UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F41C6.6F41C6.62e-41chrX 6,881,383
2C01B4.8C01B4.8n/achrV 2,491,606contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
3R102.1R102.1n/achrIV 10,686,816contains similarity to Oryza sativa Similar to Arabidopsis thaliana chromosome 4.; TR:Q9LWR6
4F56D2.8F56D2.8n/achrIII 5,581,951
5skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
6F58F9.6F58F9.6n/achrIV 6,236,744contains similarity to Interpro domain IPR000884 (Thrombospondin, type I)
7M7.12M7.12n/achrIV 11,097,281contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
8C25F9.8C25F9.8n/achrV 19,395,796contains similarity to Nicotiana glutinosa Ribonuclease NW.; TR:Q7XZV5
9E02C12.11E02C12.11n/achrV 9,379,644contains similarity to Pfam domain PF07914 Protein of unknown function (DUF1679) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species)
10F59B2.12F59B2.12n/achrIII 9,019,194contains similarity to Homo sapiens Similar to Dentin sialophosphoprotein preproprotein; ENSEMBL:ENSP00000282478
11T09B4.7T09B4.7n/achrI 6,160,874contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR000719 (Protein kinase, core)
12ZK1290.11ZK1290.11n/achrII 7,561,190
13clec-217F26D11.9n/achrV 7,958,038C. elegans CLEC-217 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
14scl-25T19C9.5n/achrV 17,227,538C. elegans SCL-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
15F53C3.1F53C3.1n/achrII 3,912,702contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
16cwp-1C37H5.10n/achrV 4,840,930cwp-1 encodes a nematode-specific protein that is coexpressed with lov-1 and pkd-2.
17C33G3.5C33G3.5n/achrX 14,077,417contains similarity to Homo sapiens Isoform E of Proteoglycan-4 precursor; ENSEMBL:ENSP00000356454
18K09D9.1K09D9.1n/achrV 4,025,632
19clec-135C16A11.8n/achrII 4,257,930C. elegans CLEC-135 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
20C46H11.6C46H11.6n/achrI 5,022,021contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
21pqn-60R11G11.7n/achrV 504,306pqn-60 encodes a 154-residue, glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion'-like) protein, predicted to have coiled-coil structure, with many paralogs in nematodes but no obvious non-nematode orthologs; PQN-60 inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51.
22cyp-33C8R08F11.3n/achrV 3,802,105C. elegans CYP-33C8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
23clec-133W10G11.12n/achrII 3,578,720C. elegans CLEC-133 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
24daf-5W01G7.1n/achrII 14,035,373daf-5 encodes a proline-rich protein, conserved in C. briggsae but not observed in non-nematode genomes, that promotes dauer formation in the group II branch of the dauer pathway, may regulate chemosensation via AWC neurons, and may regulate egg laying; daf-5 mutations suppress the dauer phenotype of group II Daf-c mutants; daf-5(e1385) partially suppresses dauer formation by aex-6(sa699) mutants at 26.8 degrees C.
25F37H8.3F37H8.3n/achrII 11,182,323contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR011945 (Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal), IPR006402 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
26Y43F8C.15Y43F8C.15n/achrV 19,705,582
27F28B1.1F28B1.1n/achrV 17,043,156contains similarity to Mus musculus Hypothetical protein.; TR:Q8C3I4
28F47C12.8F47C12.8n/achrIV 3,997,448contains similarity to Pfam domain PF05912 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF870) contains similarity to Interpro domain IPR008588 (Protein of unknown function DUF870, Caenorhabditis species)
29ZK849.1ZK849.1n/achrI 14,184,199contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
30C49C8.6C49C8.6n/achrIV 8,657,801contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
31F11F1.4F11F1.4n/achrIII 13,401,247contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domain IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
32arf-1.1F45E4.1n/achrIV 7,635,253arf-1.1 encodes a member of the ADP-ribosylation factor family.
33sfa-1Y116A8C.32n/achrIV 17,107,555Y116A8C.32 encodes an ortholog of splicing factor SF1, which enables 3' splice site recognition by binding U2AF65 and the intron branch site during splicing complex formation; Y116A8C.32 shares several domains with mammalian SF1 proteins (a U2AF65 binding domain, a hnRNP K homology domain, two RNA-binding zinc knuckles, and a proline-rich C-terminal domain), while also sharing a hydrophilic N-terminal domain (enriched for serine, arginine, lysine, and aspartate) with Drosophila but not mammalian SF1; Y116A8C.32's N-terminal domain resembles RS domains in other splicing proteins; Y116A8C.32 is required for embryonic viability, normally rapid growth, and proper body morphology.
34AC7.3AC7.3n/achrIV 5,112,248
35clc-4T05A10.2n/achrX 10,783,378clc-4 encodes a claudin homolog that may be required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; CLC-4 is worm-specific, with obvious homologs only in C. elegans; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water.
36B0238.12B0238.12n/achrV 5,268,306B0238.12 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; B0238.12 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; B0238.12 has no obvious function in mass RNAi assays.
37scrm-6F46A8.10n/achrI 11,254,608scrm-6 encodes a putative phospholipid scramblase homologous to human PLSCR1-5, and paralogous to other C. elegans SCRMs (e.g., SCRM-1); scrm-6(RNAi) animals have no obvious phenotype.
38nhr-225T27B7.2n/achrV 2,289,169C. elegans NHR-225 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39K01A6.4K01A6.4n/achrIV 11,739,659contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR001419 (HMW glutenin)
40C49G7.10C49G7.10n/achrV 4,041,191contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
41myo-2T18D3.4n/achrX 12,471,624myo-2 encodes a muscle-type specific myosin heavy chain isoform; myo-2 is expressed in pharyngeal muscle.
42F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
43nhr-59T27B7.1n/achrV 2,277,137C. elegans NHR-59 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
44ubc-24F49E12.4n/achrII 8,406,159ubc-24 encodes a predicted conjugating enzyme (UBCs/E2s) of the ubiquitin-conjugation system.
45K07F5.8K07F5.8n/achrIV 9,849,087contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
46C16C8.17C16C8.17n/achrII 3,441,631contains similarity to Pfam domain PF03436 Domain of unknown function (DUF281) contains similarity to Interpro domain IPR005098 (Protein of unknown function DUF281)
47F37A4.4F37A4.4n/achrIII 6,715,740contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00023 (Ankyrin repeat) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
48C35E7.7C35E7.7n/achrI 10,814,340
49W09G12.6W09G12.6n/achrIV 1,232,354contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
50F36H12.10F36H12.10n/achrIV 5,254,079contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)