UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F44F1.3F44F1.30chrI 13,255,892contains similarity to Pfam domain PF00648 Calpain family cysteine protease contains similarity to Interpro domain IPR001300 (Peptidase C2, calpain)
2R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
3F43G6.4F43G6.4n/achrII 11,793,919contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
4K06A1.3K06A1.3n/achrII 6,442,625contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
5B0348.5B0348.5n/achrV 6,100
6rsr-1F28D9.1n/achrI 11,179,945C. elegans RSR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01480 PWI domain contains similarity to Interpro domains IPR002483 (Splicing factor PWI), IPR000694 (Proline-rich region), IPR005819 (Histone H5), IPR002185 (Dopamine D4 receptor)
7nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8K07F5.7K07F5.7n/achrIV 9,847,922contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
9col-20F11G11.11n/achrII 4,870,188col-20 encodes a collagen; its expression pattern and mutant phenotypes are unknown.
10F35A5.5F35A5.5n/achrX 3,794,638contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein)
11ugt-32F47C10.6n/achrV 3,842,918C. elegans UGT-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
12scrm-2ZK1053.5n/achrI 13,235,906scrm-2 encodes a putative phospholipid scramblase homologous to human PLSCR1-5, and paralogous to other C. elegans SCRMs (e.g., SCRM-1); in apoptotic germline cells, SCRM-2 is fully dispensable for normally rapid engulfment and largely dispensable for phosphatidylserine exposure; SCRM-2 does not bind WAH-1 in vitro, and scrm-2(tm650) mutants have no obvious phenotype.
13str-56T06C12.3n/achrV 15,873,145C. elegans STR-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR003569 (Cytochrome c-type biogenesis protein CcbS)
14knl-3T10B5.6n/achrV 1,869,885knl-3 encodes a novel protein; KNL-3 activity is essential for formation of a functional kinetochore and thus, for proper chromosome segregation and spindle pole separation; KNL-3 localizes to kinetochores throughout mitosis and this localization requires the activity of HCP-4 (CENP-C), a conserved kinetochore component that likely directs kinetochore assembly; KNL-3 copurifies with a group of 10 closely interacting kinetochore proteins that includes KNL-1, NDC-80, MIS-12, HIM-10, and KBP-1, -2, -3, -4, and-5; KNL-3 also copurifies with HCP-4(CENP-C).
15C03B1.5C03B1.5n/achrX 6,356,595contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
16F10C2.4F10C2.4n/achrV 12,043,441F10C2.4 encodes a homolog of the DNA polymerase delta complex subunit A that is required in embryos for the normal timing of embryonic cell divisions (much as DIV-1 is) and, also, for normal chromosome segregation (probably because of defective DNA replication).
17B0491.1B0491.1n/achrII 11,349,105contains similarity to Pfam domain PF05007 Mannosyltransferase (PIG-M) contains similarity to Interpro domain IPR007704 (Mannosyltransferase, DXD)
18F10C2.3F10C2.3n/achrV 12,022,395contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR004245 (Protein of unknown function DUF229), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
19F10E7.6F10E7.6n/achrII 7,113,277
20srh-293K08G2.8n/achrV 15,866,710C. elegans SRH-293 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21T27A3.7T27A3.7n/achrI 6,108,746contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding), IPR001781 (Zinc finger, LIM-type)
22math-49ZK250.7n/achrII 1,954,675C. elegans MATH-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
23F54H12.2F54H12.2n/achrIII 7,965,139contains similarity to Interpro domain IPR000358 (Ribonucleotide reductase)
24C02E7.10C02E7.10n/achrV 4,931,908
25str-81T26H2.6n/achrV 19,226,172C. elegans STR-81 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26fbxb-46K05F6.9n/achrII 1,570,610This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
27col-63ZK265.2n/achrI 8,244,320C. elegans COL-63 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
28srh-282T21D12.5n/achrIV 272,850C. elegans SRH-282 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29E01G4.5E01G4.5n/achrII 13,473,085contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
30B0496.4B0496.4n/achrIV 7,428,290contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
31skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
32ZK1067.2ZK1067.2n/achrII 9,218,954contains similarity to Pfam domain PF01422 NF-X1 type zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR000967 (Zinc finger, NF-X1-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001555 (Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site)
33tag-353F25D7.2n/achrI 10,401,993C. elegans TAG-353 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
34F52F12.7F52F12.7n/achrI 9,929,922F52F12.7 is orthologous to the human gene STEROIDOGENIC ACUTE REGULATORY PROTEIN (STAR; OMIM:600617), which when mutated leads to disease.
35C06B3.2C06B3.2n/achrV 13,901,062contains similarity to Pfam domain PF00350 Dynamin family contains similarity to Interpro domain IPR001401 (Dynamin, GTPase region)
36srh-28ZC404.5n/achrV 6,774,975C. elegans SRH-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37T10H10.3T10H10.3n/achrX 2,285,608contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR011524 (SARAH), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
38C10G8.2C10G8.2n/achrV 5,314,980contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domain IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
39F22G12.1F22G12.1n/achrI 13,140,448contains similarity to Interpro domain IPR000423 (Flagellar protein FlgJ type-1)
40F08F8.2F08F8.2n/achrIII 7,360,724contains similarity to Pfam domain PF00368 Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase contains similarity to Interpro domains IPR004554 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I, catalytic), IPR009029 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding), IPR002202 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic)
41hcp-1ZK1055.1n/achrV 6,596,666hcp-1 encodes a homolog of the mammalian centromere protein-F (CENP-F) and is involved in mitotic chromosome segregation; hcp-1 functions in an ordered pathway consisting of two other CENP proteins encoded by hcp-3 and hcp-4 to control assembly of the kinetochore; hcp-1 localization to the kinetochore is dependent on hcp-3 and hcp-4.
42R03D7.4R03D7.4n/achrII 10,944,454contains similarity to Pfam domain PF06881 RNA polymerase II transcription factor SIII (Elongin) subunit A contains similarity to Interpro domain IPR010684 (RNA polymerase II transcription factor SIII, subunit A)
43R05H5.4R05H5.4n/achrII 10,198,961contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
44F20B6.5F20B6.5n/achrX 4,199,245contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000076919
45F36H5.9F36H5.9n/achrII 1,752,922This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
46sre-50C50E10.11n/achrII 12,304,243C. elegans SRE-50 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
47srg-47C53A5.8n/achrV 14,555,611C. elegans SRG-47 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
48B0496.2B0496.2n/achrIV 7,448,558contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR000210 (BTB/POZ-like)
49twk-4ZK1067.5n/achrII 9,192,128C. elegans TWK-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR003938 (Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
50tag-340F26F4.4n/achrIII 4,901,822C. elegans TAG-340 protein; contains similarity to Pfam domain PF01852 START domain contains similarity to Interpro domains IPR000799 (Steroidogenic acute regulatory protein), IPR002913 (Lipid-binding START)