UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F40G9.12F40G9.122e-135chrIII 173,134contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3insc-1F43E2.3n/achrII 7,361,541C. elegans INSC-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000225 (Armadillo), IPR016024 (Armadillo-type fold)
4srsx-36T26E4.15n/achrV 15,808,853C. elegans SRSX-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
5Y56A3A.28Y56A3A.28n/achrIII 11,966,536contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
6T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
7nhr-177F16B4.1n/achrV 1,611,519C. elegans NHR-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8F35E12.2F35E12.2n/achrV 13,723,593contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
9T11G6.5T11G6.5n/achrIV 10,839,263contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
10E03H4.7E03H4.7n/achrI 12,422,814contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
11F26A1.13F26A1.13n/achrIII 4,847,982contains similarity to Pfam domain PF01713 Smr domain contains similarity to Interpro domain IPR002625 (Smr protein/MutS2 C-terminal)
12T25D1.2T25D1.2n/achrX 16,516,558contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domains IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258), IPR011332 (Ribosomal protein, zinc-binding)
13srb-1C27D6.10n/achrII 5,170,361C. elegans SRB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)
14C10A4.1C10A4.1n/achrX 7,417,182contains similarity to Pfam domain PF05699 hAT family dimerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR008906 (HAT dimerisation)
15npp-12T23H2.1n/achrI 6,450,639npp-12 encodes Gp210, an evolutionarily conserved membrane protein of the nuclear pore complex (NPC); NPP-12 is required for embryonic viability and normal nuclear membrane structures.
16ZC404.10ZC404.10n/achrV 6,801,320contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
17cyp-33C1C45H4.2n/achrV 2,180,672C. elegans CYP-33C1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
18srh-140Y6E2A.6n/achrV 15,723,067C. elegans SRH-140 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000484 (Photosynthetic reaction centre, L and M subunits)
19unc-33Y37E11C.1n/achrIV 3,521,708unc-33 encodes a conserved member of the CRMP/TOAD/Ulip/DRP family of proteins that includes mammalian CRMP-2 (Collapsin response mediator protein-2), which is essential for axon guidance and axonogenesis; in C. elegans, unc-33 activity is required for several biological processes including outgrowth and guidance of sensory, motor, and interneurons, sex myoblast migration, normal body movement and morphology, egg laying, and defecation; by homology to CRMP-2, UNC-33 is predicted to bind tubulin heterodimers and promote microtubule assembly, thereby regulating the extension and branching of cellular projections during neuronal polarization; UNC-33 is reportedly expressed exclusively in axonal processes from after early embryogenesis through larval and adult stages.
20F52H2.4F52H2.4n/achrX 2,546,392contains similarity to Pfam domain PF00474 Sodium:solute symporter family contains similarity to Interpro domains IPR010979 (Ribosomal protein S13-like, H2TH), IPR001734 (Na+/solute symporter)
21Y56A3A.30Y56A3A.30n/achrIII 11,976,478contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG6004-PB;; FLYBASE:CG6004
22K10C9.4K10C9.4n/achrV 1,051,572contains similarity to Interpro domain IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5)
23clec-9Y70C5C.2n/achrV 16,705,835C. elegans CLEC-9 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
24F26A1.6F26A1.6n/achrIII 4,816,522contains similarity to Lumbricus rubellus Amine oxidase-like protein (Fragment).; TR:Q94610
25K02E10.7K02E10.7n/achrX 2,504,770contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
26dgk-3F54G8.2n/achrIII 9,165,462dgk-3 encodes a diacylglycerol kinase that is the C. elegans ortholog of mammalian DGK-beta; dgk-3 activity is required for regulation of long-term thermotactic behavioral plasticity and for regulation of olfactory adaptation; large-scale expression studies have reported dgk-3 expression in head neurons, the intestine, and the pharyngeal lumen, while expression profiling indicates that dgk-3 is expressed in the AFD thermosensory neurons as well as a small number of additional sensory neurons.
27bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
28math-50ZK250.8n/achrII 1,957,153math-50 encodes a protein which has a meprin-associated Traf homology (MATH) domain and may be involved in apoptosis.
29wah-1Y56A3A.32n/achrIII 11,994,707wah-1 encodes a putative flavin-adenine dinucleotide (FAD)-binding oxidoreductase orthologous to mammalian PDCD8 (AIF; OMIM:300169, mutated in Harlequin mice); WAH-1 is required for apoptotic DNA degratation, SCRM-1 phospholipid scramblase activity, phosphatidylserine exposure, rapid apoptosis during embryonic development, and rapid engulfment of apoptotic cells in the germline; WAH-1 is also required for normally rapid growth and large brood sizes, and has a subtle proapoptotic function revealed in ced-3 or ced-4 mutant backgrounds; WAH-1 is expressed in most, if not all, cells of embryos and larvae; WAH-1 is normally mitochondrial, but can be released into the cytosol and nucleus by EGL-1 and CED-3; residues 380-550 of WAH-1 specifically bind SCRM-1 in vitro, but not SCRM-2 through SCRM-4, and WAH-1 binding is required in liposomes for more than residual SCRM-1 activity; WAH-1 also binds and activates CPS-6, promoting apoptotic DNA degradation, and transgenic coexpression of WAH-1 with CPS-6 specifically induces ectopic CED-3-dependent apoptosis in touch receptor neurons; CPS-6 shares a genetic pathway with WAH-1, whereas CED-3, CED-4, CED-8, and NUC-1 act independently of it; WAH-1 is paralogous to C. elegans F20D6.11 and human AIFM3 (AIFL).
30F59D6.4F59D6.4n/achrV 3,030,897contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
31lgc-20B0491.4n/achrII 11,341,749C. elegans LGC-20 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
32T09E11.9T09E11.9n/achrI 12,348,814contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
33ZK643.1ZK643.1n/achrIII 8,934,736contains similarity to Pfam domain PF00339 Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
34nhr-103F44C8.4n/achrV 2,226,236nhr-103 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain.
35C37A2.6C37A2.6n/achrI 6,788,535contains similarity to Pfam domain PF06325 Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) contains similarity to Interpro domain IPR010456 (Ribosomal L11 methyltransferase)
36hlh-26C17C3.8n/achrII 5,533,262C. elegans HLH-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
37lin-49F42A9.2n/achrIV 8,623,398C. elegans LIN-49 protein; contains similarity to Pfam domains PF00628 (PHD-finger) , PF00439 (Bromodomain) contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR001487 (Bromodomain), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
38T25F10.4T25F10.4n/achrV 6,761,420contains similarity to Interpro domain IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
39F20C5.5F20C5.5n/achrIV 8,768,884contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
40srb-8F37C12.15n/achrIII 7,172,652C. elegans SRB-8 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
41C35C5.6C35C5.6n/achrX 11,566,764contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2478-PA;; FLYBASE:CG2478
42F09E5.10F09E5.10n/achrII 5,349,294contains similarity to Interpro domain IPR009079 (Four-helical cytokine-like, core)
43pmk-1B0218.3n/achrIV 8,149,748pmk-1 encodes a mitogen-activated protein kinase (MAPK), orthologous to human p38 MAPK (OMIM:600289), that is required for eliciting gonadal programmed cell death in response to Salmonella enterica infection; PMK-1 lies upstream of CED-9, a negative regulator of apoptosis, in the programmed cell death pathway.
44srg-69F09E5.4n/achrII 5,356,499C. elegans SRG-69 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
45tag-173F27D4.5n/achrI 7,728,166tag-173/F27D4.5 is orthologous to the human gene BRANCHED CHAIN KETO ACID DEHYDROGENASE E1, ALPHA POLYPEPTIDE (BCKDHB; OMIM:248600), which when mutated leads to maple syrup urine disease, type 1a; F27D4.5 protein is predicted to be mitochondrial.
46F40G12.4F40G12.4n/achrV 14,268,178contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
47srbc-11C18B10.1n/achrV 7,494,565C. elegans SRBC-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
48D2089.3D2089.3n/achrII 10,663,519contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein LOC150383; ENSEMBL:ENSP00000325301
49C15A11.4C15A11.4n/achrI 7,399,849contains similarity to Interpro domains IPR003016 (2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB)
50nhr-115T27B7.4n/achrV 2,293,666nhr-115 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.