UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F44E5.4F44E5.40chrII 11,758,124F44E5.4 encodes a member of the Hsp70 family of heat shock proteins; as loss of F44E5.4 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious defects, the precise role of F44E5.4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3F44E5.5F44E5.50chrII 11,760,682F44E5.5 encodes a member of the Hsp70 family of heat shock proteins; as loss of F44E5.5 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious defects, the precise role of F44E5.5 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
4hsp-16.11T27E4.2n/achrV 9,090,335hsp-16.11 encodes a 16-kD heat shock protein (HSP) that is a member of the hsp16/hsp20/alphaB-crystallin (HSP16) family of heat shock proteins, and that is identical to the protein encoded by hsp-16.1; hsp-16.11 expression is induced in response to heat shock or other environmental stresses; HSP-16.11 is likely to function as passive ligand temporarily preventing unfolded proteins from aggregating; HSP-16.11 has been shown to interact with intracellular human beta amyloid peptide, a primary component of the extracellular plaques found in Alzheimer's disease.
5hsp-16.49T27E4.9n/achrV 9,089,499hsp-16.49 encodes a 16-kD heat shock protein (HSP) that is a member of the hsp16/hsp20/alphaB-crystallin (HSP16) family of heat shock proteins, and that is identical to the protein encoded by hsp-16.48; HSP-16.49 is likely to function as a passive ligand temporarily preventing unfolded proteins from aggregating.
6hsp-16.1T27E4.8n/achrV 9,087,496hsp-16.1 encodes a 16-kD heat shock protein (HSP) that is a member of the hsp16/hsp20/alphaB-crystallin (HSP16) family of heat shock proteins, and that is identical to the protein encoded by hsp-16.11; an hsp-16.1 reporter fusion, expressed broadly but most strongly in muscle and hypodermis, is induced solely in response to heat shock or other environmental stresses; expression is detectable in somatic tissues in post-gastrulation embryos, all larval stages, and in adults; HSP-16.1 is likely to function as a passive ligand temporarily preventing unfolded proteins from aggregating.
7T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
8tni-1F42E11.4n/achrX 11,376,606tni-1 encodes a member of the troponin family that affects body morphology, locomotion, egg laying, and epithelial morphogenesis in a large-scale RNAi analysis.
9F09B12.3F09B12.3n/achrX 15,096,564contains similarity to Pfam domain PF04916 Phospholipase B contains similarity to Interpro domain IPR007000 (Laminin A)
10mup-2T22E5.5n/achrX 6,409,410mup-2 encodes the muscle contractile protein troponin T ( TnT ) homologous to vertebrate and invertebrate TnT and contains an invertebrate- specific COOH -terminal tail; mup-2 affects embryonic body wall muscle cell contraction, sarcomere organization, cell positioning, regulated muscle contraction in larval and adult body wall muscle, epidermal morphogenesis, and is required for proper function of the hermaphrodite nonstriated oviduct myoepithelial sheath, proper growth, and fertility.
11F53F1.4F53F1.4n/achrV 13,411,377contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR013286 (Annexin, type VII)
12C44E4.4C44E4.4n/achrI 4,634,862contains similarity to Pfam domains PF05383 (La domain) , PF08777 (RNA binding motif) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR002344 (Lupus La protein), IPR014886 (RNA binding motif), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR006630 (RNA-binding protein Lupus La), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
13C10E2.1C10E2.1n/achrX 16,765,099
14noah-2F52B11.3n/achrIV 14,093,906noah-2 encodes a PAN and ZP domain-containing protein that is related to the Drosophila extracellular matrix component NompA (no-mechanoreceptor-potential A); loss of noah-2 function via RNAi indicates that NOAH-2 activity is essential for molting; in addition, NOAH-2 appears to be required for embryonic and larval development, reproduction, coordinated locomotion, and the overall health of the animal.
15tfg-1Y63D3A.5n/achrI 14,103,115C. elegans TFG-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00564 PB1 domain contains similarity to Interpro domains IPR006030 (Molluscan rhodopsin C-terminal tail), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000270 (Octicosapeptide/Phox/Bem1p)
16T25B6.2T25B6.2n/achrX 9,036,480T25B6.2 encodes two isoforms of a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; T25B6.2 is orthologous to Ac-mep-1, a gut luminal neprilysin which is specifically expressed in the adult life stage of Ancylostoma caninum hookworms, and whose protein product is localized to the microvilli of the gastrointestinal tract, suggesting a role in digestion.
17dpy-3EGAP7.1n/achrX 2,145,125dpy-3 encodes a cuticular collagen; along with dpy-2, dpy-7, dpy-8, and dpy-10, dpy-3 is required postembryonically for annular furrow formation and/or maintenance; specifically, DPY-3 activity is required for proper assembly of the DPY-7 collagen into the mature extracellular matrix; during each cuticle synthetic period, dpy-3 mRNA is expressed approximately four hours prior to the secretion of new cuticle.
18T06E4.7T06E4.7n/achrV 9,627,246contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
19fasn-1F32H2.5n/achrI 8,980,067fasn-1 encodes a putative fatty acid synthase, orthologous to human FASN (OMIM:600212); CEP-1 is required for fully normal fasn-1 expression in vivo; CEP-1 drives transcription of luciferase reporters whose promoters contains either of two putative CEP-1 binding sites (FAS-T1 and FAS-T2) found in the fasn-1 gene, and this activity is partially lost by mutation of conserved CEP-1 residues (R298 or H310); in humans, the CEP-1 ortholog isoforms TAp73alpha and deltaNp63alpha bind the human FASN gene, suggesting that FASN genes might be a conserved direct target of p53-like proteins in metazoa; fasn-1 transcription is moderately activated (2 to 4-fold) in L1 or L2 larvae starved for 12 hours, but is not so activated in later larvae or adults.
20nhr-244ZK1025.6n/achrI 11,455,105C. elegans NHR-244 protein; contains similarity to Pfam domain PF00104 Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
21F59A2.3F59A2.3n/achrIII 3,397,005contains similarity to Pfam domain PF02330 Mitochondrial glycoprotein contains similarity to Interpro domain IPR003428 (Mitochondrial glycoprotein)
22ugt-13H23N18.1n/achrV 4,910,117C. elegans UGT-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
23K07C5.4K07C5.4n/achrV 10,351,696contains similarity to Pfam domains PF01798 (Putative snoRNA binding domain) , PF08060 (NOSIC (NUC001) domain) , PF08156 (NOP5NT (NUC127) domain) contains similarity to Interpro domains IPR012974 (NOP5, N-terminal), IPR005819 (Histone H5), IPR002687 (Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region), IPR012976 (NOSIC)
24Y57A10C.6Y57A10C.6n/achrII 12,424,519contains similarity to Pfam domain PF00108 Thiolase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR002155 (Thiolase), IPR016039 (Thiolase-like)
25F54F11.2F54F11.2n/achrII 13,512,057F54F11.2 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F54F11.2 has no clear orthologs in other organisms.
26clec-42F16H6.1n/achrV 18,192,770C. elegans CLEC-42 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) (2), PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002353 (Type II antifreeze protein)
27Y40D12A.2Y40D12A.2n/achrIII 6,613,768contains similarity to Pfam domain PF00450 Serine carboxypeptidase contains similarity to Interpro domain IPR001563 (Peptidase S10, serine carboxypeptidase)
28C18H9.6C18H9.6n/achrII 6,701,053
29act-5T25C8.2n/achrIII 13,605,190an ortholog of human cytoplasmic actin; and is expressed only in microvillous intestinal cells and excretory cell.
30F55G11.2F55G11.2n/achrIV 12,968,338contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
31gst-5R03D7.6n/achrII 10,950,899gst-5 encodes a putative glutathione-S-transferase that inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51.
32ZK1025.8ZK1025.8n/achrI 11,470,513contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
33F48E3.3F48E3.3n/achrX 7,498,278contains similarity to Pfam domain PF06427 UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR009448 (UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase)
34apy-1F08C6.6n/achrX 7,568,879C. elegans APY-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF06079 Apyrase contains similarity to Interpro domain IPR009283 (Apyrase)
35W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
36lpd-6K09H9.6n/achrI 3,146,111lpd-6 encodes a predicted rRNA-binding protein that is orthologous to Drosophila Peter Pan and the Saccharomyces cerevisiae SSF1 and SSF2 proteins that are required for ribosomal large subunit maturation; loss of lpd-6 activity via RNAi indicates that, in C. elegans, LPD-6 is required for fat storage and for larval growth and development; based upon its similarity to yeast SSF1 and SSF2, LPD-6 is predicted to be a nucleolar protein.
37F13H6.3F13H6.3n/achrV 6,364,531contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
38ZK1025.2ZK1025.2n/achrI 11,450,904contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
39C30C11.4C30C11.42e-57chrIII 8,445,492C30C11.4 encodes a member of the Hsp70 family of heat shock proteins; loss of C30C11.4 activity via large-scale RNAi screens results in a variety of defects including embryonic and larval lethality, slow growth rates, and locomotory and morphological defects; in addition loss of C30C11.4 has been reported to result in a small but reproducible reduction in adult lifespan in otherwise long-lived animals.
40F33H2.3F33H2.3n/achrI 15,034,979contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal)
41myo-3K12F2.1n/achrV 12,230,556myo-3 encodes MHC A, the minor isoform of MHC (myosin heavy chain) that is essential for thick filament formation, and for viability, movement, and embryonic elongation; expressed in body muscle, the somatic sheath cell covering the hermaphrodite gonad, and also expressed in enteric muscle, vulval muscles of the hermaphrodite and the diagonal muscles of the male tail.
42col-76M110.1n/achrII 8,205,836C. elegans COL-76 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
43K10C2.1K10C2.1n/achrX 6,425,780contains similarity to Pfam domain PF00450 Serine carboxypeptidase contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR001563 (Peptidase S10, serine carboxypeptidase)
44T06E4.10T06E4.10n/achrV 9,618,599T06E4.10 encodes an uncharacterized protein that is proline- and alanine-rich and contains a predicted signal sequence; as loss of T06E4.10 results in no obvious defects, the precise role of its gene product in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
45phat-3C49G7.4n/achrV 4,044,418C. elegans PHAT-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
46eif-3.DR08D7.3n/achrIII 8,970,522eif-3.D encodes the C. elegans ortholog of the translation initiation factor 3 subunit d (eIF3d/Moe1); by homology, EIF-3.D is predicted to function as part of the eIF3 translation initiation complex but also as part of a Ras-mediated pathway that regulates mitotic spindle formation; in C. elegans, large-scale RNAi screens indicate that eif-3.D is required for embryonic and germline development, locomotion, and normal rates of post-embryonic growth; in the early embryo, eif-3.D is specifically required for the fidelity of meiotic divisions and normal pseudocleavage; eif-3.D function is likely conserved, as expression of eif-3.D in Schizosaccharomyces pombe can rescue the mitotic spindle and growth defects associated with moe1 mutant cells; to date, eif-3.D expression has been reported in anterior neurons and the pharynx, beginning at late stages of embryogenesis.
47C14C6.5C14C6.5n/achrV 537,024contains similarity to Pfam domains PF04942 (CC domain) , PF01549 (ShK domain-like) (2)contains similarity to Interpro domains IPR007026 (Domian of unknown function, DUF-CC), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
48R06C1.4R06C1.4n/achrI 11,931,232contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR002343 (Paraneoplastic encephalomyelitis antigen)
49odc-1K11C4.4n/achrV 6,899,252odc-1 encodes ornithine decarboxylase, the first enzyme of polyamine biosynthesis that catalyzes the conversion of ornithine to putrescine; ODC-1 is required for development when animals are deprived of exogenous polyamines, which are required for oogenesis and completion of embryogenesis; in addition,ODC-1 may contribute to male fertility; ODC-1 activity is detectable at all developmental stages, with highest levels observed in adults and L4 larvae.
50dpy-18Y47D3B.10n/achrIII 11,375,393An alpha subunit of prolyl-4-hydroxylase which is a procollagen modifying enzyme required for exoskeleton formation, morphogenesis and maintenance of body shape; it is expressed throughout the hypodermis and certain head and posterior neurons.