UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1pfn-2F35C8.62e-70chrX 5,353,590C. elegans PFN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00235 Profilin contains similarity to Interpro domains IPR002097 (Profilin/allergen), IPR005455 (Profilin, plant)
2F23H11.3F23H11.3n/achrIII 900,827contains similarity to Pfam domains PF00549 (CoA-ligase) , PF02629 (CoA binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR005810 (Succinyl-CoA ligase, alpha subunit), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR017440 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site), IPR003781 (CoA-binding), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
3Y43F4B.2Y43F4B.2n/achrIII 13,294,800contains similarity to Interpro domain IPR009079 (Four-helical cytokine-like, core)
4mog-5EEED8.5n/achrII 5,402,615The mog-5 gene encodes a DEAH helicase orthologous to the Drosophila CG8241, the human HRH1, and the S. cerevisiae PRP22 proteins.
5ZK1307.8ZK1307.8n/achrII 9,625,448contains similarity to Pfam domains PF07915 (Glucosidase II beta subunit-like protein) , PF00036 (EF hand) contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR001907 (Peptidase S14, ClpP), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR009011 (Mannose-6-phosphate receptor, binding), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence), IPR012913 (Glucosidase II beta subunit-like)
6cnx-1ZK632.6n/achrIII 9,815,658cnx-1 encodes the C. elegans ortholog of calnexin, a type I Ca2+-binding integral membrane protein of the endoplasmic reticulum (ER); CNX-1 binds calcium and is predicted to function as a molecular chaperone required for glycoprotein folding and maturation as well as regulation of intracellular calcium homeostasis; in C. elegans, cnx-1 activity is required at 25 degrees C for wild-type levels of fertility and normal embryonic and larval development; cnx-1 activity is also required for maintaining viability in response to ER stress; in addition, cnx-1(RNAi) can suppress necrotic-like cell death induced by hyperactivated MEC-4 and DEG-1 ion channels, suggesting that CNX-1 also plays a role in regulating necrotic cell death; CNX-1 expression is first detected ubiquitously in the early embryo, with expression then becoming restricted to embryonic head and tail regions; post-embryonic expression is seen in the excretory cell, head and tail neurons, spermatheca, intestine, germ cells, and spicules in the male tail; antibody staining of early embryos indicates that CNX-1 localizes to the endoplasmic reticulum; in regulating reproduction at 25 degrees C, cnx-1 functions redundantly with crt-1, which encodes calreticulin, an additional Ca2+-binding ER chaperone protein.
7hrd-1F55A11.3n/achrV 11,768,584C. elegans HRD-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
8C07D8.6C07D8.6n/achrX 7,342,092contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
9spr-1D1014.8n/achrV 8,128,020spr-1 encodes the C. elegans ortholog of the human corepressor CoREST that functions in HDAC-containing complexes to mediate transcriptional repression; in C. elegans, spr-1 was first identified in screens for genetic suppressors of the egg-laying defective phenotype of sel-12/presenilin mutants; subsequent genetic analyses showed that spr-1 likely functions as a negative regulator of LIN-12/Notch signaling in multiple cells, including those of the somatic gonad, vulva, and early embryo; spr-1 also interacts genetically with sem-5 to regulate postembryonic growth rates and lin-35Rb to regulate vulval morphogenesis and germline proliferation; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-1 interacts with SPR-5, the C. elegans ortholog of the LSD1 histone demethylase; an SPR-1::MYC fusion protein expressed under the control of the cog-2 promoter localizes to the nucleus and shows increased staining in nuclear speckles and what appears to be the nucleolus.
10C23H4.3C23H4.3n/achrX 12,227,955contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
11F52B5.3F52B5.3n/achrI 8,321,160The F52B5.3 gene encodes a DEAH helicase orthologous to the Drosophila SpindleE protein.
12dog-1F33H2.1n/achrI 15,020,116dog-1 encodes a predicted DEAH helicase, orthologous to the human BRCA1-binding protein BACH1 (OMIM:605882, mutated in early-onset breast cancer); DOG-1 is required for maintenance of polyguanine tracts of germline and somatic DNA, and is proposed to resolve the secondary structure that can occur in guanine-rich DNA during lagging-strand DNA synthesis.
13T01G1.3T01G1.3n/achrIV 11,368,676contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR002110 (Ankyrin), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
14clec-67F56D6.2n/achrIV 3,923,599C. elegans CLEC-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
15R08D7.1R08D7.1n/achrIII 8,966,795contains similarity to Drosophila pseudoobscura GA12417-PA (Fragment).; TR:Q293H8
16T13B5.3T13B5.3n/achrII 1,099,395contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR000560 (Histidine acid phosphatase), IPR002016 (Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial)
17Y32B12B.2Y32B12B.2n/achrV 16,544,097contains similarity to Vitis vinifera Putative uncharacterized protein.; TR:A5AD22
18C25H3.4C25H3.4n/achrII 5,692,793contains similarity to Pfam domains PF01472 (PUA domain) , PF01253 (Translation initiation factor SUI1) contains similarity to Interpro domains IPR004521 (Uncharacterized domain 2), IPR015947 (PUA-like), IPR001950 (Translation initiation factor SUI1), IPR002478 (PUA)
19evl-14H38K22.1n/achrIII 4,308,081evl-14 encodes a homolog of the yeast sister cohesion protein Pds5p that functions during both mitosis and meiosis and is implicated in the maintenance of sister chromatid cohesion in late prophase, and affects vulval morphology, meiotic germline development, embryonic and larval viability, fertility, and cell divisions in the germ line as well as in vulval and somatic gonad lineages; some of the defects, such as somatic gonad defects, are due at least partially to cell division defects.
20E02H9.5E02H9.5n/achrIII 2,447,417E02H9.5 encodes a homolog of the human beta-glucosidase-like proteins KL (klotho; OMIM:604824), KLB (beta-klotho; OMIM:611135), GBA3 (cytosolic beta-glucosidase; OMIM:606619), LCT (lactase-phlorizin hydrolase; OMIM:603202, variant in adult lactose tolerance), and LCTL (lactase-like protein); E02H9.5 has 76% identity (364/478 residues) to its paralog C50F7.10; perhaps due to genetic redundancy, E02H9.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
21nrf-6C08B11.4n/achrII 8,030,762nrf-6 encodes a protein with 12 predicted transmembrane domains that is highly similar to NDG-4 and affects embryonic viability, yolk transport, locomotion, body morphology, and affects sensitivity to fluoxetine with respect to nose-contraction response in a common pathway with ndg-4 and nrf-5; expressed in the most anterior cells of the hypodermis and in the intestine and is required in the intestine for fluoxetine-induced nose contraction and yolk transport
22ehbp-1F25B3.1n/achrV 9,553,309C. elegans EHBP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00307 Calponin homology (CH) domain contains similarity to Interpro domains IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding)
23moc-1T06H11.4n/achrX 10,137,338moc-1 encodes an ortholog of human GEPHYRIN (GPHN; OMIM:603930), which when mutated leads to molybdenum cofactor (MoCo) deficiency; MOC-1 is also paralogous to LIN-46.
24vps-54T21C9.2n/achrV 10,571,379The vps-54 gene encodes an ortholog of VPS54 in S. cerevisiae, a protein involved in vacuolar trafficking.
25C31E10.7C31E10.7n/achrX 14,002,346C31E10.7 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:10230) (CYB5; OMIM:250790), which when mutated leads to disease.
26T12E12.2T12E12.2n/achrIV 5,546,641contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR000953 (Chromo domain), IPR016197 (Chromo domain-like)
27F49E8.1F49E8.1n/achrIV 7,557,976contains similarity to Pfam domain PF06218 Nitrogen permease regulator 2 contains similarity to Interpro domain IPR009348 (Nitrogen permease regulator 2)
28syn-16ZC155.7n/achrIII 5,208,372C. elegans SYN-16 protein; contains similarity to Pfam domains PF00804 (Syntaxin) , PF05739 (SNARE domain) contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR006011 (Syntaxin, N-terminal), IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region)
29sgt-1R05F9.10n/achrII 4,903,031C. elegans SGT-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) (2), PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (3)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR008940 (Protein prenyltransferase), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
30coq-8C35D10.4n/achrIII 4,865,152coq-8 encodes a putative protein kinase orthologous to ABC1 (COQ8) from S. cerevisiae and UbiB from E. coli, and paralogous to C. elegans D2023.6 and its (uncharacterized) eukaryotic orthologs; COQ-8 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; alternative hypotheses for COQ-8's biochemical function are that it is a 2-polyprenylphenol 6-hydroxylase, or that it may activate proteins necessary for monooxygenase activity via phosphorylation; coq-8 is expressed in several tissues during larval development, but in later adult life its expression is restricted to neurons; coq-8 mutants have slowed pharyngeal pumping, and eventually arrest as paralysed larvae before dying; coq-8(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans; coq-8 mutants are not rescued by dietary coenzyme Q.
31C55A6.9C55A6.9n/achrV 11,522,512contains similarity to Pfam domain PF03985 Paf1 contains similarity to Interpro domain IPR007133 (RNA polymerase II-associated, Paf1)
32F37C12.7F37C12.7n/achrIII 7,169,344contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
33K06A5.6K06A5.6n/achrI 6,465,004contains similarity to Pfam domains PF08028 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) , PF00441 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02771 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013107 (Acyl-CoA dehydrogenase, type 2, C-terminal), IPR006090 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1), IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR006089 (Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR006092 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal)
34F55A11.1F55A11.1n/achrV 11,763,785contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
35npp-15C29E4.4n/achrIII 7,930,950C. elegans NPP-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF08801 (Nup133 N terminal like) , PF04044 (Nup133 nucleoporin) contains similarity to Interpro domains IPR014908 (Nup133, N-terminal), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR007187 (Nucleoporin, Nup133-like, C-terminal)
36K02B2.1K02B2.1n/achrIV 5,942,943contains similarity to Pfam domains PF01591 (6-phosphofructo-2-kinase) , PF00300 (Phosphoglycerate mutase family) contains similarity to Interpro domains IPR016260 (Bifunctional 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2, 6-bisphosphate 2-phosphatase), IPR001345 (Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase), IPR003094 (Fructose-2,6-bisphosphatase), IPR013079 (6-phosphofructo-2-kinase), IPR013078 (Phosphoglycerate mutase)
37Y47G7B.2Y47G7B.2n/achrII 2,706,989
38xpo-3C49H3.10n/achrIV 7,920,396imb-6 encodes an importin-beta-like protein orthologous to vertebrate Exportin-t, a specific mediator of tRNA export from the nucleus; IMB-6 is predicted to function by binding tRNAs directly in the presence of the RAN-1 GTPase and facilitating their nucleocytoplasmic transport; in C. elegans, loss of imb-6 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
39B0035.15B0035.15n/achrIV 11,297,591contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mlp proteins restrict telomere length by influencing the Rif1-Tel1 pathway of telomerase regulation; also involved in the translocation of macromolecules between the nucleoplasm and the NPC; SGD:YKR095W
40sec-10C33H5.9n/achrIV 7,780,928C. elegans SEC-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF07393 Exocyst complex component Sec10 contains similarity to Interpro domain IPR009976 (Exocyst complex component Sec10)
41col-98F14F7.1n/achrIII 13,019,448C. elegans COL-98 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR009143 (Wnt-6 protein), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
42pmp-4T02D1.5n/achrIV 17,404,001The pmp-4 gene encodes a homolog of human ALD, which when mutated leads to X-linked adrenoleukodystrophy (OMIM:300100).
43B0280.9B0280.9n/achrIII 7,121,829contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR001680 (WD40 repeat), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
44Y39A3A.2Y39A3A.2n/achrIII 2,057,188contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold)
45ppk-3VF11C1L.1n/achrX 12,972,222C. elegans PPK-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF01504 (Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase) , PF01363 (FYVE zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002498 (Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core), IPR016034 (Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core, subgroup), IPR002423 (Chaperonin Cpn60/TCP-1), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
46F26E4.6F26E4.6n/achrI 9,773,519contains similarity to Pfam domain PF02935 Cytochrome c oxidase subunit VIIc contains similarity to Interpro domain IPR004202 (Cytochrome c oxidase subunit VIIc)
47C18E9.4C18E9.4n/achrII 8,964,490C18E9.4 encodes the C. elegans ortholog of the NDUFB3/B12 subunit of the mitochondrial NADH dehydrogenase (ubiquinone) complex (complex I).
48C50F7.4C50F7.4n/achrIV 7,729,765contains similarity to Pfam domains PF08442 (ATP-grasp domain) , PF00549 (CoA-ligase) contains similarity to Interpro domains IPR013650 (ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
49pps-1T14G10.1n/achrIV 10,163,166pps-1 is orthologous to human PAPSS1 (OMIM:603262) and human PAPSS2 (OMIM:603005, mutated in spondyloepimetaphyseal dysplasia).
50tag-353F25D7.2n/achrI 10,401,993C. elegans TAG-353 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)