UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F43G9.4F43G9.40chrI 8,611,732contains similarity to Brugia malayi Putative uncharacterized protein BMBAC01P19.03a.; TR:Q8IHI9
2F54D5.9F54D5.9n/achrII 11,543,652F54D5.9 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to PROM-1, that suppresses excess embryonic cell division; F54D5.9(RNAi) animals show hyperproliferating embryonic tissues, while having no obvious meiotic defects.
3ZC410.3ZC410.3n/achrIV 9,077,529contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
4K11H3.3K11H3.3n/achrIII 9,852,736contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
5B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
6C38D4.4C38D4.4n/achrIII 4,794,206contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delayed Anaerobic Gene; SGD:YJR151C
7B0252.1B0252.1n/achrII 6,921,631contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
8T05H10.1T05H10.1n/achrII 8,044,949contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR011051 (Cupin, RmlC-type)
9K03H4.2K03H4.2n/achrV 13,153,453contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:O96209
10skr-17C06A8.4n/achrII 7,784,177skr-17 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a core component of the SCF (Skp1p, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that facilitates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-17 has no known function in vivo, since skr-17(RNAi) animals are at least superficially normal, and SKR-17 does not appear to interact in vitro with any of the C. elegans cullin homologs.
11C32D5.11C32D5.11n/achrII 6,354,177contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
12F22E5.9F22E5.9n/achrII 2,638,698
13R148.4R148.4n/achrIII 3,172,188
14ers-1Y41E3.4n/achrIV 15,010,805ers-1 encodes a glutaminyl (Q) tRNA synthetase that affects growth and embryonic and larval viability in large-scale RNAi screens; it is predicted to be mitochondrial.
15cyp-31A2H02I12.8n/achrIV 11,404,949cyp-31A2 encodes a class 4 cytochrome P450 predicted to hydroxylate polyunsaturated fats (PUFAs); CYP-31A2 is required for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; cyp-31A2(RNAi) hermaphrodites are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them; in mammalian eicosanoid signalling, class 4 cytochrome P450 is required for the omega hydroxylation of PUFAs, prostaglandins, and leukotrienes.
16bath-15C08C3.2n/achrIII 7,775,331C. elegans BATH-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF00917 (MATH domain) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
17F45F2.11F45F2.11n/achrV 8,520,032contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
18glh-2C55B7.1n/achrI 6,515,665glh-2 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains six CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent, RNA helicase; at non-permissive temperatures, GLH-2 plays a role in germ-line development and fertility, specifically in regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-2 activity may also be required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, but not accumulation of P granule mRNA components; GLH-2 interacts in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase; GLH-2 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; GLH-2 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-2 is expressed at barely detectable levels in males.
19B0545.4B0545.4n/achrIV 109,498contains similarity to Pfam domain PF05699 hAT family dimerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR008906 (HAT dimerisation)
20zhp-3K02B12.8n/achrI 8,530,344zhp-3 encodes a RING finger protein orthologous to budding yeast Cst9p (meiotically expressed) and human RNF212 (associated with varying recombination rate); ZHP-3 activity is required during meiosis for crossover recombination and chiasma formation; ZHP-3 activity is thus essential for proper chromosome segregation and normal levels of fertility; a ZHP-3::GFP fusion protein localizes along synapsed chromosomes in a manner that is dependent upon the presence of mature synaptonemal complexes; ZHP-3 is paralogous to D1081.9, F55A12.10, and Y39B6A.16.
21C16C10.3C16C10.3n/achrIII 4,174,219contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
22fbxa-197T06C12.4n/achrV 15,868,291C. elegans FBXA-197 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
23lsl-1F52F12.4n/achrI 9,902,069C. elegans LSL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
24F21F8.2F21F8.2n/achrV 8,275,167contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
25C31H1.8C31H1.8n/achrIV 5,812,882contains similarity to Homo sapiens Protocadherin 15; ENSEMBL:ENSP00000378832
26T04A8.15T04A8.15n/achrIII 4,713,844contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Ubiquitin-specific protease; SGD:YDL122W
27C36A4.4C36A4.4n/achrIII 3,842,530C36A4.4 encodes a putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase, paralogous to K06B9.2 and orthologous to human UAP1 (OMIM:602862) and UAP1L1; C36A4.4 is thought to catalyse the fourth step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; C36A4.4 transcripts are enriched during oogenesis; C36A4.4(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
28C42C1.8C42C1.8n/achrIV 12,292,136contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
29srv-33T13A10.13n/achrIV 6,283,633C. elegans SRV-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
30F29C4.6F29C4.6n/achrIV 120,551contains similarity to Pfam domain PF01171 PP-loop family contains similarity to Interpro domains IPR011063 (PP-loop), IPR012089 (PP-loop ATPase, YdaO-related), IPR000541 (Protein of unknown function UPF0021), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
31F30F8.3F30F8.3n/achrI 7,836,374contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
32srn-1K12B6.5n/achrV 6,285,660C. elegans SRN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
33srj-14C03G6.3n/achrV 7,371,464C. elegans SRJ-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
35T01E8.4T01E8.4n/achrII 10,238,236This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains WD repeats.
36ZK418.8ZK418.8n/achrIII 7,084,302contains similarity to Pfam domain PF00013 KH domain contains similarity to Interpro domains IPR009019 (K Homology, prokaryotic type), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
37Y53C12A.6Y53C12A.6n/achrII 9,717,654contains similarity to Bacteriophage RB69 Hypothetical protein RB69ORF024c.; TR:Q7Y5B4
38F44B9.8F44B9.8n/achrIII 8,028,820contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08542 (Replication factor C) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR001270 (Chaperonin clpA/B), IPR013748 (Replication factor C), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
39nex-3C28A5.3n/achrIII 4,443,071nex-3 encodes an annexin, a member of a family of calcium-dependent phospholipid binding proteins; by homology, NEX-3 could function in a number of processes, such as membrane fusion, cytoskeletal interactions, and intracellular signaling; however, as loss of nex-3 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of NEX-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
40dhs-5F56D1.5n/achrII 5,454,878dhs-5 encodes a possible steroid dehydrogenase; DHS-5 generally resembles short chain-type alcohol/other dehydrogenases, but has two predicted N-terminal transmembrane sequences, and its closest relatives in vertebrates are known or putative steroid dehydrogenases such as hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 12 from mouse (also known as KIK-I or DHBK_MOUSE).
41apn-1T05H10.2n/achrII 8,048,264apn-1 encodes a member of the AP (apurinic or apyrimidinic) endonuclease family.
42ugt-58F35H8.6n/achrII 9,585,502C. elegans UGT-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
43srd-11F53F4.9n/achrV 13,618,750C. elegans SRD-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44D1086.4D1086.4n/achrV 14,091,601contains similarity to Saccharomyces cerevisiae GTPase, required for general translation initiation by promoting Met-tRNAiMet binding to ribosomes and ribosomal subunit joining; homolog of bacterial IF2; SGD:YAL035W
45D2007.1D2007.1n/achrIII 8,155,633
46pch-2F10B5.5n/achrII 8,159,065pch-2 encodes a putative AAA+-type ATPase orthologous to budding yeast PCH2 and human TRIP13 (OMIM:604507); PCH-2 is required for the apoptosis of pachytene cells induced by unsynapsed chromosomal pairing centers, but is dispensable for meiotic apoptosis induced by DNA damage; PCH-2-mediated apoptosis is inhibited by SYP-1 and SYP-2, while it requires HIM-8 (and probably HIM-8's paralogs, ZIM-1/-3 and C02F5.12); however, PCH-2-mediated apoptosis does not require SPO-11; pch-2 transcripts are enriched during oogenesis; the excess germline apoptosis of syp-1(me17) mutants is partially suppressed by pch-2(tm1458), and fully suppressed by pch-2(tm1458);spo-11(ok79).
47rnp-8R119.7n/achrI 366,516C. elegans RNP-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
48C01G5.5C01G5.5n/achrIV 6,525,508contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
49C07E3.9C07E3.9n/achrII 10,351,043contains similarity to Pfam domain PF00068 Phospholipase A2 contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
50F52C6.3F52C6.3n/achrII 1,925,233contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)