UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F43G6.10F43G6.102.0000000000000002e-28chrII 11,809,738contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
2R04D3.2R04D3.2n/achrX 13,285,808contains similarity to Plasmodium falciparum Putative uncharacterized protein PFD0207c.; TR:Q8I1Y6
3F53F8.3F53F8.3n/achrV 20,684,555contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
4F40F11.3F40F11.3n/achrIV 11,592,569contains similarity to Saccharomyces cerevisiae involved intracellular protein transport, coiled-coil protein necessary for protein transport from ER to Golgi; SGD:YDL058W
5F41C6.3F41C6.3n/achrX 6,870,780
6nhr-263F10G2.9n/achrV 7,341,043C. elegans NHR-263 protein; contains similarity to Pfam domain PF00104 Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
7C04B4.2C04B4.2n/achrX 12,284,223contains similarity to Interpro domain IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
8H04M03.3H04M03.3n/achrIV 5,892,434contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
9E02H4.6E02H4.6n/achrX 14,251,350contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
10F54D10.7F54D10.7n/achrII 3,820,711contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
11F08F3.6F08F3.6n/achrV 5,419,025This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
12B0393.3B0393.3n/achrIII 4,758,450contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR006553 (Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype)
13meg-1K02B9.1n/achrX 13,928,257meg-1 encodes a novel protein that localizes exclusively to P granules; originally identified by microarray analyses of germline-enriched transcripts, loss of meg-1 activity via mutation and RNAi indicates that MEG-1 is required for germline development and normal levels of fertility; specifically, MEG-1 is required maternally for normal germ cell proliferation and/or survival and for fully normal P granule segregation to the germ cell lineage; in regulating germline development, meg-1 likely functions redundantly with meg-2 and mes-1; meg-1 expression in the proximal germline is positively regulated by MPK-1, the C. elegans MAP kinase ortholog; meg-1 mRNA is expressed in the proximal germline; MEG-1 localizes to P granules from the 4-to-8-cell through 100-cell stage of embryogenesis; MEG-1 localization to P granules partially requires MES-1 and, in turn, MES-1 localization to P granules is partly dependent on MEG-1.
14F14D7.2F14D7.2n/achrV 14,292,817contains similarity to Homo sapiens Similar to Dentin sialophosphoprotein preproprotein; ENSEMBL:ENSP00000282478
15R53.6R53.6n/achrII 9,969,060contains similarity to Pfam domain PF03651 Partner of SLD five, PSF1 contains similarity to Interpro domain IPR005339 (GINS complex, Psf1 component)
16cdc-25.3ZK637.11n/achrIII 8,917,082cdc-25.3 encodes a tyrosine phosphatase that is a member of the cell division cycle 25 (CDC25) family of cell cycle regulators that includes Schizosaccharomyces pombe CDC25 and Drosophila string; cdc-25.3 is one of four cdc-25 genes in C. elegans and while it is known to be expressed in hermaphrodites, the precise function of cdc-25.3 is not yet clear; cdc-25.3 may function redundantly with cdc-25.2 during embryonic development and redundantly with cdc-25.1, cdc-25.2, and emb-29 during meiosis.
17R04D3.4R04D3.4n/achrX 13,288,277contains similarity to Rattus norvegicus Copper-transporting ATPase 1 (EC 3.6.3.4) (Copper pump 1) (Menkessdisease-associated protein homolog).; SW:AT7A_RAT
18C17E7.4C17E7.4n/achrV 3,893,699
19C31G12.1C31G12.1n/achrV 18,180,590contains similarity to Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus K1 glycoprotein (Fragment).; TR:Q9WHA1
20C16A3.2C16A3.2n/achrIII 6,390,183contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
21mom-2F38E1.7n/achrV 8,357,065mom-2 encodes a member of the Wnt family of secreted signaling glycoproteins that is required for induction of endodermal (gut) tissue in the 4-cell stage embryo; MOM-2, required in the inducing blastomere (P2) at the 4-cell stage, may be the ligand for MOM-5, a Frizzled homolog, thought to act in the receiving blastomere (EMS); MOM-2 genetically interacts in the same pathway as KIN-19, but parallel to APR-1; MOM-2 also may be a ligand for LIN-18, a Ryk homolog.
22K03H1.7K03H1.7n/achrIII 9,947,654contains similarity to Saccharomyces cerevisiae major low affinity 55 kDa Centromere/microtubule binding protein; SGD:YLR175W
23F54D10.5F54D10.5n/achrII 3,807,652
24flh-3Y11D7A.13n/achrIV 9,270,834C. elegans FLH-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF04500 FLYWCH zinc finger domain contains similarity to Interpro domains IPR007588 (Zinc finger, FLYWCH-type), IPR009057 (Homeodomain-like)
25kbp-1R13F6.1n/achrIII 6,869,906C. elegans KBP-1 protein ;
26rgs-8.1F52D2.2n/achrX 1,953,014C. elegans RGS-8.1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016137 (Regulator of G protein signalling superfamily), IPR000342 (Regulator of G protein signalling)
27C50E3.13C50E3.13n/achrV 7,623,254
28rgs-9ZC53.7n/achrX 1,916,166C. elegans RGS-9 protein; contains similarity to Interpro domains IPR015905 (Isoleucyl-tRNA synthetase, class Ia, N-terminal), IPR016137 (Regulator of G protein signalling superfamily), IPR000342 (Regulator of G protein signalling)
29C35D10.13C35D10.13n/achrIII 4,877,976
30K04G2.10K04G2.10n/achrI 8,059,153contains similarity to Homo sapiens Meiosis-specific nuclear structural protein 1; ENSEMBL:ENSP00000260453
31meg-2K02B9.2n/achrX 13,924,518meg-2 encodes a novel protein that localizes exclusively to P granules; originally identified by microarray analyses of germline-enriched transcripts, loss of meg-2 activity by itself results in no obvious abnormalities, but loss of meg-2 activity in meg-1 mutant animals indicates that meg-1 and meg-2 likely have redundant functions in germline development; meg-2 may also function redundantly with mes-1; meg-2 expression in the proximal germline is positively regulated by MPK-1, the C. elegans MAP kinase ortholog; a GFP::MEG-2 fusion protein localizes exclusively to P granules in the embryonic germ cell lineage.
32fem-3C01F6.4n/achrIV 9,106,267fem-3 encodes a novel protein that promotes male development in all tissues.
33taf-11.2K10D3.3n/achrI 7,133,402C. elegans TAF-11.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04719 hTAFII28-like protein conserved region contains similarity to Interpro domains IPR006809 (TAFII28-like protein), IPR009072 (Histone-fold)
34rgs-10F45B8.2n/achrX 14,963,378C. elegans RGS-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00615 Regulator of G protein signaling domain contains similarity to Interpro domains IPR016137 (Regulator of G protein signalling superfamily), IPR000342 (Regulator of G protein signalling)
35msh-4T02G5.6n/achrII 7,078,297C. elegans MSH-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00488 MutS domain V contains similarity to Interpro domain IPR000432 (DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal)
36btb-6F45C12.7n/achrII 1,715,821C. elegans BTB-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
37T12G3.6T12G3.6n/achrIV 12,030,485contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1128.; TR:O25753
38F31F6.3F31F6.3n/achrX 14,872,269F31F6.3 encodes a novel protein that is conserved in C. elegans; three other genes related to F31F6.3 are present in tandem on the X chromosome.
39fbxa-170C36C9.3n/achrX 1,677,298This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
40rmd-1T05G5.7n/achrIII 9,759,548C. elegans RMD-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical)
41C44B9.3C44B9.3n/achrIII 10,879,120contains similarity to Trypanosoma cruzi Mucin-like protein.; TR:O61047
42F48C1.5F48C1.5n/achrI 5,317,876
43C02B10.2C02B10.2n/achrIV 5,090,651contains similarity to Homo sapiens SNARE-associated protein Snapin; ENSEMBL:ENSP00000357674
44ZK643.2ZK643.2n/achrIII 8,957,012contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR016192 (APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding), IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016473 (dCMP deaminase), IPR016193 (Cytidine deaminase-like), IPR015517 (Cytidine deaminase)
45kbp-5C34B2.2n/achrI 10,687,701C. elegans KBP-5 protein ;
46K08H2.3K08H2.3n/achrX 13,237,815contains similarity to Rattus norvegicus Inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase C.; TR:Q80ZG2
47Y6G8.3Y6G8.3n/achrV 17,602,355contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR001781 (Zinc finger, LIM-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
48C27C12.3C27C12.3n/achrX 14,864,682C27C12.3 encodes a novel protein that is conserved in C. elegans; three other genes related to C27C12.3 are present in tandem on the X chromosome; in situ hybridization studies indicate that C27C12.3 mRNA is expressed in the proximal germline.
49T01G5.7T01G5.7n/achrV 15,112,773contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
50C13F10.2C13F10.2n/achrV 7,221,750contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG10681-PA;; FLYBASE:CG10681