UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F48E8.4F48E8.40chrIII 5,456,244contains similarity to Interpro domain IPR009011 (Mannose-6-phosphate receptor, binding)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4F22F7.4F22F7.4n/achrV 2,104,867contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
5mes-2R06A4.7n/achrII 14,386,115mes-2 encodes a SET domain-containing protein that is orthologous to the Drosophila Polycomb group protein Enhancer of zeste [E(Z)]; as a member of a Polycomb-like chromatin repressive complex with MES-3 and MES-6, MES-2 is required maternally for normal germline development and during larval development, for anteroposterior patterning; during germline development, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is believed to be essential for maintaining repression of the X chromosome, and in transgenic animals, the complex is necessary for germline repression of repetitive transgenes; in axial patterning, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is required in somatic tissues for maintaining homeotic gene repression, acting upstream of the Hox genes lin-39, mab-5, and egl-5, as well as the egl-5 target gene lin-32; in addition, MES-2 activity is required for normal levels and localization of MES-3 in >24-cell-stage embryos; MES-2 expression is detected in the primordial germ cells and germline nuclei throughout development, in all nuclei in early embryos, and in somatic nuclei, including those of the male tail, in L2 and L3 larvae; in the nucleus, MES-2 appears to localize to chromatin.
6B0564.7B0564.7n/achrIV 13,102,647contains similarity to Aedes aegypti Cell cycle progression.; TR:Q16U20
7srh-220F47C12.5n/achrIV 3,977,216C. elegans SRH-220 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8C40H5.2C40H5.2n/achrX 11,754,976contains similarity to Bifidobacterium longum Possible magnesium and cobalt transport protein.; TR:Q8G4E0
9srw-8F59D6.5n/achrV 3,033,490C. elegans SRW-8 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
10F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
11tag-179T24D1.4n/achrI 9,961,143C. elegans TAG-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF04922 DIE2/ALG10 family contains similarity to Interpro domains IPR016900 (Alpha-1, 2 glucosyltransferase Alg10), IPR007006 (DIE2/ALG10)
12K09B11.10K09B11.10n/achrIV 13,439,731contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
13C17A2.7C17A2.7n/achrII 3,842,652contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR004101 (Mur ligase, C-terminal), IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
14srt-38F47D2.6n/achrV 4,270,408C. elegans SRT-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
15grl-28T24A6.15n/achrV 3,551,603grl-28 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
16K10D11.2K10D11.2n/achrIV 12,980,447contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
17F52E10.3F52E10.3n/achrX 16,283,853contains similarity to Salmonella typhimurium Secretion system apparatus protein ssaM.; SW:SSAM_SALTY
18T07D3.3T07D3.3n/achrII 895,627contains similarity to Homo sapiens CGI16-iso; ENSEMBL:ENSP00000368599
19W06D12.1W06D12.1n/achrV 17,736,716contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
20srg-61C24B9.11n/achrV 2,739,518C. elegans SRG-61 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
21srw-83ZK262.6n/achrV 18,428,523C. elegans SRW-83 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
22srxa-10R10E11.7n/achrIII 9,795,820C. elegans SRXA-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF03383 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein, class xa contains similarity to Interpro domain IPR005047 (Protein of unknown function DUF286, G protein-coupled receptor-like putative Caenorhabditis species)
23K04B12.3K04B12.3n/achrII 14,444,229contains similarity to Anopheles gambiae str PEST AGAP010179-PA (Fragment).; TR:Q7Q0T1
24R02D3.4R02D3.4n/achrIV 234,979contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C12orf11; ENSEMBL:ENSP00000261191
25C28A5.2C28A5.2n/achrIII 4,437,117contains similarity to Interpro domain IPR001564 (Nucleoside diphosphate kinase)
26F43H9.3F43H9.3n/achrV 8,024,072contains similarity to Homo sapiens PAP associated domain containing 4; ENSEMBL:ENSP00000296783
27tre-5C23H3.7n/achrII 54,158C. elegans TRE-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF01204 Trehalase contains similarity to Interpro domains IPR001661 (Glycoside hydrolase, family 37), IPR008928 (Six-hairpin glycosidase-like)
28pdhk-2ZK370.5n/achrIII 8,739,634C. elegans PDHK-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02518 Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase contains similarity to Interpro domains IPR005467 (Signal transduction histidine kinase, core), IPR004358 (Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal), IPR003594 (ATP-binding region, ATPase-like)
29str-170T08B6.7n/achrIV 4,878,848C. elegans STR-170 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30osm-11F11C7.5n/achrX 17,420,817C. elegans OSM-11 protein ;
31F13A2.1F13A2.1n/achrV 4,381,556
32nhr-257C17A2.1n/achrII 3,853,795C. elegans NHR-257 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
33str-108F10A3.13n/achrV 16,166,795C. elegans STR-108 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34M18.6M18.6n/achrIV 12,122,042contains similarity to Interpro domain IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal)
35nhr-249ZK381.3n/achrIV 6,972,292C. elegans NHR-249 protein; contains similarity to Pfam domain PF00104 Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
36T27E9.6T27E9.6n/achrIII 13,475,636contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bsl1006 protein.; TR:Q89VN9
37srx-8C14C6.9n/achrV 555,265C. elegans SRX-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
38F52B11.2F52B11.2n/achrIV 14,084,140F52B11.2 is orthologous to the human gene PHOSPHOMANNOMUTASE 2 (PMS2; OMIM:601785), which when mutated leads to congenital disorder of glycosylation, type Ia.
39ilys-2C45G7.2n/achrIV 2,468,243C. elegans ILYS-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF05497 Destabilase contains similarity to Interpro domain IPR008597 (Destabilase)
40morc-1ZC155.3n/achrIII 5,205,271C. elegans MORC-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR003594 (ATP-binding region, ATPase-like)
41W03H9.2W03H9.2n/achrII 14,144,403contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; HI:HIT000046554
42C29H12.5C29H12.5n/achrII 6,111,947contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR000953 (Chromo domain), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR016197 (Chromo domain-like)
43K06G5.3K06G5.3n/achrX 14,221,334contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Required for invasion and pseudohyphae formation in response to nitrogen starvation; SGD:YIR019C
44his-47B0035.7n/achrIV 11,324,148his-47 encodes an H2A histone; by homology, HIS-47 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-47 is a replication-dependent histone locus that resides in a histone gene-rich region on chromosome IV.
45clec-190M199.4n/achrIV 15,125,488C. elegans CLEC-190 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
46mig-17F57B7.4n/achrV 11,447,925mig-17 encodes a secreted metalloprotease that is a member of the ADAM (A Disintegrin And Metalloprotease) protein family; MIG-17 activity is required for proper migration of gonadal leader cells, namely the hermaphrodite distal tip cells (DTCs) and the male linker cell (MLC); a MIG-17::GFP translational fusion protein is first detected in late embryos with expression continuing through adulthood; expression is initially seen on the pseudocoelomic face of body wall muscles and then on the surface of the gonad, when the DTCs migrate on the lateral hypodermis towards the dorsal muscles; proper MIG-17 localization and glycosylation requires activity of MIG-23, a membrane-bound nucleoside diphosphatase, as well as activity of COGC-3 and COGC-1, two members of the conserved oligomeric Golgi complex; expression studies with MIG-17 deletion derivatives indicate that MIG-17 is expressed by the body wall muscles and then localizes to the DTCs where its activity is sufficient for guiding DTC migration.
47F41C3.1F41C3.1n/achrII 4,752,652contains similarity to Pfam domain PF06887 Protein of unknown function (DUF1265) contains similarity to Interpro domain IPR009676 (Protein of unknown function DUF1265)
48btb-5W05G11.5n/achrIII 60,257C. elegans BTB-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
49W09D6.5W09D6.5n/achrIII 11,089,923contains similarity to Saccharomyces cerevisiae cell wall integrity and stress response component 1; SGD:YOR008C
50K02B2.6K02B2.6n/achrIV 5,961,963