UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F42C5.4F42C5.40chrIV 7,290,079contains similarity to Interpro domain IPR001841 (Zinc finger, RING-type)
2K03H1.5K03H1.5n/achrIII 9,935,960contains similarity to Pfam domains PF03782 (AMOP domain) , PF06119 (Nidogen-like) , PF00094 (von Willebrand factor type D domain) , PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR005533 (AMOP), IPR002909 (Cell surface receptor IPT/TIG), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003886 (Nidogen, extracellular region), IPR016060 (Complement control module), IPR001846 (von Willebrand factor, type D)
3T10E10.4T10E10.4n/achrX 6,318,637T10E10.4 encodes a large (966-residue) protein, predicted to be secreted, with two N-terminal chitin-binding peritrophin-A domains followed by 14 cysteine-rich domains and one C-terminal EB module; the general organization of T10E10.4 protein resembles that of K04H4.2; T10E10.4 has no obvious function in mass RNAi assays but, like CEJ-1 and CPG-2, might participate in chitin synthesis.
4F25C8.4F25C8.4n/achrV 20,901,062contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
5M28.8M28.8n/achrII 10,630,658contains similarity to Interpro domain IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II)
6ZK488.6ZK488.6n/achrV 591,473contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
7F10D11.4F10D11.4n/achrI 8,441,960contains similarity to Interpro domain IPR005819 (Histone H5)
8W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
9R07H5.9R07H5.9n/achrIV 11,208,377contains similarity to Saccharomyces cerevisiae involved in septin organization; SGD:YCL024W
10hmit-1.2Y51A2D.5n/achrV 18,526,923hmit-1.2 encodes one of three C. elegans proton (H+)-dependent myo-inositol transporters; loss of hmit-1.2 activity via large-scale RNAi result in no obvious abnormalities but by homology, HMIT-1.2 is predicted to function as a plasma membrane protein required for the regulated uptake of myo-inositol and thus potentially for regulation of cell signaling and intracellular osmolarity.
11plc-2Y75B12B.6n/achrV 15,195,140C. elegans PLC-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00387 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain) , PF00388 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain) contains similarity to Interpro domains IPR001192 (Phospholipase C, phosphoinositol-specific, C-terminal (PLC)), IPR000909 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X region), IPR001711 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain), IPR013841 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X and Y boxes)
12C49C8.5C49C8.5n/achrIV 8,651,156contains similarity to Pfam domain PF00147 Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain contains similarity to Interpro domains IPR014716 (Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1), IPR002181 (Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular)
13F34H10.4F34H10.4n/achrX 9,649,656contains similarity to Interpro domain IPR002253 (Flavin-containing monooxygenase (FMO) 1)
14nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
15B0554.2B0554.2n/achrV 435,748contains similarity to Pfam domain PF02795 Domain of unknown function (DUF225) contains similarity to Interpro domain IPR004024 (Protein of unknown function DUF225)
16R05D3.6R05D3.6n/achrIII 8,350,531R05D3.6 encodes the epsilon subunit of the soluble, catalytic F1 portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V); RNAi experiments indicate that loss of R05D3.6 activity has minor effects on growth rate.
17F31E9.3F31E9.3n/achrV 17,323,648This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
18dhs-30T25G12.7n/achrX 17,233,193dhs-30 encodes a member of the short-chain dehydrogenases/reductases family (SDR) homologous to HSD, which when mutated leads to cortisol 11-beta ketoreductase deficiency (OMIM:218030).
19ubc-23C28G1.1n/achrX 8,846,276ubc-23 encodes a predicted conjugating enzyme (UBCs/E2s) of the ubiquitin-conjugation system; expressed in larvae and adults in cells around the pharynx and in intestinal cells.
20K10D11.5K10D11.5n/achrIV 12,990,724contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR003366 (CUB-like region)
21K06H6.2K06H6.2n/achrV 586,550contains similarity to Pfam domain PF05050 Protein of unknown function (DUF672) contains similarity to Interpro domain IPR007744 (Protein of unknown function DUF672)
22str-96T10H4.2n/achrV 15,293,203C. elegans STR-96 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23B0238.1B0238.1n/achrV 5,241,934contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
24ZC132.5ZC132.5n/achrV 4,306,648contains similarity to Pfam domain PF05380 Pao retrotransposon peptidase contains similarity to Interpro domains IPR008042 (Retrotransposon, Pao), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
25R173.3R173.3n/achrX 7,033,107contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
26K08D10.10K08D10.10n/achrIV 4,155,758
27nhr-210R11G11.12n/achrV 518,366C. elegans NHR-210 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
28wrt-8C29F3.2n/achrV 15,343,304wrt-8 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a Wart domain, an short region of low-complexity sequence, and a Hint/Hog domain; WRT-8 is strongly expressed in hypodermal syncytia hyp6-hyp10 throughout life, and in in 12 subventral P cells and their descendants from 3-fold embryo to L2 larva stages; the Hint/Hog domain is predicted to cut WRT-8 into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the Wart domain; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-8 has no obvious function in RNAi assays.
29Y17G7B.8Y17G7B.8n/achrII 12,026,748contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
30F37C4.2F37C4.2n/achrIV 3,887,244contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
31C30F12.2C30F12.2n/achrI 6,969,030contains similarity to Pfam domain PF03969 AFG1-like ATPase contains similarity to Interpro domains IPR005654 (AFG1-like ATPase), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
32T22B2.6T22B2.6n/achrX 3,915,288
33W02B12.9W02B12.9n/achrII 11,470,937contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
34unc-31ZK897.1n/achrIV 12,780,334unc-31 encodes a pleckstrin homology (PH) domain-containing protein that is the C. elegans ortholog of human CADPS/CAPS (calcium-dependent activator protein for secretion OMIM:604667); UNC-31 functions in post-docking calcium-regulated dense-core vesicle fusion that is required for egg laying, locomotion, pharyngeal pumping, and recovery from the dauer larval stage; in addition, UNC-31 functions in the insulin receptor signaling pathway that regulates adult life span where it may control Ca[2+]-regulated secretion of an insulin-like ligand; UNC-31 is not required for synaptic vesicle exocytosis; unc-31::gfp transcriptional reporters are expressed in most, if not all, neurons, vulval muscles, vulval cells, the spermatheca, and secretory cells such as the uterine UV1 cells; UNC-31::GFP translational fusions localize to neuronal cell bodies, axonal projections and to sites of synaptic contact, consistent with other dense-core vesicle proteins.
35F31A3.3F31A3.3n/achrX 17,533,568
36C01H6.6C01H6.6n/achrI 7,223,298C01H6.6 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C33D12.2, C52D10.12, M02F4.3, R04E5.2, and R13G10.4; by orthology with MAM3, C01H6.6 may participate in metal homoeostasis; C01H6.6, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; C01H6.6 has no obvious function in RNAi assays.
37clec-51B0218.6n/achrIV 8,162,862C. elegans CLEC-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR001304 (C-type lectin), IPR002352 (Eosinophil major basic protein)
38nhr-272T07C5.2n/achrX 12,704,012C. elegans NHR-272 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39F59F5.1F59F5.1n/achrX 10,530,779contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
40str-111F10A3.15n/achrV 16,168,531C. elegans STR-111 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41fbxa-31ZC47.5n/achrIII 1,270,493This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
42srw-63Y37A1B.10n/achrIV 14,014,952C. elegans SRW-63 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
43mab-10R166.1n/achrII 10,532,058C. elegans MAB-10 protein; contains similarity to Pfam domains PF04905 (NAB conserved region 2 (NCD2)) , PF04904 (NAB conserved region 1 (NCD1)) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR006988 (Nab, N-terminal), IPR006989 (Nab, central region)
44F40A3.7F40A3.7n/achrV 7,897,725contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45tpi-1Y17G7B.7n/achrII 12,038,108tpi-1 encodes a putative triosephosphate isomerase orthologous to human TPI1 (OMIM:190450, mutated in TPI deficiency) and Drosophila WASTED AWAY; despite the severity of TPI mutant phenotypes in humans and Drosophila, TPI-1 has no obvious function in mass RNAi assays.
46F55G11.7F55G11.7n/achrIV 12,961,290contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
47bcmo-2F53C3.12n/achrII 3,909,661C. elegans BCMO-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03055 Retinal pigment epithelial membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR004294 (Carotenoid oxygenase), IPR015123 (Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation)
48Y49E10.16Y49E10.16n/achrIII 12,432,047contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
49ceeh-2K07C5.5n/achrV 10,357,064ceeh-2 encodes a soluble epoxide hydrolase (sEH) orthologous to human ABHD7 and ABHD9; recombinant CEEH-2 is biochemically active in vitro on epoxyeicosatrienoic acids and leukotoxins (EpOMEs); conversely, CEEH-2 is inhibited by urea-based antagonists of mammalian sEH that elevate EpOME levels when fed to C. elegans; perhaps because of genetic redundancy with its paralog CEEH-1, CEEH-2 has no obvious function in mass RNAi assays.
50T05C12.4T05C12.4n/achrII 8,178,909contains similarity to Interpro domain IPR003566 (T-cell surface glycoprotein CD5)