UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F35H10.6F35H10.62e-88chrIV 8,300,273contains similarity to Pfam domain PF02996 Prefoldin subunit contains similarity to Interpro domains IPR004127 (Prefoldin alpha-like), IPR009053 (Prefoldin)
2srbc-7C18B10.4n/achrV 7,486,852C. elegans SRBC-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
3dro-1F53A2.5n/achrIII 13,342,882C. elegans DRO-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00808 (Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone) , PF00125 (Core histone H2A/H2B/H3/H4) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
4ekl-5Y26E6A.1n/achrX 13,915,941C. elegans EKL-5 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001579 (Glycoside hydrolase, chitinase active site), IPR006642 (Zinc finger, Rad18-type putative)
5F42A6.5F42A6.5n/achrIV 3,331,304contains similarity to Interpro domain IPR001357 (BRCT)
6F35G12.7F35G12.7n/achrIII 4,586,958contains similarity to Pfam domain PF03091 CutA1 divalent ion tolerance protein contains similarity to Interpro domains IPR004323 (Divalent ion tolerance protein, CutA1), IPR011322 (Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta)
7Y49A10A.1Y49A10A.1n/achrX 10,359,445contains similarity to Pfam domain PF06565 Repeat of unknown function (DUF1126) contains similarity to Interpro domains IPR010554 (Protein of unknown function DUF1126), IPR006602 (Region of unknown function DM10)
8Y5F2A.4Y5F2A.4n/achrIV 11,077,311contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
9C36F7.2C36F7.2n/achrI 9,551,413contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
10srh-52R08H2.7n/achrV 15,375,587C. elegans SRH-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11M01E11.1M01E11.1n/achrI 5,582,772contains similarity to Pfam domain PF04140 Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase (ICMT) family contains similarity to Interpro domain IPR007269 (Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase)
12F53F8.5F53F8.5n/achrV 20,697,686contains similarity to Pfam domain PF00536 SAM domain (Sterile alpha motif) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM)
13F49C5.5F49C5.5n/achrII 12,546,186
14B0564.2B0564.2n/achrIV 13,107,893contains similarity to Pfam domain PF03171 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR005123 (2OG-Fe(II) oxygenase)
15spat-1F57C2.6n/achrII 14,531,337spat-1 encodes a divergent ortholog of Drosophila melanogaster AURORA BOREALIS (BORA) and human BORA (OMIM:610510); SPAT-1 is specifically required for PAR protein-dependent cell-polarity; RNAi of spat-1 weakly suppresses the embryonic lethality of par-2(it5ts) at restrictive temperature.
16tbx-36ZK829.5n/achrIV 11,951,305C. elegans TBX-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
17ZK1248.11ZK1248.11n/achrII 5,828,127contains similarity to Xenopus laevis E3 SUMO-protein ligase NSE2 (EC 6.-.-.-) (Non-structural maintenancesof chromosomes element 2 homolog) (Non-SMC element 2 homolog).; SW:Q7ZXH2
18W02D7.5W02D7.5n/achrV 8,298,506contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
19R107.2R107.2n/achrIII 9,044,850contains similarity to Pfam domain PF01256 Carbohydrate kinase contains similarity to Interpro domain IPR000631 (Carbohydrate kinase)
20M110.3M110.3n/achrII 8,215,496contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
21srab-20T20D4.1n/achrV 3,429,701C. elegans SRAB-20 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)
22tag-348T04H1.1n/achrV 12,237,724C. elegans TAG-348 protein; contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
23R144.3R144.3n/achrIII 5,022,586contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
24M151.3M151.3n/achrII 3,629,023contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Girdin; ENSEMBL:ENSP00000263630
25C48B6.3C48B6.3n/achrI 6,915,508contains similarity to Homo sapiens UPF0472 protein C16orf72; ENSEMBL:ENSP00000331720
26R144.6R144.6n/achrIII 5,003,956contains similarity to Pfam domain PF07857 CEO family (DUF1632) contains similarity to Interpro domain IPR012435 (Protein of unknown function DUF1632)
27srab-2C04F5.5n/achrV 5,104,023C. elegans SRAB-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
28srg-4T12A2.12n/achrIII 6,261,094C. elegans SRG-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
29glr-7C43H6.9n/achrX 2,415,895glr-7 encodes a protein containing a ligand-gated ion channel domain and is a predicted non-NMDA type ionotropic glutamate receptor; expressed in the pharyngeal nervous system.
30M02B7.4M02B7.4n/achrIV 3,802,482contains similarity to Pfam domain PF08660 Oligosaccharide biosynthesis protein Alg14 like contains similarity to Interpro domain IPR013969 (Oligosaccharide biosynthesis protein Alg14 like)
31C34E10.8C34E10.8n/achrIII 5,251,598contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan 5.; TR:Q4FX62
322L52.12L52.1n/achrII 3,2652L52.1 encodes a protein with sequence similarity to GLI-family zinc-finger transcription factors; deletion mutations in 2L52.1 are reported to be homozygous viable.
33F36H12.2F36H12.2n/achrIV 5,275,375
34T15D6.10T15D6.10n/achrI 12,395,188contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
35C17H12.2C17H12.2n/achrIV 6,788,223contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG7289-PA;; FLYBASE:CG7289
36Y40B1B.7Y40B1B.7n/achrI 13,427,466contains similarity to Rattus norvegicus Coiled-coil domain-containing protein 86 (Cytokine-induced proteinswith coiled-coil domain).; SW:Q5XIB5
37T05E7.3T05E7.3n/achrI 6,190,389contains similarity to Interpro domain IPR000463 (Cytosolic fatty-acid binding)
38R10E4.6R10E4.6n/achrIII 4,294,138
39mom-5T23D8.1n/achrI 9,967,489mom-5 encodes one of four C. elegans members of the Frizzled (Fz) family of seven transmembrane receptors; during development, MOM-5 activity is required for asymmetric cell division in the early embryo as well as for asymmetric cell division during neuronal development; MOM-5::GFP is enriched at the posterior pole of cells prior to division and during later stages of embryogenesis, is found at the leading edges of epidermal cells during ventral enclosure; in neuroblasts, MOM-5 is required for proper subcellular distribution of DSH-2 to the cortex.
40Y39A1A.2Y39A1A.2n/achrIII 10,602,626contains similarity to Oryza sativa Hypothetical protein.; TR:Q9LH25
41F40G9.7F40G9.7n/achrIII 165,986
42rfc-2F58F6.4n/achrIV 1,350,136rfc-2 encodes a member of the AAA family that are ATPases associated with DNA replication and has highest similarity to the mouse Replication factor C 40 kDa subunit, and affects embryonic viability, fertility, and locomotion in a large-scale RNAi screen.
43Y54G11A.1Y54G11A.1n/achrII 14,262,654contains similarity to Mesocricetus auratus Nucleolin (Protein C23).; SW:NUCL_MESAU
44kup-1F10C2.2n/achrV 12,036,541kup-1 encodes a novel protein that is conserved in C. briggsae, but contains no other known homologs; kup-1 is the upstream gene in an operon with pkc-1, which encodes two protein kinase C isoforms of the nPKC isotype; the polycistronic kup-1/pkc-1 mRNA is detected at low levels in embryos and larvae, but its expression greatly increases in adults; as loss of kup-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of kup-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
45pqn-11C09G1.1n/achrX 15,969,125PQN-11 encodes an unfamiliar protein with a glutamine/asparagine-rich domain that is dispensable for viability and gross morphology.
46K11B4.2K11B4.2n/achrI 14,798,156contains similarity to Tetraodon nigroviridis UPF0402 protein.; SW:Q4S3C1
47T09B4.2T09B4.2n/achrI 6,184,694
48F47B7.3F47B7.3n/achrX 3,763,711contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
49K09E3.7K09E3.7n/achrX 17,132,904contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; HI:HIT000048720
50rnf-5C16C10.7n/achrIII 4,165,557This gene encodes a homolog of mammalian RNF5, a C3HC4 (RING-finger) zinc-finger protein.