3H28G03.3n/achrX 5,221,191
40nlp-22T24D8.3n/achrX 2,341,705C. elegans NLP-22 protein ;
41str-252C06B3.9n/achrV 13,917,252C. elegans STR-252 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR008365 (Prostanoid receptor), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42srw-124C44C3.1n/achrV 2,977,215C. elegans SRW-124 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
43clec-114C49A1.9n/achrI 14,233,796C. elegans CLEC-114 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold)
44aqp-6C32C4.2n/achrV 10,651,251apq-6 encodes an aquaporin whose expression in Xenopus oocytes increases water permeability five- to seven-fold; aqp-6 has no function in mass RNAi assays, perhaps reflecting genetic redundancy with its paralogs AQP-4 and AQP-5; AQP-6 is expressed in the cilia and cell bodies of IL1 sensory neurons; AQP-6 is orthologous to human AQP8 (OMIM:603750).
45F30B5.7F30B5.7n/achrIV 4,230,520contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
46ZK112.5ZK112.5n/achrIII 7,738,805
47nhr-194F59E11.8n/achrV 8,969,321C. elegans NHR-194 protein; contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
48srd-71C13B7.4n/achrV 2,424,746C. elegans SRD-71 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001614 (Myelin proteolipid protein PLP), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002016 (Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial)
49sto-6Y71H9A.2n/achrX 11,634,381C. elegans STO-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01145 SPFH domain / Band 7 family contains similarity to Interpro domains IPR001107 (Band 7 protein), IPR001972 (Stomatin)
50T05B4.9T05B4.9n/achrV 4,117,993contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)