UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nhr-183F41B5.100chrV 2,263,548C. elegans NHR-183 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
2pad-1Y18D10A.13n/achrI 12,890,677The pad-1 gene encodes a highly conserved, but unfamiliar, protein that is required for embryonic development.
3F36H2.3F36H2.3n/achrI 9,258,077contains similarity to Pfam domain PF00084 Sushi domain (SCR repeat) contains similarity to Interpro domains IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR016060 (Complement control module)
4M79.3M79.3n/achrX 10,626,990contains similarity to Pfam domain PF01553 Acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002123 (Phospholipid/glycerol acyltransferase)
5T24F1.4T24F1.4n/achrII 11,313,796contains similarity to Danio rerio Delta-like protein A precursor (DeltaA protein).; SW:Q6DI48
6fbxa-105C02H6.2n/achrV 7,391,288This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
7W03A5.2W03A5.2n/achrIII 5,407,000W03A5.2 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:19580) (GGCX; OMIM:137167), which when mutated leads to disease.
8M79.2M79.2n/achrX 10,628,258contains similarity to Homo sapiens 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase theta; ENSEMBL:ENSP00000264409
9K11G9.1K11G9.1n/achrV 6,677,918contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
10tba-7T28D6.2n/achrIII 11,369,983C. elegans TBA-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF00091 (Tubulin/FtsZ family, GTPase domain) , PF03953 (Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002454 (Gamma tubulin), IPR002452 (Alpha tubulin), IPR002453 (Beta tubulin), IPR000217 (Tubulin), IPR003008 (Tubulin/FtsZ, GTPase), IPR004057 (Epsilon tubulin), IPR002967 (Delta tubulin), IPR000158 (Cell division protein FtsZ, N-terminal), IPR008280 (Tubulin/FtsZ, C-terminal)
11clec-256Y17D7B.6n/achrV 18,772,129C. elegans CLEC-256 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
12T05H10.3T05H10.3n/achrII 8,049,736
13Y38H6C.20Y38H6C.20n/achrV 20,544,616contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR005427 (Salmonella/Shigella invasin protein C)
14F19B2.7F19B2.7n/achrV 20,150,407contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
15R90.1R90.1n/achrV 12,893,678contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
16cyp-33C6F41B5.7n/achrV 2,248,474C. elegans CYP-33C6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
17F59G1.4F59G1.4n/achrII 5,900,345contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
18fbxa-150Y38H6C.11n/achrV 20,518,929This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
19Y54G9A.4Y54G9A.4n/achrII 13,714,353contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
20C24B5.1C24B5.1n/achrV 9,193,748contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
21Y41C4A.11Y41C4A.11n/achrIII 11,721,632Y41C4A.11 encodes a divergent paralog of F38E11.5, the beta' (beta-prime) subunit of the coatomer (COPI) complex; unlike F38E11.5, Y41C4A.11 has no obvious function in mass RNAi assays.
22glb-23R13A1.8n/achrIV 7,218,772glb-23 encodes a globin; glb-23 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-23 has no obvious function in mass RNAi assays.
23R05A10.7R05A10.7n/achrIV 14,161,499contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
24fbxa-110Y102A5C.8n/achrV 16,937,848This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
25sre-42Y57A10B.4n/achrII 12,385,670C. elegans SRE-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR001356 (Homeobox)
26nhr-120C25B8.6n/achrX 6,638,552C. elegans NHR-120 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
27Y39A1A.14Y39A1A.14n/achrIII 10,649,949contains similarity to Pfam domain PF03587 Nep1 ribosome biogenesis protein contains similarity to Interpro domain IPR005304 (Suppressor Mra1)
28nas-32T02B11.7n/achrV 897,042C. elegans NAS-32 protein; contains similarity to Pfam domains PF01549 (ShK domain-like) , PF01400 (Astacin (Peptidase family M12A)) contains similarity to Interpro domains IPR017050 (Peptidase M12A, astacin, nematode), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR000859 (CUB), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
29ceh-6K02B12.1n/achrI 8,500,257ceh-6 encodes a POU family homeodomain protein, homologous to human POU3F4 (OMIM:304400, mutated in conductive deafness 3) that affects embryonic viability, locomotion, and molting, and that regulates ectodermal and excretory function; CEH-6 is expressed dynamically during development and expression includes neurons, the excretory cell, and ectodermal cells.
30cho-1C48D1.3n/achrIV 13,212,115cho-1 encodes a high-affinity choline transporter orthologous to members of the sodium-dependent glucose transporter family; CHO-1 is expressed in cholinergic neurons.
31F34D10.6F34D10.6n/achrIII 3,756,086contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
32ZC132.9ZC132.9n/achrV 4,318,616
33mps-3T06A4.2n/achrI 761,378mps-3 encodes a single-pass transmembrane protein that is related to the vertebrate KCNE proteins, also known as MinK-related peptides (MiRPs) that associate with, and regulate, pore-forming ion channels; mps-1 is required for the normal function of several neurons and thus for normal body touch sensation, chemotaxis to select molecules, osmotic avoidance, and nose-touch; when coexpressed in tissue culture cells with C. elegans KVS-1, MPS-3 is able to alter the activity of this potassium-selective channel, suggesting that MPS-3 functions in vivo to regulate KVS-1 activity in neurons in which the two proteins are coexpressed; in addition, activity of MPS-2, MPS-3, and KVS-1 coexpressed in culture suggests that these three proteins can form a functional ternary complex that genetic analyses indicate likely plays a role in regulating responsiveness to sodium; MPS-3 reporter fusions are expressed in the ADF amphid sensory neuron, the PVC and PVN neurons, and two neurons in the anterior bulb of the pharynx.
34ins-6ZK84.6n/achrII 6,000,649ins-6 encodes predicted type-beta insulin-like molecule that lacks a C peptide domain; expressed throughout development and in some neurons beginning in the two-fold elongated embryo.
35F13C5.5F13C5.5n/achrX 606,710
36Y41C4A.8Y41C4A.8n/achrIII 11,707,793contains similarity to Aedes aegypti Hypothetical conserved protein (Putative uncharacterized protein).; TR:Q1HQM0
37his-16ZK131.10n/achrII 13,817,860his-16 encodes an H2A histone; his-16 is contained within the histone gene cluster HIS3.
38F46F5.13F46F5.13n/achrII 803,511contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
39K06A1.3K06A1.3n/achrII 6,442,625contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
40T25B9.10T25B9.10n/achrIV 10,771,465contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domains IPR000300 (Inositol polyphosphate related phosphatase), IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
41nhr-7F54D1.4n/achrIV 11,267,544C. elegans NHR-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
42F12A10.5F12A10.5n/achrII 5,481,296contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR001125 (Recoverin), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR008080 (Parvalbumin), IPR003299 (Flagellar calcium-binding protein (calflagin))
43Y43F4A.4Y43F4A.4n/achrIII 13,245,650contains similarity to Homo sapiens Putative uncharacterized protein DKFZp313C0640; ENSEMBL:ENSP00000367438
44ZK228.3ZK228.3n/achrV 18,459,731contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
45F35C8.2F35C8.2n/achrX 5,375,578contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
46exc-7F35H8.5n/achrII 9,578,446exc-7 encodes an ELAV, an mRNA-binding protein homologous to Drosophila ELAV and human HuC/D (OMIM:603458, 168360, autoimmune antigens associated with paraneoplastic neurologic disorders); EXC-7 is required for formation of the tailspike and the excretory cell canals; exc-7 mutations enhance defects produced by mutations in exc-3, predicted to encode a peptidase, and sma-1, which encodes beta H-spectrin, a key component of the apical cytokeleton of polarized epithelial cells such as the excretory cell; in vitro, EXC-7 can bind the sma-1 mRNA 3' UTR, and thus is predicted to regulate SMA-1 expression in vivo; EXC-7 is expressed transiently in the excretory cell nucleus during mid-embryogenesis and during larval stages is detected in the pharynx, nerve ring, and nerve cord nuclei.
47M117.1M117.1n/achrIV 11,816,824contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001958 (Tetracycline resistance protein, TetA), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48glr-5ZC196.7n/achrV 8,718,671glr-5 encodes a kainate (non-NMDA)-type ionotropic glutamate receptor subunit; GLR-5 activity is required for normal brood sizes, especially at high temperatures; GLR-5 is expressed in neurons.
49dod-6T20G5.7n/achrIII 10,197,925C. elegans DOD-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
50glb-3C06H2.5n/achrV 11,139,410glb-3 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.