UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1fbxa-145F48C1.20chrI 5,320,402This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
2C46E10.8C46E10.8n/achrII 3,726,646contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
3F07G11.2F07G11.2n/achrV 7,304,229contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
4Y49E10.21Y49E10.21n/achrIII 12,458,332contains similarity to Nanoarchaeum equitans DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:P62135
5F21F8.2F21F8.2n/achrV 8,275,167contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
6ZK1240.4ZK1240.4n/achrII 2,315,354
7T08D2.7T08D2.7n/achrX 186,625contains similarity to Pfam domains PF00069 (Protein kinase domain) , PF00498 (FHA domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000253 (Forkhead-associated)
8Y37A1B.8Y37A1B.8n/achrIV 14,022,381contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
9ZC412.8ZC412.8n/achrV 14,879,632contains similarity to Plasmodium cynomolgi Circumsporozoite protein precursor (CS).; SW:P08675
10T25G12.2T25G12.2n/achrX 17,245,951The T25G12.2 gene encodes a homolog of the human gene HSD, which when mutated leads to cortisol 11-beta ketoreductase deficiency (OMIM:218030); T25G12.2 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
11M04F3.5M04F3.5n/achrI 4,775,768contains similarity to Pfam domain PF08397 IRSp53/MIM homology domain contains similarity to Interpro domain IPR013606 (IRSp53/MIM homology domain (IMD))
12C17H12.2C17H12.2n/achrIV 6,788,223contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG7289-PA;; FLYBASE:CG7289
13B0416.2B0416.2n/achrX 9,299,586
14F18E9.3F18E9.3n/achrX 8,588,029contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Sgs1-PA;; FLYBASE:CG3047
15hlh-12C28C12.8n/achrIV 8,478,993C. elegans HLH-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding), IPR002418 (Transcription regulator Myc)
16srh-36T03D3.4n/achrV 2,820,623C. elegans SRH-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
17F58E1.7F58E1.7n/achrII 1,678,353contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
18F21H12.3F21H12.3n/achrII 6,082,723
19srb-12F58A6.10n/achrII 5,153,860C. elegans SRB-12 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
20T14G8.2T14G8.2n/achrX 12,858,701This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
21W01C8.1W01C8.1n/achrX 5,693,921
22F37B12.3F37B12.3n/achrII 9,040,539contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
23Y56A3A.18Y56A3A.18n/achrIII 11,918,159Y56A3A.18 encodes an ortholog of S. cerevisiae BUD20 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, Y56A3A.18 is thought to be required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
24ZK795.1ZK795.1n/achrIV 12,551,089contains similarity to Pfam domain PF03770 Inositol polyphosphate kinase contains similarity to Interpro domain IPR005522 (Inositol polyphosphate kinase)
25T27F6.4T27F6.4n/achrI 12,485,310contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mid-Two Like 1; SGD:YGR023W
26srx-10R10D12.4n/achrV 13,945,845C. elegans SRX-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF08560 Protein of unknown function (DUF1757) contains similarity to Interpro domain IPR013869 (Protein of unknown function DUF1757)
27F58D12.1F58D12.1n/achrV 14,052,371contains similarity to White spot syndrome virus Wsv359 (WSSV418).; TR:Q8VAP2
28F26F2.2F26F2.2n/achrV 20,559,052contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Global transcription activator that acts in complex with Snf2p, Snf5p, Snf6p, and Swi3p to assist gene-specific activators; involved in the regulation of expression of many genes, including ADH1, ADH2, GAL1, HO, INO1 and SUC2; SGD:YPL016W
29F36H12.2F36H12.2n/achrIV 5,275,375
30C48C5.3C48C5.3n/achrX 8,959,409contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
31Y57G7A.8Y57G7A.8n/achrII 1,291,464
32rab-39D2013.1n/achrII 9,322,411rab-39 encodes a small, monomeric Rab GTPase that is most closely related to the human and Drosophila Rab39 GTPases; by homology, RAB-39 is predicted to function as a membrane-associated GTPase required for intracellular vesicular trafficking and for regulation of endo- and exocytosis; however, as loss of rab-39 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of RAB-39 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
33srx-48T26H8.2n/achrV 15,303,024C. elegans SRX-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
34srw-111M01G12.4n/achrI 12,124,188C. elegans SRW-111 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
35M163.6M163.6n/achrX 14,463,353contains similarity to Xenopus laevis Hypothetical protein.; TR:Q7SZA3
36B0564.2B0564.2n/achrIV 13,107,893contains similarity to Pfam domain PF03171 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR005123 (2OG-Fe(II) oxygenase)
37F36D4.1F36D4.1n/achrV 9,418,520
38Y39A1A.2Y39A1A.2n/achrIII 10,602,626contains similarity to Oryza sativa Hypothetical protein.; TR:Q9LH25
39F56H6.4F56H6.4n/achrI 12,291,320contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
40M4.1M4.1n/achrIV 3,215,716contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR009053 (Prefoldin), IPR000253 (Forkhead-associated)
41ZK218.1ZK218.1n/achrV 17,092,954contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
42dsc-1C18B12.3n/achrX 15,032,922C. elegans DSC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
43tbx-36ZK829.5n/achrIV 11,951,305C. elegans TBX-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
44srd-21W06G6.3n/achrV 16,630,499C. elegans SRD-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45str-12B0391.4n/achrV 15,611,921C. elegans STR-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46sra-11F44F4.13n/achrII 10,909,485sra-11 encodes an orphan, G protein-coupled seven-transmembrane receptor; SRA-11 is expressed in three classes of interneurons, AIA, AIY, and AVB throughout larval and adult stages, and analysis of sra-11 mutations indicates that sra-11 activity in AIY is essential for olfactory imprinting; sra-11 expression in AIY is positively regulated by the TTX-3 and CEH-23 homeodomain proteins, with TTX-3 required for both initiation and maintenance of expression and CEH-23 required solely for maintenance.
47M151.3M151.3n/achrII 3,629,023contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Girdin; ENSEMBL:ENSP00000263630
48T01C8.3T01C8.3n/achrX 16,781,536
49W06G6.7W06G6.7n/achrV 16,640,273contains similarity to Pfam domains PF00622 (SPRY domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) , PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF00643 (B-box zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR003649 (B-box, C-terminal), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY), IPR000315 (Zinc finger, B-box)
50F22D3.5F22D3.5n/achrII 6,938,664