UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F40A3.4F40A3.42e-36chrV 7,876,231
2pdl-1C27H5.1n/achrII 7,184,432C. elegans PDL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05351 GMP-PDE, delta subunit contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR017287 (Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit), IPR008015 (GMP phosphodiesterase, delta subunit)
3C33A12.4C33A12.4n/achrIV 9,510,301contains similarity to Homo sapiens Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E; ENSEMBL:ENSP00000324074
4gpc-1K02A4.2n/achrX 12,881,921The gpc-1 gene encodes a heterotrimeric guanine nucleotide-binding protein gamma subunit, expressed specifically in sensory neurons, that is involved in taste adaptation.
5arl-3F19H8.3n/achrII 14,607,534arl-3 encodes a member of the ARL (ADP-ribosylation factor(ARF)-like) family of proteins which are very similar to ARF proteins but lack the ability to stimulate ADP ribosylation by cholera toxin; as loss of arl-3 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of ARL-3 is not yet known.
6F32H2.6F32H2.6n/achrI 8,999,077contains similarity to Pfam domain PF00109 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR000794 (Beta-ketoacyl synthase), IPR014030 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal), IPR016039 (Thiolase-like)
7F36D4.4F36D4.4n/achrV 9,404,118contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
8F35B3.1F35B3.1n/achrX 17,016,472contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
9fbxb-71F40F4.1n/achrX 3,263,537This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
10rab-28Y11D7A.4n/achrIV 9,243,090rab-28 encodes a small GTPase homologous to the Rab GTPases that function in endocytosis, membrane fusion, and vesicular trafficking events; the precise biological role and expression pattern of rab-28 are not yet known.
11F47B10.8F47B10.8n/achrX 10,905,841contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
12Y44A6D.2Y44A6D.2n/achrV 20,785,516contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
13F57A8.1F57A8.1n/achrV 10,045,776contains similarity to Interpro domain IPR009058 ()
14ZC239.3ZC239.3n/achrII 3,216,335contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
15hot-5K07A12.6n/achrI 8,685,157hot-5 encodes a predicted membrane-associated protein that is a member of the Ly-6 superfamily of glycosylphosphatidylinositol (GPI)-linked signaling proteins and is homologous to ODR-2, a neuronally expressed protein required for olfaction; as loss of hot-5 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of HOT-5 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
16F20C5.6F20C5.6n/achrIV 8,772,362contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2DLG0
17Y37H2C.1Y37H2C.1n/achrV 18,275,256contains similarity to Homo sapiens SIDT1 protein; ENSEMBL:ENSP00000377416
18srx-85F38B7.4n/achrV 11,553,428C. elegans SRX-85 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
19F22F7.3F22F7.3n/achrV 2,113,100contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
20ZC168.2ZC168.2n/achrIV 10,728,759contains similarity to Pfam domain PF01147 Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone family contains similarity to Interpro domain IPR001166 (Crustacean neurohormone)
21F58G1.7F58G1.7n/achrII 12,945,904contains similarity to Interpro domain IPR008075 (Lipocalin-1 receptor)
22C12D12.3C12D12.3n/achrX 3,490,216
23F08G2.4F08G2.4n/achrII 13,830,819contains similarity to Interpro domain IPR001399 (VP6 blue-tongue virus inner capsid protein)
24F21C10.9F21C10.9n/achrV 9,097,952contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
25ZC84.4ZC84.4n/achrIII 9,211,781ZC84.4 encodes a G protein-coupled receptor with acidic amino acids in the -3 position of its PDZ binding motif; ZC84.4 protein binds PDZ domain 10 of the multi-PDZ domain protein, MPZ-1, in GST pulldown experiments; by analogy with SER-1, the PDZ binding motif of ZC84.4 may enhance its signalling.
26sol-1C15A11.3n/achrI 7,392,485C. elegans SOL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
27unc-42F58E6.10n/achrV 9,766,975unc-42 encodes a paired-like homeodomain protein of the Q50 class; UNC-42 is required to specify the fate of ASH sensory neurons, AVA, AVD, and AVE interneurons, and a subset of motor neurons; unc-42 mutants fail to express cell-surface receptors required for differentiated neuronal function (sra-6, srb-6, glr-1, glr-5, and glr-6); UNC-42 is also required for AVKR and HSNL growth cones to follow the PVPR and PVQL pioneer axons, for axonal outgrowth in the backward command interneurons AVA, AVD, and AVE, and for inhibition of ectopic FMRFamide-positive and GABAergic axons; unc-42 mutants are defective in mechanosensation, backward motion, and regulation of egg-laying.
28srh-22C02E7.4n/achrV 4,923,929C. elegans SRH-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29egl-20W08D2.1n/achrIV 9,813,959egl-20 encodes a member of the WNT family of developmental signaling proteins that affects migration of QL and QR and their descendents; expressed in muscle and epidermal cells at the posterior of the worm.
30F53A9.4F53A9.4n/achrX 8,705,694
31F33E2.6F33E2.6n/achrI 12,589,287contains similarity to Interpro domains IPR006030 (Molluscan rhodopsin C-terminal tail), IPR000694 (Proline-rich region)
32glc-3ZC317.3n/achrV 5,451,485The glc-3 gene encodes a fipronil and BIDN-sensitive, but picrotoxinin-insensitive, L-glutamate-gated chloride channel subunit.
33clec-10C03H5.1n/achrII 403,400C. elegans CLEC-10 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
34nhr-167C49F5.4n/achrX 11,981,020C. elegans NHR-167 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
35dyf-5M04C9.5n/achrI 9,360,991dyf-5 encodes a putative MAP kinase orthologous to human MAK/ICK (OMIM:154235), Chlamydomonas reinhardtii LF4, and Leishmania mexicana MPK9; DYF-5 negatively regulates cilial length, restricts KAP-1 to middle ciliary segments, is required for normal localization of six IFT components, and is required for OSM-3 to comigrate normally with IFT particles; DYF-5 is also required for dye-filling of amphid and phasmid neurons and for normal chemotaxis, dauer formation, and male mating; DYF-5 is expressed in head neurons (including amphid neurons), tail neurons (including phasmid neurons), CAN cells, excretory canal neurons, posterior lateral ganglion neurons and in many male tail cells; dyf-5 mutant cilia are abnormally elongated, either failing to enter the amphid channel or accumulating IFT proteins at their distal ends, whereas DYF-5 overexpression results in truncated cilia; the dyf-5 promoter region contains an X-box, predicted to be bound and transcriptionally activated by DAF-19, and dyf-5 is regulated by DAF-19 in vivo; dyf-5 animals are slightly shorter than normal.
36sox-3F40E10.2n/achrX 14,692,543C. elegans SOX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00505 HMG (high mobility group) box contains similarity to Interpro domains IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG), IPR000135 (High mobility group box, HMG1/HMG2, subgroup)
37fbxa-73T20H9.4n/achrIII 2,254,103C. elegans FBXA-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
38T25B6.4T25B6.4n/achrX 9,016,157
39D1069.1D1069.1n/achrII 341,505contains similarity to Interpro domain IPR004032 (PMP-22/EMP/MP20)
40mec-9C50H2.3n/achrV 9,911,331mec-9 encodes a predicted extracellular protein containing six EGF-like repeats,five Kunitz-type protease inhibitor domains, and a glutamic acid-rich region possibly involved in protein-protein interactions; mec-9 encodes two proteins, only one of which, MEC-9L, appears to be required for normal mechanosensory response to gentle touch and proper functioning of the touch receptor neurons; mec-9 interacts genetically with mec-5, which encodes a unique C. elegans collagen secreted by the hypodermis; MEC-9L is expressed and secreted by the touch receptor neurons.
41C39D10.5C39D10.5n/achrX 7,891,348
42T10B5.4T10B5.4n/achrV 1,871,195contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
43T23C6.4T23C6.4n/achrX 17,148,667contains similarity to Lactobacillus plantarum Translation initiation factor IF-2.; SW:Q88VK7
44fbxb-80E04A4.2n/achrIV 4,735,325C. elegans FBXB-80 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
45Y42A5A.4Y42A5A.4n/achrV 11,106,364contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
46Y51A2D.14Y51A2D.14n/achrV 18,582,771
47F10E7.9F10E7.9n/achrII 7,108,173contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domain IPR004841 (Amino acid permease-associated region)
48F53C3.3F53C3.3n/achrII 3,903,698contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
49F59D6.1F59D6.1n/achrV 3,051,786
50ifta-2T28F3.6n/achrIV 17,301,376ifta-2 encodes a ciliary protein, orthologous to human RABL5, that is required for normally short life span and dauer formation; IFTA-2 is expressed in amphid, labial, and phasmid ciliated sensory neurons; intracellularly, IFTA-2 resides in the bases and axonemes of cilia, colocalizing with DAF-2 and AGE-1; IFTA-2 may be either a cargo or a cargo-docking component of intraflagellar transport (IFT) by the IFT-B complex; ciliary basal localization of IFTA-2 is abolished by a T42N mutation predicted to lock ITFA-2 into an inactive, GDP-bound conformation; ifta-2(tm1724) mutants have abnormally long lifespans and constitutive dauer formation, perhaps because IFTA-2 regulates DAF-2 signalling from ciliated sensory neurons; IFTA-2 is not required for cilium assembly or IFT, nor is it required for chemosensation or osmosensation; the ciliary localization of IFTA-2 is conserved in RABL5; via an X-box in its promoter, ifta-2 is a candidate for direct regulation by DAF-19.