UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1duo-1F38B7.50chrV 11,556,440C. elegans DUO-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF02338 (OTU-like cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR003323 (Ovarian tumour, otubain), IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3vps-26T20D3.7n/achrIV 9,340,583C. elegans VPS-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF03643 Vacuolar protein sorting-associated protein 26 contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR005377 (Vacuolar protein sorting-associated protein 26)
4Y6E2A.5Y6E2A.5n/achrV 15,717,512contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domain IPR007883 (Protein of unknown function DUF713)
5C09F5.3C09F5.3n/achrIII 664,551contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
6srh-20C02E7.3n/achrV 4,925,540C. elegans SRH-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7F57A8.4F57A8.4n/achrV 10,067,924contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
8F39B2.7F39B2.7n/achrI 14,772,840contains similarity to Pfam domain PF01926 GTPase of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR005289 (GTP-binding), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR004520 (tRNA modification GTPase TrmE)
9R11G1.2R11G1.2n/achrX 3,653,706
10F12F6.7F12F6.7n/achrIV 11,560,335contains similarity to Pfam domain PF04042 DNA polymerase alpha/epsilon subunit B contains similarity to Interpro domain IPR007185 (DNA polymerase alpha/epsilon, subunit B)
11Y57G11B.1Y57G11B.1n/achrIV 14,550,857contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EJ43
12F42A9.6F42A9.6n/achrIV 8,610,474
13K05C4.4K05C4.4n/achrI 14,736,077contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA1185; ENSEMBL:ENSP00000253061
14sago-1K12B6.1n/achrV 6,306,024sago-1 encodes an Argonaute homolog that is partially required for the amplification phase of RNAi responses; a multiply mutant strain (MAGO), consisting of ppw-1(tm914), sago-1(tm1195), sago-2(tm894), F58G1.1(tm1019), C06A1.4(tm887), and M03D4.6(tm1144) alleles, is completely resistant to both germline and somatic RNAi; sago-1 is genetically redundant with ppw-1 and sago-2, with any one of these genes being able to transgenically partially restore the deficiency of MAGO worms; GFP-tagged SAGO-1 binds small secondary siRNAs produced by RNAi against GFP; MAGO is not transgenically rescued by rde-1; strains overexpressing GFP::SAGO-1 exhibited an enhanced level of RNAi overall, suggesting that SAGO-1 and its congeners are rate-limiting in vivo for RNAi.
15sru-48T03G11.2n/achrX 5,180,802C. elegans SRU-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
16cyp-35B3K07C6.2n/achrV 3,946,183C. elegans CYP-35B3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
17T04A8.15T04A8.15n/achrIII 4,713,844contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Ubiquitin-specific protease; SGD:YDL122W
18F07A11.1F07A11.1n/achrII 11,589,926contains similarity to Homo sapiens Trichohyalin; ENSEMBL:ENSP00000357794
19srv-22H04M03.9n/achrIV 5,879,196C. elegans SRV-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
20K12D9.1K12D9.1n/achrV 3,015,027contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) , PF01209 (ubiE/COQ5 methyltransferase family) contains similarity to Interpro domains IPR004033 (UbiE/COQ5 methyltransferase), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
21B0511.12B0511.12n/achrI 10,657,939B0511.12 encodes an ortholog of Drosophila PECANEX, and thus may participate in GLP-1/LIN-12 signalling.
22F56A8.5F56A8.5n/achrIII 13,266,279This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
23F13E9.1F13E9.1n/achrIV 10,868,951contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (4), PF00787 (PX domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR001683 (Phox-like), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
24R11A8.2R11A8.2n/achrIV 10,359,115contains similarity to Interpro domains IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR005824 (KOW), IPR000467 (D111/G-patch)
25F14H12.8F14H12.8n/achrX 4,363,765
26gcy-13F23H12.6n/achrV 12,366,622gcy-13 encodes a predicted guanylate cyclase.
27C49D10.4C49D10.4n/achrII 3,871,448contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
28C10B5.3C10B5.3n/achrV 8,584,165
29K11H3.3K11H3.3n/achrIII 9,852,736contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
30nhl-1F54G8.4n/achrIII 9,150,557The nhl-1 gene encodes an RBCC protein, orthologous to the mammalian protein BERP; its C. elegans paralogs include ncl-1 and lin-41.
31acbp-5T12D8.3n/achrIII 13,640,695C. elegans ACBP-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00023 (Ankyrin repeat) (2), PF00887 (Acyl CoA binding protein) contains similarity to Interpro domains IPR014352 (FERM/acyl-CoA-binding protein, 3-helical bundle), IPR002110 (Ankyrin), IPR000582 (Acyl-CoA-binding protein, ACBP)
32F10B5.2F10B5.2n/achrII 8,145,954contains similarity to Pfam domain PF05282 AAR2 protein contains similarity to Interpro domain IPR007946 (AAR2)
33fbxa-98C08F11.5n/achrIV 13,634,329This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
34srx-10R10D12.4n/achrV 13,945,845C. elegans SRX-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF08560 Protein of unknown function (DUF1757) contains similarity to Interpro domain IPR013869 (Protein of unknown function DUF1757)
35F23F1.6F23F1.6n/achrII 36,279contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domains IPR004755 (Cationic amino acid transport permease), IPR004841 (Amino acid permease-associated region), IPR002293 (Amino acid/polyamine transporter I)
36D1046.4D1046.4n/achrIV 8,935,680contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
37C18E3.5C18E3.5n/achrI 4,198,275contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
38nhr-269R08H2.9n/achrV 15,369,318C. elegans NHR-269 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39C50B8.1C50B8.1n/achrV 13,566,397contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
40K02A11.3K02A11.3n/achrI 9,746,967contains similarity to Homo sapiens Placental protein 11 precursor; ENSEMBL:ENSP00000229003
41srsx-29C51E3.4n/achrV 10,155,688C. elegans SRSX-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
42glr-7C43H6.9n/achrX 2,415,895glr-7 encodes a protein containing a ligand-gated ion channel domain and is a predicted non-NMDA type ionotropic glutamate receptor; expressed in the pharyngeal nervous system.
43C48B4.8C48B4.8n/achrIII 9,560,470contains similarity to Bacillus subtilis Hypothetical protein ywcE precursor.; SW:YWCE_BACSU
44srh-187F10G2.8n/achrV 7,339,214C. elegans SRH-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45F14H3.4F14H3.4n/achrV 16,054,667contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
46F14F7.5F14F7.5n/achrIII 13,033,511contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
47ech-5F56B3.5n/achrIV 798,439C. elegans ECH-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domain IPR001753 (Crotonase, core)
48T10B11.4T10B11.4n/achrI 6,938,560
49D2007.1D2007.1n/achrIII 8,155,633
50Y51B9A.4Y51B9A.4n/achrII 9,408,334contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)