UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nhr-181F38H12.30chrV 4,097,665nhr-181 encodes a putative nuclear hormone receptor (NHR), belonging to a large nematode-specific expanded family of NHRs, that inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51.
2K09H11.5K09H11.5n/achrV 5,728,063
3srh-266F31F4.6n/achrV 665,362C. elegans SRH-266 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4R05D7.5R05D7.5n/achrI 12,186,205contains similarity to Ascaris suum P40.; TR:Q7YXJ9
5F59A2.2F59A2.2n/achrIII 3,408,380contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EN31
6M153.3M153.3n/achrX 12,143,295contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
7ram-5T24C2.1n/achrX 14,553,138ram-5 encodes a novel transmembrane protein; during male tail development, ram-5 activity is required in ray structural cells for proper sensory ray morphogenesis; a RAM-5::GFP fusion protein is expressed in all of the ray structural cells of the male tail, as well as additional sensory support cells in both hermaphrodites and males, including those of the inner labial sensilla as well as the ADE, PDE, and phasmid socket cells.
8elp-1F38A6.2n/achrV 20,762,946elp-1 encodes a WD repeat-containing protein that is the sole C. elegans EMAP (echinoderm microtubule-associated protein) homolog; ELP-1 binds microtubules in vitro, but as loss of ELP-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of ELP-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; ELP-1 is expressed in many tissues, including body wall muscle, male-specific sex muscles, the vulva, spermatheca, sensory neurons, and intestinal cells.
9F16H6.5F16H6.5n/achrV 18,202,582contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
10fbxa-166C08E3.9n/achrII 1,617,962C. elegans FBXA-166 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
11col-162Y2H9A.3n/achrV 13,442,665C. elegans COL-162 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
12F09C11.1F09C11.1n/achrIV 543,658
13zyg-8Y79H2A.11n/achrIII 12,066,888The zyg-8 gene encodes a protein with a doublecortin-like domain and a protein kinase domain; mutations of zyg-8 impair mitosis at the one-cell embryonic stage, which is normally asymmetrical, but which fails to show proper asymmetry in zyg-8 mutant embryos.
14nhr-165C47F8.20.0003chrI 12,332,239C. elegans NHR-165 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
15T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
16prx-6F39G3.7n/achrV 4,717,742C. elegans PRX-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal)
17F22B7.1F22B7.1n/achrIII 8,666,020
18C07G1.7C07G1.7n/achrIV 8,211,372
19rps-8F42C5.8n/achrIV 7,313,435rps-8 encodes a small ribosomal subunit S8 protein; by homology, RPS-8 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, RPS-8 activity is required for germline development and the overall health of the animal.
20R04B3.2R04B3.2n/achrX 2,472,601The R04B3.2 gene encodes an ortholog of the human gene LYSOSOMAL GLYCOSYLASPARAGINASE (AGA; OMIM:208400), which when mutated leads to aspartylglucosaminuria (OMIM:208400).
21srm-3F58G6.2n/achrIV 9,649,830C. elegans SRM-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
22Y49F6C.2Y49F6C.2n/achrII 3,379,231
23srh-250C49D10.3n/achrII 3,879,253C. elegans SRH-250 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24srj-22F28H7.1n/achrV 10,743,082C. elegans SRJ-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25C03F11.2C03F11.2n/achrX 5,395,712contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
26grl-6K10C2.5n/achrX 6,450,444grl-6 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-6 is expressed in larval intestine, amphid socket cells, and neurons; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
27T08G2.2T08G2.2n/achrX 17,207,313contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
28nhr-280C29F9.13n/achrIII 130,464C. elegans NHR-280 protein; contains similarity to Pfam domain PF00104 Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
29F53C3.8F53C3.8n/achrII 3,891,751
30apx-1K08D9.3n/achrV 3,216,670apx-1 encodes one of ten C. elegans DSL (Delta, Serrate, LAG-2) proteins, integral transmembrane and secreted proteins that function as signaling ligands for the Notch family receptors GLP-1 and LIN-12; in the 4-cell embryo, maternally supplied APX-1 functions as a GLP-1 ligand for an inductive interaction that specifies the fate of the ABp blastomere; later in embryogenesis, APX-1 is required for formation of the LIN-12-dependent, invariant asymmetrical twist that occurs as part of normal gut morphogenesis; during larval development, APX-1 is required redundantly with DSL-1 and LAG-2 for the LIN-12-mediated lateral signal that spatially patterns the primary and secondary vulval cell lineages; in the early embryo, APX-1 is first detected at the anterior edge of the P1 blastomere, with later expression visible in P2 at sites of contact with ABp, and in the cytoplasm of the EMS and P3 blastomeres; expression in the vulval precursor cells (VPCs) is detected in the primary VPC, P6.p, and its descendants; embryonic APX-1 expression is dependent upon PIE-1 activity, while later vulval expression is mediated by the Ras signaling pathway and the SUR-2 transcriptional cofactor.
31R53.2R53.2n/achrII 9,964,971contains similarity to Pfam domain PF02223 Thymidylate kinase contains similarity to Interpro domain IPR000062 (Thymidylate kinase)
32T25G3.4T25G3.4n/achrI 7,566,145T25G3.4 encodes a putative mitochondrial glycerol-3-phosphate dehydrogenase, paralogous to Y50E8A.6 and orthologous to human GPD2 (OMIM:138430, mutated in type II diabetes mellitus); T25G3.4 transcripts are not obviously enriched during oogenesis, but T25G3.4 is predicted to be coexpressed in an operon with chs-1 and T25G3.3; such coexpression, if real, may simply reflect all three genes being required for oogenesis, rather than some more detailed functional connection; T25G3.4 has no obvious function in mass RNAi assays.
33F52C12.4F52C12.4n/achrIV 1,934,886contains similarity to Pfam domains PF01535 (PPR repeat) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR005113 (uDENN), IPR002885 (Pentatricopeptide repeat), IPR001194 (DENN)
34tag-236R11B5.1n/achrX 2,528,819C. elegans TAG-236 protein; contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
35C34E11.2C34E11.2n/achrX 11,808,336contains similarity to Pfam domain PF03166 MH2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001132 (SMAD domain, Dwarfin-type), IPR017855 (SMAD domain-like)
36T08H10.3T08H10.3n/achrV 4,472,476
37B0511.5B0511.5n/achrI 10,630,197contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
38F53H2.3F53H2.3n/achrV 20,399,182contains similarity to Interpro domain IPR006034 (Asparaginase/glutaminase)
39F55A4.4F55A4.4n/achrX 1,025,409contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
40F40G9.1F40G9.1n/achrIII 196,177contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
41W04C9.6W04C9.6n/achrI 485,237contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
42ZC513.2ZC513.2n/achrV 8,055,592contains similarity to Pfam domain PF01273 LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
43R03H4.1R03H4.1n/achrV 9,018,100contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
44flr-1F02D10.5n/achrX 13,454,529flr-1 encodes an ion channel that belongs to the DEG/ENaC sodium channel superfamily; flr-1 activity is essential for normal defecation rhythm, growth rates, expulsion, and dauer larvae formation; a rescuing FLR-1::GFP reporter is expressed in the intestine from embryonic to adult stages where it localizes to the membranes facing the inner lumen as well as to part of the lateral membrane between intestinal cells.
45srw-26T05G11.3n/achrV 15,931,865C. elegans SRW-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300)
46srz-23F58E2.9n/achrIV 3,454,195C. elegans SRZ-23 protein ;
47C05E11.2C05E11.2n/achrX 4,587,427
48T14G11.1T14G11.1n/achrX 2,690,488
49Y52B11A.10Y52B11A.10n/achrI 11,045,757contains similarity to Pfam domains PF02854 (MIF4G domain) , PF02847 (MA3 domain) contains similarity to Interpro domains IPR003890 (MIF4G-like, type 3), IPR016021 (MIF4-like, type 1/2/3), IPR003891 (Initiation factor eIF-4 gamma, MA3), IPR016024 (Armadillo-type fold)
50F40E3.2F40E3.2n/achrI 2,643,222