UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F38B6.1F38B6.17e-62chrX 6,700,523
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3sgn-1F07H5.2n/achrII 8,782,783C. elegans SGN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04790 Sarcoglycan complex subunit protein contains similarity to Interpro domain IPR006875 (Sarcoglycan complex subunit protein)
4F59D12.2F59D12.2n/achrX 15,674,207contains similarity to Homo sapiens Calcium-dependent protease, small subunit; ENSEMBL:ENSP00000246533
5srr-1W07G4.6n/achrV 13,051,818C. elegans SRR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
6C17E4.11C17E4.11n/achrI 9,420,385contains similarity to Pfam domain PF08241 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013216 (Methyltransferase type 11)
7nhr-207R07B7.14n/achrV 12,097,016C. elegans NHR-207 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR001728 (Thyroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8unc-29T08G11.5n/achrI 8,899,525unc-29 encodes an non-alpha subunit of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) superfamily; UNC-29 is required for normal locomotion and egg-laying, and functions as a subunit of a ligand-gated ion channel that likely mediates fast actions of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; when coexpressed with LEV-1, a non-alpha nAChR subunit, and UNC-38 or UNC-63, alpha AChR subunits, the resulting multimer can form levamisole-gated channels; UNC-29 is expressed in body wall muscle.
9ZC190.5ZC190.5n/achrV 8,672,433
10lin-33H32C10.2n/achrIV 5,931,939C. elegans LIN-33 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002873 (Non-structural protein NSP3, Rotavirus)
11K10H10.1K10H10.1n/achrII 14,491,241contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
12glf-1H04M03.4n/achrIV 5,887,804H04M03.4 encodes a UDP-galactopyranose mutase predicted to synthesize galactofuranose (Gal(f)) as a nucleotide sugar (UDP-Gal(f)); recombinant H04M03.4 has biochemical activity either in vivo (expressed in E. coli) or in vitro; orthologs of H04M03.4 are found in the urochordates Halocynthia and Ciona.
13ztf-2F13G3.1n/achrI 7,292,255C. elegans ZTF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR013993 (Zinc finger, N-recognin, metazoa), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
14clec-229H02K04.1n/achrV 15,340,763C. elegans CLEC-229 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
15K08E7.6K08E7.6n/achrIV 12,580,060contains similarity to Aquifex aeolicus Probable DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:RA50_AQUAE
16ugt-59R11A8.3n/achrIV 10,362,030C. elegans UGT-59 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
17C31H2.4C31H2.4n/achrX 5,157,381C31H2.4 encodes a possible 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, orthologous to human HPDL/GLOXD1, and paralogous to HPD-1 and human HPD (OMIM:609695, mutated in tyrosinemia type III); C31H2.4 has no obvious function in mass RNAi experiments.
18F53B1.8F53B1.8n/achrX 2,126,824contains similarity to Interpro domain IPR001441 (Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase)
19H19J13.1H19J13.1n/achrX 12,268,942contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
20C16C10.9C16C10.9n/achrIII 4,156,357contains similarity to Bacillus anthracis MutS2 family protein.; TR:Q81L40
21Y47D3B.1Y47D3B.1n/achrIII 11,385,678contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008166 (Protein of unknown function DUF23), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
22pag-3F45B8.4n/achrX 14,952,780pag-3 encodes a C2H2 zinc-finger protein orthologous to Drosophila SENSELESS, and to human GFI1 (OMIM:600871, mutated in neutropenia) and GFI1B (OMIM:604383); pag-3 is expressed in neurons (touch receptors, BDU interneurons, ventral cord motor neurons, and others); PAG-3 is required to repress the touch neuron-specific genes mec-4 and mec-7 in BDU neurons, but since this repression does not occur in touch neurons (which also have PAG-3), PAG-3 may require another protein or proteins for repression (such as PRK-1 or PRK-2, the C. elegans orthologs of human PIM-1); PAG-3 is also needed for normal neuroblast lineages in the ventral nerve cord, and for normal locomotion; pag-3 mutants have a reverse kinker uncoordinated phenotype, and occasional axonal guidance errors in the PLM and BDU neurons; PAG-3's similarity to GFI1 and GFIB falls mainly within residues 159-261, but within these residues (which overlap PAG-3's five zinc-finger domains in residues 126-265) the amino acid identity is 87%; pag-3 transcript quantities are doubled in pag-3 mutants, suggesting that PAG-3 inhibits its own gene.
23clec-151F10F2.7n/achrIII 4,629,753C. elegans CLEC-151 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
24K07E8.6K07E8.6n/achrII 638,824contains similarity to Pfam domain PF08565 Cdc37 Hsp90 binding domain contains similarity to Interpro domains IPR004918 (Cdc37), IPR013874 (Cdc37, Hsp90 binding)
25W04G5.8W04G5.8n/achrI 11,650,893contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)
26F49E10.1F49E10.1n/achrX 5,899,725contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
27dkf-1W09C5.5n/achrI 13,644,346C. elegans DKF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00069 (Protein kinase domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR015727 (Protein kinase C mu-related), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
28C50D2.1C50D2.1n/achrII 113,049
29daf-14F01G10.8n/achrIV 10,254,701daf-14 encodes a Smad-related protein that is unusual in that while its C-terminus is well-conserved with Smad proteins, it lacks the N-terminal DNA binding domain found in all other known Smads; DAF-14 is predicted to function as a transducer of the DAF-7/TGF-beta-mediated signal that promotes reproductive growth and negatively regulates dauer formation; as reduction of daf-14 function enhances the dauer constitutive phenotype of daf-8 mutants, and overexpression of daf-14 can rescue daf-8 mutant animals, it is likely that the DAF-14 and DAF-8 Smad proteins function in parallel to control dauer formation; further genetic analyses suggest that DAF-14 and DAF-8 function to antagonize the activities of the DAF-3 Smad and DAF-5 Sno/Ski oncoprotein, which are required for dauer formation; a DAF-14::GFP reporter is expressed in a dynamic pattern in tissues, such as the hypodermis, intestine, and pharynx, that are remodeled during dauer development.
30M01G4.1M01G4.1n/achrIII 6,665,107
31unc-130C47G2.2n/achrII 11,282,880A member of the forkhead domain family of transcription factors that affects the generation of the AWA and ASG chemosensory neurons and is partially required for male tail morphogenesis and embryogenesis; it is expressed in the AWA and ASG precursors; it is required for the graded spatial expression of the UNC-129 TGF-beta guidance factor.
32T20B6.3T20B6.3n/achrIII 2,899,911contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR000817 (Prion protein), IPR008119 (Dense granule Gra6 protein)
33srb-5C27D6.6n/achrII 5,162,671C. elegans SRB-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)
34ndx-1T26E3.2n/achrI 12,680,484The ndx-1 gene encodes a NUDIX hydrolase.
35T13C2.2T13C2.2n/achrII 6,795,686
36rgs-6C41G11.3n/achrX 5,724,513rgs-6 encodes a regulator of G protein signaling; by homology, RGS-6 is predicted to function as a GTPase-activating protein that binds G protein alpha subunits and negatively regulates heterotrimeric G protein signaling; loss of rgs-6 activity via RNAi or a deletion mutation results in no obvious defects, and likewise, rgs-6 overexpression has no measurable effect on egg-laying behavior, locomotion, or viability; the rgs-6 expression pattern has not yet been reported.
37fax-1F56E3.4n/achrX 3,198,294fax-1 encodes a conserved nuclear receptor that contains two C4-type zinc fingers and is orthologous to the vertebrate photoreceptor-specific nuclear receptor PNR (OMIM:604485, mutated in enhanced S-cone syndrome and retinitis pigmentosa); fax-1 is required for normal locomotion and neuron fate specification, including specification of the AVA, AVE, and AVK interneurons and proper axon pathfinding of the AVK, HSNL, and PVQL axons; expression of reporter gene fusions in fax-1 mutants suggests that fax-1 functions by regulating expression of a number of downstream targets, including nmr-1 and nmr-2, opt-3, flp-1, and ncs-1; in some neurons, fax-1 regulates expression combinatorially with unc-42, which encodes a paired-like homeodomain protein that additionally, regulates fax-1 expression in AVK neurons; FAX-1 is expressed in the nuclei of 18 neurons, including the AVK, AVA, AVB, and AVE interneurons, beginning at mid-embryogenesis and continuing through larval and adult stages; FAX-1 is also seen in two non-neuronal cell types: the distal tip cells (DTCs), from L2 to L4 larval stages, and two pairs of vulval cells in L4 animals.
38qui-1Y45F10B.10n/achrIV 13,568,114The qui-1 gene encodes a protein of unknown function that contains several WD-40 domains.
39ins-5ZK84.3n/achrII 5,998,628ins-5 encodes an insulin-like peptide of the insulin superfamily of proteins (OMIM:176730, 147440); INS-5 is one of 38 insulin-like peptides in C. elegans and is expressed in the amphid sensory neurons, labial neurons, the nerve ring, other neurons, and the vulva; the precise role of INS-5 in C. elegans development is not yet clear as loss of function does not result in a mutant phenotype.
40nhr-67C08F8.8n/achrIV 11,172,266nhr-67 encodes a nuclear receptor that is orthologous to Drosophila and vertebrate tailless hormone receptors; during development, nhr-67 plays an essential role in larval development and also functions as part of a complex regulatory network that regulates vulval patterning and differentiation and thus, egg laying; specifically, nhr-67 functions to positively regulate gene expression in the vulA, vulD, and vulF cells and negatively regulate gene expression in vulE and vulF; in regulating vulval gene expression, nhr-67 functions together with other transcription factors, including egl-38, lin-11, and cog-1; nhr-67 reporter fusion constructs are expressed dynamically in multiple vulval cell types as well as in head neurons, the hyp7 syncytium, late-stage embryos, the male tail, the anchor cell, and the linker cell.
41F13A2.3F13A2.3n/achrV 4,394,967
42Y38H6C.16Y38H6C.16n/achrV 20,532,568contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
43R07B1.5R07B1.5n/achrX 9,865,660contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
44T13A10.1T13A10.1n/achrIV 6,276,666contains similarity to Danio rerio Synaptic vesicle membrane protein VAT-1 homolog (EC 1.-.-.-).; SW:Q8JFV8
45src-2F49B2.5n/achrI 14,325,568C. elegans SRC-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) , PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00018 (SH3 domain) , PF00017 (SH2 domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013315 (Spectrin alpha chain), IPR011511 (Variant SH3), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
46F47G4.5F47G4.5n/achrI 14,061,493F47G4.5 encodes a paralog of MEI-2 that, like MEI-2, binds MEI-1 in vitro; F47G4.5 might thus be an alternative ligand of MEI-1 in vivo.
47M176.4M176.4n/achrII 9,421,150contains similarity to Pfam domain PF07947 YhhN-like protein contains similarity to Interpro domains IPR012506 (YhhN-like), IPR003492 (Batten's disease protein Cln3)
48F58F6.5F58F6.5n/achrIV 1,343,974contains similarity to Pfam domain PF04789 Protein of unknown function (DUF621) contains similarity to Interpro domain IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
49flnb-1C23F12.2n/achrX 9,402,619C. elegans FLNB-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00630 (Filamin/ABP280 repeat) (2), PF00307 (Calponin homology (CH) domain) (3)contains similarity to Interpro domains IPR001298 (Filamin/ABP280 repeat), IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016146 (Calponin-homology), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR001715 (Calponin-like actin-binding)
50C54E4.4C54E4.4n/achrIV 2,163,172