UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F45E4.11F45E4.110chrIV 7,652,864contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
2srw-32K03D7.11n/achrV 17,509,470C. elegans SRW-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300)
3Y106G6H.8Y106G6H.8n/achrI 10,452,513contains similarity to Pfam domain PF04241 Protein of unknown function (DUF423) contains similarity to Interpro domain IPR006696 (Protein of unknown function DUF423)
4R10E8.2R10E8.2n/achrV 18,254,063contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
5dcr-1K12H4.8n/achrIII 8,076,021The dcr-1 gene encodes a bidentate ribonuclease that is homologous to E. coli RNAse III; dcr-1 is required both for RNA interference and for synthesis of small developmental RNAs; DCR-1 interacts in vivo with RDE-4, a double-stranded RNA (dsRNA) binding protein required for RNAi that interacts with trigger dsRNAs and may function to deliver dsRNAs to DCR-1 for endonucleolytic processing.
6wts-1T20F10.1n/achrI 10,294,898C. elegans WTS-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00069 (Protein kinase domain) , PF00433 (Protein kinase C terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000961 (Protein kinase, C-terminal)
7fbxa-193F59A1.9n/achrV 17,654,348C. elegans FBXA-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domains IPR001000 (Glycoside hydrolase, family 10), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
8M01B2.8M01B2.8n/achrV 15,260,488contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
9pink-1EEED8.9n/achrII 5,394,469pink-1 encodes a predicted serine/threonine protein kinase that is most similar to the Drosophila and human PINK1 (PTEN-induced kinase) protein kinases, the latter of which has been implicated in familial forms of Parkinson's disease; although loss of C. elegans pink-1 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, studies in Drosophila indicate that Drosophila PINK1 is a mitochondrial protein that genetically interacts with Drosophila parkin and is essential for maintaining mitochondrial function and integrity in several tissues, including flight muscles and dopaminergic neurons.
10C29F7.7C29F7.7n/achrX 13,442,218contains similarity to Peromyscus maniculatus Alcohol dehydrogenase 2 (EC 1.1.1.1).; SW:ADH2_PERMA
11ugt-19K08B4.3n/achrIV 6,078,341C. elegans UGT-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
12R05F9.11R05F9.11n/achrII 4,913,028
13spd-3H34C03.1n/achrIV 6,763,933C. elegans SPD-3 protein ;
14K09E3.4K09E3.4n/achrX 17,119,682
15F56C11.3F56C11.3n/achrI 182,455contains similarity to Pfam domain PF04777 Erv1 / Alr family contains similarity to Interpro domain IPR006863 (Erv1/Alr)
16C49A9.2C49A9.2n/achrIV 6,226,732contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
17C53D6.7C53D6.7n/achrIV 9,035,988contains similarity to Pfam domain PF00337 Galactoside-binding lectin contains similarity to Interpro domains IPR001079 (Galectin, galactose-binding lectin), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
18fbxa-60T12B5.10n/achrIII 945,562This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
19K10C8.1K10C8.1n/achrV 12,693,876contains similarity to Pfam domain PF04857 CAF1 family ribonuclease contains similarity to Interpro domains IPR006941 (Ribonuclease CAF1), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
20K08C7.7K08C7.7n/achrIV 10,665,006This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
21srw-88T06G6.7n/achrI 12,721,084C. elegans SRW-88 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
22clec-144T27D12.3n/achrII 11,831,976C. elegans CLEC-144 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
23F52H2.5F52H2.5n/achrX 2,558,768
24ZK1236.7ZK1236.7n/achrIII 8,441,581contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG5862-PA;; FLYBASE:CG5862
25D2096.1D2096.1n/achrIV 8,397,532contains similarity to Pfam domain PF02466 Tim17/Tim22/Tim23 family contains similarity to Interpro domain IPR003397 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17/22)
26C06A12.3C06A12.3n/achrIV 17,428,622contains similarity to Pfam domain PF05303 Protein of unknown function (DUF727) contains similarity to Interpro domain IPR007967 (Protein of unknown function DUF727)
27F16A11.2F16A11.2n/achrI 9,391,956contains similarity to Pfam domain PF01139 Uncharacterized protein family UPF0027 contains similarity to Interpro domain IPR001233 (Protein of unknown function UPF0027)
28C16B8.2C16B8.2n/achrX 3,963,843
29F57G4.1F57G4.1n/achrV 17,625,531contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
30B0391.10B0391.10n/achrV 15,589,316contains similarity to Mus musculus Serine/threonine protein phosphatase 2B catalytic subunit, gammasisoform (EC 3.1.3.16) (Calmodulin-dependent calcineurin A subunit,sgamma isoform) (Calcineurin, testis-specific catalytic subunit)s(CAM-PRP catalytic subunit).; SW:P2BC_MOUSE
31C10A4.2C10A4.2n/achrX 7,412,571
32apc-2K06H7.6n/achrIII 8,082,080apc-2 encodes an ortholog of subunit 2 of anaphase-promoting complex (APC, a cyclin-specific E3 RING ubiquitin ligase); APC-2 and S. cerevisiae's Apc2p have 32% identity in their cullin domains (considered crucial for function), but otherwise share no obvious similarity; inactivating apc-2 with RNAi causes embryos to arrest at the meiotic one-cell stage, implying that APC-2 is required for the metaphase-to-anaphase transition of meiosis I; this RNAi phenotype of apc-2 is shared by apc-1, apc-4, apc-11, cdc-16, cdc-23, and cdc-27; by analogy with other APC subunits with hypomorphic alleles, APC-2 is likely to be required for asymmetrical segregation of cell fate determinants in two-cell embryos.
33F19C7.3F19C7.3n/achrIV 4,598,308contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
34F43G9.10F43G9.10n/achrI 8,639,367contains similarity to Pfam domain PF06991 Micro-fibrillar-associated protein 1 C-terminus contains similarity to Interpro domains IPR009730 (Micro-fibrillar-associated 1, C-terminal), IPR000533 (Tropomyosin)
35bli-5F45G2.5n/achrIII 13,428,598bli-5 encodes a protease inhibitor that affects the integrity of the cuticle and the development of the bursa in the adult male.
36C04F5.8C04F5.8n/achrV 5,112,623contains similarity to Bos taurus Similar to C04F5.8.; TR:Q0IIF4
37C34B2.5C34B2.5n/achrI 10,675,986contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
38puf-8C30G12.7n/achrII 7,297,140C. elegans PUF-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
39srd-7C06G8.4n/achrIV 10,785,932C. elegans SRD-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
40F19F10.8F19F10.8n/achrV 7,570,024
41fcd-2Y41E3.9n/achrIV 15,031,338fcd-2 encodes an ortholog of the human gene FANCD2 (mutated in Fanconi anemia, OMIM:227646) that is strongly required for resistance to DNA interstrand crosslinking (ICL) agents, but not to ionizing radiation (IR); fcd-2 mutants are viable and dispensable for resistance to IR, meiotic recombination, and S-phase checkpoint activation, but are hypersensitive to ICL agents; like its human ortholog, FCD-2 is monoubiquitylated and recruited to chromosomal foci after ICL but not IR; transgenic expresssion of the FANCD2 gene in mutant FA-D2 cells rescues their abnormal sensitivity to mitomycin C, an agent that cross-links strands of DNA.
42C50E3.5C50E3.5n/achrV 7,591,348contains similarity to Interpro domain IPR008108 (Type III secretion system outer membrane, B protein)
43F20D12.2F20D12.2n/achrIV 7,951,094contains similarity to Pfam domain PF03399 SAC3/GANP/Nin1/mts3/eIF-3 p25 family contains similarity to Interpro domain IPR005062 (SAC3/GANP/Nin1/mts3/eIF-3 p25)
44CD4.8CD4.8n/achrV 5,600,286contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
45ndx-9F13H10.2n/achrIV 11,010,995The ndx-9 gene encodes a member of the NADH pyrophosphatase subfamily of the NUDIX hydrolases.
46uev-1F39B2.2n/achrI 14,790,521uev-1 encodes a ubiquitin-conjugating enzyme (UBC or E2) variant that contains the characteristic UBC motif, but lacks the critical active-site cysteine residue necessary for catalytic activity; as loss of UEV-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of UEV-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; UEV-1 does, however, interact with a number of proteins, such as UBC-13, that are likely involved in the response to DNA damage; thus, UEV-1 may play a role in ubiquitination and protein turnover in conjunction with DNA repair or the DNA damage checkpoint pathway.
47C25D7.10C25D7.10n/achrV 15,067,993contains similarity to Mus musculus Probable taste receptor type 2 member 23 (T2R23) (STC9-2).; SW:T2R2_MOUSE
48rabn-5F01F1.4n/achrIII 5,865,475C. elegans RABN-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF09311 (Rab5 binding) , PF01363 (FYVE zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type), IPR015390 (Rabaptin, GTPase-Rab5 binding), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
49ZC376.3ZC376.3n/achrV 14,169,887contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
50lpd-2C48E7.3n/achrI 6,254,291C. elegans LPD-2 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)