UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ned-8F45H11.27.999999999999999e-26chrI 10,373,604The ned-8 gene encodes a ubiquitin-like protein that is required for both embryogenesis and terminal hypodermal differentiation.
2ulp-2Y38A8.3n/achrII 4,957,746C. elegans ULP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
3F28H6.4F28H6.4n/achrX 14,130,605contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domains IPR006570 (SPK), IPR012287 (Homeodomain-related), IPR009057 (Homeodomain-like)
4evl-14H38K22.1n/achrIII 4,308,081evl-14 encodes a homolog of the yeast sister cohesion protein Pds5p that functions during both mitosis and meiosis and is implicated in the maintenance of sister chromatid cohesion in late prophase, and affects vulval morphology, meiotic germline development, embryonic and larval viability, fertility, and cell divisions in the germ line as well as in vulval and somatic gonad lineages; some of the defects, such as somatic gonad defects, are due at least partially to cell division defects.
5T24A6.17T24A6.17n/achrV 3,564,846
6B0205.8B0205.8n/achrI 10,729,585contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein LOC25940; ENSEMBL:ENSP00000238823
7npp-2T01G9.4n/achrI 8,292,456npp-2 encodes a protein with low similarity to rat nucleoporin Nup75 that affects embryonic viability and has a variety of other defects in RNAi screens including: nuclear morphology, growth, fertility, locomotion, and egg laying; enriched in oocytes.
8F33D11.10F33D11.10n/achrI 5,867,449contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
9K09F6.3K09F6.3n/achrII 2,258,704contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00102 (Protein-tyrosine phosphatase) contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
10T28D6.6T28D6.6n/achrIII 11,334,762contains similarity to Pfam domains PF01926 (GTPase of unknown function) , PF02824 (TGS domain) contains similarity to Interpro domains IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR004095 (TGS), IPR006074 (GTP1/OBG, conserved site)
11orc-2F59E10.1n/achrII 10,875,816C. elegans ORC-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04084 Origin recognition complex subunit 2 contains similarity to Interpro domain IPR007220 (Origin recognition complex subunit 2)
12C07D8.6C07D8.6n/achrX 7,342,092contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
13ugt-60C07A9.6n/achrIII 9,677,585C. elegans UGT-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
14F49E8.1F49E8.1n/achrIV 7,557,976contains similarity to Pfam domain PF06218 Nitrogen permease regulator 2 contains similarity to Interpro domain IPR009348 (Nitrogen permease regulator 2)
15F55G1.9F55G1.9n/achrIV 7,476,741contains similarity to Pfam domain PF03807 NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent contains similarity to Interpro domains IPR004455 (NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent), IPR000304 (Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
16C55A6.9C55A6.9n/achrV 11,522,512contains similarity to Pfam domain PF03985 Paf1 contains similarity to Interpro domain IPR007133 (RNA polymerase II-associated, Paf1)
17Y39A3A.2Y39A3A.2n/achrIII 2,057,188contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold)
18K07C5.3K07C5.3n/achrV 10,344,230contains similarity to Pfam domain PF00645 Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region contains similarity to Interpro domain IPR001510 (Zinc finger, PARP-type)
19cyn-11T01B7.4n/achrII 8,715,669cyn-11 encodes a divergent cyclophilin D isoform, with alterations in the normally well-conserved cyclophilin-binding domain, and a central 7-8 residue insert not usually found in cyclophilins, except from plants; CYN-11 has sluggish but detectable peptidyl-prolyl isomerase activity in vitro, suggesting that it has a specialized substrate in vivo; CYN-11 is dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens.
20F54D7.2F54D7.2n/achrI 4,807,641contains similarity to Pfam domain PF01066 CDP-alcohol phosphatidyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR014472 (Choline/ethanolaminephosphotransferase), IPR000462 (CDP-alcohol phosphatidyltransferase)
21C08B6.8C08B6.8n/achrV 10,138,746contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
22bub-3Y54G9A.6n/achrII 13,727,744C. elegans BUB-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
23K08F11.2K08F11.2n/achrIV 4,718,190contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
24hrd-1F55A11.3n/achrV 11,768,584C. elegans HRD-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
25F22G12.4F22G12.4n/achrI 13,157,287contains similarity to Pfam domains PF01363 (FYVE zinc finger) , PF00023 (Ankyrin repeat) (17)contains similarity to Interpro domains IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002110 (Ankyrin), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
26moc-1T06H11.4n/achrX 10,137,338moc-1 encodes an ortholog of human GEPHYRIN (GPHN; OMIM:603930), which when mutated leads to molybdenum cofactor (MoCo) deficiency; MOC-1 is also paralogous to LIN-46.
27rnf-121C16C10.5n/achrIII 4,169,952C. elegans RNF-121 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
28Y51B9A.5Y51B9A.5n/achrII 9,404,343contains similarity to Mus musculus Laminin gamma-1 chain precursor (Laminin B2 chain).; SW:LMG1_MOUSE
29Y40B1B.8Y40B1B.8n/achrI 13,431,748contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domain IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier)
30arx-5Y37D8A.1n/achrIII 12,817,350arx-5 encodes the C. elegans ortholog of the p21Arc subunit of the actin-related protein (Arp) 2/3 complex.
31mix-1M106.1n/achrII 10,832,781The mix-1 gene encodes a homolog of SMC2 involved in chromosome segregation, X-chromosome gene regulation, and repression of X-linked genes during dosage compensation.
32C23H3.5C23H3.5n/achrII 48,839
33gbh-1D2089.5n/achrII 10,692,053gbh-1 encodes a predicted ortholog of human hBBOX1; expressed in the intestine and in head and body muscles.
34spr-1D1014.8n/achrV 8,128,020spr-1 encodes the C. elegans ortholog of the human corepressor CoREST that functions in HDAC-containing complexes to mediate transcriptional repression; in C. elegans, spr-1 was first identified in screens for genetic suppressors of the egg-laying defective phenotype of sel-12/presenilin mutants; subsequent genetic analyses showed that spr-1 likely functions as a negative regulator of LIN-12/Notch signaling in multiple cells, including those of the somatic gonad, vulva, and early embryo; spr-1 also interacts genetically with sem-5 to regulate postembryonic growth rates and lin-35Rb to regulate vulval morphogenesis and germline proliferation; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-1 interacts with SPR-5, the C. elegans ortholog of the LSD1 histone demethylase; an SPR-1::MYC fusion protein expressed under the control of the cog-2 promoter localizes to the nucleus and shows increased staining in nuclear speckles and what appears to be the nucleolus.
35F26E4.6F26E4.6n/achrI 9,773,519contains similarity to Pfam domain PF02935 Cytochrome c oxidase subunit VIIc contains similarity to Interpro domain IPR004202 (Cytochrome c oxidase subunit VIIc)
36T07A9.1T07A9.1n/achrIV 384,318contains similarity to Homo sapiens Protein; VG:OTTHUMP00000025811
37F13H10.5F13H10.5n/achrIV 10,992,558contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
38cup-4C02C2.3n/achrIII 7,867,528The primary phenotype of cup-4 animals is an accumulation of secreted GFP in the pseudocoelom, suggesting a decrease in, or the absence of, endocytosis in coelomocytes.
39F17A9.2F17A9.2n/achrV 6,111,285contains similarity to Pfam domains PF04676 (Protein similar to CwfJ C-terminus 2) , PF04677 (Protein similar to CwfJ C-terminus 1) contains similarity to Interpro domains IPR006768 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 1), IPR006767 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 2), IPR011146 (Histidine triad-like motif)
40F56D1.2F56D1.2n/achrII 5,476,416contains similarity to Pfam domain PF08357 SEFIR domain contains similarity to Interpro domain IPR013568 (SEFIR)
41F49C12.9F49C12.9n/achrIV 9,315,482contains similarity to Pfam domain PF00627 UBA/TS-N domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote)
42ZK686.4ZK686.4n/achrIII 7,769,518contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
43smg-5W02D3.8n/achrI 6,735,096smg-5 encodes a novel protein that contains two N-terminal tetratricopeptide (TPR) repeats and a C-terminal PINc domain found in nucleotide-binding proteins; SMG-5 is a component of the nonsense-mediated mRNA decay (NMD) pathway and likely functions in regulation of dephosphorylation of SMG-2, the C. elegans UPF1 ortholog, an ATPase and RNA helicase required for NMD in worms, yeast, and mammals; SMG-5 physically interacts with SMG-7, SMG-2, and the PAA-1 and LET-92 structural and catalytic subunits, respectively, of a protein phosphatase 2A (PP2A), suggesting that SMG-5 may function to direct SMG-2 to a PP2A phosphatase that regulates its activity in vivo; SMG-5 also interacts, in vivo, with components of the RNA interference (RNAi) pathway, suggesting a potential link between RNAi and NMD; SMG-5::GFP fusion proteins localize to both the nucleus and the cytoplasm.
44mat-3F10C5.1n/achrIII 478,879mat-3 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is the C. elegans ortholog of CDC23/APC8, a conserved regulatory subunit of the anaphase-promoting complex; mat-3 activity is required for progression through metaphase of oocyte meiosis I, germline proliferation, and vulval development.
45tag-135D1054.15n/achrV 10,807,021C. elegans TAG-135 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR009146 (Groucho/transducin-like enhancer), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
46Y43F8C.7Y43F8C.7n/achrV 19,642,720contains similarity to Anopheles gambiae str PEST AGAP011346-PA.; TR:Q7PST7
47snr-6Y49E10.15n/achrIII 12,429,334snr-6 encodes the C. elegans ortholog of the small nuclear ribonucleoprotein E, one of seven subunits of the heptameric Sm complex required for the biogenesis and function of snRNPs that catalyze mRNA splicing; in addition to its predicted role in pre-mRNA processing, SNR-6 activity is essential for embryogenesis and is required for several aspects of germ cell specification including cell division patterns, localization and subcellular distribution of P granules, maintenance of transcriptional quiescence, and expression of the germ lineage-specific proteins PIE-1, GLD-1, and NOS-2; snr-6 is also required for wild-type levels of fertility; immunostaining of adults and embryos using antibodies raised against mammalian Sm proteins suggests that SNR-6 localizes to the nucleus and cytoplasm in many cell types, as well as to P granules in germ cells and their embryonic precursors.
48lin-36F44B9.6n/achrIII 8,018,689C. elegans LIN-36 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006612 (Zinc finger, C2CH-type), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
49C11D2.3C11D2.3n/achrIV 6,154,348
50smc-4F35G12.8n/achrIII 4,590,281The smc-4 gene encodes a homolog of the SMC4 subunit of mitotic condensin; SMC-4 acts with MIX-1 to enable chromosome segregation.