UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F42G2.2F42G2.20chrII 2,423,776contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3W07B8.3W07B8.3n/achrV 1,125,705
4C38D4.7C38D4.7n/achrIII 4,810,559contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
5F57G4.5F57G4.5n/achrV 17,642,359contains similarity to Mus musculus Dentin sialophosphoprotein precursor (Dentin matrix protein-3) (DMP-s3) [Contains: Dentin phosphoprotein (Dentin phosphophoryn) (DPP);sDentin sialoprotein (DSP)].; SW:DSPP_MOUSE
6ZC416.4ZC416.4n/achrIV 3,607,952n/a
7C34G6.1C34G6.1n/achrI 5,912,249contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
8T28C12.1T28C12.1n/achrV 6,332,957contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
9ubc-23C28G1.1n/achrX 8,846,276ubc-23 encodes a predicted conjugating enzyme (UBCs/E2s) of the ubiquitin-conjugation system; expressed in larvae and adults in cells around the pharynx and in intestinal cells.
10F19B2.6F19B2.6n/achrV 20,155,401contains similarity to Tetrahymena thermophila SB210 Putative uncharacterized protein.; TR:Q23A89
11F55F1.1F55F1.1n/achrX 2,779,060contains similarity to Homo sapiens Rho family guanine-nucleotide exchange factor; ENSEMBL:ENSP00000328118
12ncr-1F02E8.6n/achrX 4,476,155ncr-1 encodes a large transmembrane glycoprotein with a patched-like domain that is orthologous to human NPC1 (OMIM:257220, mutated in Niemann-Pick type C disease); NCR-1 and NPC1 are eukaryotic members of the resistance-nodulation-division (RND) family of membrane permeases, and have a putative sterol-sensing domain; by homology, NCR-1 is predicted to function in intracellular cholesterol and glycolipid trafficking; in C. elegans, NCR-1 is required for growth and survival in the absence of cholesterol, newly hatched ncr-1 mutant larvae grow poorly on cholesterol-free medium and die at the L1 or L2 stage; NCR-1 is also involved in negative regulation of dauer formation, being required redundantly with NCR-2, a second C. elegans NPC1-like protein, for preventing constitutive dauer formation; dauer formation in ncr-1; ncr-2 double mutants is suppressed by mutations in daf-12, which encodes a steroid hormone receptor, and by overexpression of daf-9, which encodes a cytochrome P450, suggesting that NCR-1 and NCR-2 may function to transport a sterol precursor that is metabolized by DAF-9 to then serve as the DAF-12 ligand.
13R13A1.7R13A1.7n/achrIV 7,213,362
14F37C4.2F37C4.2n/achrIV 3,887,244contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
15ZK688.2ZK688.2n/achrIII 7,902,682contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
16nfyb-1W10D9.4n/achrII 464,524C. elegans NFYB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00808 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR003957 (Transcription factor, CBFA/NFYB, DNA topoisomerase), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
17F33C8.4F33C8.4n/achrX 14,733,294contains similarity to Interpro domain IPR006209 (EGF-like domain)
18lec-4C44F1.3n/achrIII 3,772,356lec-4 encodes a predicted galectin that exhibits sugar binding properties in vitro.
19F38E9.6F38E9.6n/achrX 16,440,044
20pat-10F54C1.7n/achrI 5,019,533pat-10 encodes body wall muscle troponin C, the calcium-binding component of the troponin complex of actin thin filaments; PAT-10 is essential for muscle contraction and thus for completion of embryonic morphogenesis and elongation; by homology, PAT-10 likely functions to regulate body wall muscle contraction in response to changes in intracellular calcium; PAT-10 is expressed in body wall muscle but is also detected in vulval and anal muscles; expression in body wall muscle begins during early embryonic morphogenesis, concurrent with expression of other body wall muscle structural components.
21C09D4.3C09D4.3n/achrI 5,489,487contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
22srz-1F14F8.3n/achrV 16,676,674srz-1 encodes a predicted seven-pass G protein-coupled receptor; as loss of srz-1 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, the precise role of SRZ-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
23srh-115Y61B8A.2n/achrV 17,256,442C. elegans SRH-115 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24T22F3.8T22F3.8n/achrV 3,603,747contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
25F56H1.3F56H1.3n/achrI 5,732,820contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR015988 (STAT transcription factor, coiled coil), IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
26T25G12.6T25G12.6n/achrX 17,227,557contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domain IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
27egl-23Y37A1B.11n/achrIV 14,007,827egl-23 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; egl-23 was originally defined by gain-of-function mutations that result in defects in locomotion, egg-laying, and enteric muscle activation; loss of egl-23 function via reversion or RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities suggesting that EGL-23 may function redundantly with other TWK channels; egl-23 does not, however, interact genetically with the UNC-93 group of TWKs encoded by unc-93, sup-9, and sup-10; the EGL-23 expression pattern is not yet known.
28B0432.7B0432.7n/achrII 271,677contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
29K04F1.8K04F1.8n/achrV 1,667,509
30F22B3.8F22B3.8n/achrIV 11,423,572contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
31K08C9.6K08C9.6n/achrI 11,499,274contains similarity to Archaeoglobus fulgidus Hypothetical protein AF0327.; TR:O29920
32Y70C5C.1Y70C5C.1n/achrV 16,702,280contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001431 (Peptidase M16, zinc-binding site), IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)
33C56A3.3C56A3.3n/achrV 13,533,300C56A3.3 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that C56A3.3 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
34fbxa-188F47H4.8n/achrV 17,343,887This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
35F38E1.3F38E1.3n/achrV 8,376,994contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
36C14B1.3C14B1.3n/achrIII 3,704,316This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
37R09A1.2R09A1.2n/achrV 1,020,657contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
38C33H5.16C33H5.16n/achrIV 7,802,511contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
39B0207.11B0207.11n/achrI 5,963,581B0207.11 encodes a nematode-specific protein probably required for a normally high ovulation rate; B0207.11 has no obvious non-nematode homologs, but does have a putative N-terminal coiled-coil domain and an SH2 motif, and is is paralogous to four other C. elegans proteins (F42G4.6, F44F4.10, T08G11.2, and Y81G3A.1); B0207.11(tm322) hermaphrodites show abnormal egg-laying, retaining significantly fewer eggs than wild-type (perhaps due to a lowered ovulation rate) while retaining late-stage embryos; B0207.11 has no obvious phenotype in mass RNAi experiments, possibly because of genetic redundancy with its paralogs.
40B0207.1B0207.1n/achrI 5,966,138contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000005 (Helix-turn-helix, AraC type), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type)
41acr-21F27B3.2n/achrIII 6,584,504acr-21 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR); ACR-21 is a highly divergent member of the 'ACR-16' class of nAChR subunits, which includes ACR-7, ACR-9, ACR-10, ACR-11, ACR-14, ACR-15, ACR-16, and ACR-19, and is most closely related to the alpha-7 subunits of vertebrate nAChRs.
42T11G6.7T11G6.7n/achrIV 10,844,729contains similarity to Fundulus heteroclitus Lens major intrinsic protein.; TR:Q9PUE2
43tps-2F19H8.1n/achrII 14,605,629tps-2 encodes one of two trehalose-6-phosphate synthase proteins in C. elegans, and RNAi of both enzymes leads to a more than 90% reduction decrease in trehalose levels, but does not appear to affect viability or development; the tps-2 mRNA is expressed throughout development.
44C25F9.5C25F9.5n/achrV 19,409,124contains similarity to Pfam domain PF00176 SNF2 family N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR000330 (SNF2-related)
45lips-13T13B5.7n/achrII 1,116,848C. elegans LIPS-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
46cyp-33C9C50H11.15n/achrV 3,093,157C. elegans CYP-33C9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
47F22E5.8F22E5.8n/achrII 2,640,990contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
48bcmo-2F53C3.12n/achrII 3,909,661C. elegans BCMO-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03055 Retinal pigment epithelial membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR004294 (Carotenoid oxygenase), IPR015123 (Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation)
49col-64F52F12.2n/achrI 9,894,637C. elegans COL-64 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
50F26A1.3F26A1.3n/achrIII 4,827,878contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)