UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F36D1.5F36D1.53e-16chrI 11,266,244contains similarity to Homo sapiens Melastatin 1; TR:O75560
2srw-22T10H4.3n/achrV 15,269,194C. elegans SRW-22 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
3F38H4.10F38H4.10n/achrIV 11,861,497contains similarity to Pfam domain PF03637 Mob1/phocein family contains similarity to Interpro domain IPR005301 (Mob1/phocein)
4ZK380.2ZK380.2n/achrX 1,633,167contains similarity to Interpro domain IPR011072 (HR1 rho-binding repeat)
5E02H9.6E02H9.6n/achrIII 2,439,204contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
6C05E7.2C05E7.2n/achrX 12,939,625
7srx-111T24E12.4n/achrII 3,758,519C. elegans SRX-111 protein ;
8T22H2.4T22H2.4n/achrI 11,694,849contains similarity to Pfam domain PF03860 Domain of Unknown Function (DUF326) contains similarity to Interpro domain IPR005560 (Protein of unknown function DUF326)
9K03D7.8K03D7.8n/achrV 17,490,522
10glb-7C23H5.2n/achrIV 2,124,416glb-7 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
11F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
12btb-13ZC204.11n/achrII 1,654,256C. elegans BTB-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
13mau-2C09H6.3n/achrI 8,127,936mau-2 encodes an ortholog of budding yeast Scc4p, Drosophila CG4203, and human KIAA0892; MAU-2 is required (with PQN-85 and SCC-3) for normal mitotic chromosome segregation, and for cellular (e.g., neuronal) or axonal migration; MAU-2 is required for migration both embryonically and postembryonically, along both dorsoventral and longitudinal body axes; MAU-2 guides the axonal projection of AVM (and probably other neurons) by some cell-autonomous mechanism independent of SLT-1; MAU-2 is also required for normal larval development, locomotion, excretory canals and osmoregulation, phasmid morphology, and egg-laying; the primary sequences of MAU-2 and its Scc4-like orthologs are composed of tetratricopeptide repeats, and are highly divergent between yeast and metazoa; MAU-2 is expressed ubiquitously in embryos during late gastrulation, subsequently becoming restricted to neurons; mau-2 transcripts are abundant in oocytes, and maternal transcripts alone can support normal MAU-2 protein synthesis through the L3 larval stage (but not in L4 larvae or adults); MAU-2's N-terminal 371 residues of MAU-2 are its most conserved domain, and are sufficient to transgenically rescue mau-2 mutants; despite its behavioral phenotype, MAU-2 is thought to act early in development, since the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants is maternal; while the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants can be rescued either maternally or zygotically, the egg-laying phenotype of mau-2 mutants is purely zygotic; partially penetrant mau-2 dye-filling phenotypes occur on one side of the body, suggesting that MAU-2 acts on a whole side of an embryo at a time; while mau-2(RNAi) has no obvious early embryonic phenotype, joint mau-2/scc-3(RNAi) grossly deranges chromosomal segregation in early embryos, and mau-2(RNAi) enhances the lagging of anaphase chromosomes induced by pqn-85(RNAi).
14F54D10.9F54D10.9n/achrII 3,830,742contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
15T08A9.4T08A9.4n/achrX 7,313,654This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
16R07E4.5R07E4.5n/achrX 5,951,318contains similarity to Plasmodium lophurae Histidine-rich glycoprotein precursor.; SW:P04929
17acr-14T05C12.2n/achrII 8,175,996acr-14 encodes a protein that contains neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding and transmembrane domains.
18F56D6.6F56D6.6n/achrIV 3,904,376
19T05G5.4T05G5.4n/achrIII 9,749,322contains similarity to Homo sapiens Trichohyalin; ENSEMBL:ENSP00000290632
20F23H12.7F23H12.7n/achrV 12,372,277contains similarity to Interpro domain IPR001463 (Sodium:alanine symporter)
21C07B5.6C07B5.6n/achrX 9,520,189contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1327.; TR:O25885
22D1007.4D1007.4n/achrI 4,580,304contains similarity to Homo sapiens Gem-associated protein 6; ENSEMBL:ENSP00000281950
23sri-12T22H2.1n/achrI 11,700,163C. elegans SRI-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24sdz-36ZK1251.7n/achrIV 9,691,129C. elegans SDZ-36 protein
25W02D7.6W02D7.6n/achrV 8,300,526contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
26K10C2.2K10C2.2n/achrX 6,433,006contains similarity to Interpro domain IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like)
27ZK512.1ZK512.1n/achrIII 9,116,087contains similarity to Interpro domain IPR007110 (Immunoglobulin-like)
28C44C10.5C44C10.5n/achrX 11,691,705contains similarity to Homo sapiens Structural maintenance of chromosomes protein 1A; ENSEMBL:ENSP00000323421
29H03E18.2H03E18.2n/achrX 8,514,766
30ZC53.1ZC53.1n/achrX 1,912,323
31srh-45T03F7.2n/achrV 11,304,292C. elegans SRH-45 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR008075 (Lipocalin-1 receptor)
32F39F10.3F39F10.3n/achrX 16,892,426contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
33T19H12.6T19H12.6n/achrV 4,877,093contains similarity to Pfam domains PF04942 (CC domain) (2), PF01019 (Gamma-glutamyltranspeptidase) contains similarity to Interpro domains IPR007026 (Domian of unknown function, DUF-CC), IPR000101 (Gamma-glutamyltranspeptidase)
34R107.2R107.2n/achrIII 9,044,850contains similarity to Pfam domain PF01256 Carbohydrate kinase contains similarity to Interpro domain IPR000631 (Carbohydrate kinase)
35B0207.8B0207.8n/achrI 5,951,441
36sri-37D2062.2n/achrII 2,630,401C. elegans SRI-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37T24E12.2T24E12.2n/achrII 3,783,547
38pfd-5R151.9n/achrIII 7,198,447pfd-5 encodes a putative prefoldin 5 subunit, orthologous to human PFDN5 (OMIM:604899), that is required for normal microtubule growth, embryonic and larval viability, fertility, vulval development, and locomotion; PFD-5 is expressed in most, if not all, tissues; pfd-5(RNAi) animals show sterile progeny, larval arrest or lethality, uncoordination, and abnormal body shapes, and pfd-5(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate.
39srz-32W05E7.2n/achrIV 3,437,096C. elegans SRZ-32 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)
40twk-44Y71H9A.1n/achrX 11,625,639C. elegans TWK-44 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR011001 (Saposin-like), IPR008139 (Saposin B), IPR013099 (Ion transport 2)
41ZK1098.3ZK1098.3n/achrIII 9,535,467contains similarity to Pfam domain PF01612 3'-5' exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR002562 (3'-5' exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
42clec-245C31G12.2n/achrV 18,187,150C. elegans CLEC-245 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
43sdz-10F08D12.9n/achrII 2,771,674This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
44srx-121C04E12.8n/achrV 3,371,855C. elegans SRX-121 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
45F46B6.2F46B6.2n/achrV 9,773,402contains similarity to Trypanosoma brucei Hypothetical protein.; TR:Q7YVJ9
46W03H9.3W03H9.3n/achrII 14,143,131contains similarity to Streptomyces avermitilis Putative oxidoreductase.; TR:Q82DU1
47T17A3.9T17A3.9n/achrIII 152,890
48W04A8.1W04A8.1n/achrI 13,837,656W04A8.1 encodes a protein weakly similar to human microcephalin (MCPH1; OMIM:607117, mutated in primary microcephaly); while their primary sequence similarity is very subtle (only being detectable with psi-BLAST on NCBI-nr, using C. briggsae CBG13622 as a query sequence), both W04A8.1 and microcephalin has similar ordering of BRCT domains (one N-terminal, two C-terminal); W04A8.1 has no obvious function in mass RNAi screens.
49ZK856.4ZK856.4n/achrV 10,183,835contains similarity to Interpro domain IPR011001 (Saposin-like)
50exos-1Y48A6B.5n/achrIII 11,009,701C. elegans EXOS-1 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Csl4-PA;; FLYBASE:CG6249