UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1pag-3F45B8.45.0000000000000005e-175chrX 14,952,780pag-3 encodes a C2H2 zinc-finger protein orthologous to Drosophila SENSELESS, and to human GFI1 (OMIM:600871, mutated in neutropenia) and GFI1B (OMIM:604383); pag-3 is expressed in neurons (touch receptors, BDU interneurons, ventral cord motor neurons, and others); PAG-3 is required to repress the touch neuron-specific genes mec-4 and mec-7 in BDU neurons, but since this repression does not occur in touch neurons (which also have PAG-3), PAG-3 may require another protein or proteins for repression (such as PRK-1 or PRK-2, the C. elegans orthologs of human PIM-1); PAG-3 is also needed for normal neuroblast lineages in the ventral nerve cord, and for normal locomotion; pag-3 mutants have a reverse kinker uncoordinated phenotype, and occasional axonal guidance errors in the PLM and BDU neurons; PAG-3's similarity to GFI1 and GFIB falls mainly within residues 159-261, but within these residues (which overlap PAG-3's five zinc-finger domains in residues 126-265) the amino acid identity is 87%; pag-3 transcript quantities are doubled in pag-3 mutants, suggesting that PAG-3 inhibits its own gene.
2K08E7.6K08E7.6n/achrIV 12,580,060contains similarity to Aquifex aeolicus Probable DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:RA50_AQUAE
3sto-2F32A6.5n/achrX 5,309,627C. elegans STO-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01145 SPFH domain / Band 7 family contains similarity to Interpro domains IPR001107 (Band 7 protein), IPR001972 (Stomatin)
4C16C10.9C16C10.9n/achrIII 4,156,357contains similarity to Bacillus anthracis MutS2 family protein.; TR:Q81L40
5C01B12.2C01B12.2n/achrII 20,848contains similarity to Pfam domain PF01342 SAND domain contains similarity to Interpro domains IPR010919 (SAND-like), IPR000770 (SAND)
6ndx-1T26E3.2n/achrI 12,680,484The ndx-1 gene encodes a NUDIX hydrolase.
7mlt-8W08F4.6n/achrII 570,690mlt-8 encodes a novel protein; during development, mlt-8 activity is required for molting; a mlt-8::gfp reporter is expressed in hypodermal cells and in a single posterior neuron.
8sox-3F40E10.2n/achrX 14,692,543C. elegans SOX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00505 HMG (high mobility group) box contains similarity to Interpro domains IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG), IPR000135 (High mobility group box, HMG1/HMG2, subgroup)
9srt-26C24B9.2n/achrV 2,716,136C. elegans SRT-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10unc-75C17D12.2n/achrI 11,596,943unc-75 encodes an RNA-binding protein with two N-terminal RNA recognition motifs (RRMs), a glutamine/asparagine-rich linker domain, and a third C-terminal RRM; UNC-75 is orthologous to mammalian CELF/BrunoL proteins that control pre-mRNA splicing; unc-75 is expressed in all neurons and in neurosecretory gland cells, and is required for normal modulation of GABA- and acetylcholine-mediated neurotransmission; UNC-75 protein is found with other RRM proteins in dynamic nuclear speckles, consistent with a role in alternative mRNA splicing; unc-75 mutations can be rescued in vivo by a human unc-75 transgene, but not by exc-7 or W02D3.11, indicating that UNC-75 acts on evolutionarily conserved but highly specific pre-mRNA substrates; both UNC-75 and EXC-7 are required in parallel for normal cholinergic neurotransmission.
11ZC84.4ZC84.4n/achrIII 9,211,781ZC84.4 encodes a G protein-coupled receptor with acidic amino acids in the -3 position of its PDZ binding motif; ZC84.4 protein binds PDZ domain 10 of the multi-PDZ domain protein, MPZ-1, in GST pulldown experiments; by analogy with SER-1, the PDZ binding motif of ZC84.4 may enhance its signalling.
12unc-29T08G11.5n/achrI 8,899,525unc-29 encodes an non-alpha subunit of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) superfamily; UNC-29 is required for normal locomotion and egg-laying, and functions as a subunit of a ligand-gated ion channel that likely mediates fast actions of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; when coexpressed with LEV-1, a non-alpha nAChR subunit, and UNC-38 or UNC-63, alpha AChR subunits, the resulting multimer can form levamisole-gated channels; UNC-29 is expressed in body wall muscle.
13glf-1H04M03.4n/achrIV 5,887,804H04M03.4 encodes a UDP-galactopyranose mutase predicted to synthesize galactofuranose (Gal(f)) as a nucleotide sugar (UDP-Gal(f)); recombinant H04M03.4 has biochemical activity either in vivo (expressed in E. coli) or in vitro; orthologs of H04M03.4 are found in the urochordates Halocynthia and Ciona.
14srd-60C13B7.3n/achrV 2,420,332C. elegans SRD-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15T04B8.1T04B8.1n/achrII 635,951
16C39F7.5C39F7.5n/achrV 1,267,440contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold)
17asic-2T28F4.2n/achrI 7,481,759C. elegans ASIC-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domains IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive), IPR004726 (Degenerin)
18moe-3F32A11.6n/achrII 13,163,070moe-3 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; while loss of moe-3 activity via RNAi alone results in no obvious abnormalities, animals triply mutant for moe-3, oma-1, and oma-2 demonstrate oocyte maturation defects, indicating that these genes likely function redundantly during germline development; in situ hybridization experiments indicate that moe-3 mRNA expression is relatively weak and restricted to the distal region of the gonad; based upon its sequence similarity to other TZF proteins, such as MEX-5 and POS-1, the product of MOE-3 is predicted to function as an RNA-binding protein.
19F11G11.4F11G11.4n/achrII 4,861,326
20unc-130C47G2.2n/achrII 11,282,880A member of the forkhead domain family of transcription factors that affects the generation of the AWA and ASG chemosensory neurons and is partially required for male tail morphogenesis and embryogenesis; it is expressed in the AWA and ASG precursors; it is required for the graded spatial expression of the UNC-129 TGF-beta guidance factor.
21gcy-15ZC239.7n/achrII 3,194,642gcy-15 encodes a membrane guanylyl cyclase.
22F08G12.5F08G12.5n/achrX 11,309,490contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
23ctbp-1F49E10.5n/achrX 5,867,998tag-45 encodes a D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase.
24M03C11.1M03C11.1n/achrIII 10,394,622contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
25W03A5.1W03A5.1n/achrIII 5,410,601contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR001452 (Src homology-3), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
26srf-3M02B1.1n/achrIV 12,852,213C. elegans SRF-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF08449 (UAA transporter family) , PF04142 (Nucleotide-sugar transporter) contains similarity to Interpro domains IPR004689 (UDP-galactose transporter), IPR013657 (UAA transporter), IPR007271 (Nucleotide-sugar transporter)
27elt-3K02B9.4n/achrX 13,939,895The elt-3 gene encodes a GATA transcription factor expressed in the embryonic hypodermis; specifically, it is expressed in expressed in all of the major hypodermal cells except the lateral seam cells.
28C50F2.8C50F2.8n/achrI 3,903,318contains similarity to Pfam domains PF00018 (SH3 domain) , PF00625 (Guanylate kinase) contains similarity to Interpro domains IPR008144 (Guanylate kinase), IPR008145 (Guanylate kinase/L-type calcium channel region), IPR001452 (Src homology-3), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
29dkf-1W09C5.5n/achrI 13,644,346C. elegans DKF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00069 (Protein kinase domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR015727 (Protein kinase C mu-related), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
30R04B3.1R04B3.1n/achrX 2,468,815contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
31F08F3.1F08F3.1n/achrV 5,447,387
32acr-12R01E6.4n/achrX 13,534,608acr-12 encodes a nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) alpha subunit that is a member of the ACR-8-like group of C. elegans nAChR subunits; as an nAChR subunit, ACR-12 is predicted to mediate fast excitatory neurotransmission, however loss of acr-12 activity via mutation or RNAi results in no obvious defects; ACR-12 copurifies with UNC-29 and LEV-1, suggesting that ACR-12 can form receptors with these two non-alpha AChR subunits; an ACR-12::GFP fusion protein is expressed exclusively in ventral cord motor neurons, including the D neurons; in vivo, ACR-12 colocalizes with some, but not all, UNC-38-containing postsynaptic receptor clusters, suggesting that ACR-12 contributes to only a subset of these receptor clusters.
33T07D10.1T07D10.1n/achrI 12,604,999contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus Katanin p80 subunit.; TR:O61585
34T23C6.5T23C6.5n/achrX 17,156,542contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
35F38B6.1F38B6.1n/achrX 6,700,523
36snt-6C08G5.4n/achrII 747,906C. elegans SNT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001565 (Synaptotagmin), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
37ZK896.1ZK896.1n/achrIV 12,874,056contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
38T12B3.1T12B3.1n/achrIV 7,383,567contains similarity to Pfam domains PF00782 (Dual specificity phosphatase, catalytic domain) , PF00102 (Protein-tyrosine phosphatase) contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity), IPR000923 (Blue (type 1) copper domain)
39M05B5.6M05B5.6n/achrI 7,184,379contains similarity to Homo sapiens Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1; ENSEMBL:ENSP00000262209
40C04F12.8C04F12.8n/achrI 9,698,564contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
41R13D11.3R13D11.3n/achrV 815,301contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
42clc-2C01C10.1n/achrX 7,432,451clc-2 encodes a claudin homolog, closely similar to CLC-1, that is required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water; CLC-2 maintains the impermeability ('barrier function') of epithelia, since clc-1(RNAi) animals have abnormal permeability of the hypodermis to dyes; clc-2 is expressed in hypodermal seam cells, with two diffuse lines of CLC-2 protein.
43Y51A2B.5Y51A2B.5n/achrV 18,390,243contains similarity to Interpro domain IPR014044 (SCP-like extracellular)
44sro-1D1022.6n/achrII 7,461,799C. elegans SRO-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45dmd-4C27C12.6n/achrX 14,859,502C. elegans DMD-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00751 (DM DNA binding domain) , PF03474 (DMRTA motif) contains similarity to Interpro domains IPR005173 (DMRTA motif), IPR001275 (DM DNA-binding)
46F59D12.2F59D12.2n/achrX 15,674,207contains similarity to Homo sapiens Calcium-dependent protease, small subunit; ENSEMBL:ENSP00000246533
47nhr-216T09D3.4n/achrV 5,356,451C. elegans NHR-216 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
48lin-33H32C10.2n/achrIV 5,931,939C. elegans LIN-33 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002873 (Non-structural protein NSP3, Rotavirus)
49fbxa-73T20H9.4n/achrIII 2,254,103C. elegans FBXA-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
50H28G03.3H28G03.3n/achrX 5,221,191