UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F46F5.10F46F5.100chrII 824,543contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3srt-44M199.1n/achrIV 15,105,017C. elegans SRT-44 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
4fbxa-224ZK1290.9n/achrII 7,547,404fbxa-224 encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
5F18A12.6F18A12.6n/achrII 3,401,335F18A12.6 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F18A12.6 has no clear orthologs in other organisms.
6stdh-1C06B3.4n/achrV 13,907,215stdh-1 encodes a putative steroid dehydrogenase required for normally short lifespan; STDH-1 is orthologous to human HSD17B3 (OMIM:605573, mutated in pseudohermaphroditism), HSD17B12 (OMIM:609574), and HSDL1, and paralogous to LET-767 and STDH-2/-4; STDH-1 is expressed in larval intestine, and in both larval and adult body wall muscle and neurons.
7gly-15C54C8.11n/achrI 12,463,985gly-15 encodes a protein similar to 2/I N-acetylglucosaminyltransferase; gly-15 expressed only in cellular processes that are probably part of the secretory network of the G2 gland cells.
8C40D2.4C40D2.4n/achrII 2,000,282contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
9C17D12.5C17D12.5n/achrI 11,586,755contains similarity to Interpro domains IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like)
10C03B1.3C03B1.3n/achrX 6,366,380
11Y70C5B.1Y70C5B.1n/achrV 16,662,837
12srg-13T23F11.5n/achrIII 4,673,171C. elegans SRG-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
13C09D4.6C09D4.6n/achrI 5,486,821
14Y38F1A.2Y38F1A.2n/achrII 12,956,401contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
15fbxb-58H11E01.1n/achrX 1,628,252C. elegans FBXB-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
16C45G9.8C45G9.8n/achrIII 5,052,953
17sre-21C47A10.4n/achrV 17,771,397C47A10.4 is orthologous to the human gene ALBINISM, OCULAR, TYPE I (OA1; OMIM:300500), which when mutated leads to Nettleship-Falls type ocular albinism.
18srd-71C13B7.4n/achrV 2,424,746C. elegans SRD-71 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001614 (Myelin proteolipid protein PLP), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002016 (Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial)
19H40L08.3H40L08.3n/achrX 15,073,031contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EJ43
20C17B7.9C17B7.9n/achrV 3,331,512contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
21Y116A8C.19Y116A8C.19n/achrIV 17,039,245Y116A8C.19 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; based upon its sequence similarity to C. elegans POS-1, the product of Y116A8C.19 is predicted to function as an RNA-binding protein.
22ins-37F08G2.6n/achrII 13,835,294ins-37 encodes an insulin-like peptide.
23srr-2T26H2.8n/achrV 19,215,331C. elegans SRR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domains IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B)
24col-132C39E9.9n/achrIV 13,090,324C. elegans COL-132 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
25K02F6.7K02F6.7n/achrII 2,527,240
26sru-35C33D9.4n/achrIV 8,789,328C. elegans SRU-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
27E03G2.1E03G2.1n/achrX 15,927,754contains similarity to Plasmodium falciparum Glutamate--cysteine ligase (EC 6.3.2.2).; TR:Q9TY17
28M163.7M163.7n/achrX 14,466,135contains similarity to Reclinomonas americana Ribosomal protein L31.; TR:O21296
29hlh-4T05G5.2n/achrIII 9,738,064C. elegans HLH-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR015660 (Achaete-scute transcription factor related), IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR000694 (Proline-rich region), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
30C07B5.3C07B5.3n/achrX 9,522,844
31str-217Y102A5C.28n/achrV 16,999,587C. elegans STR-217 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32clec-156F26A1.11n/achrIII 4,842,010C. elegans CLEC-156 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006077 (Vinculin/alpha-catenin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
33C04B4.5C04B4.5n/achrX 12,287,929contains similarity to Plasmodium falciparum Ring-infected erythrocyte surface antigen precursor.; TR:Q8I0U6
34F46F5.1F46F5.1n/achrII 790,983
35F46B3.1F46B3.1n/achrV 20,592,082contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
36ZK1086.3ZK1086.3n/achrX 13,791,278contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
37nhr-169C54C8.1n/achrI 12,443,002C. elegans NHR-169 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
38F56F3.3F56F3.3n/achrIII 4,458,938contains similarity to Drosophila dasycnemia Wingless (Fragment).; TR:O46305
39str-60T06C12.1n/achrV 15,898,679C. elegans STR-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
40srh-212T22F3.6n/achrV 3,596,155C. elegans SRH-212 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001463 (Sodium:alanine symporter), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41tbx-41T26C11.1n/achrX 1,865,937C. elegans TBX-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
42H05L14.1H05L14.1n/achrI 7,974,757contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
43E03H4.11E03H4.11n/achrI 12,433,962contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
44H12D21.5H12D21.5n/achrV 14,894,419contains similarity to Interpro domains IPR001307 (Thiosulfate sulfurtransferase), IPR000463 (Cytosolic fatty-acid binding protein), IPR001763 (Rhodanese-like)
45hlh-14C18A3.8n/achrII 5,738,759hlh-14 encodes a basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factor that is one of five C. elegans Achaete-Scute family homologs; HLH-14 activity is required generally for normal egg-laying, movement, body morphology, and larval development; more specifically, HLH-14 is required for proper neuronal development, particularly for regulation of the asymmetric cell division that gives rise to the PVQ/HSN/PHB neuroblasts and for normal differentiation of these neuroblast descendants, including their cell division patterns, migrations, and neurotransmitter expression; in specifying neuronal cell fates, genetic evidence suggests that hlh-14 acts together with hlh-2, which encodes the C. elegans E/Daughterless ortholog; HLH-14 is expresed exclusively in the embryo and detected in the left and right PVQ/HSN/PHB neuroblasts and their descendants, as well as in other cells identified, tentatively, as anterior neuroblasts and posterior neuroblasts such as Caapa.
46F11D5.5F11D5.5n/achrX 3,302,988contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
47fbxa-30ZC47.4n/achrIII 1,275,041This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
48C56C10.12C56C10.12n/achrII 6,606,347contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
49C50E3.7C50E3.7n/achrV 7,595,623contains similarity to Interpro domain IPR001499 (Fungal pheromone STE3 GPCR)
50T19D2.3T19D2.3n/achrX 3,939,726