UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1tag-199F45E4.40chrIV 7,612,783C. elegans TAG-199 protein ; contains similarity to Trypanosoma brucei Putative uncharacterized protein.; TR:Q4GZ45
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
4srd-4ZK863.5n/achrV 12,185,574C. elegans SRD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
5C11D2.1C11D2.1n/achrIV 6,191,401
6T28F4.4T28F4.4n/achrI 7,488,371contains similarity to Brugia malayi Putative uncharacterized protein BMBAC01P19.05a.; TR:Q8IHI4
7F35E8.13F35E8.13n/achrV 15,925,673contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
8str-171T01G5.5n/achrV 15,131,482C. elegans STR-171 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
9F32D8.3F32D8.3n/achrV 10,887,380F32D8.3 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; F32D8.3 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; F32D8.3 has no obvious function in mass RNAi assays.
10ref-1T01E8.2n/achrII 10,219,169ref-1 encodes a protein with two basic helix-loop-helix (bHLH) domains that is distantly related to the hairy/Enhancer of split subfamily of bHLH transcription factors; REF-1 is required in hermaphrodites during early larval development for regulating the pattern of posterior Pn.p hypodermal cell fusions, primarily through regulation of MAB-5 homeodomain protein activity; REF-1 is also required for head morphogenesis and specification of the V6 lateral seam cell fate; in males, ref-1 is a target of MAB-3 transcriptional repression which in turn, promotes expression of LIN-32, a proneural bHLH transcription factor.
11ZK673.4ZK673.4n/achrII 10,453,965ZK673.4 encodes a protein with a THAP or THAP-like domain; other proteins with such domains include LIN-15A, LIN-15B, LIN-36, and HIM-17 (which all interact with LIN-35/Rb), as well as CDC-14B, CTB-1, GON-14, and ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1.
12nhr-139C33G8.8n/achrV 6,986,930C. elegans NHR-139 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
13C06A5.6C06A5.6n/achrI 5,984,551
14C05D11.13C05D11.13n/achrIII 6,443,485contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2839-PA;; FLYBASE:CG2839
15clec-59ZK666.5n/achrII 10,478,656C. elegans CLEC-59 protein; contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
16try-2C07G1.1n/achrIV 8,213,133try-2 encodes a homolog of human TRYP1 and ELA2; mutation of human TRYP1 or ELA2 leads, respectively, to hereditary pancreatitis (OMIM:276000) or cyclic haematopoiesis (OMIM:162800).
17srz-100T25E12.11n/achrV 16,732,494C. elegans SRZ-100 protein ;
18F57A8.4F57A8.4n/achrV 10,067,924contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
19srx-84F35B12.1n/achrV 11,599,872C. elegans SRX-84 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
20nhr-18F44C8.3n/achrV 2,228,092The nhr-18 gene encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain; the human homolog of nhr-18, CYP21, when mutated leads to congenital adrenal hyperplasia (OMIM:201910).
21nhr-37F44C4.2n/achrV 6,623,464C. elegans NHR-37 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
22thn-1F28D1.3n/achrIV 12,380,448C. elegans THN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00314 Thaumatin family contains similarity to Interpro domain IPR001938 (Thaumatin, pathogenesis-related)
23spp-6T08A9.10n/achrX 7,317,449spp-6 encodes a predicted transmembrane protein containing a saposin (B) domain that is a member of a saposin-like protein superfamily containing mammalian NK-lysin and granulysin and the protozoan amoebapores; SPP-6 is predicted to function as a lipid-binding protein that may possess pore-forming, cytotoxic activity; as loss of SPP-6 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of SPP-6 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
24fbxb-48F45C12.13n/achrII 1,718,632C. elegans FBXB-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
25C07D10.1C07D10.1n/achrII 7,399,714contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
26srx-56C03G6.2n/achrV 7,374,979C. elegans SRX-56 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
27pax-3F27E5.2n/achrII 10,149,568pax-3 encodes a divergent paired-like homeodomain protein that does not belong to the Q50, K50, or S50 classes; PAX-3 is required for locomotion and vulval development; pax-3(RNAi) animals have consistent Pvl and Unc phenotypes (as well as less consistent Bmd, Rup, and Stp phenotypes).
28clec-38T25E12.10n/achrV 16,734,718C. elegans CLEC-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
29C42C1.2C42C1.2n/achrIV 12,266,886contains similarity to Pfam domain PF00481 Protein phosphatase 2C contains similarity to Interpro domains IPR001932 (Protein phosphatase 2C-related), IPR000222 (), IPR014045 (Protein phosphatase 2C, N-terminal), IPR015655 (Protein phosphatase 2C)
30pap-1Y32F6A.3n/achrV 10,444,197pap-1 encodes a poly (A) polymerase; large-scale RNAi screens indicate that PAP-1 activity is essential for reproduction, embryonic and larval development, proper body morphology, normal rates of growth, and coordinated locomotion.
31F31E3.6F31E3.6n/achrIII 6,982,722
32R08H2.8R08H2.8n/achrV 15,371,455contains similarity to Mycoplasma penetrans Conserved hypothetical protein.; TR:Q8EV71
33Y57G11C.20Y57G11C.20n/achrIV 14,844,297contains similarity to Interpro domain IPR000003 ()
34Y40H7A.11Y40H7A.11n/achrIV 15,219,977contains similarity to Interpro domain IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor)
35glt-5Y53C12A.2n/achrII 9,707,756glt-5 encodes an ortholog of glutamate/aspartate and neutral amino acid transporters.
36fbxa-162C08E3.5n/achrII 1,608,500This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
37btb-7F45C12.12n/achrII 1,713,745C. elegans BTB-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
38acl-1F59F4.4n/achrX 15,850,758acl-1 encodes a 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase; ACL-1 is predicted to be a membrane protein that plays a role in phospholipid biosynthesis, but as loss of acl-1 activity via large-scale RNAi experiments results in no obvious defects, the precise role of ACL-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
39C15B12.2C15B12.2n/achrX 6,464,379
40srbc-29C02A12.2n/achrV 3,470,161C. elegans SRBC-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
41grl-3K03B8.7n/achrV 11,411,850grl-3 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-3 is expressed in intestine, larval renal gland cells, and larval neurons; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
42clec-249Y51A2A.7n/achrV 18,304,784C. elegans CLEC-249 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
43ZC581.3ZC581.3n/achrI 6,653,325contains similarity to Interpro domain IPR011046 (WD40 repeat-like)
44H43I07.1H43I07.1n/achrV 4,206,564contains similarity to Interpro domains IPR010754 (Optic atrophy 3-like), IPR005819 (Histone H5)
45grk-1F19C6.1n/achrX 9,995,164grk-1 encodes a serine/threonine protein kinase that is most closely related to G protein-coupled receptor (GPCR) kinases.
46F14H12.8F14H12.8n/achrX 4,363,765
47C47D12.5C47D12.5n/achrII 11,685,843
48fbxa-69F54B8.3n/achrV 15,815,021This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
49F15D4.2F15D4.2n/achrII 13,216,307contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus Protein ENDO16 (Fragment).; SW:P13665
50C31B8.4C31B8.4n/achrV 2,897,526contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ77065, highly similar to Homo sapiens golgi autoantigen, golgin subfamily a, 4 (GOLGA4), mRNA; ENSEMBL:ENSP00000349305