UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F49B2.3F49B2.32e-153chrI 14,311,927contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000694 (Proline-rich region)
2T01B10.5T01B10.5n/achrX 8,496,580
3flr-1F02D10.5n/achrX 13,454,529flr-1 encodes an ion channel that belongs to the DEG/ENaC sodium channel superfamily; flr-1 activity is essential for normal defecation rhythm, growth rates, expulsion, and dauer larvae formation; a rescuing FLR-1::GFP reporter is expressed in the intestine from embryonic to adult stages where it localizes to the membranes facing the inner lumen as well as to part of the lateral membrane between intestinal cells.
4ZK892.3ZK892.3n/achrII 10,002,830contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
5F55A4.4F55A4.4n/achrX 1,025,409contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
6R102.6R102.6n/achrIV 10,699,884contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein)
7nas-1F45G2.1n/achrIII 13,407,525nas-1 encodes an astacin-like metalloprotease.
8T21D11.1T21D11.1n/achrIII 7,246,672contains similarity to Pfam domain PF00413 Matrixin contains similarity to Interpro domains IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR001818 (Peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin)
9skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
10srv-11H25K10.3n/achrIV 16,220,615C. elegans SRV-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF01461 (7TM chemoreceptor) , PF01748 (Caenorhabditis serpentine receptor-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
11srx-116W05B10.5n/achrV 12,671,795C. elegans SRX-116 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
12nhr-165C47F8.2n/achrI 12,332,239C. elegans NHR-165 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
13srh-200F07C4.13n/achrV 7,652,983C. elegans SRH-200 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14F52C12.4F52C12.4n/achrIV 1,934,886contains similarity to Pfam domains PF01535 (PPR repeat) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR005113 (uDENN), IPR002885 (Pentatricopeptide repeat), IPR001194 (DENN)
15T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
16srh-250C49D10.3n/achrII 3,879,253C. elegans SRH-250 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
17F49E12.8F49E12.8n/achrII 8,393,450contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA0335; TR:O15044
18C11G10.1C11G10.1n/achrX 15,157,907
19Y38H6C.4Y38H6C.4n/achrV 20,500,386contains similarity to Mus musculus Similar to hypothetical protein FLJ21522 (Epidermal growth factorsreceptor pathway substrate 8 related protein 3).; TR:Q91WL0
20fbxa-166C08E3.9n/achrII 1,617,962C. elegans FBXA-166 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
21R07C12.2R07C12.2n/achrIV 4,149,092
22R04B3.2R04B3.2n/achrX 2,472,601The R04B3.2 gene encodes an ortholog of the human gene LYSOSOMAL GLYCOSYLASPARAGINASE (AGA; OMIM:208400), which when mutated leads to aspartylglucosaminuria (OMIM:208400).
23F52G3.5F52G3.5n/achrX 16,974,629contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
24nhr-32K08H2.8n/achrX 13,254,014C. elegans NHR-32 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
25cdc-42R07G3.1n/achrII 7,617,275cdc-42 encodes a RHO GTPase which controls polarity of both individual cells and developing embryos by regulating the localization of PAR proteins; CDC-42 is expressed at hypodermal cell boundaries; cdc-42 expression levels are unusually stable, with relatively little variation between adults, dauers, and L3 larvae, or between wild-type and daf-2(e1370ts) or daf-16(m26) mutant adults.
26nhr-227T27B7.5n/achrV 2,286,399C. elegans NHR-227 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
27F45G2.10F45G2.10n/achrIII 13,438,200contains similarity to Pfam domain PF01883 Domain of unknown function DUF59 contains similarity to Interpro domain IPR002744 (Protein of unknown function DUF59)
28T07F10.6T07F10.6n/achrV 12,865,830contains similarity to Pfam domain PF06879 Protein of unknown function (DUF1261) contains similarity to Interpro domain IPR009673 (Protein of unknown function DUF1261)
29D1053.3D1053.3n/achrX 11,731,700contains similarity to Interpro domain IPR001208 (MCM)
30W09H1.3W09H1.3n/achrII 13,184,626contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ31139 fis, clone IMR322001185; ENSEMBL:ENSP00000380962
31F59A2.2F59A2.2n/achrIII 3,408,380contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EN31
32srz-15C32H11.2n/achrIV 12,916,637C. elegans SRZ-15 protein ;
33T03F7.6T03F7.6n/achrV 11,295,604contains similarity to Interpro domain IPR001036 (Acriflavin resistance protein)
34atp-4T05H4.12n/achrV 6,426,736C. elegans ATP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF05511 Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6 contains similarity to Interpro domain IPR008387 (ATPase, F0 complex, subunit F6, mitochondrial)
35srw-65Y38H6C.2n/achrV 20,497,408C. elegans SRW-65 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
36fbxa-171C38D9.1n/achrV 17,564,573This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
37hda-4C10E2.3n/achrX 16,737,045hda-4 encodes a class II histone deacetylase that contains a putative MEF-2 DNA binding domain, a nuclear localization signal domain, and a single catalytic domain and may affect locomotion, body morphology, and growth; interacts with MEF-2 in in vitro assays and is expressed in body-wall muscle, neurons, and hypodermal seam cells
38srw-39F19B2.3n/achrV 20,166,056C. elegans SRW-39 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domain IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300)
39T08G2.2T08G2.2n/achrX 17,207,313contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
40cyp-33E3F42A9.4n/achrIV 8,615,428C. elegans CYP-33E3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I)
41AC8.7AC8.7n/achrX 230,898
42K02D7.5K02D7.5n/achrIV 309,359contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domain IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
43K03D10.3K03D10.3n/achrI 14,122,952The K03D10.3 gene encodes a MYST acetyltransferase orthologous to the Drosophila MALES-ABSENT-ON-THE-FIRST (MOF) and CG1894 proteins, the human MOF protein, and the S. cerevisiae SAS2 protein.
44F09C11.1F09C11.1n/achrIV 543,658
45C24A3.4C24A3.4n/achrX 8,993,472contains similarity to Pfam domain PF02515 CoA-transferase family III contains similarity to Interpro domains IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site), IPR003673 (CoA-transferase family III)
46C03F11.2C03F11.2n/achrX 5,395,712contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
47ram-5T24C2.1n/achrX 14,553,138ram-5 encodes a novel transmembrane protein; during male tail development, ram-5 activity is required in ray structural cells for proper sensory ray morphogenesis; a RAM-5::GFP fusion protein is expressed in all of the ray structural cells of the male tail, as well as additional sensory support cells in both hermaphrodites and males, including those of the inner labial sensilla as well as the ADE, PDE, and phasmid socket cells.
48F18F11.4F18F11.4n/achrIV 332,622contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
49srbc-58R09E12.2n/achrV 776,135C. elegans SRBC-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
50W09G12.9W09G12.9n/achrIV 1,217,448