UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ram-2F38A3.23.0000000000000004e-69chrII 11,016,138ram-2 encodes a cuticle collagen that interacts with unc-6 to affect ray cell migration, and interacts with unc-5 and unc-6 to affect embryonic viability; also affects ray morphology in males such that the structural cells and the hypodermis of the rays are swollen in mutants.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3csp-3Y47H9C.6n/achrI 11,888,911csp-3 encodes a protein that is homologous to the C-terminal domain of caspase-like cysteine proteases; unlike other caspases, CSP-3 does not contain a middle or N-terminal domain, and thus may either function in concert with the middle domains of other caspases or may play a regulatory (dominant negative) role in caspase activation; as loss of csp-3 activity via large-scale RNAi does not result in any obvious abnormalities, the precise role of CSP-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
4col-144B0222.6n/achrV 9,160,126C. elegans COL-144 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
5col-125C29F4.10.0000000006chrIV 11,225,985C. elegans COL-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
6ech-8F01G10.2n/achrIV 10,237,849C. elegans ECH-8 protein; contains similarity to Pfam domains PF00725 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02737 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR008927 (6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like), IPR006108 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal), IPR013328 (Dehydrogenase, multihelical), IPR006176 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding), IPR016040 (NAD(P)-binding)
7F48G7.8F48G7.8n/achrV 627,379contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
8T20B3.1T20B3.1n/achrV 16,818,064contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
9F48G7.5F48G7.5n/achrV 622,598contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
10alh-3F36H1.6n/achrIV 11,024,207alh-3 encodes an aldehyde dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
11ZK84.1ZK84.1n/achrII 6,021,961contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
12F40F9.3F40F9.3n/achrV 9,715,769contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
13grd-6T18H9.1n/achrV 9,223,090grd-6 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity proline-rich domain, and a C-terminal Ground domain; GRD-6 is expressed in hypodermis and in various neurons, in both head and tail, and the PVT interneuron; the Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-6 has no obvious function in RNAi assays.
14col-117T28C6.40.000000002chrIV 8,823,550C. elegans COL-117 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
15col-10B0222.8n/achrV 9,164,776col-10 encodes a collagen protein; expressed exclusively in hypodermal cells
16fipr-20H14A12.6n/achrIII 7,462,256C. elegans FIPR-20 protein ;
17col-79C09G5.3n/achrII 10,703,993C. elegans COL-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
18F21C10.7F21C10.7n/achrV 9,117,429contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) (2), PF00047 (Immunoglobulin domain) (3), PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR002017 (Spectrin repeat), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
19F13H8.8F13H8.8n/achrII 6,266,588contains similarity to Drosophila hydei Axoneme-associated protein mst101(2).; SW:Q08696
20T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
21T06D8.10T06D8.10n/achrII 11,244,135contains similarity to Pfam domain PF03098 Animal haem peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR001007 (von Willebrand factor, type C)
22lips-14H17B01.3n/achrII 1,485,043C. elegans LIPS-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
23gst-14F37B1.3n/achrII 13,615,382C. elegans GST-14 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
24col-130F08G5.4n/achrIV 12,427,979C. elegans COL-130 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
25T06E4.9T06E4.9n/achrV 9,620,523contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
26aman-3F48C1.1n/achrI 5,327,364aman-3 encodes a Co(II)-activated alpha-mannosidase II, orthologous to human MAN2C1; AMAN-3 is predicted to remove mannose residues from the N-linked oligosaccharides of glycoproteins; AMAN-3 contains three predicted N-glycosylation sites; AMAN-3 is biochemically active in vitro, with a pH optimum of 6.5; AMAN-3 requires either Co(II) or Mn(II) for activity, preferring the former ion; since aman-2(tm1078) mutants almost completely lack paucimannosidic glycans, the function of AMAN-3 in vivo is unclear.
27grd-14T01B10.2n/achrX 8,500,290grd-14 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground domain; the Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-14 is required for normal growth to full size, locomotion, and vulval morphogenesis; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
28C35E7.1C35E7.1n/achrI 10,848,430
29ZC247.2ZC247.2n/achrI 10,258,909contains similarity to Homo sapiens similar to KIAA1203 protein; ENSEMBL:ENSP00000219689
30T01E8.5T01E8.5n/achrII 10,245,041contains similarity to Pfam domain PF08424 Protein of unknown function (DUF1740) contains similarity to Interpro domain IPR013633 (Protein of unknown function DUF1740)
31F42A10.3F42A10.3n/achrIII 6,156,244contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
32pqn-5C03A7.4n/achrV 5,159,245The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
33dhs-7E04F6.7n/achrII 7,207,642dhs-7 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
34C49C8.5C49C8.5n/achrIV 8,651,156contains similarity to Pfam domain PF00147 Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain contains similarity to Interpro domains IPR014716 (Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1), IPR002181 (Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular)
35C27A2.4C27A2.4n/achrII 5,058,455contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
36F55F3.4F55F3.4n/achrX 13,787,328contains similarity to Interpro domain IPR016112 (Major coat protein hexon/vp54/p3, dsDNA virus)
37pgp-3ZK455.7n/achrX 11,354,551pgp-3 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; with PGP-1, PGP-3 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-3 is also required for resistance to colchicine and chloroquine; PGP-3 is expressed in the apical membranes of the excretory cell and the intestinal cells; loss of pgp-3 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
38elo-7F56H11.3n/achrIV 9,530,584The elo-7 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-7 has no known function in vivo.
39K09E10.2K09E10.2n/achrIV 12,309,919contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
40T21C9.6T21C9.6n/achrV 10,584,474contains similarity to Pfam domains PF00391 (PEP-utilising enzyme, mobile domain) , PF01326 (Pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR008279 (PEP-utilising enzyme, mobile region), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR002192 (Pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate-binding), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2)
41C25D7.5C25D7.5n/achrV 15,054,998contains similarity to Pfam domain PF00753 (Metallo-beta-lactamase superfamily)
42F58A6.1F58A6.1n/achrII 5,143,154contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domains IPR014748 (Crontonase, C-terminal), IPR001753 (Crotonase, core)
43C32E8.1C32E8.1n/achrI 3,796,427contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
44F15E11.2F15E11.2n/achrV 2,335,582contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
45Y75B8A.4Y75B8A.4n/achrIII 12,110,492contains similarity to Pfam domains PF07726 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF05362 (Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR011703 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-3), IPR004815 (Peptidase S16, ATP-dependent protease La), IPR008269 (Peptidase S16, lon C-terminal), IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
46C34C12.4C34C12.4n/achrIII 3,468,832contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C4orf34; ENSEMBL:ENSP00000295958
47lact-8Y42A5A.2n/achrV 11,092,342lact-8 encodes a beta-lactamase domain-containing protein that contains a predicted transmembrane domain in its N terminus.
48H03A11.2H03A11.2n/achrX 15,228,166contains similarity to Trypanosoma brucei Putative uncharacterized protein.; TR:Q57WE8
49C18E9.9C18E9.9n/achrII 8,988,878contains similarity to Thermoplasma volcanium Hypothetical protein TV1312.; TR:Q978V3
50F10E7.3F10E7.3n/achrII 7,124,926