UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F35B12.4F35B12.41e-131chrV 11,609,661contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3sdz-8C55A6.5n/achrV 11,515,643C. elegans SDZ-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
4ZC581.9ZC581.9n/achrI 6,667,794ZC581.9 encodes a serine/threonine protein kinase related to the vertebrate SCY1-like family of protein kinases; loss of ZC581.9 activity in an RNAi-hypersensitive strain results in axon guidance defects indicating that ZC581.9 likely plays a role in regulation of axon navigation.
5mec-18C52B9.9n/achrX 4,272,688mec-18 encodes a protein similar to firefly luciferase and plant protein 4-coumarate coA ligase; mec-18 is involved in sensory mechanotransduction; genetic interactions with other mec genes suggest that mec-18 may be involved in negative regulation of the degenerin channel in the touch receptor neurons; mec-18 is expressed exclusively in the touch cells.
6ugt-38F10D2.7n/achrV 7,146,544C. elegans UGT-38 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR003567 (Cytochrome c-type biogenesis protein), IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
7C52A10.2C52A10.2n/achrV 5,235,946contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
8tba-9F40F4.5n/achrX 3,254,559tba-9 encodes one of nine C. elegans alpha tubulins; by homology, TBA-9 is predicted to be a component of microtubules; as loss of tba-9 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, TBA-9 likely functions redundantly with other alpha tubulins as a basic component of cellular architecture that may play additional roles in processes such as cell division, cell movement, and intracellular transport.
9B0238.13B0238.13n/achrV 5,245,859contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
10K06A1.3K06A1.3n/achrII 6,442,625contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
11ctl-1Y54G11A.6n/achrII 14,304,828ctl-1 encodes one of three C. elegans catalases; CTL-1 exhibits catalase activity in vitro, and thus likely functions in vivo as an antioxidant enzyme that protects cells from reactive oxygen species; ctl-1 activity contributes to the extended lifespan seen in daf-2 mutant animals; in addition, ctl-1 expression is negatively regulated by DAF-2-mediated insulin signaling; as CTL-1 does not possess a C-terminal peroxisomal targeting signal (PTS), it is predicted to be a cytosolic catalase.
12ins-6ZK84.6n/achrII 6,000,649ins-6 encodes predicted type-beta insulin-like molecule that lacks a C peptide domain; expressed throughout development and in some neurons beginning in the two-fold elongated embryo.
13C52E4.5C52E4.5n/achrV 11,984,169contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
14F13E9.10F13E9.10n/achrIV 10,885,597contains similarity to Arabidopsis thaliana Similarity to unknown protein (Hypothetical protein).; TR:Q9FFB3
15T03F1.11T03F1.11n/achrI 3,854,039contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
16C02C2.5C02C2.5n/achrIII 7,877,970contains similarity to Pfam domain PF00881 Nitroreductase family contains similarity to Interpro domain IPR000415 (Nitroreductase)
17W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
18C06E4.3C06E4.3n/achrIV 7,261,440contains similarity to Pfam domains PF07993 (Male sterility protein) , PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF00106 (short chain dehydrogenase) contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013120 (Male sterility, NAD-binding)
19sru-6C33A12.8n/achrIV 9,491,282C. elegans SRU-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
20F32H5.4F32H5.4n/achrV 13,362,228contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
21F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
22inx-12ZK770.3n/achrI 3,757,299inx-12 (innexin=invertebrate connexin analogue) encodes a protein of the innexin family; innexins are gap junction proteins similar in function, though dissimilar in sequence to the vertebrate connexins; innexins are the only known gap junction proteins in invertebrates; inx-12 and inx-13 appear to be a tandom duplication; RNA interference of inx-12 results in an arrest at the L1 larval stage with fluid filled dead rods; this phenotype and sequence homology to Drosophila innexins suggest that INX-12 may be required to form gap junctions between the excretory canal and hypodermis, thus playing an essential role in osmoregulation; an INX-12::GFP fusion protein is expressed in the excretory canal.
23F13A2.4F13A2.4n/achrV 4,399,097
24F36F2.1F36F2.1n/achrI 9,019,505contains similarity to Homo sapiens Actin-binding Rho-activating protein; ENSEMBL:ENSP00000311436
25clec-89C09D1.2n/achrI 4,072,314C. elegans CLEC-89 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
26nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
27T28C12.2T28C12.2n/achrV 6,330,074contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
28C52B9.4C52B9.4n/achrX 4,262,578contains similarity to Pfam domain PF06814 Lung seven transmembrane receptor contains similarity to Interpro domains IPR009637 (Transmembrane receptor, eukaryota), IPR008983 (Tumour necrosis factor-like)
29daf-14F01G10.8n/achrIV 10,254,701daf-14 encodes a Smad-related protein that is unusual in that while its C-terminus is well-conserved with Smad proteins, it lacks the N-terminal DNA binding domain found in all other known Smads; DAF-14 is predicted to function as a transducer of the DAF-7/TGF-beta-mediated signal that promotes reproductive growth and negatively regulates dauer formation; as reduction of daf-14 function enhances the dauer constitutive phenotype of daf-8 mutants, and overexpression of daf-14 can rescue daf-8 mutant animals, it is likely that the DAF-14 and DAF-8 Smad proteins function in parallel to control dauer formation; further genetic analyses suggest that DAF-14 and DAF-8 function to antagonize the activities of the DAF-3 Smad and DAF-5 Sno/Ski oncoprotein, which are required for dauer formation; a DAF-14::GFP reporter is expressed in a dynamic pattern in tissues, such as the hypodermis, intestine, and pharynx, that are remodeled during dauer development.
30F54B11.11F54B11.11n/achrX 13,580,176contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
31T22H9.4T22H9.4n/achrV 335,754contains similarity to Pfam domain PF00751 DM DNA binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001275 (DM DNA-binding)
32mec-5E03G2.3n/achrX 15,946,401mec-5 encodes a collagen unique in the number of Gly-X-Y repeats and in the composition of amino acids surrounding these repeats; MEC-5 is required for normal mechanosensory response to gentle touch and for the proper functioning of the touch receptor neurons; mec-5 interacts genetically with mec-4 and mec-10 which encode degenerins (ion channels) expressed in the touch neurons, mec-9, which encodes a protein containing EGF-like and Kunitz/protease inhibitor domains secreted by the touch neurons, and mec-12, which encodes an alpha-tubulin expressed in the touch neurons; these genetic interactions suggest that MEC-5 may play a role in anchoring the degenerin complex to the extracellular matrix; MEC-5 is produced and secreted by hypodermal cells.
33C09F12.2C09F12.2n/achrX 11,055,383contains similarity to Tetrahymena thermophila SB210 Putative uncharacterized protein.; TR:Q23C46
34K04G2.9K04G2.9n/achrI 8,056,298contains similarity to Pfam domain PF01284 Membrane-associating domain contains similarity to Interpro domain IPR008253 (Marvel)
35cav-2C56A3.7n/achrV 13,558,462cav-2 encodes one of two C. elegans proteins related to caveolins, integral transmembrane proteins that are believed to function in regulation of signal transduction and that are the major component of caveolae, specialized lipid rafts found in the plasma membrane of most cell types; as loss of cav-2 function via large-scale RNA-mediated interference (RNAi) screens does not result in any obvious abnormalities, the role of cav-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; cav-2 mRNA is expressed in eggs and mixed stage populations.
36E04F6.4E04F6.4n/achrII 7,190,903contains similarity to Pfam domains PF08371 (Phospholipase D/viral envelope) , PF00614 (Phospholipase D Active site motif) (2)contains similarity to Interpro domains IPR013582 (Phospholipase D/viral envelope), IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase)
37D2085.7D2085.7n/achrII 8,647,166
38F23A7.5F23A7.5n/achrX 16,233,076contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of Cyclin-L1; VG:OTTHUMP00000173336
39nhr-54F36D3.2n/achrV 16,504,904C. elegans NHR-54 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40F25D1.5F25D1.5n/achrV 10,546,241contains similarity to Pfam domains PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF00106 (short chain dehydrogenase) contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
41nhr-63C06C6.4n/achrV 16,003,610C. elegans NHR-63 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
42cyn-9T27D1.1n/achrIII 3,698,740cyn-9 encodes a peptidyl prolyl cis-trans isomerase most similar to human cyclophilin G (OMIM:606093); CYN-9 likely functions as a catalyst in the folding and modification of cuticle collagens; a cyn-9::lacZ reporter is expressed in the syncytial hypodermis from early larval through adult stages; cyn-9 mRNA is expressed most strongly at the mid-L3 and mid-L4 larval stages, the intermoult period when collagens are synthesized.
43R08F11.4R08F11.4n/achrV 3,804,678contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
44R13H4.7R13H4.7n/achrV 11,867,399contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45gst-12F37B1.2n/achrII 13,617,244C. elegans GST-12 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
46K10C8.2K10C8.2n/achrV 12,691,417K10C8.2 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that K10C8.2 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
47pgp-14F22E10.3n/achrX 12,747,072pgp-14 encodes a member of the ABC transporter family with high similarity to the vertebrate MDR (multidrug resistance) family; PGP-14 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-14 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious defects, the precise role of pgp-14 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-14 promoter-gfp fusion proteins are expressed in larvae and adults in the anterior pharynx.
48rpy-1C18H9.7n/achrII 6,703,848rpy-1 is orthologous to the human gene 43KDA ACETYLCHOLINE RECEPTOR-ASSOCIATED PROTEIN (RAPSN; OMIM:601592), which when mutated leads to congenital myasthenic syndrome.
49F38H4.3F38H4.3n/achrIV 11,845,293contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
50K03B8.6K03B8.6n/achrV 11,408,332contains similarity to Interpro domain IPR000585 (Hemopexin)