UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F36F2.1F36F2.15e-89chrI 9,019,505contains similarity to Homo sapiens Actin-binding Rho-activating protein; ENSEMBL:ENSP00000311436
2W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
3K04G2.9K04G2.9n/achrI 8,056,298contains similarity to Pfam domain PF01284 Membrane-associating domain contains similarity to Interpro domain IPR008253 (Marvel)
4F47B3.3F47B3.3n/achrI 3,964,844contains similarity to Pfam domain PF01284 Membrane-associating domain contains similarity to Interpro domain IPR008253 (Marvel)
5F54C9.11F54C9.11n/achrII 8,584,206contains similarity to Interpro domain IPR008126 (Outer membrane adhesion, Yersinia)
6F53B3.3F53B3.3n/achrX 2,868,560
7his-16ZK131.10n/achrII 13,817,860his-16 encodes an H2A histone; his-16 is contained within the histone gene cluster HIS3.
8F45H7.1F45H7.1n/achrIII 3,346,522contains similarity to Mus musculus Sphingosine kinase 2 (EC 2.7.1.-) (SK 2) (SPK 2).; SW:SPH2_MOUSE
9Y45F3A.8Y45F3A.8n/achrIII 10,591,217contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
10sgcb-1K01A2.1n/achrII 327,229K01A2.1 is orthologous to the human gene SARCOGLYCAN, BETA (43KD DYSTROPHIN-ASSOCIATED GLYCOPROTEIN) (SGCB; OMIM:600900), which when mutated leads to disease.
11Y43F4A.4Y43F4A.4n/achrIII 13,245,650contains similarity to Homo sapiens Putative uncharacterized protein DKFZp313C0640; ENSEMBL:ENSP00000367438
12F35D2.1F35D2.1n/achrII 7,577,252
13H22K11.2H22K11.2n/achrX 6,785,820contains similarity to Pfam domain PF01301 Glycosyl hydrolases family 35 contains similarity to Interpro domains IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001944 (Glycoside hydrolase, family 35)
14W10G11.17W10G11.17n/achrII 3,564,777
15gpb-2F52A8.2n/achrI 7,319,690gpb-2 encodes an ortholog of Gbeta(5), that is dispensable for viability, but required for normal egg-laying, locomotion, and pharyngeal pumping; GBP-2 may regulate the interaction between the GOA-1 and EGL-30 signaling pathways based on genetic analysis; gpb-2 is expressed throughout development in the nervous system and in muscle, and expression is dependent upon expression of both EAT-16 and EGL-10.
16prl-1T19D2.2n/achrX 3,941,707C. elegans PRL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
17C52E4.5C52E4.5n/achrV 11,984,169contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
18F18A11.2F18A11.2n/achrII 13,034,546contains similarity to Pfam domain PF00650 CRAL/TRIO domain contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal)
19C52A10.2C52A10.2n/achrV 5,235,946contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
20ckb-2B0285.9n/achrIII 4,368,967ckb-2 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases; purified CKB-2 has a strong preference for choline over ethanolamine, a specific activity of 2.4 micromol/min/mg protein and a pH optimum near 10.
21gst-6F11G11.3n/achrII 4,880,483gst-6 encodes a predicted glutathione S-transferase.
22K04C1.4K04C1.4n/achrX 14,246,093contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
23T01B7.8T01B7.8n/achrII 8,737,073contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR006081 (Alpha defensin), IPR001396 (Echinodermata metallothionein, family 4), IPR001008 (Mollusc metallothionein, family 2)
24str-48C34D4.8n/achrIV 7,123,053C. elegans STR-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25inx-12ZK770.3n/achrI 3,757,299inx-12 (innexin=invertebrate connexin analogue) encodes a protein of the innexin family; innexins are gap junction proteins similar in function, though dissimilar in sequence to the vertebrate connexins; innexins are the only known gap junction proteins in invertebrates; inx-12 and inx-13 appear to be a tandom duplication; RNA interference of inx-12 results in an arrest at the L1 larval stage with fluid filled dead rods; this phenotype and sequence homology to Drosophila innexins suggest that INX-12 may be required to form gap junctions between the excretory canal and hypodermis, thus playing an essential role in osmoregulation; an INX-12::GFP fusion protein is expressed in the excretory canal.
26ugt-25C10H11.3n/achrI 4,733,442C. elegans UGT-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
27sulp-3F41D9.5n/achrX 8,405,893sulp-3 encodes one of eight C. elegans members of the sulfate permease family of anion transporters; by homology, SULP-3 is predicted to function as an anion transporter that regulates cellular pH and volume via transmembrane movement of electrolytes and fluids; a sulp-3::GFP transcriptional fusion is expressed exclusively in the pharyngeal muscles.
28E01G6.1E01G6.1n/achrX 12,263,633contains similarity to Pfam domains PF00027 (Cyclic nucleotide-binding domain) (2), PF01734 (Patatin-like phospholipase) contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR002641 (Patatin), IPR000595 (Cyclic nucleotide-binding), IPR001423 (Lysophospholipase patatin, conserved site), IPR014710 (RmlC-like jelly roll fold)
29sel-7K04G11.2n/achrX 14,336,558sel-7 encodes a novel protein with two predicted PEST sequences that is conserved in the related nematode C. briggsae and several parasitic nematodes, but has no known homologs in other organisms; sel-7 was identified in screens for suppressors of dominant lin-12 mutations that result in vulvaless and egg-laying defective animals; although loss of SEL-7 function via mutation or RNAi results in no obvious defects in a wild-type background, genetic studies suggests that SEL-7 acts downstream of LIN-12/Notch to positively regulate LIN-12 signaling, perhaps by regulating the activity or formation of the LAG-1, LIN-12(intra), SEL-8 nuclear complex; in vitro, SEL-7 self-associates and also interacts with TIR-1 (F13B10.1B), a protein that contains sterile alpha and Toll interleukin receptor motifs, and MDT-29 (K08E3.8), a glutamine-rich protein similar to mediator complex subunits, however the functional significance of these interactions is not yet known; a SEL-7::GFP translational fusion reveals expression in the nuclei of several cell types, including vulval precursor cells and those of the developing gonad.
30B0238.13B0238.13n/achrV 5,245,859contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
31tba-9F40F4.5n/achrX 3,254,559tba-9 encodes one of nine C. elegans alpha tubulins; by homology, TBA-9 is predicted to be a component of microtubules; as loss of tba-9 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, TBA-9 likely functions redundantly with other alpha tubulins as a basic component of cellular architecture that may play additional roles in processes such as cell division, cell movement, and intracellular transport.
32ptr-6C54A12.1n/achrII 5,244,628ptr-6 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; PTR-6 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; however, PTR-6 in conjunction with PTR-1 and PTR-10 is strongly required for both molting and viability, with triple ptr-1/-6/-10 RNAi animals showing pronounced molting defects and lethality; PTR-6 is also required for normal growth to full size and locomotion.
33F56D5.6F56D5.6n/achrIV 9,407,298contains similarity to Plasmodium falciparum Putative uncharacterized protein PFD0207c.; TR:Q8I1Y6
34ZK228.3ZK228.3n/achrV 18,459,731contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
35F55C5.8F55C5.8n/achrV 12,290,267contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Srp68-PA;; FLYBASE:CG5064
36nmgp-1F13H8.4n/achrII 6,261,707F13H8.4 encodes a homolog of the human neuronal membrane glycoproteins PLP1 (OMIM:300401, mutated in Pelizaeus-Merzbacher disease and spastic paraplegia), M6A (OMIM:601275), and M6B (300051); the presence of a myelin-related protein in C. elegans is currently unexplained, but suggests that some evolutionary precursor of myelin may exist in invertebrates, perhaps involving septate junctions between cells.
37rhgf-1F13E6.6n/achrX 10,704,787rhgf-1 encodes an RGS RhoGEF (Regulator of G-protein Signaling Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor); RHGF-1 functions within cholingergic motor neurons in one of four G-protein-mediated signaling pathways that control locomotion via regulation of acetylcholine (ACh) release at neuromuscular junctions; in regulating ACh release, RHGF-1 functions downstream of the C. elegans Galpha12 ortholog, GPA-12, and upstream of the Rho GTPase ortholog, RHO-1; additionally, rhgf-1 activity is required for normal mechanosensory behavior, egg laying, and embryonic development; an rhgf-1 reporter fusion is expressed in ventral cord motor neurons as well as several head neurons.
38D1014.7D1014.7n/achrV 8,119,293contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
39gpa-18W03F8.9n/achrIV 5,192,340gpa-18 encodes a divergent G protein alpha subunit, with roughly as much similarity to fungal as to metazoan homologs.
40R90.1R90.1n/achrV 12,893,678contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
41twk-28C52B9.6n/achrX 4,276,975C. elegans TWK-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
42srh-277K05D4.6n/achrV 16,186,134C. elegans SRH-277 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001280 (Photosystem I psaA and psaB)
43Y38H6C.13Y38H6C.13n/achrV 20,523,455contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
44F55A12.8F55A12.8n/achrI 5,351,713contains similarity to Pfam domains PF05127 (Putative ATPase (DUF699)) , PF08351 (Domain of unknown function (DUF1726)) contains similarity to Interpro domains IPR013562 (Region of unknown function DUF1726), IPR007807 (Protein of unknown function DUF699, ATPase putative), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase), IPR013324 (RNA polymerase sigma factor, regions 3 and 4)
45C54C8.2C54C8.2n/achrI 12,445,611contains similarity to Homo sapiens N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase; ENSEMBL:ENSP00000309096
46VT23B5.1VT23B5.1n/achrIV 12,665,034contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of WD repeat and FYVE domain-containing protein 3; ENSEMBL:ENSP00000318466
47F41G3.3F41G3.3n/achrII 6,757,638
48rer-1F46C5.8n/achrII 8,811,744C. elegans RER-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF03248 Rer1 family contains similarity to Interpro domain IPR004932 (Retrieval of early ER protein Rer1)
49Y54G11A.4Y54G11A.4n/achrII 14,294,300contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR000023 (Phosphofructokinase)
50C40H5.3C40H5.3n/achrX 11,760,088contains similarity to Solanum aggregatum NADH dehydrogenase subunit (Fragment).; TR:Q8HSG2